View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19145_low_13 (Length: 429)

Name: NF19145_low_13
Description: NF19145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19145_low_13
NF19145_low_13
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-429)||(5686534-5686950)
chr2 (13-429)||(5698739-5699155)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 429
Target Start/End: Original strand, 5686534 - 5686950
Alignment:
Q  13 acagacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686534 acagacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatc 5686633  T
Q  113 caggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaaccc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686634 caggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaaccc 5686733  T
Q  213 actacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686734 actacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagc 5686833  T
Q  313 aagagtgtttacaagtttattgctaatacaccagaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5686834 aagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccacttcaagtgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaaggaatt 5686933  T
Q  413 ttgtcatcacagtgaca 429  Q
    |||||||||||||||||    
T  5686934 ttgtcatcacagtgaca 5686950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 429
Target Start/End: Original strand, 5698739 - 5699155
Alignment:
Q  13 acagacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698739 acagacaacacaggaaatccaattacagatgaaacaggaaatcctgcaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatc 5698838  T
Q  113 caggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaaccc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698839 caggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaaccc 5698938  T
Q  213 actacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698939 actacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagc 5699038  T
Q  313 aagagtgtttacaagtttattgctaatacaccagaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5699039 aagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatt 5699138  T
Q  413 ttgtcatcacagtgaca 429  Q
    |||||||||||||||||    
T  5699139 ttgtcatcacagtgaca 5699155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University