View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19145_low_2 (Length: 913)

Name: NF19145_low_2
Description: NF19145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19145_low_2
NF19145_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-900)||(16896656-16897551)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 16897551 - 16896656
Alignment:
Q  15 attatactctgttagctcagttattgtgcctcgtgcacttgattataggtgaatggttatggaattgactccatggctggttttttcctggattatggct 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  16897551 attatactctgttagctcagttattgtgcctcgtgcacttgattataggtgaatggttatggaattgactccatggctgggttttttctggattatggct 16897452  T
Q  115 atacacaacgagaggagctgagatttccagggaaaaaattaagggcattgtggttctcacctcctgctgattcattttctggcagtggcagcggcatgaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16897451 atacacaacgagaggagctgagatttccagggaaaaaattaagggcattgtggttctcacctcctgctgattcattttctggcagtggcagtggcatgaa 16897352  T
Q  215 tggtccgttgccaagaatttttatatcagagctattggtagatcagatgagtccacagactcaggtatgttggtgagaacaaatatcaattagtctct-- 312  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||      
T  16897351 tggtcccttgccaagaatttttatatcagagctattggtagatcagatgagtccacagactcaggtatgttggtgagaacgaatatcaattagtctcttt 16897252  T
Q  313 ----------taatatgactatagttgttaagcttatttttatgttgaaattggaatggaaatttatgttttcagctctagataagatatactcaatgac 402  Q
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||    
T  16897251 cagcgtgtaataatatgactatagttgttaagcttatttttatgttgaaattggaatggaaatttatgttttcagctct-----agatatactcaatgac 16897157  T
Q  403 atgatgttgcaaagcataatgcatatttttctgagattcacttgagttgcggttttgaggaggca-tttgttaattttcactctcttctttcgcaccatt 501  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16897156 atgatgttgcaaagcatattgcatatttttctgagatttacttgagttgcggttttgaggaggcattttgttaattttcactctcttctttcgcaccatt 16897057  T
Q  502 taaatcatagattcacttgcaaaattccaatcgtaaatataatgttttgttaaaaggtcagcatttaaagattagttctttcttc---nnnnnnnnnnnn 598  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                   
T  16897056 taaatcgtagattcacttgcaaaattccaatcgtaaatataatgttttgttaaaaggtcggcatttaaagattagttctttcttcaaaaaaaaaaaaaaa 16896957  T
Q  599 nnngttccatgagagtagcaatttccagtgcacagaaaacaccaattttcaaattttggaaatttaatttgtatttagcactagtatgtgtacaattttc 698  Q
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16896956 aaagttccatgagagtaacaatttccagtgcacagaaaacaccaattttcaaattttggaaatttaatttgtatttagcactagtatgtgtacaattttc 16896857  T
Q  699 ttggtacagagcttgccaaactatgactttaaggcagtggtttctgccatatcgcatgatctagtagctcatttatatgataatgataatttgagaaaca 798  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16896856 ttgttacagagcttgccaaactatgactttaaggcagtggtttctgccatatcgcatg-tttagtagctcatttatatgataatgataatttgagaaaca 16896758  T
Q  799 aagagatatggggttttgatttcttagttttagatatgacacttaacgatatactaagttttaggtgttggtacacgtgtattacaatattgttcataat 898  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16896757 aagagatatggggttttgatttcttagttttagatatgacacttaacgatatactaaggtttaggtgttggtacacgtgtattacaatattgttcataat 16896658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University