View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19145_low_22 (Length: 347)

Name: NF19145_low_22
Description: NF19145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19145_low_22
NF19145_low_22
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (1-347)||(19410057-19410399)
chr8 (1-347)||(19457076-19457418)
chr8 (1-347)||(19523660-19524002)
chr8 (88-325)||(19375889-19376122)
chr8 (4-267)||(19470031-19470294)
chr8 (4-267)||(19540955-19541218)
chr8 (4-267)||(19591480-19591743)
chr8 (16-270)||(19458347-19458598)
chr8 (16-270)||(19556025-19556276)
chr8 (85-325)||(19447805-19448041)
chr8 (85-325)||(19533035-19533271)
chr8 (83-325)||(19354760-19354995)
chr8 (83-261)||(19173419-19173597)
chr8 (76-325)||(19404023-19404265)
chr8 (83-284)||(19336777-19336975)
chr8 (83-284)||(19344481-19344679)
chr8 (82-284)||(19389924-19390123)
chr8 (85-284)||(19489469-19489664)
chr8 (83-247)||(19504652-19504813)
chr8 (4-127)||(19469092-19469218)
chr8 (192-284)||(19373489-19373581)
chr8 (16-128)||(19468275-19468387)
chr8 (95-154)||(15936702-15936761)
chr8 (95-154)||(19188547-19188606)
chr8 (300-329)||(19458626-19458655)
chr8 (300-329)||(19556304-19556333)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (77-283)||(36315231-36315437)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 19410399 - 19410057
Alignment:
Q  1 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410399 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 19410300  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  19410299 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatat---tagcagtagtgttccaccaca 19410203  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttgtttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19410202 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttg-ttt 19410104  T
Q  301 cttgcaatctgcactgcccaactttatcacaggttctgctcgttcac 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||    
T  19410103 cttgcaatctgcactgcccaactttatcagagtttcttctggttcac 19410057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 19457418 - 19457076
Alignment:
Q  1 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457418 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 19457319  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  19457318 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatat---tagcagtagtgttccaccaca 19457222  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttgtttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19457221 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttg-ttt 19457123  T
Q  301 cttgcaatctgcactgcccaactttatcacaggttctgctcgttcac 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||    
T  19457122 cttgcaatctgcactgcccaactttatcagagtttcttctggttcac 19457076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 19523660 - 19524002
Alignment:
Q  1 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523660 cacccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 19523759  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  19523760 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatat---tagcagtagtgttccaccaca 19523856  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttgtttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19523857 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactcaccaacttg-ttt 19523955  T
Q  301 cttgcaatctgcactgcccaactttatcacaggttctgctcgttcac 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||    
T  19523956 cttgcaatctgcactgcccaactttatcagagtttcttctggttcac 19524002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 88 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19376122 - 19375889
Alignment:
Q  88 aaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagta 187  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||   ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  19376122 aaacttgccttgttttgaatatagcgtggaatttgcatcaaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattag---cagta 19376026  T
Q  188 gtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19376025 gtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatcattgatgaatattgtttcaaaaagaagagaaatactc 19375926  T
Q  288 accaacttgttttcttgcaatctgcactgcccaacttt 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19375925 accaacttg-tttcttgcaatctgcactgcccaacttt 19375889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 267
Target Start/End: Original strand, 19470031 - 19470294
Alignment:
Q  4 ccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaatta---gaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19470031 ccacactactgtgccataatcaacattaacacttataaacaagcatgggaaatcagaaccaatggaattattgctaaattgaagacaaaacttgccttgt 19470130  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||    |||||||||    
T  19470131 ttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatttgttgcattaacacaaatgttagtagaagta---atccaccaca 19470227  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgttt 267  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  19470228 accataagtatatcaatacaacttgtttcttgatttcaaagcttatcatgtttgatgaatattgttt 19470294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 267
Target Start/End: Original strand, 19540955 - 19541218
Alignment:
Q  4 ccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaatta---gaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19540955 ccacactactgtgccataatcaacattaacacttataaacaagcatgggaaatcagaaccaatggaattattgctaaattgaagacaaaacttgccttgt 19541054  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||    |||||||||    
T  19541055 ttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatttgttgcattaacacaaatgttagtagaagta---atccaccaca 19541151  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgttt 267  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  19541152 accataagtatatcaatacaacttgtttcttgatttcaaagcttatcatgtttgatgaatattgttt 19541218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 19591743 - 19591480
Alignment:
Q  4 ccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaatta---gaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19591743 ccacactactgtgccataatcaacattaacacttataaacaagcatgggaaatcagaaccaatggaattattgctaaattgaagacaaaacttgccttgt 19591644  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||    |||||||||    
T  19591643 ttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatttgttgcattaacacaaatgttagtagaagta---atccaccaca 19591547  T
Q  201 accataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgttt 267  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  19591546 accataagtatatcaatacaacttgtttcttgatttcaaagcttatcatgtttgatgaatattgttt 19591480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 270
Target Start/End: Original strand, 19458347 - 19458598
Alignment:
Q  16 gccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttg 115  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19458347 gccagaatcagcattaacacctataaacaagctatgaaattcagaattagaagtaatgtcgaatcgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcgtg 19458446  T
Q  116 gatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccacaaccataggtatatca 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  19458447 gaattggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacgttttgcttcaacacaaatat---tagcagtagtaatccaccacaaccataagtatatca 19458543  T
Q  216 atacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||    
T  19458544 atacaacttgtttctttatttccaagcttatcatgattgatgaatattgtttcaa 19458598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 270
Target Start/End: Original strand, 19556025 - 19556276
Alignment:
Q  16 gccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttg 115  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19556025 gccagaatcagcattaacacctataaacaagctatgaaattcagaattagaagtaatgtcgaatcgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcgtg 19556124  T
Q  116 gatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagcagtagtgttccaccacaaccataggtatatca 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  19556125 gaattggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacgttttgcttcaacacaaatat---tagcagtagtaatccaccacaaccataagtatatca 19556221  T
Q  216 atacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||    
T  19556222 atacaacttgtttctttatttccaagcttatcatgattgatgaatattgtttcaa 19556276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 85 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19448041 - 19447805
Alignment:
Q  85 acaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagca 184  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||   ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  19448041 acaaaacttgccttgttttgaatatagcgtggaatttgcatcaaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagcaaca 19447942  T
Q  185 gtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaata 284  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19447941 gt---gttccaccacaaccataggtatatcaatagatcttgtttctttatttcaaagcttatcatgattcatgaatattttttcaaaaagaagagaaata 19447845  T
Q  285 ctcaccaacttgttttcttgcaatctgcactgcccaacttt 325  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19447844 ctcaccaacttg-tttcttgcaatctgcactgcccaacttt 19447805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 85 - 325
Target Start/End: Original strand, 19533035 - 19533271
Alignment:
Q  85 acaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagca 184  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||   ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  19533035 acaaaacttgccttgttttgaatatagcgtggaatttgcatcaaatttatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagcaaca 19533134  T
Q  185 gtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaata 284  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19533135 gt---gttccaccacaaccataggtatatcaatagatcttgtttctttatttcaaagcttatcatgattcatgaatattttttcaaaaagaagagaaata 19533231  T
Q  285 ctcaccaacttgttttcttgcaatctgcactgcccaacttt 325  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19533232 ctcaccaacttg-tttcttgcaatctgcactgcccaacttt 19533271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 83 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19354995 - 19354760
Alignment:
Q  83 agacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtag 182  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||   || |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||    
T  19354995 agacaatacatgccttgtttagaacataggttggaatttgcatccaatttatcacctggcctcaaactatcatttgttgctttaacacaaatgctagtag 19354896  T
Q  183 cagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaa 282  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  19354895 ------tgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatgattgatgaatattgtttaaaaaagaagagaaa 19354802  T
Q  283 tactcaccaacttgttttcttgcaatctgcactgcccaacttt 325  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19354801 tactcaccaacttg-tttcttgcaatctgcactgcccaacttt 19354760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 83 - 261
Target Start/End: Original strand, 19173419 - 19173597
Alignment:
Q  83 agacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtag 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19173419 agacaaaacttgccttgtttagaacataacttggatttcgaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgctttaacacaaatattagtag 19173518  T
Q  183 cagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaata 261  Q
    |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  19173519 cagttgtattccaccacaaccataagtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcatgattgatgaata 19173597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 76 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19404265 - 19404023
Alignment:
Q  76 gaattgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaata 175  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||   || |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||     
T  19404265 gaattgaacacaatacttaccttgtttagaacataggttggaatttgcatccaatttatcacctggcttcaaactatcatttattgctttaacacaaatg 19404166  T
Q  176 ttagtagcagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaaga 275  Q
     |||| |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  19404165 ctagtcg------tgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaaacttatcatcattgatgaatattgtttcaaaaaga 19404072  T
Q  276 agagaaatactcaccaacttgttttcttgcaatctgcactgcccaacttt 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  19404071 agagaaatactcaccaacttg-tttcttgcaatctgcactccccaacttt 19404023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19336975 - 19336777
Alignment:
Q  83 agacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtag 182  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||    
T  19336975 agacaaaactttccttgttcagaacatagcttggatttggaatttaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgctttaacacaaatat---tag 19336879  T
Q  183 cagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaa 282  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||| ||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19336878 cagtagtgttccaccacaaccataagtatatccaaacaatttgtttatttcttttaaagcttatcatgattgatgaatattgtttcaaaaagaagagaaa 19336779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19344679 - 19344481
Alignment:
Q  83 agacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtag 182  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||    
T  19344679 agacaatacttgccttgtttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatttgttgcattaacacaaatgttagtag 19344580  T
Q  183 cagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaa 282  Q
     ||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  19344579 aagta---atccaccacaaccataagtatatcaatacaacttgtttctttatcttaaagcttatcatgatcgatgaatattgtttcaaaaagaagagaaa 19344483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 82 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19390123 - 19389924
Alignment:
Q  82 aagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagta 181  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||    
T  19390123 aagacaatacttgtcttgtttagaacgtagcttggaattggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatttgttgcattaacacaaatgttagta 19390024  T
Q  182 gcagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaa 281  Q
    | ||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  19390023 gaagta---atccaccacaaccataagtatatcaatacaacttgtttctttatttcatagcttatcatgattgatgataattgtttcaaaaagaagagaa 19389927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 85 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19489664 - 19489469
Alignment:
Q  85 acaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtagca 184  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | |||| |    
T  19489664 acaatacttgccttgtttggaacatagcttggatttgtaagtcactgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcattaacacaaatactcgtagta 19489565  T
Q  185 gtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaata 284  Q
    |||    | ||||||||||| | | ||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  19489564 gta----ttcaccacaaccaaaagcatatcaaaacagtctgtttctttattttaaagcttatcatgattgctgagtattgtttcaaaatgaagagaaata 19489469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 83 - 247
Target Start/End: Original strand, 19504652 - 19504813
Alignment:
Q  83 agacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatattagtag 182  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| | | |||||||| ||||      
T  19504652 agacaatacttgtcttgtttagaacatagcgtggaattggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatctttcgttgcattaccacaaatactagt-- 19504749  T
Q  183 cagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatc 247  Q
     ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  19504750 -agtagtactccaccacaaccataagtatatcaatacaacttgtttctttatttcgaaacttatc 19504813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 127
Target Start/End: Original strand, 19469092 - 19469218
Alignment:
Q  4 ccacactactttgccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaatta---gaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19469092 ccacactactgtgccataatcaacattaacacttataaacaagcatgggaaatcagaaccaatggaattattgctaaattgaagacaaaacttgccttgt 19469191  T
Q  101 ttagaacatagcttggatttgtaattc 127  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  19469192 ttagaacatagcttggatttggaattc 19469218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 192 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19373581 - 19373489
Alignment:
Q  192 tccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatcgtcattgttgaatattgtttcaaaaagaagagaaata 284  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19373581 tccaccacaaccataagtatatcaatacaacttgtttctttatcttaaagcttatcatgatcgatgaatattgtttcaaaaagaagagaaata 19373489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 128
Target Start/End: Original strand, 19468275 - 19468387
Alignment:
Q  16 gccataatcagcattaacacttataaacaagcattggaaatcagaattagaattattgccgaattgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttg 115  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19468275 gccagaatcagcattaacacctataaacaagctatgaaattcagaattagaagtaatgtcgaatcgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcgtg 19468374  T
Q  116 gatttgtaattca 128  Q
    || ||| ||||||    
T  19468375 gaattggaattca 19468387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 95 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 15936761 - 15936702
Alignment:
Q  95 ccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatca 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||   |||| ||||||||||||||||||    
T  15936761 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatca 15936702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 95 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 19188606 - 19188547
Alignment:
Q  95 ccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatca 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | |||| ||| ||||||||||||||    
T  19188606 ccttgtttagaacatagcttggatatggcattcagtttatctccttgcttcaaactatca 19188547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 300 - 329
Target Start/End: Original strand, 19458626 - 19458655
Alignment:
Q  300 tcttgcaatctgcactgcccaactttatca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19458626 tcttgcaatctgcactgcccaactttatca 19458655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 300 - 329
Target Start/End: Original strand, 19556304 - 19556333
Alignment:
Q  300 tcttgcaatctgcactgcccaactttatca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19556304 tcttgcaatctgcactgcccaactttatca 19556333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 77 - 283
Target Start/End: Original strand, 36315231 - 36315437
Alignment:
Q  77 aattgaagacaaaacttgccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcacttgttgcttcaacacaaatat 176  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||| ||| |     
T  36315231 aattcaagacaatacttgccttgtttagaacatagcgtggaattggaattaaatgtatcacctggcttcaaactatcgtttgttgcattaacataaagac 36315330  T
Q  177 tagtagcagtagtgttccaccacaaccataggtatatcaatacaacttgtttctttatttcaaagcttatc---gtcattgttgaatattgtttcaaaaa 273  Q
    ||||   ||||||  ||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||  ||||||||||    ||| ||   ||||||||||||||||    
T  36315331 tagt---agtagtactccaccacaaccataagtatatcaaaataatttgtttctttattctaaagcttatcatgatcaatgaataatattgtttcaaaaa 36315427  T
Q  274 gaagagaaat 283  Q
    ||||||||||    
T  36315428 gaagagaaat 36315437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University