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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1914_low_1 (Length: 1225)
Name: NF1914_low_1
Description: NF1914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1914_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 581 - 1209
Target Start/End: Complemental strand, 50387182 - 50386550
Alignment:
| Q |
581 |
tcataaatatgctttcatttcagataaaggaaaaaagatacaatgatttcttcaagnnnnnnnnnnnnnn--tacaagaatgatcaatcatgtcaaccac |
678 |
Q |
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| T |
50387182 |
tcataaatatgctttcatttcagataaaggaaaaaagatacaatgatttcttcaagaaaaagaaaaaaaaaatacaagaatgatcaatcatgtcaaccac |
50387083 |
T |
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| Q |
679 |
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778 |
Q |
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| T |
50387082 |
aacgataattttcatcactttattattaaaacctagctaaaaatccctaggatcaacaaacacattcccgagttgtctcttcatcacctccaccaattca |
50386983 |
T |
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| Q |
779 |
tcattttcatcatcactgttatttccaagtctttttgtgtaccacatatcatcaatacacgacatagaatcaattttaggaacatagtttacaagtggat |
878 |
Q |
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| T |
50386982 |
tcattttcatcatcactgtgatttccaagtctttttgtgtaccacatatcatcaatacacgacatagaatcaattttaggaacatggtttacaagtggat |
50386883 |
T |
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| Q |
879 |
caccaaaccctaactcagttataacaaccctacactcctttaatttttctcctaatcttgatgtaaacctccatattgattccattagcccaccaagatt |
978 |
Q |
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| T |
50386882 |
caccaaaccctaactcagttataacaaccctacactcctttaatttttctcctaatcttgatgtaaacctccatattgattccattagcccaccaagatt |
50386783 |
T |
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| Q |
979 |
ctctccctctccatgaagtccataaagaaaaagaaaccc-aaatgtactgttgttacacattgagtcaaacattctcaaacaa-ggacatattttgtcct |
1076 |
Q |
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| T |
50386782 |
ctctccctctccatgaagtccataaagaaaaagaaacccaaaatgtactgttgttacacattgagtcaaacattctcaaacaagggacatattttgtcct |
50386683 |
T |
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| Q |
1077 |
ttgcatgatttaatgtcgcatgaagaaacctaagtggttgaaataattttgttttaacttgaaggttattgtcacaagcttcacaagtattccataaact |
1176 |
Q |
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| T |
50386682 |
ttgcatgatttaatgtcgcatgaagaaacctaagtggttgaaataattttgttttaacttgaaggttattgtcacaagcttcacaagtattccataaact |
50386583 |
T |
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| Q |
1177 |
gaaaatgatccatgatgagcttgttgtactttt |
1209 |
Q |
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| T |
50386582 |
gaaaatgatccatgatgagcttgttgtactttt |
50386550 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 50387788 - 50387304
Alignment:
| Q |
16 |
catgcatcttatgggataacaaaaaggggaatgagcatatgcatcatctcattaagattcgtataatttagcatatatagctcgacgtatactagctagc |
115 |
Q |
| |
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| T |
50387788 |
catgcatcttatgggataacaaaaaggggaatgagcatatgcatcatctcattaagattcgtataatttagcatatatagctcgaagtatactagctagc |
50387689 |
T |
|
| Q |
116 |
gagtgctttttgtcgacttataatatatgnnnnnnnnnnaaagagacttataatatatgtatataacgttactgtattaaacccaaatgtttagtttaga |
215 |
Q |
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| T |
50387688 |
gagtgctttttgtcgacttataatatatgttttttttttaaagagacttataatatatgtatataacgttactgtattaaacctaaatgtttagtttaga |
50387589 |
T |
|
| Q |
216 |
aaaagttaattgtatacggaagtaggttataaatttctcctggcatgcatgatgccagtatgccacaatgtgtacgataccattgtggaattattgccgt |
315 |
Q |
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|
| T |
50387588 |
aaaagttaattgtatacggaagtaggttataaatttctcctggcatgcatgatgccagtatgccacaatgtgtacgataccattgtggaattattgccgt |
50387489 |
T |
|
| Q |
316 |
ccctgcattttagagatacctgagccgaatcaccagctttatctttataggtatacacaataggtgaatctcagcaaatccaactgatatattttctttt |
415 |
Q |
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| T |
50387488 |
ccctgcattttagagatacctgagccgaatcaccagctttatctttataggtatacacaataggtgaatctcagcaaatccaactgatatattttctttt |
50387389 |
T |
|
| Q |
416 |
cctttctaatacattatctttgtgttgtcttgatgtatatgacttcacattgtcgatcatttaattaagtttgtccagatattat |
500 |
Q |
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| T |
50387388 |
cctttctaatacattatctttgtgttgtcttgatgtatatgacttcacattgtcgatcatttaattaagtttgtccagatattat |
50387304 |
T |
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