View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19152_low_9 (Length: 380)

Name: NF19152_low_9
Description: NF19152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19152_low_9
NF19152_low_9
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-377)||(2320347-2320706)
chr2 (18-377)||(2302646-2303005)
chr2 (18-377)||(2293027-2293392)
chr2 (18-377)||(2329916-2330275)
chr2 (18-375)||(2309360-2309723)
chr2 (18-380)||(2350213-2350581)
chr2 (18-376)||(2326202-2326560)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-260)||(41126345-41126587)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2320706 - 2320347
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2320706 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaatagaatcctcagattccgatgcagttttg 2320607  T
Q  118 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320606 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 2320507  T
Q  218 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaagatggc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2320506 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctacggggcgatccgagaagatggc 2320407  T
Q  318 tgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 377  Q
    |||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  2320406 tgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttgatgaaaatggaaggtcg 2320347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2303005 - 2302646
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2303005 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaaccgtgacagaatctgcagattccgatgcggttttg 2302906  T
Q  118 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2302905 agacggttgatgagagtgtgtaacacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggaaggatgaagtatctcggaagcaaggttacgacggaggg 2302806  T
Q  218 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaagatggc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||| ||| ||||| |    
T  2302805 tacgccatgttgggccataaaaaccggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagtaggaaaagctttagggcgatcagagtagatgtc 2302706  T
Q  318 tgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 377  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  2302705 tgagttttgaacgagaacatggtgggccagagcatggtcatcgatgaaaatggaaggtcg 2302646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2293392 - 2293027
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctg------cagattccgatgca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| |||||| |      | ||||| ||||||    
T  2293392 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttagttccgattctgatgca 2293293  T
Q  112 gttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgac 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293292 gttttgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgac 2293193  T
Q  212 ggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaa 311  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  2293192 gaagggtacgccatgttgggccataataagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagtaggaagagctgtagggcgatcagagaa 2293093  T
Q  312 gatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 377  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  2293092 gatggatgagttttgaacgagaacatggtgggccagagtatggtcgttaatgaaaatggaaggtcg 2293027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2330275 - 2329916
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2330275 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaacagaatcctcagattccgatgcagttttg 2330176  T
Q  118 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 217  Q
    ||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  2330175 agacggttgatgagagtctgcagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttagatggatgaagcatctcggaggcgaggttacgacggagag 2330076  T
Q  218 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaagatggc 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  | | ||  ||| ||||| ||| | || ||||| ||||||| ||     
T  2330075 tacgccatgttggtccataaaaagcggagctgatattgtgctggttgctggacatgagtttgttagtgggaagtgctttaggacgatcagagaagacgga 2329976  T
Q  318 tgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 377  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  2329975 ggagttttgaacgagagcgtggtgggccagagcacggtcggcgatgaaaatggaaggtcg 2329916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 2309723 - 2309360
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctg------cagattccgatgca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| |||||| |      | ||||| ||||||    
T  2309723 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttggttccgattctgatgca 2309624  T
Q  112 gttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2309623 gttttgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcgaaagcaaggttacgac 2309524  T
Q  212 ggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||     
T  2309523 ggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagtaggaagagctgtagggcgatcagagat 2309424  T
Q  312 gatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggt 375  Q
     ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  2309423 tatggctgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttgatgaaaatggaaggt 2309360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2350581 - 2350213
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattcc------gatgca 111  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    ||||| |  | |||  ||| | |||| || | ||||      ||||||    
T  2350581 aactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctgtttccaattcggatgca 2350482  T
Q  112 gttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  2350481 gttttgagacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgac 2350382  T
Q  212 ggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaa 311  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  2350381 ggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaa 2350282  T
Q  312 gatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggta 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350281 gatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggta 2350213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 2326560 - 2326202
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||| |||||| |||||| |||||| |||||| |||||    
T  2326560 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcaattttg 2326461  T
Q  118 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  2326460 agacggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttggatggatgaagcatctcagaggcgaggttacgacggaggg 2326361  T
Q  218 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctctggggcgatccgagaagatggc 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |  | | ||  | | ||||| ||| | || ||||| |||||||  |     
T  2326360 tacaccatgttgggccataaaaagcggcgctgatgttgtgctggttgctagatatgagtttgtgactgggaagtgctttaggacgatcggagaagagaga 2326261  T
Q  318 tgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtc 376  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  2326260 tgaattttgaacgagggcgtggtgggccagagcacggtcggagatgtaaatggaaggtc 2326202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 41126587 - 41126345
Alignment:
Q  18 aactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| |||   ||||||  | |  ||||| |  ||||| || |    |||     
T  41126587 aactcgttcaccaaaacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcatattgaaggtggtcaacaactttgatcgaatcagtggattctgaagataattta 41126488  T
Q  118 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 217  Q
    ||||||| || ||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||     ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||    
T  41126487 agacggtcgaggagggtttgcaagacccacttgcgaatttcggagaaggacttggcacgagatgggtgaagcatctcagcggcaaggttacgacgtaggg 41126388  T
Q  218 tacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttg 260  Q
    |||||||||| |  |||||| |||| | | ||||| |||||||    
T  41126387 tacgccatgtagctccataagaagcagtgttgatggtgtgttg 41126345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University