View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19160_low_1 (Length: 1506)
Name: NF19160_low_1
Description: NF19160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19160_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 781
Target Start/End: Original strand, 52105926 - 52106689
Alignment:
| Q |
18 |
caaagacagatatttacagttacaaaatgtaagggtgagattcataccaactgagaagaaagatatcagagatttgggtccaatggaagaggtgattatg |
117 |
Q |
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| T |
52105926 |
caaagacagatatttacagttacaaaatgtaagggtgagattcataccaactgagaagaaagatatcagagatttgggtccaatggaagaggtgattatg |
52106025 |
T |
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| Q |
118 |
atttagattctgtcttaatgttatggagtctaatttatagttatacacttagccagtttgtgtcttaatcaggttataactgatttggtgaaacatagat |
217 |
Q |
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| T |
52106026 |
atttagattctgtcttaatgttatggagtctaatttatagttatacacttagccagtttgcgtcttaatcaggttataactgatttggtgaaacatagat |
52106125 |
T |
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| Q |
218 |
atactgcaccaaaccaaagaccaacaatatatgacatgcaagaggtttctcatttcatttcttctccaatttgnnnnnnncaaaagaatattgtgggttt |
317 |
Q |
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| T |
52106126 |
atactgcaccaaaccaaagaccaacaatatatgacatgcaagaggtttctcatttcatttcttctccaatttgtttttttcaaaagaatattgtaggttt |
52106225 |
T |
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| Q |
318 |
tgatggccaatgcatattgacaaacaatcatttctgaattctgaatgcagcggacgatagatggaaaacattattatacagtggaatatgtacttgcatc |
417 |
Q |
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| T |
52106226 |
tgatggccaatgcatattgacaaacaatcatttctgaattctgaatgcagcggacgatagatggaaaacattattatacaatggaatatgtacttacatc |
52106325 |
T |
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| Q |
418 |
acgaaattacgctagtgcctcctttacaacacttgccataggaaatggtaagtagtctaccatctcaaatctcagtgtgatatccaataaatgttctctc |
517 |
Q |
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| T |
52106326 |
acgaaattacgctagtgcctcctttacaacacttgccataggaaatggtaagtagtctaccatctcaaatctcagtgtgatatccaataaatgttctctc |
52106425 |
T |
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| Q |
518 |
aaagaaaagctaactcaatatatacttctctgtcctgttagataatacaacaagaatcttcatgtagaaaaatgattataagtgacacaggtataaaatt |
617 |
Q |
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| T |
52106426 |
aaagaaaagctaactcaatatatacttctctgtcctgttagataatacaacaagaatcttcatatagaaaaatgattataagtgacacaggtagaaaatt |
52106525 |
T |
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| Q |
618 |
aacaaagaatgtgcaacccagatagagagacaacattgagaagactaattattcaaatgaagccaatttcttcgaaattacacgacttcagtgtcataaa |
717 |
Q |
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| T |
52106526 |
aacaaagaatgtgcaacccagatagagagacaacattgagaagactaattattcaaatgaagccaatttcttcgaaattacacgacttcagtgtcataaa |
52106625 |
T |
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| Q |
718 |
aacagattatactgttaatatacagaagttcaactgcatgagttttcaatgcaatcaaaggctc |
781 |
Q |
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| T |
52106626 |
aacagattatactgttaatatacagaagttcaactgcatgagttttcaatgcaatcaaaggctc |
52106689 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 860 - 1496
Target Start/End: Original strand, 52106687 - 52107325
Alignment:
| Q |
860 |
ctccttatgtaaactaataagtaataatattcattctgtacaggaagatactacacattaattgtgggagccaatgaaagacgatggaaaaaagtacgag |
959 |
Q |
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| T |
52106687 |
ctccttatgtaaactaataagtaataacattcattctgtacaggaagatactacacattaattgtgggagccaatgaaagacgatggaaaaaagtacgag |
52106786 |
T |
|
| Q |
960 |
atcagcttaaagtggtagcagactcctttaggctccttgacatctgaaatgttacatgacaatgcaagacatgttccaatttttccttacacgtcaagat |
1059 |
Q |
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| T |
52106787 |
atcagcttaaagtggtagcagactcctttaggctccttgacatctgaaatgttacatgacaatgcaagacatgttccaatttttccttacacgtcaagat |
52106886 |
T |
|
| Q |
1060 |
tgaaatatatgtaaatttttgcaagtgaatgatatcatcttcatctatatcatacaaatacaaaagctcagtttctgtattgcatacagaggccatccac |
1159 |
Q |
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| T |
52106887 |
tgaaatatatgtaaatttttgcaagtgaatgatatcatcttcatctatatcatacaaatacaaaagctcagtttctgtattgcatacagaggccatccac |
52106986 |
T |
|
| Q |
1160 |
tttgacacatacattgcatgtgaatatgataaactttataaatcactgagcattacagaaggatgtgggttgccatcaaaaagttt--agtttatnnnnn |
1257 |
Q |
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| T |
52106987 |
tttgacacatacattgcatgtgaatatgataaactttataaatcactgagaattacagaaggatgtaggttgccatcaaaaagtttttagtttataaaaa |
52107086 |
T |
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| Q |
1258 |
nncgctataaaatcatgagaaattttttgtgccaaacagatctattttaaagaaatgaacttataccctatttacgatatctgatatatgctcatgaata |
1357 |
Q |
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| T |
52107087 |
aacgctataaaatcatgagaaattttttgtgccaaacagatctattttaaagaaatgaacttataccctatttaagatatctgatatatgctcatgaata |
52107186 |
T |
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| Q |
1358 |
ggccttgccaaacagattatataacaaggcactaaactgtctcactcaccgctaccttcaaagtcacataaccatcaccacttaagaggtgaagaaaatt |
1457 |
Q |
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| T |
52107187 |
ggccttgccaaacagattatataacaaggcactaaactgtctcactcactgctaccttcaaagtcacataaccatcaccacttaagaggtgaagaaaatt |
52107286 |
T |
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| Q |
1458 |
gtaaagaatataannnnnnnncctttctttcttgatgat |
1496 |
Q |
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| T |
52107287 |
gtaatgaatataattttttttcctttctttcttgatgat |
52107325 |
T |
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