View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19163_low_43 (Length: 249)

Name: NF19163_low_43
Description: NF19163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19163_low_43
NF19163_low_43
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-191)||(29999610-29999800)
chr5 (1-167)||(29990906-29991072)
chr5 (1-167)||(29963301-29963467)
chr5 (1-167)||(30011331-30011497)
chr5 (4-168)||(30006051-30006215)
chr5 (4-167)||(30044940-30045103)
chr5 (4-167)||(29952199-29952362)
chr5 (6-146)||(30070791-30070931)
chr5 (5-167)||(29944079-29944241)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 29999610 - 29999800
Alignment:
Q  1 agattgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggatt 100  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29999610 agattgtcgagaatcttattgaggatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggatt 29999709  T
Q  101 aactttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggtacatttgtactctttattactacta 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29999710 aactttgatgggagcttttaatctggctgattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggtacatttgtactatttattactacta 29999800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 29990906 - 29991072
Alignment:
Q  1 agattgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||| |||||    
T  29990906 agattgtagagaatgttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggatt 29991005  T
Q  101 aactttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
      ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29991006 ggctttgattggagcttttaatctggctgattatgttccttggctaggaatttttgaccttcaggta 29991072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 29963301 - 29963467
Alignment:
Q  1 agattgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || || |||| ||| |    
T  29963301 agattgtagagaatcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgatttaaagaagttggttcaagaaggaat 29963400  T
Q  101 aactttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
      || || | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||   |||||| |||||||||    
T  29963401 ggctatgcttggagcttttaatctggctgattatgtttcttggttaggtccttttgatcttcaggta 29963467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 30011497 - 30011331
Alignment:
Q  1 agattgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || || |||| ||| |    
T  30011497 agattgtagagaatcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgatttaaagaagttggttcaagaaggaat 30011398  T
Q  101 aactttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
      || || | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||   |||||| |||||||||    
T  30011397 ggctatgcttggagcttttaatctggctgattatgtttcttggttaggtccttttgatcttcaggta 30011331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 168
Target Start/End: Original strand, 30006051 - 30006215
Alignment:
Q  4 ttgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaac 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| |  ||  ||| | | |  |    
T  30006051 ttgtagagaatcttattgaggatattgtgtataagatgatgtttggtcggagtaagtatgagcaatttgacatgaataagttagttctagaagcaatggc 30006150  T
Q  104 tttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggtac 168  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30006151 tttgatgggagcttttaatctggctgattatgtaccttggctaggcgtttttgaccttcaggtac 30006215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 30045103 - 30044940
Alignment:
Q  4 ttgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaac 103  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||| ||||| |||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||   || || |||| |||||  |    
T  30045103 ttgtagagaatctaatagaagatattgtgtataagttgatgtttggtcggagtaagtatgagcaatttgacttgaagagtttggttcaagaaggattggc 30045004  T
Q  104 tttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30045003 tttgattggagcttttaatctggctgattatgttccttggctaggaatttttgatcttcaggta 30044940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 167
Target Start/End: Original strand, 29952199 - 29952362
Alignment:
Q  4 ttgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaac 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||| |||| | || || |||| | |||  |    
T  29952199 ttgtagagaatcttattgaggatattgtgtataagatgatattgggtcggagcaagtatgatcaatttgacttaaagagggtggttcaagacgtattggc 29952298  T
Q  104 tttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
    |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||    
T  29952299 tttggttggagcttttaatctggctgattatgttccttggctaggtgtatttgatcttcaggta 29952362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 6 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 30070931 - 30070791
Alignment:
Q  6 gtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaactt 105  Q
    ||||||||||| || || ||||||||| ||||| |||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||| ||  || || || | | |||   ||    
T  30070931 gtagagaatctaatagaagatattgtgtataagttgatgtttggacggagtaagtatgagcaatttgacttgaaaaatttggttcaacaagaattggttt 30070832  T
Q  106 tgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggcta 146  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30070831 tgattggagcttttaatctggctgattatgttccttggcta 30070791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 167
Target Start/End: Original strand, 29944079 - 29944241
Alignment:
Q  5 tgtagagaatcttattgatgatattgtgcataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaact 104  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| |||||||| | |||||| || |||||||||| ||  ||||| | |||| | || || |||| | | |  ||    
T  29944079 tgtagagaatgttatagaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatgatcatattgacctaaagaggttggttcaagacgtaatggct 29944178  T
Q  105 ttgatgggagcttttaatctggcggattatgttccttggctaggcatttttgaccttcaggta 167  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  29944179 ttgattggagcttttaatatggctgattatgttccttggttaggcacatttgatcttcaggta 29944241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University