View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19175_low_1 (Length: 1229)

Name: NF19175_low_1
Description: NF19175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19175_low_1
NF19175_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-1219)||(43365300-43366500)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1139; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1139; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 1219
Target Start/End: Complemental strand, 43366500 - 43365300
Alignment:
Q  23 ctagtccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaattgttgcagaggctaatagcaaaactcatccggaccgat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366500 ctagtccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaattgttgcagaggctaatagcaaaactcatccggaccgat 43366401  T
Q  123 acttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctttattaatgaactgtggcatttgtttgtttttgcaatc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366400 acttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctttattaatgaactgtggcatttgtttgtttttgcaatc 43366301  T
Q  223 cttttgatcaaataaata----taaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaatatgtatatctttctttatgtaaccaaattgttttatt 318  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  43366300 cttttgatcaaataaataaatataaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaatatgtatatctttctttatgtaaccaattttttttatt 43366201  T
Q  319 taagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtactaatataactatgctgcaatctaaaacatgtaatatgtaatatgct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366200 taagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtactaatataactatgctgcaatctaaaacatgtaatatgtaatatgct 43366101  T
Q  419 ataactttatttcatagagtgggaccgtggtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttctacccaataattataggtctgcacaaattggtgattgat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43366100 ataactttatttcatagagtgggaccctggtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttctacccaataattataggtctgcacaaattggtgatcgat 43366001  T
Q  519 atacagattttgtatgtgccgttcggctnnnnnnnctcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaata 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366000 atacagattttgtatgtgccgttcggctaaaaaaactcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaata 43365901  T
Q  619 atgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctac 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365900 atgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctac 43365801  T
Q  719 tcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatc 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365800 tcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatc 43365701  T
Q  819 acatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaat 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365700 acatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaat 43365601  T
Q  919 tatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagt 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365600 tatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagt 43365501  T
Q  1019 gcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttcattaaaggtccctaattgg 1118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43365500 gcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttaattaaaggtccctaattgg 43365401  T
Q  1119 aagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgatgat 1218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43365400 aagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgat 43365301  T
Q  1219 g 1219  Q
    |    
T  43365300 g 43365300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University