View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19175_low_66 (Length: 366)

Name: NF19175_low_66
Description: NF19175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19175_low_66
NF19175_low_66
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-365)||(33992990-33993335)
chr8 (20-365)||(33976071-33976416)
chr8 (20-365)||(33960776-33961121)
chr8 (20-365)||(33953470-33953815)
chr8 (63-345)||(33914335-33914617)
chr8 (52-357)||(33943041-33943346)
chr8 (244-297)||(33983300-33983353)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-359)||(8275618-8275957)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (20-366)||(13034-13380)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (65-144)||(6736648-6736727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 33992990 - 33993335
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33992990 gcaaagatttggtggtattgcaaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 33993089  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33993090 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcttcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacat 33993189  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33993190 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattg 33993289  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataac 365  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  33993290 aattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataac 33993335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 33976071 - 33976416
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976071 gcaaagatttggtggtattgcaaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 33976170  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33976171 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacat 33976270  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  33976271 cttgacatttcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaacttgtgcaagtattg 33976370  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataac 365  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  33976371 aattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataac 33976416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 33960776 - 33961121
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33960776 gcaaagatttggtggtatttccaactggtatctgtgatatcatctcactaaagaagctcaatgttactaattgccacaagcttttttcacttccccaaga 33960875  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  33960876 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaagacat 33960975  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960976 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatctttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 33961075  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataac 365  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| |||||    
T  33961076 aattgccattctcagttttcaatcttcagaatttgaagacgataac 33961121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 33953470 - 33953815
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||  ||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953470 gcaaagatttggtggtattaccaattggtatctgtgatatcttcttactaaagaagctcagggttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 33953569  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33953570 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacat 33953669  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33953670 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattg 33953769  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataac 365  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  33953770 aattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataac 33953815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 63 - 345
Target Start/End: Original strand, 33914335 - 33914617
Alignment:
Q  63 ctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttca 162  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  | ||||| |  |||    
T  33914335 ctcattaaaaaagctcagtattactaattgccataagctttcttcgctgccccaagatattggaaagttgatgaatttggaactcttgagcctgatctca 33914434  T
Q  163 tgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgagg 262  Q
    || ||||| |||| ||   | ||   ||| |||||||  || |||||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33914435 tgcactgatttggtagagttgccagattctattggaaggcttttaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacctgagg 33914534  T
Q  263 aatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatctt 345  Q
    | || || ||| |||| |||||||| ||||| |||||| | |||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33914535 acttcggcaatctgtgtaatctaagaaatctatacatgtctagttgtacaagttgtgaattgccattttcagttgtcaatctt 33914617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 52 - 357
Target Start/End: Original strand, 33943041 - 33943346
Alignment:
Q  52 tgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaa 151  Q
    |||||||||||||| || || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |    
T  33943041 tgtgatattatctcgttgaaaaagctcagtattactaattgccataagctttctttgctgccccaagaaattggaaagttggagaatttggaactcttga 33943140  T
Q  152 gcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaag 251  Q
    |||| | ||| || ||||| |||| ||   ||||   ||| |||||||  || | |||||||| ||  |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  33943141 gcctgatttcctgcactgatttggtagagctaccagattctattggaaggctttcaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaag 33943240  T
Q  252 tttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaac 351  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| | |||||  ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  33943241 tttacccgaggactttggcaatctgtgtaatctacgaaatctcgacatgactagttgtgcaagttgtgaattgccattctccgttgtcaatcttcagaat 33943340  T
Q  352 ttaaag 357  Q
    ||||||    
T  33943341 ttaaag 33943346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 244 - 297
Target Start/End: Original strand, 33983300 - 33983353
Alignment:
Q  244 ctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtac 297  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33983300 ctttcaaatttatctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtac 33983353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 20 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 8275957 - 8275618
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| |||||||||| |||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8275957 gcaaagatttggtggtattgccaattagtatatgtgatatcatctcactaaagatgctcggtgttactatttgccacaagctttcttcaattccccaaga 8275858  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    ||||||||| ||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  8275857 tattggaaagtttacaaatttggaacttctaagcctcggttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagttgttaaatctaagacat 8275758  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  8275757 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacccgaggaatttggtaatttgtgcaacctaaggaatctatacatggcaagttgtgcaagtattg 8275658  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagac 359  Q
    |  | |||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  8275657 agcttccattttcagatgtcaatcttcagaatttgaagac 8275618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 366
Target Start/End: Original strand, 13034 - 13380
Alignment:
Q  20 gcaacgatttggtgggattgccaactggtatctgtgatattatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaaga 119  Q
    |||| ||| ||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  13034 gcaaagatatggtgagatttcctactggtatatgtgatatcatctcattagagaagcttagtgttactaattgccacaaactttctgaacttccccaaga 13133  T
Q  120 tattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacat 219  Q
    ||| ||| ||||| |  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| || || ||| ||| ||||    
T  13134 tatcggagaattgaaatatttagaacttctaaggctcagctcctgtactgatttgaaagcgataccgagttccattggaaagcttttcaatttaagacat 13233  T
Q  220 cttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattg 319  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13234 cttgacatctcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatctttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaagtattg 13333  T
Q  320 aattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataact 366  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13334 aattgccattctcagttgtcaatcttcagaacttgaagacgataact 13380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 65 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 6736727 - 6736648
Alignment:
Q  65 cattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaa 144  Q
    |||| |||||||||| | | || ||||| ||||||||||||| | | || | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6736727 cattgaagaagctcagtatcacaaattgtcacaagctttctttaatgcctcgagatattggaaagttggagaatttggaa 6736648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University