View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19176_low_33 (Length: 254)

Name: NF19176_low_33
Description: NF19176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19176_low_33
NF19176_low_33
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (11-237)||(16843643-16843869)
chr4 (71-237)||(24218378-24218544)
chr4 (11-194)||(16846354-16846536)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (39-221)||(14552687-14552869)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (43-220)||(37593523-37593700)
chr5 (43-220)||(37695914-37696091)
chr5 (43-220)||(37532419-37532596)
chr5 (39-221)||(37823219-37823401)
chr5 (39-221)||(37401661-37401843)
chr5 (39-221)||(37639061-37639243)
chr5 (39-221)||(37393540-37393722)
chr5 (72-221)||(37702031-37702180)
chr5 (66-221)||(37710846-37711001)
chr5 (11-235)||(37382975-37383199)
chr5 (11-237)||(37434997-37435223)
chr5 (11-235)||(37428339-37428562)
chr5 (141-221)||(37413828-37413908)
chr5 (80-168)||(26437679-26437767)
chr5 (80-168)||(26451048-26451136)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 11 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16843869 - 16843643
Alignment:
Q  11 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843869 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 16843770  T
Q  111 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843769 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattat 16843670  T
Q  211 tagatcgtaaaacgagtacctgtaact 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  16843669 tagatcgtaaaacgagtacctgtaact 16843643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 24218544 - 24218378
Alignment:
Q  71 cacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgga 170  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| || |||||  ||||| ||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||      
T  24218544 cacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgat 24218445  T
Q  171 tgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaact 237  Q
    || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  24218444 tgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 24218378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 11 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 16846536 - 16846354
Alignment:
Q  11 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||| || ||||||||| || | |||||||| ||||||||| | |   |||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  16846536 cacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgtt 16846437  T
Q  111 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgatt 194  Q
    ||||| |  ||||| || ||||| |   |||  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16846436 ggcaacggtccactgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaa-tttggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgatt 16846354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Original strand, 14552687 - 14552869
Alignment:
Q  39 cccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14552687 cccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 14552786  T
Q  139 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||    
T  14552787 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaa 14552869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 220
Target Start/End: Original strand, 37593523 - 37593700
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  37593523 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 37593622  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  37593623 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaa 37593700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 220
Target Start/End: Original strand, 37695914 - 37696091
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  37695914 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 37696013  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  37696014 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaa 37696091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 220
Target Start/End: Original strand, 37532419 - 37532596
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  37532419 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagggcccactaaaattgttgttagaaac 37532518  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  37532519 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaa 37532596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Original strand, 37823219 - 37823401
Alignment:
Q  39 cccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||   |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  37823219 cccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttag 37823318  T
Q  139 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37823319 agacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 37823401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37401843 - 37401661
Alignment:
Q  39 cccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 138  Q
    |||||||||||||||||| | |   | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  37401843 cccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttag 37401744  T
Q  139 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37401743 agacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 37401661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Original strand, 37639061 - 37639243
Alignment:
Q  39 cccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 138  Q
    |||||||||||||||||| | |   | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  37639061 cccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttag 37639160  T
Q  139 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37639161 agacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 37639243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37393722 - 37393540
Alignment:
Q  39 cccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttag 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||    
T  37393722 cccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttactag 37393623  T
Q  139 agacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| ||| |||||||||    
T  37393622 agacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaa 37393540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Original strand, 37702031 - 37702180
Alignment:
Q  72 acattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggat 171  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37702031 acattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttaggaaatgaat 37702130  T
Q  172 gcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||    
T  37702131 gcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaa 37702180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 66 - 221
Target Start/End: Original strand, 37710846 - 37711001
Alignment:
Q  66 tcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaa 165  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37710846 tcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaa 37710945  T
Q  166 atggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37710946 atgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 37711001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 37383199 - 37382975
Alignment:
Q  11 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||| || |||||||||  | | |||||||||||||||||| | |   | |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  37383199 cacagaatcattatagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgtt 37383100  T
Q  111 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattat 210  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||||||| ||||    
T  37383099 ggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttat 37383000  T
Q  211 tagatcgtaaaacgagtacctgtaa 235  Q
    | |||| ||||  ||| ||||||||    
T  37382999 ttgatcttaaactgagcacctgtaa 37382975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 237
Target Start/End: Original strand, 37434997 - 37435223
Alignment:
Q  11 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||| || |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  37434997 cacagaatcattatagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgtt 37435096  T
Q  111 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattat 210  Q
    |||||||  ||||||||||||||     |||  ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||   |||| ||| ||||    
T  37435097 ggcaaggatccactaaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttat 37435196  T
Q  211 tagatcgtaaaacgagtacctgtaact 237  Q
    | |||| ||||  ||||||||||||||    
T  37435197 ttgatcttaaactgagtacctgtaact 37435223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 235
Target Start/End: Original strand, 37428339 - 37428562
Alignment:
Q  11 cacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||| || ||||||||| || | |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||     
T  37428339 cacagaatcattatagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtc 37428438  T
Q  111 ggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattat 210  Q
    |||||||  ||||||||| | || ||| |||  || |||||||||||||| || |||||||| |||||  ||||||||||||||   ||||| || ||||    
T  37428439 ggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttat 37428537  T
Q  211 tagatcgtaaaacgagtacctgtaa 235  Q
    | |||| ||||| ||| ||||||||    
T  37428538 ttgatcttaaaatgagaacctgtaa 37428562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 141 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37413908 - 37413828
Alignment:
Q  141 acatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaa 221  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37413908 acataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 37413828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437767
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| | |||| | | ||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451136
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| | |||| | | ||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University