View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19176_low_8 (Length: 455)

Name: NF19176_low_8
Description: NF19176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19176_low_8
NF19176_low_8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-436)||(9213720-9214155)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-228)||(25159998-25160225)
chr4 (16-230)||(25180225-25180439)
chr4 (16-230)||(25168557-25168771)
chr4 (16-230)||(25252495-25252709)
chr4 (1-63)||(24986310-24986372)
chr4 (1-63)||(25000791-25000853)
chr4 (1-63)||(25046713-25046775)
chr4 (175-233)||(25046543-25046601)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (97-239)||(42156542-42156684)
chr2 (98-233)||(42167035-42167170)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 9213720 - 9214155
Alignment:
Q  1 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9213720 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcac 9213819  T
Q  101 caggtcgttgttctagttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9213820 caggtcgttgttctagttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccga 9213919  T
Q  201 agctgtaaatgtgtacaagacaaagtatcaggtatgttactttgttgagaatcttatagctcaaacaattgttatacttttgccatataaagtatcaacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9213920 agctgtaaatgtgtacaagacaaagtatcaggtatgttactttgttgagaatcttatagctcaaacaattgttatacttttgccatataaagtatcaacg 9214019  T
Q  301 agtagatgatttatcgataacggtttctttatatttctatttaaagatattaaacggtaacgaataactaaagtatttatatgttacatgtgcaggaaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9214020 agtagatgatttatcgataacggtttctttatatttctatttaaagatattaaacggtaacgaataactaaagtatttatatgttacatgtgcaggaaac 9214119  T
Q  401 tcaaaatggtgtaataggaataaccttggtagctaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9214120 tcaaaatggtgtaataggaataaccttggtagctaa 9214155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 25160225 - 25159998
Alignment:
Q  1 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcac 100  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25160225 ctttgtttcaaggaatttggtgatagagtcaagtattgggttactttgaacgagccatggagctatagccaaaatggctatgcaaatgggcgaatggcac 25160126  T
Q  101 caggtcgttgttctagttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccga 200  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||     
T  25160125 cgggtcgttgctccagttggttgaatccaaattgtactggcggtgattctgcgatcgagccctatttggtaacacattaccaacttcttgcacatgccgc 25160026  T
Q  201 agctgtaaatgtgtacaagacaaagtat 228  Q
    ||| ||  |||||||||||| |||||||    
T  25160025 agccgttgatgtgtacaagaaaaagtat 25159998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 25180439 - 25180225
Alignment:
Q  16 tttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcaccaggtcgttgttcta 115  Q
    ||||| ||||| || ||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||     
T  25180439 tttggagatagagtaaaacattggataactttgaatgagccatggagttacagtcaaaatggatatgcaaatggcgcaatggcaccaggtcgatgttctt 25180340  T
Q  116 gttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccgaagctgtaaatgtgta 215  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |  || || ||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  25180339 cttggtttaatccaaattgcaccggtggagattctggaaccgaaccttatttagttgcacattatcaacttctagctcatgcagcagctgttaatgtgta 25180240  T
Q  216 caagacaaagtatca 230  Q
    |||||| || |||||    
T  25180239 caagactaaatatca 25180225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 25168771 - 25168557
Alignment:
Q  16 tttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcaccaggtcgttgttcta 115  Q
    ||||| ||||| || ||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||   ||||||||| ||||| || |||     
T  25168771 tttggagatagagtaaaacattggataactttgaatgaaccatggacttacagtcaagatgggtatgcaaatggtgaaatggcacctggtcgatgctctt 25168672  T
Q  116 gttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccgaagctgtaaatgtgta 215  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| || ||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||    
T  25168671 cttggttgaatccaaattgcaccggcggtgattctggaactgaaccttatttagttgcacattatcaacttctagctcatgcagcagttgttaatttgta 25168572  T
Q  216 caagacaaagtatca 230  Q
    |||||| ||||||||    
T  25168571 caagaccaagtatca 25168557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Original strand, 25252495 - 25252709
Alignment:
Q  16 tttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagttacagtcaaaatggctatgcaaatggacgaatggcaccaggtcgttgttcta 115  Q
    ||||| ||||| || ||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||   |||||||||||| || || |||     
T  25252495 tttggagatagagtaaaacattggataactttgaatgaaccatggacttacagtcaagatgggtatgcaaatggtgaaatggcaccaggacgatgctctt 25252594  T
Q  116 gttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgccgaagctgtaaatgtgta 215  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  || || ||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||    
T  25252595 cttggttgaatccaaattgcaccggcggtgattctggaacagaaccttatttagttgcacattatcaacttctagctcatgcagcagttgttaatttgta 25252694  T
Q  216 caagacaaagtatca 230  Q
    |||||| ||||||||    
T  25252695 caagaccaagtatca 25252709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 24986372 - 24986310
Alignment:
Q  1 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagt 63  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24986372 ctttgctacaaggaatttggtgatagggtgaaacattggattactttgaatgaaccatggagt 24986310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 25000791 - 25000853
Alignment:
Q  1 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagt 63  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25000791 ctttgcttcaaggaatttggcgatagggtgaaacattggattactttgaatgaaccatggagt 25000853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 25046775 - 25046713
Alignment:
Q  1 ctttgctttaaggagtttggtgatagggtgaaatattgggttactttgaatgaaccatggagt 63  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  25046775 ctttgcttcaaggaatttggtgatagggtgaaacgttggactactttgaatgaaccaaggagt 25046713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 25046601 - 25046543
Alignment:
Q  175 cactaccaacttctagctcatgccgaagctgtaaatgtgtacaagacaaagtatcaggt 233  Q
    |||||||||||||| |||||| | | |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  25046601 cactaccaacttcttgctcattctgcagctgtaaaattgtacaagaccaagtatcaggt 25046543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 42156684 - 42156542
Alignment:
Q  97 gcaccaggtcgttgttctagttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatg 196  Q
    ||||| ||||| |||||||  ||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||  ||||| || |||||  | ||  |||||||||| |||||||    
T  42156684 gcacctggtcgatgttctaaatggtttagttcaaattgcaccggtggtgattcagggaaagagccttacatagtttcgcatcaccaacttctcgctcatg 42156585  T
Q  197 ccgaagctgtaaatgtgtacaagacaaagtatcaggtatgtta 239  Q
    ||| || |||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  42156584 ccgcagttgtccatgtgtacaagaagaagtatcaggtttgtta 42156542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 42167170 - 42167035
Alignment:
Q  98 caccaggtcgttgttctagttggttgaatccaaattgcaccggtggtgattctgcgattgagccctatatagtcacacactaccaacttctagctcatgc 197  Q
    |||| ||||| |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||| | ||  || || || || ||  | ||  |||||||||| ||||||||    
T  42167170 cacctggtcgatgttctaaatggttgagttcaaattgcaccgatggtgattcagggaaagaaccttacattgtttcgcatcaccaacttcttgctcatgc 42167071  T
Q  198 cgaagctgtaaatgtgtacaagacaaagtatcaggt 233  Q
    || ||||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  42167070 cgcagctgtcgatgtgtacaagaagaagtatcaggt 42167035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University