View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19178_low_3 (Length: 707)
Name: NF19178_low_3
Description: NF19178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19178_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 244 - 691
Target Start/End: Original strand, 697998 - 698445
Alignment:
| Q |
244 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
343 |
Q |
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| T |
697998 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
698097 |
T |
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| Q |
344 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
443 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
698098 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
698197 |
T |
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| Q |
444 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
543 |
Q |
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| T |
698198 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
698297 |
T |
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| Q |
544 |
acttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagccaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatgaa |
643 |
Q |
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| T |
698298 |
acttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagctaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatgaa |
698397 |
T |
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| Q |
644 |
aaggaaaagaggctgacataagagagaaaaattacgaagaagaagaag |
691 |
Q |
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| T |
698398 |
aaggaaaagaggctgacataagagagaaaaattacgaagaagaagaag |
698445 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 244 - 691
Target Start/End: Original strand, 766296 - 766743
Alignment:
| Q |
244 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
343 |
Q |
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| T |
766296 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
766395 |
T |
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| Q |
344 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
443 |
Q |
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| T |
766396 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
766495 |
T |
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| Q |
444 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
543 |
Q |
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| T |
766496 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
766595 |
T |
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| Q |
544 |
acttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagccaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatgaa |
643 |
Q |
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| T |
766596 |
acttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagctaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatgaa |
766695 |
T |
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| Q |
644 |
aaggaaaagaggctgacataagagagaaaaattacgaagaagaagaag |
691 |
Q |
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| T |
766696 |
aaggaaaagaggctgacataagagagaaaaattacgaagaagaagaag |
766743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Original strand, 697794 - 698000
Alignment:
| Q |
14 |
gacatcatctaaatcaaatccagctccttcttaacttcaaatccaaacactgaaacagagaatcaatattacaccaatcatgaaataattttttgtctgg |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
697794 |
gacatcatctaaatcaaattcagctccttcttaacttcaaatccaaacactgaaacagagaatcaatattacaccaatcatgaaataattttttgtctgg |
697893 |
T |
|
| Q |
114 |
ttagaaggaaatcaaactatagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactca |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
697894 |
ttagaaggaaatcaaactatagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactca |
697993 |
T |
|
| Q |
214 |
tgatcaa |
220 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
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| T |
697994 |
tgatcaa |
698000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Original strand, 766092 - 766298
Alignment:
| Q |
14 |
gacatcatctaaatcaaatccagctccttcttaacttcaaatccaaacactgaaacagagaatcaatattacaccaatcatgaaataattttttgtctgg |
113 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
766092 |
gacatcatctaaatcaaattcagctccttcttaacttcaaatccaaacactgaaacagagaatcaatattacaccaatcatgaaataattttttgtctgg |
766191 |
T |
|
| Q |
114 |
ttagaaggaaatcaaactatagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactca |
213 |
Q |
| |
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|
|
| T |
766192 |
ttagaaggaaatcaaactatagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactca |
766291 |
T |
|
| Q |
214 |
tgatcaa |
220 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
766292 |
tgatcaa |
766298 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 243 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 36963944 - 36963496
Alignment:
| Q |
243 |
acaaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaa |
342 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963944 |
acaaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaa |
36963845 |
T |
|
| Q |
343 |
catttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgt |
442 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963844 |
catttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgt |
36963745 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgat |
542 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963744 |
tgataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgat |
36963645 |
T |
|
| Q |
543 |
tacttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagccaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatga |
642 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963644 |
tacttgatattggtaggtgttcttcatcttcttatatgtagtagtagtggtccatgagctaacaaactaattaaatataagaaaataaagatggtaatga |
36963545 |
T |
|
| Q |
643 |
aaaggaaaagaggctgacataagagagaaaaattacgaagaagaagaag |
691 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
36963544 |
aaagaaaaagaggctgacataagagagaaaaattatgaagaagaagaag |
36963496 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 19179989 - 19179953
Alignment:
| Q |
499 |
gttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctac |
535 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19179989 |
gttttcaacatattgtttggtcttagcacaaatctac |
19179953 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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