View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1917_high_3 (Length: 365)

Name: NF1917_high_3
Description: NF1917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1917_high_3
NF1917_high_3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (34-358)||(8524833-8525157)
chr3 (80-133)||(14554452-14554505)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (33-358)||(42125378-42125703)
chr5 (32-358)||(42130603-42130929)
chr5 (32-358)||(41711685-41712011)
chr5 (39-357)||(34238763-34239081)
chr5 (39-357)||(34230708-34231038)
chr5 (48-347)||(42118787-42119090)
chr5 (40-289)||(41569923-41570172)
chr5 (80-132)||(37391642-37391694)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (33-357)||(25520922-25521246)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (43-358)||(11120152-11120467)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (41-358)||(12250199-12250516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 34 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 8525157 - 8524833
Alignment:
Q  34 tcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 133  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||    
T  8525157 tcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaacctt 8525058  T
Q  134 ggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggct 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| | |||||    
T  8525057 ggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggct 8524958  T
Q  234 cttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524957 cttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacct 8524858  T
Q  334 ttgcaaattacaatcacttcatctc 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  8524857 ttgcaaattacaatcacttcatctc 8524833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 14554505 - 14554452
Alignment:
Q  80 tgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 133  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  14554505 tgggatggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 33 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 42125703 - 42125378
Alignment:
Q  33 ctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 132  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || ||    
T  42125703 ctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatct 42125604  T
Q  133 tggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggc 232  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||| ||||||||| |||||||||| | |  |    
T  42125603 tggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttac 42125504  T
Q  233 tcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacc 332  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42125503 tctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacacc 42125404  T
Q  333 tttgcaaattacaatcacttcatctc 358  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  42125403 tttccaaattacaatcacttcatctc 42125378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 32 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 42130929 - 42130603
Alignment:
Q  32 cctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 131  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || ||||    
T  42130929 cctcttcttaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaacc 42130830  T
Q  132 ttggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttgg 231  Q
    ||||||||||||| |||  ||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||     
T  42130829 ttggctgtgaaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttga 42130730  T
Q  232 ctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 331  Q
    |||| |||||||||  |||||| || | |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42130729 ctctcattttcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcac 42130630  T
Q  332 ctttgcaaattacaatcacttcatctc 358  Q
    || | ||||||||||||||||||||||    
T  42130629 ctatccaaattacaatcacttcatctc 42130603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 358
Target Start/End: Original strand, 41711685 - 41712011
Alignment:
Q  32 cctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 131  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || ||||    
T  41711685 cctcttctaaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaacc 41711784  T
Q  132 ttggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttgg 231  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| || ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||||||| | |      
T  41711785 ttggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctctta 41711884  T
Q  232 ctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 331  Q
    |||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41711885 ctcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 41711984  T
Q  332 ctttgcaaattacaatcacttcatctc 358  Q
    || | ||||||||||||||||||||||    
T  41711985 ctctccaaattacaatcacttcatctc 41712011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239081
Alignment:
Q  39 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 138  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  139 tgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttat 238  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| ||| ||||||||| |||||| ||| | ||| || |||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  239 tttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 338  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
Q  339 aattacaatcacttcatct 357  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34239063 aattacaatcacttcatct 34239081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231038
Alignment:
Q  39 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 138  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  139 tgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaat------------gattta 226  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |  ||||||  || ||||||||  |||||            |||||     
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  227 tttggctcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 326  Q
    | ||||||  |||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
Q  327 cacacctttgcaaattacaatcacttcatct 357  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatct 34231038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 48 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 42119090 - 42118787
Alignment:
Q  48 caacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---gggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaagg 144  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || |||||||||| | || |    
T  42119090 caacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggcttttaacg 42118991  T
Q  145 tcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattttcat 244  Q
     |||   || | | |  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| |||| |  |  |||  |||||||    
T  42118990 ccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcgttttcat 42118891  T
Q  245 tcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagttt-ctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatta 343  Q
    || ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  42118890 tctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatccaaatta 42118791  T
Q  344 caat 347  Q
    ||||    
T  42118790 caat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 40 - 289
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570172
Alignment:
Q  40 gaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 139  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  140 gaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttatt 239  Q
    ||| | |||||||| | | |  |||||||||  || ||||| ||||||| | || | |||  ||| ||||||||| |||||||||| ||   |||  |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  240 ttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtct 289  Q
    | |||||  |||||||| | |||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtct 41570172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 132
Target Start/End: Original strand, 37391642 - 37391694
Alignment:
Q  80 tgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 132  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | | |||||||||||||||| ||||    
T  37391642 tgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattgaactagacct 37391694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 8e-86; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 357
Target Start/End: Original strand, 25520922 - 25521246
Alignment:
Q  33 ctcttttgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacct 132  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || |||||    
T  25520922 ctcttctgaaaacagcaacatggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaacct 25521021  T
Q  133 tggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggc 232  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| || ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||   ||||    
T  25521022 tggctgtgaaggcctccaaggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggc 25521121  T
Q  233 tcttattttcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacc 332  Q
    ||  |||||||| | ||||||||| |||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25521122 tcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacc 25521221  T
Q  333 tttgcaaattacaatcacttcatct 357  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  25521222 tttccaaattacaatcacttcatct 25521246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11120152
Alignment:
Q  43 aacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 142  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  143 ggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattttc 242  Q
    ||||||||||||||| |  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||| ||||||    ||||| |||| |  ||||||  |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  243 attcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 342  Q
    |||| ||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
Q  343 acaatcacttcatctc 358  Q
    |||||| ||| |||||    
T  11120167 acaatccctttatctc 11120152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 41 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12250199
Alignment:
Q  41 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 140  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  141 aaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttggttatattcaaaaactgaacctttctgacaatgatttatttggctcttattt 240  Q
    |||| ||| | || ||| |  | ||||| |||||||||||| |||||| | || | |||| ||| |||||||||  ||||||||| |    |||  ||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  241 tcattcaaagtttggtaggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 340  Q
    |||||| ||||||||| | || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
Q  341 ttacaatcacttcatctc 358  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  12250216 ttagaatcacttcatctc 12250199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University