View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1917_low_5 (Length: 337)

Name: NF1917_low_5
Description: NF1917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1917_low_5
NF1917_low_5
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (13-333)||(1492712-1493032)
chr5 (10-329)||(1505518-1505837)
chr5 (20-329)||(1482744-1483053)
chr5 (20-329)||(1487221-1487530)
chr5 (20-239)||(1478550-1478769)
chr5 (10-329)||(1499781-1500100)
chr5 (55-246)||(1509709-1509890)
chr5 (62-140)||(1496085-1496163)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (20-329)||(46706250-46706559)
chr7 (21-329)||(5284860-5285168)
chr7 (21-329)||(5310949-5311257)
chr7 (21-329)||(5288959-5289267)
chr7 (21-329)||(5315663-5315971)
chr7 (21-329)||(5303048-5303356)
chr7 (169-235)||(32530364-32530430)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-329)||(44133320-44133639)
chr1 (10-329)||(44129115-44129434)
chr1 (10-329)||(44141742-44142061)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-320)||(24163061-24163371)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (33-230)||(37858725-37858922)
chr3 (55-241)||(37862740-37862926)
chr3 (55-119)||(39030657-39030721)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-236)||(35251373-35251578)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 333
Target Start/End: Original strand, 1492712 - 1493032
Alignment:
Q  13 aatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1492712 aatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttag 1492811  T
Q  113 accaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492812 accaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 1492911  T
Q  213 tatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggactt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492912 tatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggactt 1493011  T
Q  313 accattgagactgttgtcttg 333  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1493012 accattgagactgttgtcttg 1493032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 1505518 - 1505837
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  1505518 aagaacatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattt 1505617  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1505618 tagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtttt 1505717  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |  |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  1505718 gtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcagctcaagatggattgaagactaccggagaaggacatgaatggggtgtgttatttggctttggaccggga 1505817  T
Q  310 cttaccattgagactgttgt 329  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  1505818 cttactattgaaactgttgt 1505837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 329
Target Start/End: Original strand, 1482744 - 1483053
Alignment:
Q  20 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 119  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| || |||||    
T  1482744 ataaagcattgatcgatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagt 1482843  T
Q  120 agagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttg 219  Q
     || |||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||  | || || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  1482844 tgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtttatctta 1482943  T
Q  220 gatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattg 319  Q
    ||||| ||| ||||||||||  ||||| | ||  | ||| |  | |||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  1482944 gatgagatgcgaaagaaatcttctcaagaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattg 1483043  T
Q  320 agactgttgt 329  Q
    | || |||||    
T  1483044 aaaccgttgt 1483053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 329
Target Start/End: Original strand, 1487221 - 1487530
Alignment:
Q  20 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 119  Q
    |||||| | ||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||||| || |||||||||||| | ||||| ||    
T  1487221 ataaagaactagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttggaccatgt 1487320  T
Q  120 agagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttg 219  Q
     || ||||||||||| || || || ||||||||||  |||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  1487321 tgaacaaaagttagctttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtttatattg 1487420  T
Q  220 gatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatgg-tttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccatt 318  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| | ||  ||||  ||| | |||||||| | | ||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  1487421 gatgaaatgagaaagagatcagctcaagagggacttgagacca-caggagaaggacttaaatggggagtgttgttcggctttggacctggacttaccatt 1487519  T
Q  319 gagactgttgt 329  Q
    || ||||||||    
T  1487520 gaaactgttgt 1487530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 239
Target Start/End: Original strand, 1478550 - 1478769
Alignment:
Q  20 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 119  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||    ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1478550 ataaagcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagt 1478649  T
Q  120 agagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttg 219  Q
     ||  ||||||||| |||||| || ||||| ||||  |||||  |||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1478650 tgaagaaaagttaggcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgttcatcttg 1478749  T
Q  220 gatgaaatgagaaagaaatc 239  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  1478750 gatgagatgagaaagaaatc 1478769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 1499781 - 1500100
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||||||  |||||| | |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  1499781 aagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattc 1499880  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    |||| ||| | ||||||||||||| ||| ||  | |||||| |||| | |    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  1499881 tagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtatt 1499980  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
    ||| |||||| |||| ||||||| |||||| |||||| || |  | ||| |  | || ||||| || |||||||||||  | ||  |||||||||| |||    
T  1499981 gttcatcttgaatgagatgagaaggaaatcgactcaagatcgacttaagaccacaggtgaaggacaagaatggggtgtattgttaagctttggacctgga 1500080  T
Q  310 cttaccattgagactgttgt 329  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  1500081 cttaccattgaaactgttgt 1500100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 246
Target Start/End: Original strand, 1509709 - 1509890
Alignment:
Q  55 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 154  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  1509709 atctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctgaaa-gatga 1509807  T
Q  155 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaa 246  Q
      || |         | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1509808 aggcaa---------ttcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 1509890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 140
Target Start/End: Original strand, 1496085 - 1496163
Alignment:
Q  62 attacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaa 140  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  1496085 attacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttaggcttaaa 1496163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 20 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 46706559 - 46706250
Alignment:
Q  20 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  46706559 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagt 46706460  T
Q  120 agagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttg 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  46706459 agagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 46706360  T
Q  220 gatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | |||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  46706359 gatgaaatgagaaagaaatcaactcaagatggtctgaagacaacaggagaaggacttgaatggggtgtgttatttggctttggaccaggacttaccatag 46706260  T
Q  320 agactgttgt 329  Q
    | ||||||||    
T  46706259 aaactgttgt 46706250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 5284860 - 5285168
Alignment:
Q  21 taaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagta 120  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5284860 taaagcattggttgaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5284959  T
Q  121 gagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttgg 220  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5284960 gagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttgg 5285059  T
Q  221 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattga 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | |||||||| | ||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5285060 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaaggacttgaatggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattga 5285159  T
Q  321 gactgttgt 329  Q
     || |||||    
T  5285160 aaccgttgt 5285168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 5310949 - 5311257
Alignment:
Q  21 taaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagta 120  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5310949 taaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5311048  T
Q  121 gagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttgg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  5311049 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 5311148  T
Q  221 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattga 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | |||||||| | ||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5311149 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaaggacttgagtggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattga 5311248  T
Q  321 gactgttgt 329  Q
     || |||||    
T  5311249 aacagttgt 5311257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5289267 - 5288959
Alignment:
Q  21 taaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagta 120  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||     
T  5289267 taaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtg 5289168  T
Q  121 gagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttgg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  5289167 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 5289068  T
Q  221 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattga 320  Q
    ||||||||||||||||||||||   | | || |||||| || | |||||||| | ||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5289067 atgaaatgagaaagaaatcaaccatagacggattgaagacaactggagaaggacttgaatggggtgtcttatttggttttggaccaggacttaccattga 5288968  T
Q  321 gactgttgt 329  Q
     ||||||||    
T  5288967 aactgttgt 5288959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 5315663 - 5315971
Alignment:
Q  21 taaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagta 120  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||     
T  5315663 taaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtg 5315762  T
Q  121 gagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttgg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  5315763 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttag 5315862  T
Q  221 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattga 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | || |||||| || | |||||||| | ||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5315863 atgaaatgagaaagaaatcaactaaagacggattgaagacaacgggagaaggacttgaatggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattga 5315962  T
Q  321 gactgttgt 329  Q
     || |||||    
T  5315963 aacggttgt 5315971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 5303048 - 5303356
Alignment:
Q  21 taaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagta 120  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5303048 taaagcattggttgacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5303147  T
Q  121 gagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttgg 220  Q
    |||||||||||| | || ||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  5303148 gagcaaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 5303247  T
Q  221 atgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattga 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  5303248 atgaaatgagaaagaaatcaactaaagatgggttgaagacaactggagaaggacttgaatggggtgtgttatttggttttggaccaggacttacaattga 5303347  T
Q  321 gactgttgt 329  Q
     || |||||    
T  5303348 aacggttgt 5303356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 32530430 - 32530364
Alignment:
Q  169 gtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaaga 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32530430 gtgcttagtgaatatggaaatatgtcgagtgcttgtgttttgtttattttggatgaaatgagaaaga 32530364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 44133320 - 44133639
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133320 aagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 44133419  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  44133420 tagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgtttt 44133519  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |  | |||||||| | |||||  |||||  |||| ||||||||||| ||     
T  44133520 gtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacaggagaaggacttgaatttggtgttttatttggctttggaccgggt 44133619  T
Q  310 cttaccattgagactgttgt 329  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  44133620 cttaccattgaaactgttgt 44133639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 44129115 - 44129434
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44129115 aagaacatcaataaagctttggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 44129214  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  44129215 tagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgtttt 44129314  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||  ||||| |  | |||||||| | ||| ||||||||  |||| ||||||||||||||     
T  44129315 gtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggactgaagaccacgggagaaggacttgagtggggtgttttatttggctttggaccaggt 44129414  T
Q  310 cttaccattgagactgttgt 329  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  44129415 cttactattgaaactgttgt 44129434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 44141742 - 44142061
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141742 aagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 44141841  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  44141842 tagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgtttt 44141941  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |  | |||||||| | ||| |  |||||  |||| ||||||||||| ||     
T  44141942 gtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacgggagaaggacttgagtttggtgttttatttggctttggaccgggt 44142041  T
Q  310 cttaccattgagactgttgt 329  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  44142042 cttaccattgaaactgttgt 44142061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 9e-61; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 24163371 - 24163061
Alignment:
Q  10 aagaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattc 109  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  24163371 aagaatattgataaagcattgtttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattc 24163272  T
Q  110 tagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtatt 209  Q
    ||||| || | ||| ||||||||||||| || || ||||||||||| |||||  |  |  |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  24163271 tagacaaaattgaggaaaagttagccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtatt 24163172  T
Q  210 gtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagccacccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccagga 309  Q
     || ||||| ||||| |||||||| |||||  ||||| ||||  | ||| |  | |||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||    
T  24163171 attcatcttagatgagatgagaaacaaatcggctcaagatggactaaagaccacaggagaagggcttgaatggggtgtgttgttaagctttgggccagga 24163072  T
Q  310 cttaccattga 320  Q
    |||||||||||    
T  24163071 cttaccattga 24163061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 37858922 - 37858725
Alignment:
Q  33 tgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtag-agcaaaagtt 131  Q
    |||||| || ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| ||| ||    
T  37858922 tgaggcctttcaacctttaggtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggtggaccagcaattctggaccaagtggaagccaaa-tt 37858824  T
Q  132 agccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgag 230  Q
    |  ||||||||| || || |||  |||||| ||  | ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||    
T  37858823 aagcttaaagccagagaaaatgcaagccactcgacatgtgcttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatgag 37858725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37862926 - 37862740
Alignment:
Q  55 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 154  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |  || |||| ||||||||| || || |||     
T  37862926 atctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttgaccaagttgaactcaaattaggcttaaagccagagaaaatgc 37862827  T
Q  155 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaa 241  Q
     |||||| ||  | || || || |||||||| || ||||||||||| |||||  | || ||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  37862826 aagccactcgacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgtgctattcatcttggatgagatgaggatgaaatcaa 37862740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 119
Target Start/End: Original strand, 39030657 - 39030721
Alignment:
Q  55 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 119  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||| ||||||||    
T  39030657 atctccgattacaattcaattttttggattgcacacccaggcggacgagcaattcttgaccaagt 39030721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 236
Target Start/End: Original strand, 35251373 - 35251578
Alignment:
Q  31 gttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagt 130  Q
    ||||| || ||| |||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||    
T  35251373 gttgaagccttcaaacctttgggtatatcttattataactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggacaagt 35251472  T
Q  131 tagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgag 230  Q
    ||| ||| ||||| |||||  ||  |||||| ||  | ||| | |||   ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||    
T  35251473 taggcttgaagcctgaaaaattggaagccactcgaaatgtgttgagtagttatgggaacatgtcaagtgcttgtgtgttgttcattttagatgaaatgag 35251572  T
Q  231 aaagaa 236  Q
    ||||||    
T  35251573 aaagaa 35251578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University