View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19183_low_1 (Length: 973)

Name: NF19183_low_1
Description: NF19183
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19183_low_1
NF19183_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-957)||(26454377-26455336)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (130-246)||(24455280-24455396)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 957
Target Start/End: Original strand, 26454377 - 26455336
Alignment:
Q  1 gtattttctcaattcttcatctcttgttctatttctcatcaacaaaaggtatgtgctaactatacatcaagaaatcacttgattgatcttataaaaagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454377 gtattttctcaattcttcatctcttgttctatttctcatcaacaaaaggtatgtgctaactatacatcaagaaatcacttgattgatcttataaaaagtg 26454476  T
Q  101 tagcatgaccacatagttgtttgttttaggtgatttgttgtggttcaaggccttgtgctttaaattactatcacaagcccaaccattggattatttacat 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454477 tagcatgaccccatagttgtttgttttaggtgatttgttgtggttcaaggccttgtgctttaaattactatcacaagcccaaccattggattatttacat 26454576  T
Q  201 aaatttgactaaaatgaattataacttgctagaaacactctaaaatgtctcctaaattatgctaaaaaatactatgattgattatcatcacgaccacatc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454577 aaatttgactaaaatgaattataacttgctagaaacactctaaaatgtctcctaaattatgctaaaaaatactatgattgattatcatcacgaccacatc 26454676  T
Q  301 tcttgtcttcatatgttttcatcattttggattatttct---tcttcaccatcaattatcattatgtcaatactttcatcatcaacgttcaccatgttgc 397  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454677 tcttgtcttcatatgttgtcatcattttggattatttcttcttcttcaccatcaattatcattatgtcaatactttcatcatcaacgttcaccatgttgc 26454776  T
Q  398 atttctcattcttgggattatcacatccacaaaaccttcatgaggagtggccgggattttggttgacaaatggccaatttgtatctcattcttgatacaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454777 atttctcattcttgggattatcacatccacaaaaccttcatgaggagtggccgggattttggttgacaaatggccaatttgtatctcattcttgatacaa 26454876  T
Q  498 gcttctttgttcgtttgagttgtttcttggctcaccttcagctccttaagattgttttgtgtggatttcatgaacttgcccataatctcatctaacttaa 597  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454877 gcttctttgttcttttgagttgtttcttggctcaccttcagctccttaagattgttttgtgtggatttcatgaacttgcccataatctcatctaacttaa 26454976  T
Q  598 agggtttcctttaatgctagttgggtggaggtacttgtgtttgatttagaaagttgttgcaccacttcatattatgatgattttttcttgcattaatgta 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26454977 agggtttcctttaatgctagttgggtggaggtacttgtgtttgatttagaaagttgttgcaccacttcatattatgatgattttttcttgcattaatgta 26455076  T
Q  698 ggtgttaaaaaatgggttgcccctcttgtaatcaccacgtagttggcttcctcagttgtatcttcaacaatgccttccttgttctatttcccataattac 797  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26455077 ggtgttaaaaaatgggttgcctctcttgtaatcaccacgtagttggcttcctcagttgtatcttcaacaatgccttacttgttctatttcccataattac 26455176  T
Q  798 acttccatacttttgtttgttgtgacttggaacaatggcttcctcagttgcatcttcagtttaacttcttggtgagagtcacgaattgggaagccatagg 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26455177 acttccatacttttgtttgttgtgacttggaacaatggcttcctcagttgcatcttcagtttaacttcttggtgagagtcacgaattgggaagccatagg 26455276  T
Q  898 gttgtggttgaccataaaagttctataggcatccagctccaaaacttcctatgtttttgc 957  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26455277 gttgtggttgaccataaaagttctataggcatccagctccaaaacttcctatgtttttgc 26455336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 246
Target Start/End: Original strand, 24455280 - 24455396
Alignment:
Q  130 gtgatttgttgtggttcaaggccttgtgctttaaattactatcacaagcccaaccattggattatttacataaatttgactaaaatgaattataacttgc 229  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||| |||| ||||||||| | || |||||  | | ||||| |||    
T  24455280 gtgatttgacgtggttcaaggccttgtgcttcaaattactttcccatgaccatccattgaattagttacataaactcgattaaaaaaattgataacctgc 24455379  T
Q  230 tagaaacactctaaaat 246  Q
    || ||| ||||||||||    
T  24455380 taaaaaaactctaaaat 24455396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University