View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19185_low_29 (Length: 249)

Name: NF19185_low_29
Description: NF19185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19185_low_29
NF19185_low_29
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-238)||(234821-235059)
chr4 (1-222)||(39225426-39225647)
chr4 (1-222)||(39218900-39219121)
chr4 (1-222)||(47114468-47114688)
chr4 (1-222)||(40055501-40055722)
chr4 (1-222)||(40056237-40056458)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-222)||(35418541-35418762)
chr5 (1-222)||(5912375-5912596)
chr5 (1-222)||(5919310-5919531)
chr5 (1-222)||(6749883-6750104)
chr5 (30-222)||(36101488-36101680)
chr5 (1-222)||(38485037-38485258)
chr5 (1-222)||(41195326-41195546)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-222)||(10566186-10566406)
chr3 (1-222)||(10569436-10569656)
chr3 (1-222)||(8545413-8545635)
chr3 (1-222)||(29673952-29674173)
chr3 (1-173)||(20282748-20282919)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-222)||(16861558-16861779)
chr1 (1-222)||(40769023-40769243)
chr1 (77-222)||(19420009-19420154)
chr1 (62-222)||(49542643-49542803)
chr1 (121-214)||(46432807-46432900)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-222)||(20348153-20348375)
chr7 (15-165)||(24185105-24185255)
chr7 (92-222)||(47020631-47020761)
chr7 (1-100)||(47019759-47019858)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (52-214)||(10267028-10267191)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (31-152)||(5912683-5912802)
chr6 (15-72)||(9147427-9147484)
chr6 (15-72)||(9179540-9179597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 235059 - 234821
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235059 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 234960  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  234959 acaagtctatagttttaatcaatgacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggctacata 234860  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct-taacagttgtgatatt 238  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  234859 attgattggatcttgggcatctccaacagttgtgatatt 234821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39225647 - 39225426
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39225647 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 39225548  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||    
T  39225547 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatctattaattctaaaattggttacata 39225448  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  39225447 attgattggatcttgggcatct 39225426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39219121 - 39218900
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39219121 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttcccattatcataatctctatcatgata 39219022  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||    
T  39219021 acaagtctataattttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggttacata 39218922  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  39218921 attgattggatcttgggcatct 39218900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 47114468 - 47114688
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47114468 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaa-ataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 47114566  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||    
T  47114567 acaagtctatagttttaatcaacgacattatcaaattaactattttactaaacagtaaacaagataatgaatatttattagttttaaaattggttacata 47114666  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  47114667 attgattggatcttgggcatct 47114688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 40055722 - 40055501
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055722 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataagagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 40055623  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||   || |||    
T  40055622 acaagtctatagttttaatcaaggactttatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttgttaagtctaaaatttgttacata 40055523  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  40055522 attgattggatcttgggcatct 40055501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 40056237 - 40056458
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40056237 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataagagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 40056336  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||| | || |||    
T  40056337 acaagtctatagttttaatcaaggactttatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttgttaagtctaaaatttattacata 40056436  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  40056437 tttgattggatcttgggcatct 40056458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 35418541 - 35418762
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35418541 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 35418640  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||    
T  35418641 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggttacata 35418740  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  35418741 attgattggatcttgggcatct 35418762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 5912375 - 5912596
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5912375 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 5912474  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||    
T  5912475 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatctattaattctaaaattggttacata 5912574  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5912575 attgattggatcttgggcatct 5912596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 5919310 - 5919531
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5919310 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 5919409  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||    
T  5919410 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatctattaattctaaaattggttacata 5919509  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5919510 attgattggatcttgggcatct 5919531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6750104 - 6749883
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750104 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacggtcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 6750005  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||    
T  6750004 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatctattaattctaaaattggttacata 6749905  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6749904 attgattggatcttgggcatct 6749883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 222
Target Start/End: Original strand, 36101488 - 36101680
Alignment:
Q  30 cgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataataagtctatagttttaatcaaggacatt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36101488 cgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataacaagtctatagttttaatcaaggacatt 36101587  T
Q  130 atcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatataattgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  36101588 atcaaatgaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattggttacataattgattggatcttgggcatct 36101680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 38485258 - 38485037
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38485258 ttattgatgtcctactcacaataatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaatacttgtttctcattatcgtaatctctatcatgata 38485159  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||   || |||    
T  38485158 acaagtccatagttttaatcaaggactttatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttgttaagtctaaaatttgttacata 38485059  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38485058 attgattggatcttgggcatct 38485037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 41195326 - 41195546
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41195326 ttattgatgtcctactcacaataatcatacgatcaaaaacaatttagattaaaa-ataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 41195424  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||    
T  41195425 acaagtctatagttttaatcaaggacgttatcaaattaaccatttcactaaacaataaataagataatgaatatttattaagtctaaaattgattacata 41195524  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  41195525 attgattggatctttggcatct 41195546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10566406 - 10566186
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10566406 ttattgatgtcctattcacaacaaccatacgatcaagaacaatttagattaaaaa-taataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 10566308  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||    
T  10566307 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggttacata 10566208  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10566207 attgattggatcttgggcatct 10566186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10569656 - 10569436
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10569656 ttattgatgtcctattcacaacaaccatacgatcaagaacaatttagattaaaaa-taataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 10569558  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||    
T  10569557 acaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggttacata 10569458  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10569457 attgattggatcttgggcatct 10569436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8545635 - 8545413
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8545635 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattataaaataattaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 8545536  T
Q  101 ataagtctatag-ttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatat 199  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||    
T  8545535 acaagtctatagtttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttattaattctaaaattggttacat 8545436  T
Q  200 aattgattggatcttgggcatct 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  8545435 aattgattggatcttgggcatct 8545413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 29673952 - 29674173
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29673952 ttattgatgtcctactcacaataatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaatacttgtttctcattatcgtaatctctatcatgata 29674051  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||| | || |||    
T  29674052 acaagtccatagttttaatcaaggactttatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttgttaagtctaaaatttattacata 29674151  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  29674152 attgattggatcttgggcatct 29674173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 20282919 - 20282748
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20282919 ttattgatgtcctgctcataataatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaa-taataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 20282821  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaata 173  Q
    | |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  20282820 acaagtttatagttttaatcaaggactctatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaata 20282748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 16861558 - 16861779
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16861558 ttattgatgtcctactcacaataatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaatacttgtttctcattatcgtaatctctatcatgata 16861657  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||   || |||    
T  16861658 acaagtccatagttttaatcaaggactttatcaaattaactatttcactaaacagtaaataagataatgaatatttgttaagtctaaaatttgttacata 16861757  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16861758 attgattggatcttgggcatct 16861779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 40769243 - 40769023
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40769243 ttattaatgtcctactcacaataataatacgatcaagaacaatttagattaaaaa-taataaaagatttgtttctcattatcataatctctatcataata 40769145  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatata 200  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||    
T  40769144 ataagactataattttaatcaaggacgttatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaaatttaaaattggttacata 40769045  T
Q  201 attgattggatcttgggcatct 222  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  40769044 attgattggatcttggacatct 40769023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19420154 - 19420009
Alignment:
Q  77 attatcataatctctatcatgataataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatattt 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19420154 attatcataatctctatcatgataacaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatattt 19420055  T
Q  177 attaattttaaaattgactatataattgattggatcttgggcatct 222  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  19420054 attaattttaaaattggttacataattgattggatcttgggcatct 19420009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 62 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 49542803 - 49542643
Alignment:
Q  62 aaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaaca 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49542803 aaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataacaagtctatagttttaatcaaggacgttatcaaattaactatttcactaaacagtaaaca 49542704  T
Q  162 agataatgaatatttattaattttaaaattgactatataattgattggatcttgggcatct 222  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  49542703 agataatgaatatttatttagtctaaaattggttacataattgattggatcttgggcatct 49542643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 214
Target Start/End: Original strand, 46432807 - 46432900
Alignment:
Q  121 aaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaattgactatataattgattggatctt 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||    
T  46432807 aaggacattatcaaattaattatttcactaaatagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaattggttacataattgattggatctt 46432900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20348375 - 20348153
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  20348375 ttattgatgtcctactcacaataatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagatttgtttctcattatcataatatctatcttgata 20348276  T
Q  101 ataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaag-ataatgaatatttattaattttaaaattgactatat 199  Q
    | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||   || ||    
T  20348275 acaattctttagttttaatcaaggacattatcaaattaactattttactaaacagtaaacaagaaaaatgaatatttattaagtctaaaattagttacat 20348176  T
Q  200 aattgattggatcttgggcatct 222  Q
    |||| |||| |||||||||||||    
T  20348175 aattaattgaatcttgggcatct 20348153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 24185255 - 24185105
Alignment:
Q  15 ttcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataataagtctatagtt 114  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  24185255 ttcacaataatcatacgatcaataacaatttagattaaaaaataataaaatacatgtttctcattatcataatatctattatgataacaagtctataatt 24185156  T
Q  115 ttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagat 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  24185155 ttaatcaaggacattatcaaattaactattttactaaacagtaaacaagat 24185105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Original strand, 47020631 - 47020761
Alignment:
Q  92 atcatgataataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaagagtaaacaagataatgaatatttattaattttaaaatt 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47020631 atcatgataacaagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaaacagtaaacaagataatgaatatttattaattctaaaatt 47020730  T
Q  192 gactatataattgattggatcttgggcatct 222  Q
    |  || ||||||| |||||||||||||||||    
T  47020731 ggttacataattggttggatcttgggcatct 47020761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Original strand, 47019759 - 47019858
Alignment:
Q  1 ttattgatgtcctattcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47019759 ttattgatgtcctattcacaacaatcatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttatcattatcataatctctatcatgata 47019858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 52 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 10267191 - 10267028
Alignment:
Q  52 aaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataataagtctatagttttaatcaaggacattatcaaattaactatttcactaa 151  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10267191 aaaaataataaaagacttatttctcattatcataatctctatcatgataacaagtccataattttaatcaaggacgttatcaaattaactatttcactaa 10267092  T
Q  152 agagtaaacaagataatgaata-tttattaattttaaaattgactatataattgattggatctt 214  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10267091 atagtaaacaagataatgaatattttattaagtctaaaattgattacataattgattgaatctt 10267028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 5912802 - 5912683
Alignment:
Q  31 gatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtttctcattatcataatctctatcatgataataagtctatagttttaatcaaggacatta 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||   ||| |||||||||| |||    
T  5912802 gatcaagaacaatttagattaaaa--taataaaaaaattgtttgtcattatcataatctctatcatgataacaactctacgatttaaatcaaggacttta 5912705  T
Q  131 tcaaattaactatttcactaaa 152  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  5912704 tcaaattaactatttaactaaa 5912683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 9147484 - 9147427
Alignment:
Q  15 ttcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtt 72  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9147484 ttcacaaaaatcaaacgatcaagaacaatttaaattaaaaaataataaaagacttgtt 9147427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 72
Target Start/End: Original strand, 9179540 - 9179597
Alignment:
Q  15 ttcacaacaatgatacgatcaagaacaatttagattaaaaaataataaaagacttgtt 72  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9179540 ttcacaaaaatcaaacgatcaagaacaatttaaattaaaaaataataaaagacttgtt 9179597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University