View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19185_low_31 (Length: 240)

Name: NF19185_low_31
Description: NF19185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19185_low_31
NF19185_low_31
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-235)||(10563551-10563785)
chr5 (1-221)||(10610234-10610454)
chr5 (17-213)||(10748488-10748684)
chr5 (1-200)||(10764618-10764817)
chr5 (1-210)||(7191529-7191738)
chr5 (1-210)||(10653675-10653887)
chr5 (1-228)||(10742157-10742387)
chr5 (5-113)||(10661658-10661766)
chr5 (126-202)||(10218230-10218306)
chr5 (85-206)||(10603361-10603482)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-235)||(12905711-12905948)
chr6 (1-235)||(12930800-12931037)
chr6 (1-225)||(12947165-12947392)
chr6 (1-228)||(12898089-12898320)
chr6 (1-235)||(12956602-12956839)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-235)||(17924854-17925091)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 231; Significance: 1e-128; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 10563551 - 10563785
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10563551 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtc 10563650  T
Q  101 tagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattg 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10563651 tagagaagttacaagatctttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattg 10563750  T
Q  201 tagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10563751 tagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 10563785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 10610234 - 10610454
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || | || |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  10610234 aatcaattctcaggtccaatccctgtttccattgcaaatgcttcttccctacaaataattgatttaggtcaaaacaatttggttggacaagttccaagtc 10610333  T
Q  101 tagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattg 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10610334 tagagaagttaccagatctttactggctgagtttggaatacaactatttcggtaacaattcaactatagatttagagtttttaaaatatttgacaaactg 10610433  T
Q  201 tagtaaactagaaatgctttc 221  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  10610434 tagtaaactagaaaagctttc 10610454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 10748684 - 10748488
Alignment:
Q  17 caatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtctagagaagttacaaga 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10748684 caatgcctatttccattgtaaatgcttcttccctacaattacttgacttagctcaaaactatttggtggggcaagttccaagtctagagaagttacaaga 10748585  T
Q  117 tatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattgtagtaaactagaa 213  Q
    | |||||||||||| ||| | | ||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10748584 tctttactggctaaatttggaagacaactatttcggtaacaattcaactatcgatttagagtttttaaagtatttgacaaattgtagtaaactagaa 10748488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 10764817 - 10764618
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||  | ||||| |||| ||| |||    |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  10764817 aatcaattctcaggtacaatccctgtttcgattgcaaatgcttctgtcatacaattactagacataggaacaaacaaattggttggacaagttccaagtc 10764718  T
Q  101 tagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattg 200  Q
    ||| ||| |||||| || ||  || ||||| ||| | | | |||||||||||| ||||||| |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10764717 tagggaatttacaacatcttggcttgctaaatttggaagaaaacaatttaggtgacaattccacaatggatttagagtttttaaaatatttgacaaattg 10764618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 7191529 - 7191738
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||      || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  7191529 aatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttccaagtc 7191628  T
Q  101 tagagaagttacaagatatttactggctaagttttg-gatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaatt 199  Q
    ||| ||||||||| ||| ||    || ||| | | | | || |||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |  |||||||| |    
T  7191629 tagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagcta-aacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaact 7191727  T
Q  200 gtagtaaacta 210  Q
    |||||||||||    
T  7191728 gtagtaaacta 7191738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 10653887 - 10653675
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgactta---gctcaaaactatttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||   | ||||||  ||||| | |||||||||||||    
T  10653887 aatcaattctcaggtacaatccctatttccattgcaaatgcttcttccctaaaagaactcgacttatctgatcaaaataatttgctcggacaagttccaa 10653788  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    |||| | ||| ||||| ||| || |  |||||| | | | ||  |||||||||||  ||||| ||| ||  |||||||| ||||||||    ||||||||    
T  10653787 gtctggggaatttacatgatcttcaacggctaaatctagaatttaacaatttaggagacaatacaactaaggatttagaatttttaaaaaccttgacaaa 10653688  T
Q  198 ttgtagtaaacta 210  Q
     ||||||||||||    
T  10653687 ctgtagtaaacta 10653675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10742387 - 10742157
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagct---caaaactatttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||  ||| || |||| |   |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10742387 aatcaattcacaggtccaatccctatttccattgcaaatgcttctgccttacaatcacttgatttaggtgatcaaaacaatttggttggacaagttccaa 10742288  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
     ||| | ||||||||| ||| || |  |  ||| |||    |  |||||||||||||||||||||   |||||||||  ||||||||  |||||||||||    
T  10742287 atcttgggaagttacaggatcttcaaagattaaatttgcagtctaacaatttaggtaacaattcagccatagatttaatgtttttaagatatttgacaaa 10742188  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgatagct 228  Q
    ||||| |||| || || || |||||||||||    
T  10742187 ttgtactaaattaaaattgttttcgatagct 10742157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 10661766 - 10661658
Alignment:
Q  5 aattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttccaagtctaga 104  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  ||||||||||  || |||| |||| || |||||||||||||||||||     
T  10661766 aattttcaggtacaatccctatttccattgcaaatgcttcttcccttctacaactcgacttaagtcgaaacaattttgtcggacaagttccaagtctagg 10661667  T
Q  105 gaagttaca 113  Q
    |||| ||||    
T  10661666 gaagctaca 10661658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10218306 - 10218230
Alignment:
Q  126 gctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaattgta 202  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||  |  ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10218306 gctaagtttggaatacaactatttaggtgacaattcaacaaaggatttggagtttttaaaatctttgacaaattgta 10218230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 206
Target Start/End: Original strand, 10603361 - 10603482
Alignment:
Q  85 ggacaagttccaagtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaa 184  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| | ||||| ||| | |   |||| ||||||| |||| ||||  || ||||| ||||||||||    
T  10603361 ggacaagttccaagtctagggaagctaaaagatctttatttgctaaatttggaaatgaacattttaggtgacaactcaacaattgatttggagtttttaa 10603460  T
Q  185 actatttgacaaattgtagtaa 206  Q
    | |  |||||||| ||||||||    
T  10603461 aatcattgacaaactgtagtaa 10603482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 12905711 - 12905948
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaact---atttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||| || | |||||| |  |||||    ||||||| |||||||||||||    
T  12905711 aatcaattctctggtccaatccctatttcgattgataatgcttctgccctacaaatattagacttatcaaaaaacatgaatttggttggacaagttccaa 12905810  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    |||||| ||| |||||| || ||| |   |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12905811 gtctagggaatttacaaaatctttccattctaagtttgggattcaacaatttaggtaacatttcaactaaggatttagagtttttaaaatatttgacaaa 12905910  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 235  Q
    ||| ||||||||| |  ||||||| |||| ||||||||    
T  12905911 ttgcagtaaactatacgtgctttcaatagattctaata 12905948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 12930800 - 12931037
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaact---atttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||| || | |||||||   | |||    ||||||| |||||||||||||    
T  12930800 aatcaattctcaggtccaatccctacttcgattgcaaatgcttctgccctacaaatattagacttaggaaacaacatgaatttggttggacaagttccaa 12930899  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    ||||   ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |   |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12930900 gtcttaggaatttacaagatctttccttcctaagtttggaagttaacaatttaggtaacaattcaactatggatttagagtttttaaaatatttgacaaa 12930999  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 235  Q
    ||| ||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||    
T  12931000 ttgcagtaaactatacgtgctttcgatatcttataata 12931037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 12947165 - 12947392
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaact---atttggtgggacaagttccaa 97  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||  | | |||||||  || |||    ||||||| |||||||||||||    
T  12947165 aatcaattctcaggtccaattcctatttcaattgcaaatgcttctgccctacaaagattagacttaggacacaacatgaatttggttggacaagttccaa 12947264  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    ||||   ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | ||  |||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  12947265 gtcttaggaatttacaagatctttccttcctaagtttggaatttaacaatttaggtaacatttcaactatggacttagagtttttaaaatatttgacaaa 12947364  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgata 225  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  12947365 ttgcagtaaactaaacatgctttcgata 12947392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 12898089 - 12898320
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaact---atttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||||||| |||||||| || | |||||| |  |||||    ||||||| |||||||||||||    
T  12898089 aatcaattctctggtccaattcctatttcgattgctaatgcttctaccctacaaatattagacttatcagaaaacatgaatttggttggacaagttccaa 12898188  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagattt-agagtttttaaactatttgacaa 196  Q
    |||||| ||| |||||| || ||| |   |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||    
T  12898189 gtctagggaatttacaaaatctttccattctaagtttgggattcaacaatttaggtaacatttcaactatggattttagattttttaaaatatttgacaa 12898288  T
Q  197 attgtagtaaactagaaatgctttcgatagct 228  Q
    |||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  12898289 attgcagtaaactaaatgtgctttcgatagct 12898320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 12956602 - 12956839
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaac---tatttggtgggacaagttccaa 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| || | |||||||   | |||    ||||||| |||||||||||||    
T  12956602 aatcaattctcaggtccaatccctatttcgattgcaaatgcttctgccctacaaatattagacttaggagacaacatgaatttggttggacaagttccaa 12956701  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    |||||| ||| ||||||||  ||| |   |||| |||   ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  12956702 gtctagggaatttacaagacctttccaatctaaatttgcaatcaaacaatttaggtaacatttcaactatggatttagaatttctaaaatatttgactaa 12956801  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 235  Q
    ||| ||||||||| | | |||||||||| ||| |||||    
T  12956802 ttgcagtaaactacacaagctttcgatatcttataata 12956839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 17925091 - 17924854
Alignment:
Q  1 aatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaact---atttggtgggacaagttccaa 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||| |||||||| || | |||||| |  |||||    ||||||| |||||||||||||    
T  17925091 aatcaattctcaggtccaatccctttttcgattgcaaacgcttctgccctacaaatattagacttatcagaaaacatgaatttggttggacaagttccaa 17924992  T
Q  98 gtctagagaagttacaagatatttactggctaagttttggatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttgacaaa 197  Q
    |||||| ||| ||||||||  ||| |   |||| ||| | | | |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17924991 gtctagggaatttacaagacctttccattctaaatttggaagaaaacaatttaggtgataattcaactatggatttagagtttttaaaatatttgacaaa 17924892  T
Q  198 ttgtagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaata 235  Q
    ||| ||||||||| | | | |||||||| ||| |||||    
T  17924891 ttgcagtaaactacacaagttttcgatatcttataata 17924854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University