View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1918_high_17 (Length: 401)

Name: NF1918_high_17
Description: NF1918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1918_high_17
NF1918_high_17
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (9-259)||(31617929-31618179)
chr7 (9-264)||(31607911-31608166)
chr7 (9-247)||(31614212-31614450)
chr7 (9-264)||(31604320-31604575)
chr7 (9-247)||(31575668-31575906)
chr7 (9-238)||(31585087-31585316)
chr7 (9-207)||(31594768-31594966)
chr7 (9-165)||(31540775-31540931)
chr7 (9-160)||(31532154-31532305)
chr7 (9-169)||(31439336-31439496)
chr7 (9-122)||(33305465-33305578)
chr7 (17-122)||(31573161-31573266)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-258)||(52174630-52174879)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-156)||(15063683-15063830)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 31618179 - 31617929
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31618179 gaagaaaatgatatgatcagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgt 31618080  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  31618079 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcctgtcttatattcacccgaaaggccagaactacaagtgtcagatatgtcttcatccgattt 31617980  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgttatttctataaat 259  Q
    ||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31617979 gtacgagacaaattcagttacagtatcaaaataattgttatttctataaat 31617929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31608166 - 31607911
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31608166 gaagaaaatgatatggttagaaagattactatggtgagtctatggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccaccaatgaataaagtaatagaaatgt 31608067  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    |||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||    
T  31608066 tgcaaggaccgctgtcatcagtgtcatatcctccaaagccggtcttattttctccggaaaggccaccactacaattgtcatatatgtcttcatctgattt 31607967  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgttatttctataaatcaaat 264  Q
     ||||| ||| |||||||||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  31607966 atatgagacaaattcagttacagtgtcaaaataactgttctatctataaatcaaat 31607911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31614450 - 31614212
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| | | |||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31614450 gaagaaaatgatatgattagaaagatcactttggtgagtgtttggtgcattcaaactaaaccattagacagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgt 31614351  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  |||| ||||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||    
T  31614350 tgcaaggaccactttcatcggtgtcatatcctccaaatcccttcttacattcaccataaaggccaccactacaagtgttagatatttcttcatccgattt 31614251  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgtt 247  Q
    ||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  31614250 gtacgagacaaattcaattacagtatcaaaataattgtt 31614212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31604575 - 31604320
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31604575 gaagaaaatgatatggtcagaaagattactttggtgagtctgtggcgcattcaaactaaactatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgt 31604476  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||| | ||||||||||| ||| |    
T  31604475 tgcaaggaccactttcaacaatatcatatcctccaaagcccgtcttatattcacctgaaaggccacaattacaagtgtcagacatgtcttcatctgatct 31604376  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgttatttctataaatcaaat 264  Q
    |||||| |||   ||| | || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31604375 gtatgagacaatatcaataacagaatcaaaataattgttctttcaataaatcaaat 31604320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31575906 - 31575668
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31575906 gaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgtattcaaaccaaaccattagacaggccaccgatgaataaagtaatagaaatgt 31575807  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||  |||| |||||  || | ||||| |||||||||||||     
T  31575806 tgcaaggaccactttcctcggtgtcatatcctccaaagcctgtcttattttctcctgaaaggacaccgctacaaatgccgcatatatcttcatccgattc 31575707  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgtt 247  Q
    |||||| ||| ||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  31575706 gtatgagacaaattctattactctatcaaattaattgtt 31575668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31585316 - 31585087
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31585316 gaagaaaatgacatggttagaaagattactatggtaagtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgt 31585217  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||| |||||| ||||  |||||||||| |||||| |||| |     
T  31585216 tgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactg 31585117  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaa 238  Q
    | |||| ||| ||||| ||||  |||||||    
T  31585116 ggatgagacaaattcaattacaatatcaaa 31585087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31594966 - 31594768
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31594966 gaagaaaatgatatggttaaaaagattactatggtgagcctatggtgcattcaaacaaatccattagatagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgc 31594867  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgatt 207  Q
    | |||||||| |||||||||||  ||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||| |||| |||||||||||  | ||| ||||||||||||| ||||    
T  31594866 tacaaggaccgctttcatcggtcacatttcctccaaaacctgtcttattttctcctaaaaggccaccactacaactctcaaatatgtcttcatcagatt 31594768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 31540931 - 31540775
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||||| |||||| ||||||| | ||||||     
T  31540931 gaagaaaatgatatggtaagaatgattactatggtgagtctatggtgcattcaaacaaatccagccgatagaccatcaatgagtaaagtattagaaatgc 31540832  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctg 165  Q
    | ||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  31540831 tacaaggaccacttcagtcggtgccatatcctccaaagcctttcttatattctcctg 31540775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 31532305 - 31532154
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || |||||| |||||| ||||||||  ||||||     
T  31532305 gaagaaaatgatatggtgagaaagattactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaacccatccgatagaccatcaatgagtaaagtaacagaaatgc 31532206  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattc 160  Q
    | ||||||||||||   || ||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  31532205 tacaaggaccacttcagtcagtgccatatcctccaaagcctttcttatattc 31532154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 169
Target Start/End: Original strand, 31439336 - 31439496
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| ||||||| || |  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||     
T  31439336 gaagaaaatgatatcgtaaagaagattactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaatccatcagagagaccatcaatgagtaaagtaatagaaatgc 31439435  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaag 169  Q
    | ||||||||||||   ||  || | ||||||||||||||| |||||| ||| || |||||    
T  31439436 tacaaggaccacttcattcaataccgtatcctccaaagcccgtcttattttctccagaaag 31439496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 122
Target Start/End: Original strand, 33305465 - 33305578
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||| |||||| || ||||||     
T  33305465 gaagaaaatgatatggcaagaaagattactatgattagtctttggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccatcaatgagtaaagtgatagaaatgc 33305564  T
Q  109 tgcaaggaccactt 122  Q
    | ||||||||||||    
T  33305565 ttcaaggaccactt 33305578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 122
Target Start/End: Original strand, 31573161 - 31573266
Alignment:
Q  17 tgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgttgcaagga 116  Q
    ||||||||| |||||| | | |||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||| | |||| ||||||| | |||||| | ||||||    
T  31573161 tgatatggtaagaaagttaactatggttagtctatggtgcattcaaacgaacccattagatagaccatcgatgagtaaagtattagaaatgctacaagga 31573260  T
Q  117 ccactt 122  Q
    ||||||    
T  31573261 ccactt 31573266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 258
Target Start/End: Original strand, 52174630 - 52174879
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  52174630 gaagaaaatgatatggttataaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaacgaaaccatcggatagaccacagatgaataaagtaatagaaatgt 52174729  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttatattcacctgaaagaccaccactacaggtgtcacatatgtcttcatccgattt 208  Q
    || |||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||  ||||||||| |  ||||| | |||||||||||| ||||    
T  52174730 tggaagggccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccgtcttatgttatcctgaaacgccaccactagaaatgtcagacatgtcttcatccaattt 52174829  T
Q  209 gtatgatacatattcagttactgtatcaaaataattgttatttctataaa 258  Q
    | |||| ||  ||||  ||||  | |||||||||| ||| ||||||||||    
T  52174830 ggatgagacgaattccattacaatgtcaaaataatcgttctttctataaa 52174879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Original strand, 15063683 - 15063830
Alignment:
Q  9 gaagaatatgatatggttagaaagattattatggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagacagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgt 108  Q
    |||||| |||||||| | |  ||||||| |||||||  | | ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||     
T  15063683 gaagaaaatgatatgctaaagaagattactatggtggctttgtggtgtattcaaacgaatccatcagacagaccatcaatgagtaaagtaatagaaatgc 15063782  T
Q  109 tgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaaagcccatcttat 156  Q
    ||||||| ||||||   ||  ||  ||||||||||||||| |||||||    
T  15063783 tgcaagggccacttcattcaatacaatatcctccaaagcctatcttat 15063830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University