View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1918_low_5 (Length: 534)
Name: NF1918_low_5
Description: NF1918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1918_low_5 |
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| [»] scaffold1920 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold1920 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1920
Description:
Target: scaffold1920; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 515
Target Start/End: Original strand, 152 - 659
Alignment:
| Q |
10 |
ataatactcacacatgttatcatgtttagattacaannnnnnncttaaattactatcggtgttgacatgatgacatgtcaatgttgacacctcttatcaa |
109 |
Q |
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| T |
152 |
ataatactcacacatgttatcatgtttagattataatttttttcttaaattactatcggtgttgacatgatgacatgtcaatgttgacacctcttatcaa |
251 |
T |
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| Q |
110 |
agttcggttggtgttcaacacattattgacaaatgttattagaaataatcttttaaattattatcggtgtcaacattttttatcaaaggtatatgttggt |
209 |
Q |
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| T |
252 |
agttcggttggtgttcaacacattattgacaaatgttattagaaatagtcttttaaatgattatcggtgtcaactttttttatcaaaggtatatgttggt |
351 |
T |
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| Q |
210 |
gtttgagacttttgtttgtccgacctattaccgacacatcttattaaatttagaaactaaactttttcaaattatactgatgtctacattgttcgacaag |
309 |
Q |
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| T |
352 |
gtttgagacttttgtttatccgacctattaccgacacatcttattaaatttagaaactaaattttttcaaattatactgatgtccacattgttcgacaag |
451 |
T |
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| Q |
310 |
tgaccatgcccgacacaatatggacacatgttaaaacatttagataattaattttt-caaataattctccgtgtctatgttcagataatttacaataaat |
408 |
Q |
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| T |
452 |
tgaccatgcccgacacaatatggacacatcttattacatttagataattaattttttcaaataattctccgtgtctatgttcaaataatttacaataaat |
551 |
T |
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| Q |
409 |
gagttaaaaataacttatacaattttcgtgtatgttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnn-tcactttttaatctttatcaaatggatctttgttttgtttt |
507 |
Q |
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| T |
552 |
gagttaaaaataacttttacaattttcgtgtatgttttcttaaaaaaacaaaaaaaaaatcactttttaatcttaatcaaatggatccttgttttgtttt |
651 |
T |
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| Q |
508 |
aagtatag |
515 |
Q |
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| T |
652 |
aagtatag |
659 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 15360254 - 15359748
Alignment:
| Q |
10 |
ataatactcacacatgttatcatgtttagattacaannnnnnn--cttaaattactatcggtgttgacatgatgacatgtcaatgttgacacctcttatc |
107 |
Q |
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| T |
15360254 |
ataatactcacaaatgttatcatgtttagatcataatttttttttcttaaattactatcggtgttgacatgatgacatgtcaatgttgacacctcttatc |
15360155 |
T |
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| Q |
108 |
aaagttcggttggtgttcaacacattattgacaaatgttattagaaataatcttttaaattattatcggtgtcaacattttttatcaaaggtatatgttg |
207 |
Q |
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| T |
15360154 |
aaagttcggttggtgttcaacacattattgacacatgttattagaaatagtcttttaaattattatcggtgttaattttttttatcaaaggtatatgttg |
15360055 |
T |
|
| Q |
208 |
gtgtttgagacttttgtttgtccgacctattaccgacacatcttattaaatttagaaactaaactttttcaaattatactgatgtctacattgttcgaca |
307 |
Q |
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| T |
15360054 |
gtgtttgagacttgtgtttgtccgacctattaccgacacatcttattaaatttagaaactaaattttttcaaattataccgatgtccacattgttcgaca |
15359955 |
T |
|
| Q |
308 |
agtgaccatgcccgacacaatatggacacatgttaaaacatttagataattaat-ttttcaaataattctccgtgtctatgttcagataatttacaataa |
406 |
Q |
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| T |
15359954 |
agtgaccatgcccgacacaatattgacacatgttataacatttagataattaattttttcatataattatccgtgtctatgttcagataatttacaataa |
15359855 |
T |
|
| Q |
407 |
atgagttaaaaataacttatacaattttcgtgtatgttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnntcactttttaatctttatcaaatggatctttgttttgttt |
506 |
Q |
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| T |
15359854 |
atgacttaaaaataacttatacaattttcgtgtatgttttctt--aaaaaaaaaaaaaaatcactttttaatctttatcaaatgaatccttgttttgttt |
15359757 |
T |
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| Q |
507 |
taagtatag |
515 |
Q |
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| T |
15359756 |
taagtatag |
15359748 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 15359053 - 15358889
Alignment:
| Q |
10 |
ataatactcacacatgttatcatgtttagattacaannnnnnncttaaattactatcggtgttgacatgatgacatgtcaatgttgacacctcttatcaa |
109 |
Q |
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| T |
15359053 |
ataatactgacacatgttatcatgtttagattataatttttttcttaaattattatcgatgttgacatgatgacatgtcaaggttgacatctcttatcaa |
15358954 |
T |
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| Q |
110 |
agttcggttggtgttcaacacattattgacaaatgttattagaaataatcttttaaattattatc |
174 |
Q |
| |
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| T |
15358953 |
aggtcgattggtgttcaacagattattgacacttgttattacaaacagtcttttaaattattatc |
15358889 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 349 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 15362407 - 15362241
Alignment:
| Q |
349 |
ttagataattaattttt-caaataattctccgtgtctatgttcagataatttacaataaatgagttaaaaataacttatacaattttcgtgtatgttttc |
447 |
Q |
| |
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| T |
15362407 |
ttagataattaattttttcaattaattatccgtgtcaattttcagataatttacaataaatgagttaaaaataacttatacaattttcatgtatgttttc |
15362308 |
T |
|
| Q |
448 |
ttnnnnnnnnnnnnnnnnntcactttttaatctttatcaaatggatctttgttttgttttaagtatag |
515 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15362307 |
ttaaaaaaaaaaaaaaaaatcactttttaatctttatcaaatgga-ccttgttttgttttaagtatag |
15362241 |
T |
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