View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19192_low_46 (Length: 372)

Name: NF19192_low_46
Description: NF19192
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19192_low_46
NF19192_low_46
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (5-359)||(38253168-38253529)
chr2 (5-359)||(43156013-43156374)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (5-359)||(11473337-11473698)
chr1 (117-359)||(28246338-28246580)
chr1 (7-360)||(10465601-10465961)
chr1 (7-360)||(43735253-43735613)
chr1 (117-360)||(7282183-7282426)
chr1 (5-117)||(28246609-28246721)
chr1 (7-101)||(7282469-7282563)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-359)||(25381448-25381811)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (5-359)||(10124358-10124718)
chr6 (15-359)||(19308030-19308397)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-360)||(25862078-25862405)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (117-360)||(5910724-5910967)
chr3 (7-117)||(5910575-5910685)
chr3 (265-357)||(22981717-22981808)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 5 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 38253529 - 38253168
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  38253529 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 38253430  T
Q  105 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 197  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253429 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 38253330  T
Q  198 atatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 297  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253329 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 38253230  T
Q  298 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253229 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 38253168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 5 - 359
Target Start/End: Original strand, 43156013 - 43156374
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  43156013 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 43156112  T
Q  105 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 197  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156113 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 43156212  T
Q  198 atatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 297  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156213 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttaatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 43156312  T
Q  298 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156313 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 43156374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 5 - 359
Target Start/End: Original strand, 11473337 - 11473698
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  11473337 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 11473436  T
Q  105 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 197  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473437 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 11473536  T
Q  198 atatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 297  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473537 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 11473636  T
Q  298 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473637 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 11473698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 117 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 28246580 - 28246338
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  28246580 atttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggca 28246481  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatg 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246480 aaacatgaaggatcttgaagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatg 28246381  T
Q  317 ctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246380 ctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 28246338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 7 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 10465961 - 10465601
Alignment:
Q  7 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 106  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  10465961 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 10465862  T
Q  107 acatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 199  Q
    | |||||||||       ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  10465861 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 10465762  T
Q  200 atatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttgg 299  Q
    || |||| |||||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||    
T  10465761 atgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgg 10465662  T
Q  300 catactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgat 360  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||||    
T  10465661 catactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgat 10465601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 7 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 43735613 - 43735253
Alignment:
Q  7 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 106  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  43735613 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 43735514  T
Q  107 acatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 199  Q
    | |||||||||       ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  43735513 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 43735414  T
Q  200 atatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttgg 299  Q
    || |||| |||||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||    
T  43735413 atgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgg 43735314  T
Q  300 catactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgat 360  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||||    
T  43735313 catactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgat 43735253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 117 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 7282426 - 7282183
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |     
T  7282426 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaatacg 7282327  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatg 316  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  7282326 aaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcatactttgttcgcatg 7282227  T
Q  317 ctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgat 360  Q
    | ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||| |||||    
T  7282226 cattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgatttctgat 7282183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 28246721 - 28246609
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28246721 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 28246622  T
Q  105 aaacatacacaca 117  Q
    |||||||||||||    
T  28246621 aaacatacacaca 28246609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 7282563 - 7282469
Alignment:
Q  7 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgg 101  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  7282563 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgg 7282469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 5 - 359
Target Start/End: Original strand, 25381448 - 25381811
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25381448 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 25381547  T
Q  105 aaacatacacaca---------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 195  Q
    |||||||||||||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25381548 aaacatacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatatgtaccagttagacatgaatctgactctctttgt 25381647  T
Q  196 gaatatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 295  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25381648 gaatatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtagaaaatttgatactt 25381747  T
Q  296 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25381748 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggaaattcctga 25381811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 5 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10124718 - 10124358
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10124718 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggatagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 10124619  T
Q  105 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 197  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124618 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 10124519  T
Q  198 atatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 297  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124518 atat-tcatcacaaaggcaaaacatgaatgatcttggagagtttcatttaactgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 10124420  T
Q  298 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124419 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 10124358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 15 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 19308397 - 19308030
Alignment:
Q  15 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacat---- 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        
T  19308397 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacatacac 19308298  T
Q  111 ----------------acacac---atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctct 191  Q
                    ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19308297 acacacacacacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatttgactctct 19308198  T
Q  192 ttgtgaatatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgat 291  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308197 ttgtgattatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgat 19308098  T
Q  292 acttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308097 acttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctga 19308030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 360
Target Start/End: Original strand, 25862078 - 25862405
Alignment:
Q  38 tatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacatacacacat-------ttgaattgtttc 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||       |||| |||||||    
T  25862078 tatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatatacacacatactatatttgagttgtttc 25862177  T
Q  131 aagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatc 230  Q
    || | | ||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||    
T  25862178 aaaacgagt--aagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataagaaacatgaaggatc 25862275  T
Q  231 ttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgttt 330  Q
    ||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  25862276 ttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgccatactttgttcgcatgcattaaaagtgttt 25862375  T
Q  331 gaattgaatgatgttaaggtaattcctgat 360  Q
    ||  |||| |||||||| || |||||||||    
T  25862376 gagctgaacgatgttaaagtgattcctgat 25862405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 117 - 360
Target Start/End: Original strand, 5910724 - 5910967
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||        
T  5910724 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacccattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataag 5910823  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatg 316  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  5910824 aaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttcaattacttgtagttgtaagaagtatgaaacatttggcatactttgttcgcatg 5910923  T
Q  317 ctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgat 360  Q
      |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||    
T  5910924 gattaaaagtgtttgagttgaacgatgttaaagtgattcctgat 5910967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 117
Target Start/End: Original strand, 5910575 - 5910685
Alignment:
Q  7 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 106  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  5910575 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 5910674  T
Q  107 acatacacaca 117  Q
    | |||||||||    
T  5910675 atatacacaca 5910685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 265 - 357
Target Start/End: Original strand, 22981717 - 22981808
Alignment:
Q  265 atcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcct 357  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  22981717 atcacttgtagttgcaggaagtttga-acatttggcacactttgttcccatacattaaaagtgtttgggttgaatgatgttaaggttattcct 22981808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University