View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19193_low_1 (Length: 745)

Name: NF19193_low_1
Description: NF19193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19193_low_1
NF19193_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-735)||(12921001-12921717)
chr7 (19-721)||(12914378-12915079)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-186)||(31777366-31777530)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 12921717 - 12921001
Alignment:
Q  19 gtatgttgggtgatattgatgttgttgagtttgatcgtagatgggaggagcttctgcatgagtttgatttgtatggaaatagttggatgctggaaatgta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12921717 gtatgttgggtgatattgatgttgatgagtttgatcgtagatgggaggagcttctgcatgagtttggtttgcatggaaatagttggatgttggaaatgta 12921618  T
Q  119 tgaaaagcgagataagtgtgctactacacatatttggggaaagttttatgccagttttcggacgacttcaagatgtgaaggattgcactcggaatttggg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12921617 tgaaaagcgagataagtgtgctactacacatattcggggaaagttttatgccggttttcggacgacttcaagatgtgaaggattgcactcggaatttggg 12921518  T
Q  219 aaatatgtgaatgtactatcaaatcttgttgattttttgaaccaattttttcgttggcttaatcacttgacgtacaaagaaatgcagatggattacgtaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12921517 aaatatgtgaatgtactatcaaattttgttgattttttgaaccaattttttcgttggcttaatcacttgatgtacaaagaaatgcagatggattacgtaa 12921418  T
Q  319 cttcctttggtgaaaccgttcttcaaaccccactcaaatgtctagagaggtcagctgccaatttgtacactaggtctgtttttcatatgtttaggccgat 418  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12921417 cttcgtttggtgacaccgttcttcaaaccccacacaaatgtctagagaggtcagctgccaatttgtacactaggtcagtttttcatatgtttaggccgat 12921318  T
Q  419 gttggaaagggcttgtcgttgcaaggttgagccagggggtaatagtggttcaatctttacctatatgttatctaaatatcctagacaagatgttcactgg 518  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12921317 gttggaaagggattgtcgttgcaaggttgagccagggggtaatagtggttcaatctttacctatatgttatctaaatatcctcgacaagatgttcactgg 12921218  T
Q  519 actgttactttttgtcaagaaagcttaagatttggttgctcttgtatgaggcttgagtcattgggcattccttgtgagcatattgtatctgttttaattc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12921217 actgttactttttgtcaagaaagcttaagatttggttgctcttgtatgaggcttgagtcattgggcattccttgtgagcatattgtatctgttttaattc 12921118  T
Q  619 atcttaacatcattgtcatgcccagttctattattctgctgagatggacgaaaggtgtgaaagatgctgttaacgctgcaaatgcaaatagttctagcca 718  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12921117 atcttaacatcattgtcatgcccatttctattattctgccgagatggacgaaaggtgtgaaagatgctgttaacgctgcaaatgcaaatagttccagcca 12921018  T
Q  719 acatgatcccgcctttg 735  Q
    || ||||||||||||||    
T  12921017 acttgatcccgcctttg 12921001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 721
Target Start/End: Original strand, 12914378 - 12915079
Alignment:
Q  19 gtatgttgggtgatattgatgttgttgagtttgatcgtagatgggaggagcttctgcatgagtttgatttgtatggaaatagttggatgctggaaatgta 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12914378 gtatgttggatgatattgatgttgatgagtttgatcgtagatgggaggagcttctgcatgagtttggtttgtatggaaataggtggatgttggaaatgta 12914477  T
Q  119 tgaaaagcgagataagtgtgctactacacatatttggggaaagttttatgccagttttcggacgacttcaagatgtgaaggattgcactcggaatttggg 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12914478 tgaaaagcgagataagtgggctactgcacatattcggggaaagttttatgccggtttttggacgacttcaagatgtgaaggattgcactcggaatttggg 12914577  T
Q  219 aaatatgtgaatgtactatcaaatcttgttgattttttgaaccaattttttcgttggcttaatcacttgacgtacaaagaaatgcagatggattacgtaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12914578 aaatatgtgaatgtactatcaaatattgttgattttttgaaccaattttttcgttggcttaatcacttgaagtacaaagaaatgcagatggattacgtaa 12914677  T
Q  319 cttcctttggtgaaaccgttcttcaaaccccactcaaatgtctagagaggtcagctgccaatttgtacactaggtctgtttttcatatgtttaggccgat 418  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12914678 cttcgtttggtgacaccgttcttcaaaccccacacaaatgtctagagaggtcagttgccaatttgtacactaggtcagtttttcatatgtttaggccgat 12914777  T
Q  419 gttggaaagggcttgtcgttgcaaggttgagccagggggtaatagtggttcaatctttacctatatgttatctaaatatcctagacaagatgttcactgg 518  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12914778 gttggaaagggc-tgtcgttgcaaggttgagccagggggtaatagtggttcaatcttaacctatatggtatctaaatatcctagacaagatgttcactgg 12914876  T
Q  519 actgttactttttgtcaagaaagcttaagatttggttgctcttgtatgaggcttgagtcattgggcattccttgtgagcatattgtatctgttttaattc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12914877 actgttactttttgtcaagaaagcttaagatttggttgctcttgtatgaggcttgagtcattgggaattccttgtgagcatattgtatctgttttaattc 12914976  T
Q  619 atcttaacatcattgtcatgcccagttctattattctgctgagatggacgaaaggtgtgaaagatgctgttaacgctgcaaatgcaaatagttctagcca 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12914977 atcttaacatcattgtcatgcccagttctattattctgccgagatggacgaaaggtgtgaaagatgctgttaacgctgcaaatgcaaatagttccagcca 12915076  T
Q  719 aca 721  Q
    |||    
T  12915077 aca 12915079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 31777530 - 31777366
Alignment:
Q  22 tgttgggtgatattgatgttgttgagtttgatcgtagatgggaggagcttctgcatgagtttgatttgtatggaaatagttggatgctggaaatgtatga 121  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||| |||| | | ||||||||||||| | || |||||  |    
T  31777530 tgttgggtgattttgatgttgctgagtttgatcgtaaataggaagagcttgtgcttgagtttggtttggaggaaaatagttggatgattgagatgtacca 31777431  T
Q  122 aaagcgagataagtgtgctactacacatatttggggaaagttttatgccagttttcggacgactt 186  Q
    |||| || | | ||| || ||| |||||||| |||| ||||||| |||  ||||| |||| ||||    
T  31777430 aaagagaaagatgtgggccactgcacatattcggggcaagttttttgctggttttaggactactt 31777366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University