View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19198_low_6 (Length: 502)
Name: NF19198_low_6
Description: NF19198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19198_low_6 |
 | |
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| [»] chr8 (5 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 502
Target Start/End: Original strand, 17753963 - 17754445
Alignment:
| Q |
20 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
119 |
Q |
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| T |
17753963 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
17754062 |
T |
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| Q |
120 |
ttatatggtcataggtcatattannnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatg |
219 |
Q |
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| T |
17754063 |
ttatatggtggtaggtcttattattcttttcttttccattttatggtcttaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatg |
17754162 |
T |
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| Q |
220 |
aggacgttgacattataacagtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccga |
319 |
Q |
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| T |
17754163 |
aggacgttgacattataacagtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccga |
17754262 |
T |
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| Q |
320 |
tgttcctgaacaggatgacatgttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatgga |
419 |
Q |
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| T |
17754263 |
tgttcctgaacaggatgacaggttgttagatagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatgga |
17754362 |
T |
|
| Q |
420 |
catacgatgagtcatgcgtcaagtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattcc |
502 |
Q |
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| T |
17754363 |
catatgatgagtcgtgcctcaagtccagttgaaggtaatgtcacgcgatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattcc |
17754445 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 502
Target Start/End: Original strand, 17762950 - 17763432
Alignment:
| Q |
20 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
119 |
Q |
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| T |
17762950 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
17763049 |
T |
|
| Q |
120 |
ttatatggtcataggtcatattannnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatg |
219 |
Q |
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| T |
17763050 |
ttatatggtggtaggtcttattattcttttcttttccattttatggtcttaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatg |
17763149 |
T |
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| Q |
220 |
aggacgttgacattataacagtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccga |
319 |
Q |
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| T |
17763150 |
aggacgttgacattataacagtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccga |
17763249 |
T |
|
| Q |
320 |
tgttcctgaacaggatgacatgttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatgga |
419 |
Q |
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| T |
17763250 |
tgttcctgaacaggatgacaggttgttagatagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatgga |
17763349 |
T |
|
| Q |
420 |
catacgatgagtcatgcgtcaagtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattcc |
502 |
Q |
| |
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|
| T |
17763350 |
catatgatgagtcgtgcctcaagtccagttgaaggtaatgtcacgcgatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattcc |
17763432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 20 - 501
Target Start/End: Original strand, 15735914 - 15736395
Alignment:
| Q |
20 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
119 |
Q |
| |
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|
| T |
15735914 |
cttttgctcctgatttcaaagagatcgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaatactgagactgataaggtatgtgaacg |
15736013 |
T |
|
| Q |
120 |
ttatatggtcataggtcatattannnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatg |
219 |
Q |
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|
| T |
15736014 |
ttatatggtcatagtacttattattctttcattttccattttatggtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaaggatctgatgtcaatgaagacg |
15736113 |
T |
|
| Q |
220 |
aggacgttgacattataacagtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccga |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| | ||| |
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| T |
15736114 |
aggacgttgacattgagacagtagagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctgccagcatctccctgccgcga |
15736213 |
T |
|
| Q |
320 |
tgttcctgaacaggatgacatgttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatgga |
419 |
Q |
| |
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| T |
15736214 |
tgttcctgaacaggaagacaggtttttagaaagttcttcaaagattggggacagcaataactccggatcaccattttccgaagaagtggtagcaaatgga |
15736313 |
T |
|
| Q |
420 |
catacgatgagtcatgcgtcaagtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattc |
501 |
Q |
| |
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|
| T |
15736314 |
catatgatgagtcatgcctcaagtccagttgaaggtaatgtcatgccattcaaaatatgcttgtaacatattattttcattc |
15736395 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 150 - 501
Target Start/End: Original strand, 17740109 - 17740460
Alignment:
| Q |
150 |
cttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataacagtcgagaagg |
249 |
Q |
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| T |
17740109 |
cttttcctttttatggtctcaatcaagttcatatccttgcaggtaaaaggatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattgtgacagtcgagaagg |
17740208 |
T |
|
| Q |
250 |
atcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgacatgttgttaga |
349 |
Q |
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| T |
17740209 |
atcctaatttcagcgactctgatatgtctgaggaagagctacgttatctaccagtatctcccattcccgatgttcctgaacaggaagacaggcttttaga |
17740308 |
T |
|
| Q |
350 |
tagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatacgatgagtcatgcgtcaagtccagtt |
449 |
Q |
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| T |
17740309 |
tagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcagaagaagtggtagcaaatggacacatgatgagtcatgcctcaagtccactt |
17740408 |
T |
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| Q |
450 |
gaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattttcattc |
501 |
Q |
| |
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| T |
17740409 |
gaaggtaatgtcacaccatgcaaaatatgcttgtaacggagtattttcattc |
17740460 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 142
Target Start/End: Original strand, 17739809 - 17739931
Alignment:
| Q |
20 |
cttttgctcctgatttcatagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacg |
119 |
Q |
| |
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| T |
17739809 |
cttttgctcctgatttcaaagagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaatcctgacactgataatgtatgtgaaca |
17739908 |
T |
|
| Q |
120 |
ttatatggtcataggtcatatta |
142 |
Q |
| |
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| T |
17739909 |
ttatatggtcataggtcttatta |
17739931 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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