View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19212_high_1 (Length: 1056)

Name: NF19212_high_1
Description: NF19212
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19212_high_1
NF19212_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (34-1056)||(24493177-24494199)
[»] scaffold0003 (3 HSPs)
scaffold0003 (482-1056)||(92975-93549)
scaffold0003 (34-443)||(92542-92951)
scaffold0003 (510-541)||(92945-92976)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 991; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 991; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 1056
Target Start/End: Original strand, 24493177 - 24494199
Alignment:
Q  34 tgttttccttggttattctacacaatatcactcttacatttgtctagaccgagccactcgaagagtgcatttatctcgtcatgttgtttttgttgaagac 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493177 tgttttccttggttattctacacaatatcactcttatatttgtctagaccgagccactcgaagagtgcatttatctcgtcatgttgtttttgttgaagac 24493276  T
Q  134 cagtttcctttctcccatcaaaacccccaaacctcacctccattactgcccacttcccaacatccgtggctcccactccctaatatcttggcccacccac 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24493277 cagtttcctttctcccatcaaaacccccaaacctcacctccattactgctcacttcccaacatccgtggctcccactccctaatatcttttcccacccac 24493376  T
Q  234 atcagcctagaacctcagaaaccataatcaataattcaaccacacctccatcaacccaacccactccttcaaacacaaatagcattcaaccatcaccttc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493377 atcagcctagaacctcagaaaccataatccataattcaaccacacctccatcaacccaacccactccttcaaacacaaatagcattcaaccatcaccttc 24493476  T
Q  334 acccacgcttacatcctcatcacaaaccacaccaccattggagcgcatatcaacgtcatcctctgaatttttgagacccatcacacgatccatgcataac 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493477 acccacgcttacatcctcatcacaaaccacaccaccattggagcgcatatcaacgtcatcctctgaatttttgagacccatcacacgatccatgcataac 24493576  T
Q  434 atacacaagccaaacaaaaagtatttgttggtcacaaaacatcctttaccatcatcgcttgaacctacatgtgtatcacaagcaatggcttcttctgaat 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493577 atacacaagccaaacaaaaagtatttgttggtcacaaaacatcctttaccatcatcgcttgaacctacatgtgtatcacaagcaatggcttcttctgaat 24493676  T
Q  534 ggcgtgccgccatggcatcagaatttaatgcattgatgcaacaggggacttgggatctagttccgaaaaacacagcgtctaatctcattggatgtaagtg 633  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493677 ggtgtgccgccatggcatcagaatttaatgcattgatgcaacaggggacttgggatctagttcctaaaaacacagcgtctaatctcattggatgtaagtg 24493776  T
Q  634 ggtgtttcgggtgaaacgtcggccagacggctccattgatagatacaaggcacgtctagtcgcgaaaggatttcatcaacgtcctggactagattatgat 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493777 ggtgtttcgggtgaaacgtcggccagacggctccattgatagatacaaggcacgtctagtcgcgaaaggatttcatcaacgtcctggactagattatgat 24493876  T
Q  734 caaacattcagtcctgtgattaagccttcaacagttcggttggttcttacattggccattcaacaacgctggcacattcaccagttggatgtaaacaatg 833  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493877 caaacattcagtcctgtgattaagccttcaacagttcggttggttcttacattggccattcaacaacgctggcacattcaccagttggatgtaaacaatg 24493976  T
Q  834 cgttcttgcatggtaagctttcagaaactgtatacatgcaacaaccaccgggatttcatcatccagattaccctaatcatgtttgtcggctaaagaaatc 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493977 cgttcttgcatggtaagctttcagaaattgtatacatgcaacaaccaccgggatttcatcatccagattaccctaatcatgtttgtcggctaaagaaatc 24494076  T
Q  934 tttgtatggcctaaaacaggcccctcgggcatggtttaacaccttacattctttcttactctcctatgggtttgtcaattccaaatctgatccatcatta 1033  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494077 tttgtatggcctaaaacaggcccctcgggcatggtttaacaccttacattctttcttactctcctatgggtttgtcaattccaaatctgatccatcatta 24494176  T
Q  1034 ttcatctatctcaaaggtgatgt 1056  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  24494177 ttcatctatctcaaaggtgatgt 24494199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 482 - 1056
Target Start/End: Original strand, 92975 - 93549
Alignment:
Q  482 ccatcatcgcttgaacctacatgtgtatcacaagcaatggcttcttctgaatggcgtgccgccatggcatcagaatttaatgcattgatgcaacagggga 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92975 ccatcatcgcttgaacctacatgtgtatcacaagcaatggcttcttctgaatggagtgccgccatggcatcagaatttaatgcattgatgcaacagggga 93074  T
Q  582 cttgggatctagttccgaaaaacacagcgtctaatctcattggatgtaagtgggtgtttcgggtgaaacgtcggccagacggctccattgatagatacaa 681  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  93075 cttgggatctagttccaaaaaacacagcgtctaatctcattggatgtaagtgggtgtttcgggtgaaacgtcggccagacggctccattgacagatacaa 93174  T
Q  682 ggcacgtctagtcgcgaaaggatttcatcaacgtcctggactagattatgatcaaacattcagtcctgtgattaagccttcaacagttcggttggttctt 781  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93175 ggcacgtctagtcgcgaaaggatttcatcaatgtcatggactagattatgatcaaacattcagtcctgcgattaagccttcaacagttcggttggttctt 93274  T
Q  782 acattggccattcaacaacgctggcacattcaccagttggatgtaaacaatgcgttcttgcatggtaagctttcagaaactgtatacatgcaacaaccac 881  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93275 acattggccattcaacaacgctggcacattcaccagttggatgtaaacaatgtgttcttgcatggtaagctttcagaaactgtatacatgcaacaaccac 93374  T
Q  882 cgggatttcatcatccagattaccctaatcatgtttgtcggctaaagaaatctttgtatggcctaaaacaggcccctcgggcatggtttaacaccttaca 981  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  93375 caggatttcatcatctagattaccctaatcatgtttgtcggctaaagaaatctttgtatggcctaaaacaggcccctcgggcatggttcaacaccttaca 93474  T
Q  982 ttctttcttactctcctatgggtttgtcaattccaaatctgatccatcattattcatctatctcaaaggtgatgt 1056  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93475 ttctttcttactctcctatggatttgtcaattcaaaatctgatccatcattattcatctatctcaaaggtgatgt 93549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 443
Target Start/End: Original strand, 92542 - 92951
Alignment:
Q  34 tgttttccttggttattctacacaatatcactcttacatttgtctagaccgagccactcgaagagtgcatttatctcgtcatgttgtttttgttgaagac 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92542 tgttttacttggttattctacacaatatcactcttacatttgtctagatcgagccactcgaagagtgcatttatctcgtcatgttgtttttgttgaagac 92641  T
Q  134 cagtttcctttctcccatcaaaacccccaaacctcacctccattactgcccacttcccaacatccgtggctcccactccctaatatcttggcccacccac 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  92642 cagtttcctttctcccatcaaaacccccaaacctcacctccattactgcccactccccaacatccgtggctcccactccctaatatcttaacccacccac 92741  T
Q  234 atcagcctagaacctcagaaaccataatcaataattcaaccacacctccatcaacccaacccactccttcaaacacaaatagcattcaaccatcaccttc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92742 atcagcctagaacctcagaaaccataatccataattcaaccacacctccatcaaccaaacccactccttcaaacacaaatagcattcaaccatcaccttc 92841  T
Q  334 acccacgcttacatcctcatcacaaaccacaccaccattggagcgcatatcaacgtcatcctctgaatttttgagacccatcacacgatccatgcataac 433  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92842 actcacgcttacatcctcatcacaaaccacaccaccattggagcgcatatcaacgtcatcctctgaatatttgagacccatcacacgatccatgcataac 92941  T
Q  434 atacacaagc 443  Q
    ||||||||||    
T  92942 atacacaagc 92951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 510 - 541
Target Start/End: Original strand, 92945 - 92976
Alignment:
Q  510 cacaagcaatggcttcttctgaatggcgtgcc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92945 cacaagcaatggcttcttctgaatggcgtgcc 92976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University