View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19213_low_4 (Length: 433)

Name: NF19213_low_4
Description: NF19213
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19213_low_4
NF19213_low_4
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (23-333)||(45338515-45338825)
chr2 (23-333)||(45336203-45336513)
chr2 (23-333)||(17648811-17649125)
chr2 (70-333)||(14662318-14662584)
chr2 (178-307)||(1454025-1454155)
chr2 (177-295)||(132764-132882)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (23-333)||(32797950-32798260)
chr5 (23-333)||(32800262-32800572)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (23-333)||(44734096-44734406)
chr8 (19-328)||(44731781-44732090)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-333)||(1550100-1550411)
chr1 (23-333)||(9535199-9535509)
chr1 (256-301)||(47695724-47695769)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (23-333)||(28784457-28784767)
chr3 (23-333)||(48707585-48707901)
chr3 (70-301)||(48023922-48024157)
chr3 (147-284)||(5354551-5354688)
chr3 (23-239)||(48025095-48025316)
chr3 (70-223)||(48027291-48027448)
chr3 (70-239)||(48024535-48024708)
chr3 (191-326)||(5913484-5913618)
chr3 (276-333)||(5353449-5353506)
chr3 (23-85)||(5907718-5907781)
chr3 (110-195)||(5907771-5907859)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (23-332)||(22804553-22804864)
chr4 (70-307)||(7230881-7231118)
chr4 (23-85)||(44640115-44640179)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (64-333)||(13108714-13108986)
chr7 (23-333)||(13111006-13111321)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (65-326)||(6723446-6723711)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 45338515 - 45338825
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45338515 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 45338614  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45338615 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 45338714  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45338715 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 45338814  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
45338815 aaacattgttg 45338825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 45336203 - 45336513
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
45336203 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtgtaagtttaagtgtcatatttaga 45336302  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45336303 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 45336402  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45336403 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 45336502  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
45336503 aaacattgttg 45336513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 17648811 - 17649125
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgt--tg-ttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagtt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||  || |  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  | ||||||| ||    
17648811 tgttggagattgatatttttctgttttgttaattacttgtgtgctgctgtttttctgtcataattagcttgttgcttgtttaagtt--aatgtcataatt 17648908  T
120 agattgttgcttatttggtaagt--aagagtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagatt 216  Q
    |||||||||||||||  ||| ||  || ||||| ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
17648909 agattgttgcttattaagtatgtaaaatagtccttaggtaatgatgtctaatattcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcatatt 17649008  T
217 ttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttg 316  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
17649009 ttatgttcaatcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgttatgtatgcttcagctaaatgtatcaaagtatcttagttttttttactttg 17649108  T
317 ttcacaaaacattgttg 333  Q
    |||||||||||||||||    
17649109 ttcacaaaacattgttg 17649125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 70 - 333
Target Start/End: Original strand, 14662318 - 14662584
Alignment:
70 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaaga--gtcc-taggtaatgatatcta 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||||| ||||    
14662318 ttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataattagatcgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtcta 14662417  T
167 tggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgt 265  Q
    | |||  |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
14662418 ttgttgctaggtaataatgactagtgcttaagagtagatttcgtgcagatcttatgttcagttttacaagcaagtttatggcttggctctatatatttgt 14662517  T
266 agtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaacattgttg 333  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||||||||    
14662518 agtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttag-tttttttactttgttcctaaaacattgttg 14662584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 178 - 307
Target Start/End: Original strand, 1454025 - 1454155
Alignment:
178 taatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga-ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgctt 276  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1454025 taatgatgactagtgtttaaaatagatttactgcagagttttattttcaattttacaagaaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgctt 1454124  T
277 aagtttaatgtatcaaagtatcttagctttt 307  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
1454125 cagtttaatgtatcaaagtatcttagatttt 1454155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 177 - 295
Target Start/End: Original strand, 132764 - 132882
Alignment:
177 gtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgctt 276  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
132764 gtaatgatggctagtgtttagagtagatttattgcagatttgattttcagtcttacaggcagacttatggcttgcctctatatatttgtagtgtatgctt 132863  T
277 aagtttaatgtatcaaagt 295  Q
     ||||| |||||| |||||    
132864 cagtttgatgtattaaagt 132882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 32797950 - 32798260
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
32797950 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattaga 32798049  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32798050 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 32798149  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32798150 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 32798249  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
32798250 aaacattgttg 32798260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 32800262 - 32800572
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
32800262 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattaga 32800361  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32800362 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 32800461  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32800462 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 32800561  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
32800562 aaacattgttg 32800572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 44734096 - 44734406
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
44734096 tgttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagg 44734195  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44734196 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 44734295  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44734296 ttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 44734395  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
44734396 aaacattgttg 44734406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 328
Target Start/End: Original strand, 44731781 - 44732090
Alignment:
19 aaactgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagt 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44731781 aaaccgttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagt 44731880  T
119 tagattgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagatttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44731881 tagattgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtatatggttcttaggtgatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagatttt 44731980  T
219 atgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgtt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
44731981 atgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttttt 44732080  T
319 cacaaaacat 328  Q
    ||||||||||    
44732081 cacaaaacat 44732090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 1550100 - 1550411
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
1550100 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttatgtcataattaatgtgttgcttgtataagtttaagtgtcatagttaga 1550199  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1550200 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 1550299  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc-ttttagtactttgttcac 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
1550300 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtaatgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagctttttagtactttgttcac 1550399  T
322 aaaacattgttg 333  Q
    ||||||||||||    
1550400 aaaacattgttg 1550411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 9535199 - 9535509
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
9535199 tgttggagattgatatttttctggtttaataattaattgtgttgttattttctgtcaaaattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattaga 9535298  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
9535299 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatttctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgtagattttatgt 9535398  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9535399 ttagtcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 9535498  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
9535499 aaacattgttg 9535509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 256 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 47695769 - 47695724
Alignment:
256 atatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatctta 301  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
47695769 atatatttgcagtgtatgctttagtttaatgtatcaaattatctta 47695724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 28784457 - 28784767
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
28784457 tgttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctctcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgttatagttaga 28784556  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28784557 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgt 28784656  T
223 ttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28784657 ttagtcttacaagcaagcttatggcttgattctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcaca 28784756  T
323 aaacattgttg 333  Q
    |||||||||||    
28784757 aaacattgttg 28784767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 48707901 - 48707585
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagt------gtcata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||    
48707901 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtttaagtgtcata 48707802  T
117 gttagattgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagatt 216  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
48707801 gttagattgttgtttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtctatggtttttaggtaatgatgactagtgtttaaagtagatttagtgtagatt 48707702  T
217 ttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
48707701 ttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaaatttaacgtatcaaagtatcttagcttttagtactttg 48707602  T
317 ttcacaaaacattgttg 333  Q
    ||||||||| |||||||    
48707601 ttcacaaaatattgttg 48707585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 70 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 48024157 - 48023922
Alignment:
70 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaaga--gtccta-ggtaatgatatcta 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||| | ||||||||| ||||    
48024157 ttttctgtcataattaaagtgttacttgtttatgtataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgtcta 48024058  T
167 tggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgt 265  Q
      |  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
48024057 atgaacttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgcagattttatgttcagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgt 48023958  T
266 agtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatctta 301  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
48023957 agtgtatgcttcagtttaatgtataaaagtatctta 48023922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 147 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5354688 - 5354551
Alignment:
147 gtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatgg 246  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
5354688 gtcctaggtaatgatgtttatggttcttaggtaataatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagtaagcttatgg 5354589  T
247 cttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5354588 cttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaa 5354551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 48025316 - 48025095
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattg-tgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||  |  || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||    
48025316 tgttggagattgatatttttctgttttgttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtataaatgtcataattag 48025217  T
122 attgttgcttatttggtaagtaa---gagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagtagatttagtgcagattt 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||    |  || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
48025216 attgttgcttatttagtaagtaaaacaatcccaagttaatgatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgtagattt 48025117  T
218 tatgtttagtcttacaagcaag 239  Q
    ||||||   |||||||||||||    
48025116 tatgttccttcttacaagcaag 48025095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48027448 - 48027291
Alignment:
70 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagt--aagagt-cctaggtaatgatatcta 166  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || ||| ||||||||||||| ||||    
48027448 ttttctgccataatttaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtcta 48027349  T
167 tggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagtagatttagtgcagattttatgtt 223  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
48027348 ttgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgtagattttatgtt 48027291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 48024708 - 48024535
Alignment:
70 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaaga--gtccta-ggtaatgatatcta 166  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||| | ||||||||| | ||    
48024708 ttttctgtcataattaaaatgttgcatgtttatgtataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgttta 48024609  T
167 tggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaag 239  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||    
48024608 ttgttcttaggtaatgatgactagtgcttaatagtagatttagtgtagattttatgttccttcttacaagcaag 48024535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 191 - 326
Target Start/End: Original strand, 5913484 - 5913618
Alignment:
191 tgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatc 290  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   ||||| |  |  ||||||||||    
5913484 tgtttagagtagatttaatgcagattttatgttcaatcttacaagcaagcttatggtttgactctatatatttgttaagtatgatacaacttaatgtatc 5913583  T
291 aaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaac 326  Q
    ||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||    
5913584 aaagtatctcaactttt-ttactttgttctcaaaac 5913618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 276 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 5353506 - 5353449
Alignment:
276 taagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaacattgttg 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5353506 taagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaacattgttg 5353449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 85
Target Start/End: Original strand, 5907718 - 5907781
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtg-ttgttattttctgtcataatta 85  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
5907718 tgttggagattgatatttttctggtttaataattacttgtgtttgtaattttctgtcataatta 5907781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 195
Target Start/End: Original strand, 5907771 - 5907859
Alignment:
110 tgtcatagttagattgttgcttatttggtaagt--aagagtc-ctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgttt 195  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||  || |||| ||||||||| || | || |||||||||||||||||||||| |||||    
5907771 tgtcataattagattgttgcttatttagcaagtgaaaaagtctctaggtaataatgtatacggttcttaggtaatgatgactaatgttt 5907859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 23 - 332
Target Start/End: Original strand, 22804553 - 22804864
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
22804553 tgttggagattgatatttttctggtttaataattaattgtgttgttattttctctcataattaatgcgttgcttgtttaagtttaagtgccataattaga 22804652  T
123 ttgttgcttatttggtaagtaa--gagtcctaggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttat 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
22804653 ttgctgcttatttggtaagtaaaagagtcctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttaatgcagattttat 22804752  T
221 gtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttca 320  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
22804753 gtttagtcttacaaacagacttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatcttaacttttagtacttttttca 22804852  T
321 caaaacattgtt 332  Q
    ||||| ||||||    
22804853 caaaatattgtt 22804864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 70 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 7231118 - 7230881
Alignment:
70 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatcta 166  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||    
7231118 ttttctgtcataattagattgttgcttgtttaagtt--agtgtcataattagattgctgcttatttagtaagtaaagtagtccgtaggtaatgatgtcta 7231021  T
167 tggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgta 266  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||     
7231020 tggttcctaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcagattttatgttcaatcttccaagaaagtttatggcttggctctatat-tttgtt 7230922  T
267 gtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagctttt 307  Q
     ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||    
7230921 atgtatgctttaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt 7230881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 85
Target Start/End: Original strand, 44640115 - 44640179
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaat-aattaattgtgttgtt-attttctgtcataatta 85  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||  ||||||||||||||||    
44640115 tgttggagattgatatttttctggtttaataaatgatttgtgttgttgtttttctgtcataatta 44640179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 64 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 13108986 - 13108714
Alignment:
64 ttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaaga--gtcc-taggtaatga 160  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||||    
13108986 ttgttgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatttataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatga 13108887  T
161 tatctatggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatat 259  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
13108886 tacatattgttcttgggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagaacatattttatattcagtcttacaagcaaacttatggcttgactccatat 13108787  T
260 atttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaacattgttg 333  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
13108786 atttgtagtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttagctttt-ttactttgttcacaaaacattgttg 13108714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 13111321 - 13111006
Alignment:
23 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgt-tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || |   || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||    
13111321 tgttggagattgatatttttctgttttgttaattactttttactgctgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtagaagtgccataattag 13111222  T
122 attgttgcttatttggtaagtaaga--gtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagtagatttagtgcagattt 217  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  |||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
13111221 attgttgcttatttagtaagtaaaatagtccctaggtaataatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgcaaattt 13111122  T
218 tatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgt 317  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||    
13111121 tatgctcactcttacaagcaagcttatggcttggctcaatatatttgtattttatgcttcagtttaatgtatcaaaatattttagtttttattactttgt 13111022  T
318 tcacaaaacattgttg 333  Q
    |||||||| |||||||    
13111021 tcacaaaatattgttg 13111006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 65 - 326
Target Start/End: Original strand, 6723446 - 6723711
Alignment:
65 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaaga--gtcc-taggtaatgat 161  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||| || ||    
6723446 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtgataat 6723545  T
162 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttat--gtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatat 259  Q
     | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||  ||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
6723546 gtttattgttcttaggtaatgatgactcgtgtttagagtagatttaatacaaattttatatgttgagtcttacaaacaaacttatgacttggctctatat 6723645  T
260 atttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactttgttcacaaaac 326  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
6723646 atttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagcattt-gtactttgttctcaaaac 6723711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University