View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19216_low_13 (Length: 399)

Name: NF19216_low_13
Description: NF19216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19216_low_13
NF19216_low_13
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (17-380)||(2951395-2951758)
chr6 (17-380)||(2926613-2926976)
chr6 (17-377)||(2934055-2934415)
chr6 (17-377)||(3004043-3004400)
chr6 (20-370)||(2997662-2998012)
chr6 (20-377)||(2963938-2964301)
chr6 (17-361)||(2982338-2982688)
chr6 (17-311)||(2659265-2659559)
chr6 (157-361)||(2972470-2972676)
chr6 (259-380)||(2929339-2929460)
chr6 (20-119)||(2973727-2973826)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-380)||(3338634-3338997)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (17-372)||(35486-35844)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-132)||(49618096-49618197)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 17 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2951758 - 2951395
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||  ||||||||||    
T  2951758 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcagaataacaacttttgaaatcagataagata 2951659  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2951658 gattctatgtagacaactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2951559  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||   ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||    
T  2951558 ggtgaccatggtgaaaggggccaatggaaacgaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgcctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaacactc 2951459  T
Q  317 atcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggaggat 380  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2951458 atctgttgaaggtggatgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcaggaggat 2951395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2926976 - 2926613
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  2926976 ttgaattataaaagcggaattgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaatcagataagata 2926877  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2926876 gattctatgtagccgactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2926777  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| || ||||| ||||||||    
T  2926776 gttgaccgtggtgaaaggggccaatagaaacgaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttatagatacaacagtc 2926677  T
Q  317 atcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggaggat 380  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2926676 atcggttgaaggtgactctgctgtgttgagcatggaattgatatccttcagcaagcgggaggat 2926613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2934415 - 2934055
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  2934415 ttgaattataaaagcggaatctattaaaattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcagaataacaacgtttgaaatcagataagata 2934316  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2934315 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2934216  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||    
T  2934215 ggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataagggaccttatagatgcaacagtc 2934116  T
Q  317 atcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggag 377  Q
    |||||||||||||| || |||| ||| |||||| |||||||||||| | ||||||| ||||    
T  2934115 atcggttgaaggtgactctgctttgtcgagcatggcattgatatcaataaccaagctggag 2934055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 377
Target Start/End: Original strand, 3004043 - 3004400
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |    
T  3004043 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaatcagataagaca 3004142  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3004143 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgattttccatgttttggagctggg 3004242  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |     
T  3004243 ggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaacactt 3004342  T
Q  317 atcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggag 377  Q
    ||||   ||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  3004343 atcg---gaaggtggctcggctgtgttgagcatggcattgatatcatccaccaagctggag 3004400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 370
Target Start/End: Original strand, 2997662 - 2998012
Alignment:
Q  20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||     
T  2997662 aattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaattagataagatagaa 2997761  T
Q  120 tctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgggggt 219  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||| | || |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| || |    
T  2997762 tctacgtagcatactaagtcatttaaacatgcctcagttcgttggagaaaagctttgaagtgaatgagtttctgaggttccatgttttggagctgtggat 2997861  T
Q  220 gaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtcatc 319  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| | |||  |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  2997862 gaccatggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctgcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcacc 2997961  T
Q  320 ggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaa 370  Q
    |||||||||||||| ||||   |  ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2997962 ggttgaaggtggctctgctccttcaagcatggcattgatatcatccaccaa 2998012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2964301 - 2963938
Alignment:
Q  20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||  |||||||||||      
T  2964301 aattataaaaccagaatcgattaagattaacttgacaagttcatcatgagaaaatggtagagtttcggaataacagcatttgaaatcagataagatagca 2964202  T
Q  120 tctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaa------gct 213  Q
    ||||||||| |||| |  |||||||||  ||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || | |||||||||||| |      | |    
T  2964201 tctatgtagtagaccatttcgtttaaagttgtctcggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttttgtcgttccatgttttggatctgggggt 2964102  T
Q  214 gggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaaca 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||  | |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  2964101 gggggtgaccgtggtgaaaggggccgatggaaacgaacttgggggtgtatgcgttttcgttgagtgtgcgaatatcagaggggaccttgtagatgcaaca 2964002  T
Q  314 gtcatcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggag 377  Q
     |||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||||||| ||||||||||||    
T  2964001 atcataggttgaaggtggctctgctgtgtcgagcatggttttgatatcattaaccaagcgggag 2963938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 2982688 - 2982338
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |  ||||||||  ||||||||||    
T  2982688 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcattatgagaaaatggtaggggttcagaataacagtgtttgaaatcagataagata 2982589  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgg- 215  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||| |||||| | || |||| |||||| ||||||| |||||||||||| || |||     
T  2982588 gaatctacgtagcagaccaagtcgtttaaagatgcctcggttcgttgaagaaaagctttgaagtgaatgagcttctgacgttccatgttttggagatgga 2982489  T
Q  216 -----gggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgca 310  Q
          |||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| |||  | ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2982488 ggcctaggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacattgggggtgtatgcgttttcgttgactgtgcgaataacagaggggaccttgtagatgca 2982389  T
Q  311 acagtcatcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatc 361  Q
    || ||| | ||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||    
T  2982388 acggtccttggttggaggtggctctgcgctgtcgagcatcgcattgatatc 2982338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 2659265 - 2659559
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||    
T  2659265 ttgaattataaaacaggaatcgattaagattaacttaacaagttcattatcagaaaatggtagggtttcggaataacaacttttgaaacgagataagtta 2659364  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||| ||||| || ||| |||  || ||||||||  ||||||| |||||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  2659365 gattttatgttgctgaccaaggtgtctaaacatgcattggttcgttggagaaaagctttcaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctggg 2659464  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaa 311  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||| |   | ||||||||||| | ||| |||  | |||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  2659465 ggtgatcatggtgaaaggggccaatggaaacgagagtgggggtgtatgctttttcgttgagtgtgcgaatagcagaggggaccttgtagatgcaa 2659559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 157 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 2972676 - 2972470
Alignment:
Q  157 ttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttagg 256  Q
    |||||| ||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||| || || ||    
T  2972676 ttcttttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggtttgaacgtggtgaaaggggccaatggaaacgactttggg 2972577  T
Q  257 ggtg--tatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtcatcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcat 354  Q
     |||  ||||| ||||| |||  |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||    
T  2972576 agtgtatatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagcatcacat 2972477  T
Q  355 tgatatc 361  Q
    |||||||    
T  2972476 tgatatc 2972470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 259 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2929460 - 2929339
Alignment:
Q  259 tgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtcatcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgat 358  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||   ||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  2929460 tgtatgcgtcttcgttgagtttgcgaattttagagggaaccttgtagatgcaacagtcatcagttgaaggtggctctgctgtgttgagcatggcattgat 2929361  T
Q  359 atcattcaccaagcgggaggat 380  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  2929360 atcatccaccaagcgggaggat 2929339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 2973826 - 2973727
Alignment:
Q  20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||  |||||||||||||    
T  2973826 aattataaaaccggaatccattaaaattaacttaacaagttcaatatgagaaaatgatagggttttggaataacagcctttgaaatcagataagatagat 2973727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 3338997 - 3338634
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||| |||||| |||||||||||  || |||||||    
T  3338997 ttgaattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagtttatcatcagaaaatgttaggaattccgaataacaacgtttgaaatcaggtaagata 3338898  T
Q  117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    || |||| |||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| |||||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||  |||    
T  3338897 gactctacgtagaagaccaagtcttttaaacatgcctcggttcgttggagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttagagtcggg 3338798  T
Q  217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
      | |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3338797 ttttaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgaacttaggggtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagagggtactttgtagatgcaacagtc 3338698  T
Q  317 atcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagcgggaggat 380  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3338697 atcggttgaaggtggctctgatgtgtcgagcatcgcattgatatcatccaccaagcgggaggat 3338634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Original strand, 35486 - 35844
Alignment:
Q  17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcat---gagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataag 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||  |||||||    
T  35486 ttgaattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagttcttcatcctgaggaaatgatagggtttccgaataacaacatttgaaatcagataag 35585  T
Q  114 atagattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagct 213  Q
    ||||| | ||||| || ||  |||  | ||||| |||  ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||    
T  35586 atagaatatatgtcgctgatcaagatgcttaaagatgcattggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgtttttgagct 35685  T
Q  214 gggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaaca 313  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||     
T  35686 gggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgaaattaggggtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagaggggaccttgtagatgcaacg 35785  T
Q  314 gtcatcggttgaaggtggctgtgctgtgtggagcatcgcattgatatcattcaccaagc 372  Q
     | ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||    
T  35786 attatcggttgaaggtgcatctgctgtgtggagcatcacattcatatcatcaaccaagc 35844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 49618197 - 49618096
Alignment:
Q  31 cggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagattctatgtagca 130  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||  | ||||||  ||||||||| || |||||||||||    
T  49618197 cggaatcaattaagattaacttaacaaattcatcatgagtaaattgtagggttttggaataagagtgattgaaatgagataagatggaatctatgtagca 49618098  T
Q  131 ga 132  Q
    ||    
T  49618097 ga 49618096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University