View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19219_high_18 (Length: 273)

Name: NF19219_high_18
Description: NF19219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19219_high_18
NF19219_high_18
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-258)||(7230836-7231076)
chr4 (17-213)||(22804644-22804839)
chr4 (17-72)||(44640173-44640228)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (17-254)||(17648903-17649141)
chr2 (17-254)||(14662362-14662600)
chr2 (21-244)||(45336298-45336519)
chr2 (21-244)||(45338610-45338831)
chr2 (84-242)||(1454025-1454189)
chr2 (83-254)||(132764-132936)
chr2 (25-68)||(1453989-1454032)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (21-247)||(1550195-1550420)
chr1 (17-247)||(9535290-9535518)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-247)||(44734191-44734415)
chr8 (21-247)||(44731880-44732104)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (21-247)||(28784552-28784776)
chr3 (17-254)||(48023875-48024113)
chr3 (21-252)||(48707571-48707800)
chr3 (97-254)||(5913484-5913641)
chr3 (55-182)||(5354559-5354686)
chr3 (17-145)||(48027278-48027404)
chr3 (17-145)||(48024535-48024664)
chr3 (17-145)||(48025095-48025224)
chr3 (17-101)||(5907775-5907859)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (17-254)||(13108698-13108936)
chr7 (17-254)||(13110990-13111229)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-244)||(32798041-32798266)
chr5 (17-244)||(32800353-32800578)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-246)||(6723495-6723726)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 7231076 - 7230836
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7231076 ataattagattgctgcttatttagtaagtaaagtagtccgtaggtaatgatgtctatggttcctaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 7230977  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttttta 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230976 cagattttatgttcaatcttccaagaaagtttatggcttggctctatat-tttgttatgtatgctttaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttttta 7230878  T
Q  217 cgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttcttgat 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230877 cgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttcttgat 7230836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 213
Target Start/End: Original strand, 22804644 - 22804839
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22804644 ataattagattgctgcttatttggtaagtaaaagagtcc-taggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttaatg 22804742  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt 213  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||   |||||||||| ||||||||||||||  |||||| || |  ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  22804743 cagattttatgtttagtcttacaaacagacttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatcttaactttt 22804839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 72
Target Start/End: Original strand, 44640173 - 44640228
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtcta 72  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44640173 ataattagatttttgtttatttaataagtaaagtagtcactaggtaatgatgtcta 44640228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Original strand, 17648903 - 17649141
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17648903 ataattagattgttgcttattaagtatgtaaaatagtccttaggtaatgatgtctaatattcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtg 17649002  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttag-ctttttt 215  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  17649003 catattttatgttcaatcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgttatgtatgcttcagctaaatgtatcaaagtatcttagtttttttt 17649102  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    || |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  17649103 actttgttcacaaaacattgttgtcttctctaattttct 17649141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Original strand, 14662362 - 14662600
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagcagatttagt 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| ||    
T  14662362 ataattagatcgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtctattgttgctaggtaataatgactagtgcttaagagtagatttcgt 14662461  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttttt 215  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  14662462 gcagatcttatgttcagttttacaagcaagtttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttagttttttt 14662561  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    || ||||||  ||||| || |||||||||||| ||||||    
T  14662562 actttgttcctaaaacattgttgtcttctctaattttct 14662600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 244
Target Start/End: Original strand, 45336298 - 45336519
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45336298 ttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 45336394  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  45336395 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 45336494  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttct 244  Q
    ||||| |||||| || |||||||||    
T  45336495 tgttcacaaaacattgttgtcttct 45336519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 244
Target Start/End: Original strand, 45338610 - 45338831
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45338610 ttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 45338706  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  45338707 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 45338806  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttct 244  Q
    ||||| |||||| || |||||||||    
T  45338807 tgttcacaaaacattgttgtcttct 45338831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 242
Target Start/End: Original strand, 1454025 - 1454189
Alignment:
Q  84 taatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga-ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgctt 182  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  1454025 taatgatgactagtgtttaaaatagatttactgcagagttttattttcaattttacaagaaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgctt 1454124  T
Q  183 caacttaatgtgtcaaagtatcttag----cttttttacgttgttctc-aaaactttattgtctt 242  Q
    ||  ||||||| ||||||||||||||     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1454125 cagtttaatgtatcaaagtatcttagattttttttttactttgttctctaaaactttattgtctt 1454189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 254
Target Start/End: Original strand, 132764 - 132936
Alignment:
Q  83 gtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgctt 182  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||| ||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  132764 gtaatgatggctagtgtttagagtagatttattgcagatttgattttcagtcttacaggcagacttatggcttgcctctatatatttgtagtgtatgctt 132863  T
Q  183 caacttaatgtgtcaaagtatcttagcttttttacgttgttctc-aaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    ||  || |||| | ||||| | || |  ||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  132864 cagtttgatgtattaaagtttgtttgtatttttactttgttctcgaaaattttattgtcttttctatttttct 132936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 68
Target Start/End: Original strand, 1453989 - 1454032
Alignment:
Q  25 attgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatg 68  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  1453989 attgttgcttgtttagtaagtaaagaagtccctagataatgatg 1454032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 1550195 - 1550420
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1550195 ttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 1550291  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagcttttt--tacg 218  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  1550292 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtaatgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagctttttagtact 1550391  T
Q  219 ttgttctcaaaactttattgtcttctcta 247  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||||    
T  1550392 ttgttcacaaaacattgttgtcttctcta 1550420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 247
Target Start/End: Original strand, 9535290 - 9535518
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9535290 ataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatttctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtg 9535386  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-tt 215  Q
     |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  9535387 tagattttatgtttagtcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagt 9535486  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttctcta 247  Q
    || |||||| |||||| || ||||||||||||    
T  9535487 actttgttcacaaaacattgttgtcttctcta 9535518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 44734191 - 44734415
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44734191 ttaggttgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 44734287  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  44734288 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 44734387  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttctcta 247  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||    
T  44734388 tgttcacaaaacattgttgtcttctcta 44734415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 44731880 - 44732104
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44731880 ttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatgtatatggttcttaggtgatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 44731976  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  44731977 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 44732076  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttctcta 247  Q
    | ||| |||||| | |||||||||||||    
T  44732077 ttttcacaaaacatcattgtcttctcta 44732104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 28784552 - 28784776
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28784552 ttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcaga 28784648  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  28784649 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgattctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 28784748  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttctcta 247  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||    
T  28784749 tgttcacaaaacattgttgtcttctcta 28784776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 48024113 - 48023875
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagcagatttagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  48024113 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgtctaatgaacttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagt 48024014  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttttt 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| | ||||||||||| || ||||    
T  48024013 gcagattttatgttcagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttcagtttaatgtataaaagtatcttaactgtttt 48023914  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    |  || ||| |||||  || |||||||||||| ||||||    
T  48023913 attttattcacaaaatattgttgtcttctctaattttct 48023875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 48707800 - 48707571
Alignment:
Q  21 ttagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcaga 120  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||    
T  48707800 ttagattgttgtttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatgtctatggtttttaggtaatgatgactagtgtttaaagtagatttagtgtaga 48707704  T
Q  121 ttttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-ttacgt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||  ||| |    
T  48707703 ttttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttaaatttaacgtatcaaagtatcttagcttttagtactt 48707604  T
Q  220 tgttctcaaaactttattgtcttctctagtttt 252  Q
    ||||| |||||  || |||||||||||| ||||    
T  48707603 tgttcacaaaatattgttgtcttctctaatttt 48707571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 254
Target Start/End: Original strand, 5913484 - 5913641
Alignment:
Q  97 tgtttagagcagatttagtgcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtc 196  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||| ||    
T  5913484 tgtttagagtagatttaatgcagattttatgttcaatcttacaagcaagcttatggtttgactctatatatttgttaagtatgatacaacttaatgtatc 5913583  T
Q  197 aaagtatcttagcttttttacgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  5913584 aaagtatctcaacttttttactttgttctcaaaactttatcgtcttctctaattttct 5913641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 55 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 5354686 - 5354559
Alignment:
Q  55 cctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggct 154  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  5354686 cctaggtaatgatgtttatggttcttaggtaataatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagtaagcttatggct 5354587  T
Q  155 tgactctatatatttgtgatgtatgctt 182  Q
    || ||||||||||||||  |||||||||    
T  5354586 tggctctatatatttgtagtgtatgctt 5354559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48027404 - 48027278
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagcagatttagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  48027404 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagt 48027305  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaag 145  Q
    | |||||||||||||   ||||||||||||    
T  48027304 gtagattttatgttc---cttacaagcaag 48027278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48024664 - 48024535
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagcagatttagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || | || |||||||||    
T  48024664 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgtttattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaatagtagatttagt 48024565  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaag 145  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  48024564 gtagattttatgttccttcttacaagcaag 48024535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48025224 - 48025095
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagcagatttagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  48025224 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacaatcccaagttaatgatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagt 48025125  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaag 145  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  48025124 gtagattttatgttccttcttacaagcaag 48025095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 101
Target Start/End: Original strand, 5907775 - 5907859
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  5907775 ataattagattgttgcttatttagcaagtgaaaaagtctctaggtaataatgtatacggttcttaggtaatgatgactaatgttt 5907859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 13108936 - 13108698
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgttta-gagcagatttagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||     
T  13108936 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatacatattgttcttgggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttaga 13108837  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttttt 215  Q
     || ||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13108836 acatattttatattcagtcttacaagcaaacttatggcttgactccatatatttgtagtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttagctttttt 13108737  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    || |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  13108736 actttgttcacaaaacattgttgtcttctctaattttct 13108698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 13111229 - 13110990
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtg-tttagagcagatttagt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  13111229 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaatagtccctaggtaataatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagt 13111130  T
Q  116 gcagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-t 214  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||||  ||||||| ||||| ||| |||| |||| |    
T  13111129 gcaaattttatgctcactcttacaagcaagcttatggcttggctcaatatatttgtattttatgcttcagtttaatgtatcaaaatattttagtttttat 13111030  T
Q  215 tacgttgttctcaaaactttattgtcttctctagttttct 254  Q
    ||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||||    
T  13111029 tactttgttcacaaaatattgttgtcttctctaattttct 13110990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 244
Target Start/End: Original strand, 32798041 - 32798266
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32798041 ataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtg 32798137  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-tt 215  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  32798138 cagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagt 32798237  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttct 244  Q
    || |||||| |||||| || |||||||||    
T  32798238 actttgttcacaaaacattgttgtcttct 32798266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 244
Target Start/End: Original strand, 32800353 - 32800578
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32800353 ataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgatatctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtg 32800449  T
Q  117 cagattttatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagctttt-tt 215  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  32800450 cagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagcttttagt 32800549  T
Q  216 acgttgttctcaaaactttattgtcttct 244  Q
    || |||||| |||||| || |||||||||    
T  32800550 actttgttcacaaaacattgttgtcttct 32800578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 246
Target Start/End: Original strand, 6723495 - 6723726
Alignment:
Q  17 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtaatgatgtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |     
T  6723495 ataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtgataatgtttattgttcttaggtaatgatgactcgtgtttagagtagatttaata 6723594  T
Q  117 cagattt--tatgttcaatcttacaagcaagtttatggcttgactctatatatttgtgatgtatgcttcaacttaatgtgtcaaagtatcttagcttttt 214  Q
    || ||||  |||||| | |||||||| |||  ||||| |||| |||||||||||| |  |||||| || |  ||||||| ||||| ||||||||| |||     
T  6723595 caaattttatatgttgagtcttacaaacaaacttatgacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagcatttg 6723694  T
Q  215 tacgttgttctcaaaactttattgtcttctct 246  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6723695 tactttgttctcaaaactttactgtcttctct 6723726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University