View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19227_high_1 (Length: 685)

Name: NF19227_high_1
Description: NF19227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19227_high_1
NF19227_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-669)||(42924633-42925295)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 669
Target Start/End: Original strand, 42924633 - 42925295
Alignment:
Q  7 tgagatgaacagaaaggagacatggctatatctggaggacatggaaagcgtttgataacgaggcactggcnnnnnnntgacttggagtatggtgaacaag 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  42924633 tgagaagaacagaaaggagacatggctatatctggaggacatggaaagcgtttgataacgaggcactggcaaaaaaatgacttggagtatggtgaacaag 42924732  T
Q  107 accagataaatttgcaaaagcttttgcttcaagcttgataatgtaagtggtcggtatgaagataatccatgggttgcagtattattgcatcatggatctg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42924733 accagataaatttgcaaaagcttttgcttcaagcttgataatgtaagtggtcggtatgaagataatccatgggttgcagtattattgcatcatggatctg 42924832  T
Q  207 tgagtttgaagatccctaattgtgaggagataggcggcattcaaaggtattgccatatacaccaataaaagttaatgagggattaagtacgctggtttag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42924833 tgagtttgaagatccctaattgtgaggagataggcggcattcaaaggtattgccatatacaccaataaaagttaatgagggattaagtacgctggtttag 42924932  T
Q  307 gggatgattaatggttcccttcaaccaaatggatatgtacctttgggttgttctgatgtcattaattggcatataaatagatgttaatgtaggattgata 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42924933 gggatgattaatggttcccttcaaccaaatggatatgtacctttgggttgttctgatgtcattaattggcatataaatagatgttaatgtaggattgata 42925032  T
Q  407 tactaattttaaggataccaaaataaagttattattctattaattgtcgtaattagtttcattgtttttgtccgtggcaaatctttgggcttcataattc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42925033 tactaattttaaggataccaaaataaagttattattctattaattgtcgtaattagtttcattgtttttgtccgtggcaaatctttgggcttcataaatc 42925132  T
Q  507 aattgttggaataataaataattatggtatcactagtactacactatgcttaacatgccttttaattcgttgaaatttgtatgagtcccattaaacttat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42925133 aattgttggaataataaataattatggtatcactagtactacactatgcttaacacgccttttaattcgttgaaatttgtatgagtcccattaaacttat 42925232  T
Q  607 gcacaggacgtaacataatttaatagaatccatttgaatttcaactgaaagagcggtttaaac 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42925233 gcacaggacgtaacataatttaatagaatccatttgaatttcaactgaaagagcggtttaaac 42925295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University