View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19227_low_2 (Length: 679)

Name: NF19227_low_2
Description: NF19227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19227_low_2
NF19227_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-679)||(34221675-34222356)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 34222356 - 34221675
Alignment:
Q  1 attattctcatgtctctcttttgccgtcaatcatgtcgttgttgatgtcagagcatgaaccatgaattaattcatgattggctagtgtgctatactcttt 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34222356 attattttcatgcctctcttttgccgtcaatcatgtcgttgttgatgtcagagcatgaaccatgaattaattcatgattggctagtgtgctatactcttt 34222257  T
Q  101 gtgattttgtgtatacaaaaattaattacacgttactattattgtttttctcaagtaattattgttatcattatagaaaggnnnnnnnnnncatgatcca 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||    
T  34222256 gtgattttgtgtgtacaaaaattaattacacgttactattattgtttttctcaagtaattattgttatcattatagaaaggaaaaaaaaaacatgatcca 34222157  T
Q  201 tttaagcatcttgatgcttagaacttgtgttgtttattgggtctaatattacaatagataatattgttgtttgtaagagaagagtgtattgaattttcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34222156 tttaagcatcttgatgcttagaacttgtgttgtttattgggtctactattacaatagataatattgttgtttgtaagagaagagtgtattgaattttcca 34222057  T
Q  301 tgttgcatcaaaacgattcctatgaacagtttcttacataagttaaatgcatccaaactatttatgattagtgactaatttgtttggtaatgggacaagt 400  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34222056 tgttgcatcaaaataattcctatgaacagtttcttacataagttaaatgcatccaaactatttatgattagtgactaatttgtttgttaatgggacaagt 34221957  T
Q  401 tgttgcagatcatgggagtggggtctcaagggaccaacatataggaaaagttaagaggatcaaaggtttcgaaggggacatgattgcatggataaaagct 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34221956 tgttgctgatcatgggagtggggtcttaagggaccaacatataggaaaagttaagaggatcaaaggttgggaaggggacatgattgcatggataaaagct 34221857  T
Q  501 agaattcgtgtcctcattttggacatagaaaactatgtgtacttggttgaattgaatctccaatattgtttgagtttgagtgtcgacgttctttgaatat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34221856 agaattcgtgtcctcattttggacatagaaaactatgtgtacttggttgaattgaatctccaatattgtttgagttcgagtgtcgacgttctttgaatat 34221757  T
Q  601 tttcttgagggatcnnnnnnnnnnnnaatgtc---tagcctttgtttgaaagtttataggggccaagagagaaaagaacttt 679  Q
    |||||||||||||             ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  34221756 tttcttgagggattttttttttttttaatgtcttttagcctttgtttgaaagtttatagaggccaagagagaaaagaccttt 34221675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University