View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1922_low_1_N (Length: 455)

Name: NF1922_low_1_N
Description: NF1922
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1922_low_1_N
NF1922_low_1_N
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-455)||(12244974-12245428)
chr2 (1-454)||(11999541-11999994)
chr2 (2-445)||(12234845-12235288)
chr2 (7-455)||(12258155-12258603)
chr2 (1-453)||(7542374-7542826)
chr2 (2-453)||(14703556-14704007)
chr2 (7-439)||(16661566-16661998)
chr2 (1-433)||(16657085-16657517)
chr2 (1-454)||(43625559-43626010)
chr2 (1-44)||(39373417-39373460)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-455)||(35132594-35133046)
chr4 (1-433)||(9335459-9335891)
chr4 (1-439)||(30775414-30775852)
chr4 (405-454)||(23587705-23587754)
chr4 (225-299)||(54396725-54396799)
chr4 (405-454)||(23596557-23596606)
[»] chr7 (30 HSPs)
chr7 (1-433)||(13333024-13333456)
chr7 (8-433)||(10493949-10494374)
chr7 (1-439)||(8585274-8585712)
chr7 (1-433)||(8667587-8668019)
chr7 (7-439)||(17268101-17268533)
chr7 (1-433)||(6789680-6790112)
chr7 (7-439)||(8628694-8629126)
chr7 (8-453)||(8654598-8655043)
chr7 (7-433)||(8659531-8659957)
chr7 (20-371)||(8671217-8671568)
chr7 (7-439)||(17260403-17260835)
chr7 (1-455)||(8647023-8647474)
chr7 (8-382)||(3147491-3147865)
chr7 (1-313)||(1301752-1302064)
chr7 (8-439)||(27830450-27830881)
chr7 (1-256)||(8545977-8546232)
chr7 (120-452)||(8602123-8602455)
chr7 (1-433)||(8581868-8582300)
chr7 (120-293)||(8590946-8591119)
chr7 (100-424)||(8636010-8636334)
chr7 (136-452)||(8559482-8559798)
chr7 (5-439)||(8538198-8538632)
chr7 (48-258)||(8640164-8640372)
chr7 (120-452)||(8382563-8382895)
chr7 (153-433)||(8570479-8570759)
chr7 (120-293)||(7877420-7877593)
chr7 (152-433)||(8576494-8576775)
chr7 (327-433)||(8610085-8610191)
chr7 (120-292)||(29581528-29581700)
chr7 (322-433)||(8545801-8545911)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (2-455)||(34466362-34466815)
chr1 (1-454)||(15595181-15595637)
chr1 (1-433)||(4678126-4678558)
chr1 (11-96)||(52549098-52549183)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-358)||(28220194-28220551)
chr5 (19-247)||(42555530-42555758)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-371)||(43745079-43745441)
chr8 (2-258)||(12528847-12529103)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-439)||(28910744-28911176)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 455
Target Start/End: Original strand, 12244974 - 12245428
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||  | | || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12244974 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgatcctattgttctggatgatgcattattatggccgttcaaggtcactgctggtgtcaa 12245073  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12245074 tgacaaaccaataattactgttaactacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacaaagatgcgagaaattgct 12245173  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  12245174 gaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgctgttgttactgtacctgcttattttagtgattctcagcgaaaagcaacgatagatgctggctcaattg 12245273  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  | |||||| | || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  | || |||||    
T  12245274 ctggtctcaatgttatgagggtaatgaatgaacccactgctgcagctgttgcatatggccttgaaaagagagctgattgtgttggagaaagaaacatttt 12245373  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaaggat 455  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  12245374 tgtgtttgatcttggtggtggcacttttgacgtttctatcctaactattaaggat 12245428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 11999994 - 11999541
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11999994 ttttttcagatgctaagaggttaattggttggaagtttagtgatcttgttgttcaagatgatggattgttatggccattcaaggtcactgctgatgtcaa 11999895  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  11999894 tgacaaaccaataattactgttaagtacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacgaagatgcgagaaattgct 11999795  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  11999794 gaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgttgttgttactgtaccagcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgccggtgcaattg 11999695  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    |||| || |||||| |||| |||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | || |||||    
T  11999694 ctggcatcaatgttataagggtaatgaatgaacccactgctgcaactgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttggagaaagaaacatttt 11999595  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagga 454  Q
     ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||    
T  11999594 agtctttgatcttggcggtggcacttttgatttgtctatactaacaattaagga 11999541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 12235288 - 12234845
Alignment:
Q  2 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12235288 tttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatgtgatgttgtggccattcaaggtcgctgctggtgtcaat 12235189  T
Q  102 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 201  Q
    |||||||| |||||||  || |||||||||||||  |||||||| || ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  12235188 gacaaacccatgattattgtcaagtacaagggtcgagagaagcagctatgtcccgaagaagtatcatctatggtactcacaaagatgcgagaaatcgctg 12235089  T
Q  202 aggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgc 301  Q
    ||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||  ||||||| || ||||||||||||   |||||    
T  12235088 aggcatatttacaatttccagttaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgc 12234989  T
Q  302 tgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattttt 401  Q
    |||  | |||||| | || |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||| || |||||||||    
T  12234988 tggcctcaatgttatgagggtaatgaacgaacccatggcagccgctgttgcatatggtcttgacaagagaactgattgtgttggagaacgaaatattttt 12234889  T
Q  402 gtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaac 445  Q
    || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  12234888 gtttttgatctcggcggtggcacttttgatgtgtctctcctaac 12234845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 7 - 455
Target Start/End: Original strand, 12258155 - 12258603
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  12258155 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtagttcaagatgatataatgttgtggccatttaaagtcactgctggtgtcaatggcaa 12258254  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    ||| |||||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  12258255 acccatgattacggtaaagtacaagaatcaagagaagcagctttgtgccgaggaagtatcatctgtggtattgacaaagatgcgagaaattgctgaggca 12258354  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || || || ||||| || |||||||  |||  ||||| |||      
T  12258355 tatttagaatcacccgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcatattttagtgattcacaaaggaaagccactatagatgtgggtaatattgttggcc 12258454  T
Q  307 ttaatgttgt-aagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtct 405  Q
    | |||||| | |||| || | |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||||  || | || |||||||||||||    
T  12258455 tgaatgttatgaaga-tattaaatgaacctactgctgcagcttttgcatatggccttgacaaaagaattaattgtgtcgaaaaacggaatatttttgtct 12258553  T
Q  406 tcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaaggat 455  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12258554 ttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggat 12258603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 7542826 - 7542374
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  7542826 tttttgtagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatactgttatggccattcaaggtgactgcgggtgacaa 7542727  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7542726 tgacagacccatgattaccgttaagtacaaggatcaggagaaacaactccatgctgaagaggtatcatctatggtactcacaaagatgcgagaaattgct 7542627  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||| | ||||||||| || | || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  7542626 gagtcgtatttagaaacaactgtgacgaatgcagttgttactgtacctgcttattttaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcgggtgccattg 7542527  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  | |||||| | || | |||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||    
T  7542526 ctggcctcaatgttatgagggcaatgaatgaacctactgccgcagctgttgcatatggccttgacaagagaactgattatgatggagagcgaaatatttt 7542427  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagg 453  Q
    ||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  7542426 tgtttttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctttactaacgattaagg 7542374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 2 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 14704007 - 14703556
Alignment:
Q  2 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  14704007 tttttcagatgctaagaggttgttgggaaggaagtttagcgatcctattgttcaagatgatatacttttatggccatttaaggtcactgctggagtcgat 14703908  T
Q  102 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 201  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | || | ||| |||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||    
T  14703907 gacaaacccatgattacggttaagtacaaggatcaggagaagaagctctatgccgaagaagtatcatctatggtactggtgaagatgcgagaaattgctg 14703808  T
Q  202 aggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgc 301  Q
    || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||||||  ||||||    
T  14703807 agacatatttagagtcaactgttaagaatgcagttgttacggtgcctgcttattttagtgattctcaaagaaaagccactatggatgctggtgttattgc 14703708  T
Q  302 tgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattttt 401  Q
     ||  | |||||| | || |||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |  ||| || ||||| |||    
T  14703707 cggcctcaatgttatgagggtaatgaatgaacctacagctgcagctattgcatatggccttgacaagagaactgattatggtggagaacgtaatatattt 14703608  T
Q  402 gtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagg 453  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  14703607 gtctttgatcttggtggtggtacttttgacgtgtctctcctaacaattaagg 14703556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Original strand, 16661566 - 16661998
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  16661566 cagatgctaagaggttaattggtaggaaatttagtgaccccgttgttcaaaaagatatactgttgtggccgttcaaggttattgctggtgttaatgacaa 16661665  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||  | |||||||| |||   ||  |||| |||||     
T  16661666 acctacgattagtgttaagtacaagggtcaggagaagctcctttgtgccgaggaaatctcatctattgtcctcacaaacatgaaggaggttgcagaggct 16661765  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||||| || || ||||||||| | ||||||||      
T  16661766 tatttggaatcaccggttaaaaatgcagttgtcactgttcctgcttattttaacgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggcc 16661865  T
Q  307 ttaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtctt 406  Q
    |||| ||||| ||  |||| |||||||| || || || ||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||| |   ||  | ||||||||||||||    
T  16661866 ttaacgttgtgaggataatcaatgaacccactgcagcagctattgcatatggccttgacaaaagaagtaattgtgatggtgaaagaaatatttttgtctt 16661965  T
Q  407 cgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  16661966 tgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 16661998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 16657085 - 16657517
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || || ||    
T  16657085 ttttttcagatgctaaaaggttaatcggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaatgatatcatcttgtggccattcaaggtcattgccggagtgaa 16657184  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||| ||||  ||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  16657185 tgacaaaccaatgattactcttcagtataagggtcaagagagccaattttgtgctgaggaaatatcatctatgatccttacaaagatgcgagaagttgct 16657284  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||| | | || || || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || || ||| ||||||| || |||||||||||| | || |    
T  16657285 gaggcatttatggagtcgcctgtcaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcg 16657384  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||  |  || | || |||||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |    | || ||||||||    
T  16657385 ctggccttaatgtcattcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttt 16657484  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  16657485 tgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 16657517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 43626010 - 43625559
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||   | ||  |    
T  43626010 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatcatgttgtggccattcagggtcattg---gggtgga 43625914  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||     
T  43625913 tgacaaaccaatgattattgtaaaatacaagggtcaagagaagcgtttttgtcctgaggaaatatcgtctatgatcctcacaaagatgcgagaggttgca 43625814  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccg-gttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 299  Q
    |||  || ||||   || ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||| ||||||| || ||||||| ||||   |||    
T  43625813 gagaaatttttaatgtccccccgtaaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttacttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgttggtgtcatt 43625714  T
Q  300 gctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattt 399  Q
    |  ||  |||||||| || ||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||  | ||||||||  ||| || |||||||    
T  43625713 gtcggccttaatgttttacgagtaatcaatgaaccaacagctgctgctctagcatacggccttaacaagagaattaattgtgttggagaacgaaatattt 43625614  T
Q  400 ttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagga 454  Q
    |  |||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  43625613 tcatctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatacttacaattaagga 43625559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 39373460 - 39373417
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 44  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39373460 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgat 39373417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 35133046 - 35132594
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  35133046 ttttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaagtttagtgatcctattgttcaagatgatatactgctatggccattcaaggtcactgccggtgtaaa 35132947  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  35132946 tgacaaacccatgattacggttaagtacaaggatgaggaaaagcaactctatgcggaagaagtatcatccatggtactcacaaagatgcgagaaattgc- 35132848  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
     ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||  ||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  35132847 -aggcatatttagaatcaactgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgctggtgctattg 35132749  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||    |||||| | ||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |  ||||||||    
T  35132748 ctggtcccaatgttatgagagtaatgaatgaacctactgccgcagcggttgcatatggccttgacaagagatctgattgtgctggagaacaaaatatttt 35132649  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaaggat 455  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  35132648 tgtcttcgatcttggtggtggcacttttgatgtttcaatacttactattaaggat 35132594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 9335459 - 9335891
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||    
T  9335459 tttttgcagatgctaagagattaactggtaggaagtttagtgatctggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaa 9335558  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||| ||||  ||||     
T  9335559 tgacaaacctatgattactgttaactacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgcg 9335658  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||||||| |  || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| ||||||    
T  9335659 gaggcatatttggggtcgccggtcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattg 9335758  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||  |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||  ||| |||| |    | || ||||||||    
T  9335759 ctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgataagagaaatgactgtgatggtaaccgaaatatttt 9335858  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  9335859 tgtctttgatctgggtggcggtacttttgatgt 9335891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30775852 - 30775414
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||    
T  30775852 ttttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaaatttagcgaccctgttgttcaaaaagatattttgttgtggccattcaaggttgtttctggtgttaa 30775753  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| |||||| |||||||| |  || ||||| || ||| | ||||| ||  | |||||||| ||| |||| |||||     
T  30775752 tgacaaacccatgatttcccttaagttcaagggccaggagaaactcctctgtgccgaggaaatttcatcaatagtcctcacaaatatgagagagattgca 30775653  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    |||   ||||| ||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||  | ||| ||||||| || || ||||||||| | ||||    
T  30775652 gagatgtatttggaatccccagttaaaaatgcagttatcactgtgcctgcttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattg 30775553  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||| | ||| |||| ||||| || || || || ||| |||||||||| ||||| ||||||| |   |||| |   ||| | ||||||||    
T  30775552 ctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactgcagcagctattgcatatggacttgagaagagaggtaggtgtgatgctgagaggaatatttt 30775453  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30775452 tgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 30775414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 405 - 454
Target Start/End: Original strand, 23587705 - 23587754
Alignment:
Q  405 ttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagga 454  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  23587705 ttcgatcttggtggtggaacttttgatgtttccctacttactattgagga 23587754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 54396799 - 54396725
Alignment:
Q  225 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 299  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||||  |  ||||||||| |||||||||| |||||    
T  54396799 aagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatt 54396725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 454
Target Start/End: Original strand, 23596557 - 23596606
Alignment:
Q  405 ttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagga 454  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  23596557 ttcgatcttggtggtggaacttttgatgtttcacttcttactattgagga 23596606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 30)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 13333024 - 13333456
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13333024 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttacttctggtgtcaa 13333123  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || ||||||||||||||  ||||     
T  13333124 cgacaagcctatgattaccgctaagtgcaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgca 13333223  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||||| | |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| ||||||    
T  13333224 gaggcatatatggggtcaccagtcaagaatgccgttgttactgtgccggcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtgctattg 13333323  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  ||||| |  |  || |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |    |||| ||||||||    
T  13333324 ctggccttaatatcattcgaataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagagacgtgattgtgatggtaagcgaaatatttt 13333423  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13333424 tgtctttgatctgggtggtggtacttttgatgt 13333456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Original strand, 10493949 - 10494374
Alignment:
Q  8 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  10493949 agatgctaagaggttaattggcaggaagtttagtgatccggttgttcaaaacgatataatgttgtggccattcaaggttacttcaggtgtcaatgacaaa 10494048  T
Q  108 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 207  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || | ||||||||||||  |||| |||||||    
T  10494049 cctatgattaccgctaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcat 10494148  T
Q  208 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 307  Q
    |||| |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||  |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||  |    
T  10494149 atttggggtcaccagtcaagaatgctgttgttactgtgccggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggcct 10494248  T
Q  308 taatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttc 407  Q
    ||||||  |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||      | || ||||||||||||||     
T  10494249 taatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagagaagtgattgtgagggtaaccgaaatatttttgtcttt 10494348  T
Q  408 gatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10494349 gatctgggtggtggtacttttgatgt 10494374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 8585274 - 8585712
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  8585274 ttttttcagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcccgttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttatctctggtgttaa 8585373  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaa-attgc 199  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||  |||| |||||    
T  8585374 tgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagaaaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctatcatcctcacaaacatg-aagaagattgc 8585472  T
Q  200 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 299  Q
     ||| |||||||  ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || || ||||||||| | |||    
T  8585473 agagacatatttgaaatcacctgttcaaaatgcagttgtgactgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccatt 8585572  T
Q  300 gctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattt 399  Q
    |||||  |||||||| | ||  |||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||| | || | | |||| |   || || |||||||    
T  8585573 gctggccttaatgttatgaggataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggccttgacaacaaaggtaactgtgatggtgaacgaaatattt 8585672  T
Q  400 ttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8585673 ttgtgtttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 8585712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8668019 - 8667587
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||    
T  8668019 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgaccccgttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaa 8667920  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  ||||     
T  8667919 tgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcg 8667820  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||||| | |  || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| ||||||    
T  8667819 gaggcatatctggggtcgccggtcaagaatgccgttgttactgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattg 8667720  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||  |  |  |||| |||||||| || || || ||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| |      || ||||||||    
T  8667719 ctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgcggcagctattgcatatggccttgacaagagaaatgactgtgatggtagccgaaatatttt 8667620  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  8667619 tgtctttgatctgggtggcgggacttttgatgt 8667587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 17268533 - 17268101
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17268533 cagatgctaagagactaattggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17268434  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  17268433 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaa 17268334  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    ||| |||||||| |||||| |||||| ||  ||||||| || ||||| |||| ||| |||||| ||||||| || ||||||||||||   ||||||||      
T  17268333 tatctagaatcatcggttatgaatgctgtcattactgtcccggcttacttcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgtcattgctggcc 17268234  T
Q  307 ttaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtctt 406  Q
    |||||||  | |  ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  17268233 ttaatgtattgaaggtaatcaatgaaccaactgctgcagctattgcatatggccttggcaagagaactaactgtgttgaagaacggaatatttttgtctt 17268134  T
Q  407 cgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
     || ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  17268133 tgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctct 17268101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 6790112 - 6789680
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  6790112 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttttggccattcaaggtcattgctggcgtcaa 6790013  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    |||||| || ||||||   ||| |||| |||||| |||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||    
T  6790012 tgacaagcccatgattgttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgct 6789913  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    |||  ||||||  | |||  | | || ||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||  | ||||| ||  ||||||||||| | ||||    
T  6789912 gagaaatatttgcagtcagagataaaaaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattctcaacggaaagccactttagatgctggtgccattg 6789813  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||| || || |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |||  | |  |||    ||||||||    
T  6789812 ctggtcttaatgttatacgaataatcaatgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttgataagagaactaattacggtggagaaaaaaatatttt 6789713  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  6789712 cgtcttcgaccttggtggtggcactttcgatgt 6789680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8629126 - 8628694
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||| | ||||||||    
T  8629126 cagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaaggatatcatgttctggccattcaaggttatttctggtcttaatgacaa 8629027  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaa-attgctgaggc 205  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||| |||||||||| || ||  |||| |||  |||| ||||| |||||    
T  8629026 gcctatgattgctgttaagtacaagggtcaagagaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctattatccttgcaaatatg-aagaagattgcagaggc 8628928  T
Q  206 atatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggg 305  Q
     |||||  ||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || ||  |||||||| | ||||||||     
T  8628927 ttatttgaaatcacctgtaaaaaatgcagttgtcaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatgaatgctggtgccattgctggc 8628828  T
Q  306 attaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtct 405  Q
     |||||||| | ||  |||| ||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| | || |   |||| |   || || ||||||||||| |    
T  8628827 cttaatgttatgaggataatcaatgaccccactgctgcagctattgcatatggccttgacaacaaaggtaggtgtgatggtgaacgaaatatttttgtgt 8628728  T
Q  406 tcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8628727 ttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 8628694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 8655043 - 8654598
Alignment:
Q  8 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||    
T  8655043 agatgctaagaggttaattggtaggaagtatagtgatcctattgttcaaaaggatatcatgttgtggccattcatggttacttctggtgttaatgacaaa 8654944  T
Q  108 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 207  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||  | | || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8654943 cccatgattactgttaagtacaaaggtcaagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcatctgcggttcttacaaagatgcgagagattgcagaggcat 8654844  T
Q  208 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 307  Q
    |  | | |||||| || || ||||  |||||||||||||| || || ||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||||  |    
T  8654843 accttggatcacccgtcaaaaatgtcgttgttactgtgccggcatacttcaatgactctcagcgaaaagcaaccatagatgctggtgccattgctggact 8654744  T
Q  308 taatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttc 407  Q
    ||| ||  |  |  || | |||||||| || || || ||| |||||||||||||||||||| ||  | | | || |    | || |||||||| || ||     
T  8654743 taacgtcattcggatactcaatgaacctactgccgcagctattgcatatggccttgacaagcgaagtaactatgatggtaaacggaatattttggtattt 8654644  T
Q  408 gatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagg 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||    
T  8654643 gatcttggtggtggtacttttgatgtgtctatactcacaattaagg 8654598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8659957 - 8659531
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||    
T  8659957 cagatgcaaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggttatcgctggtgtgaacgacaa 8659858  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    ||  |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||    
T  8659857 actcatgattaatgttcagtacaagggtcaggagaagcacttttgtgcggaggaaatatcatctatggtacttacaaaaatgcgagaagttgcagagaca 8659758  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    ||| ||   ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || ||||  || |||||| ||||||| || |||||| | ||| | ||||||||      
T  8659757 tatctaatgtcacctgtgaagaatgctgttgttacagtgcctgcatagttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagattccggtgccattgctggcc 8659658  T
Q  307 ttaatgt-tgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtct 405  Q
    |||||||   | ||| |||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||| ||| |||| |    | |  |||||||| ||||    
T  8659657 ttaatgtcattcaga-taattaatgaacctactgctgcagctattgcatatggttttgacaagagaggtgactgtgatggtaaacaaaatattttggtct 8659559  T
Q  406 tcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  8659558 ttgatcttggtggtggtacttttgatgt 8659531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 371
Target Start/End: Original strand, 8671217 - 8671568
Alignment:
Q  20 gttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattacc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8671217 gttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaatgacaaacctatgattact 8671316  T
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 219  Q
    || |||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  |||| ||||||||| | || ||||    
T  8671317 gtcaagtacgaaggtctagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggagtcac 8671416  T
Q  220 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgtaag 319  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  || |||||| |||  || || || ||||||||| ||||||||||  |||||||  |  |    
T  8671417 cggtcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaacggccaccattgatgctggtactattgctggacttaatgtcattcg 8671516  T
Q  320 agtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagaga 371  Q
      |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8671517 gataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagaga 8671568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 17260835 - 17260403
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17260835 cagatgctaagagactagttggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17260736  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| ||||    |||||||| || |||||||||| |    
T  17260735 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatctcgtctatggtacttgtgaagatgcgggagattgctgaggta 17260636  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    ||| | |||||| ||||||  ||||  ||| ||||||| |||||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||  |||||||||      
T  17260635 tatcttgaatcatcggttattaatgttgttattactgttcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgttattgctggcc 17260536  T
Q  307 ttaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtctt 406  Q
    || ||||| | |   |||| |||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||  || ||||||||||||||    
T  17260535 tttatgttttgaagttaattaatgaacctattgctgcagctattgcatatggccttgtcaagagaactaattgtgtttaagtacggaatatttttgtctt 17260436  T
Q  407 cgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
     || |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  17260435 tgaccttggtggggggacttttgatgtgtctct 17260403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 8647474 - 8647023
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||   | || ||    
T  8647474 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagttttttgattctgttgttcagaatgataagaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaa 8647378  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||     
T  8647377 tgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgttattgtgctgaggaaatatcatcgatgatcctcacaaagatgcgagaggttgca 8647278  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    |||  |||||||   || || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||  || | |||| ||||||| || |||||||| ||  | ||||    
T  8647277 gagaaatatttaatgtcccctgtaaagaatgcagttgttactgtgcctgcatacttcaatgattatcagcgaaaagccactatagatgccggggccattg 8647178  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  ||||| |  |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |  |||||| | |||| || ||||| ||    
T  8647177 ctggccttaatatcatccggataatcaatgaaccaacagctgctgctctcgcatatggccttgacaagagaacaaattgtgctgaagaacgaaatatatt 8647078  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaaggat 455  Q
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8647077 catcttcgaccttggtggtggaacttttgatgtgtctctccttacaattaaggat 8647023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 3147865 - 3147491
Alignment:
Q  8 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |   || || |||||||||    
T  3147865 agatgcaaagaggttaattggtaggaagtttggtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttgtggccattcaaggtcatttgcggagtgaatgacaaa 3147766  T
Q  108 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 207  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||||  | | ||| ||||  |    
T  3147765 cccatgatttcggttaagtgcaagggacaggagaagcacctatgtgctgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgcaagactgcagaggagt 3147666  T
Q  208 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 307  Q
     ||||||||  || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||  ||||| | ||||| || ||||||||||||  |||||||||  |    
T  3147665 ttttagaattgcctgtcaagaatgcagttgttaccgtacctgcttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctggcct 3147566  T
Q  308 taatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgt 382  Q
    |||| || |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| |||| ||||| || ||||||||| || |||||||    
T  3147565 taatattatgcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcgtatggactggacaagagaactaattgtgt 3147491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1302064 - 1301752
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  1302064 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggtcatcgccggtgtgaa 1301965  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    |||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |  || ||| ||||||||||| | || || |||||||||||||||||     
T  1301964 tgacaaacccgtgattgttgttaagtacaagggtcaggagaagcacttttgcgtggaggaaatatcatctatggtccttacgaagatgcgagaaattgca 1301865  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||| ||||| ||   ||||| || |  ||||| |||||||||||||||||  ||||||  || |||||| ||||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  1301864 gagacatatctaatgtcaccagtgacaaatgctgttgttactgtgcctgcacatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgccggtgcaattg 1301765  T
Q  301 ctgggattaatgt 313  Q
    ||||  |||||||    
T  1301764 ctggccttaatgt 1301752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 439
Target Start/End: Original strand, 27830450 - 27830881
Alignment:
Q  8 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||||||  ||||||| |||||| |||| | ||| ||| ||  |||||    
T  27830450 agatgctaagaggttaattggtaggaagttcagcgatgatgttgttcaaaaagatataaacttgtggctattcaaagtcattactgatgtaaacaacaaa 27830549  T
Q  108 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 207  Q
    || ||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||  | ||||| || ||| | ||||| ||| | || |||||||||||||| || || |||||||    
T  27830550 cccatgtttgttgttaagtacaagagtcaggagaaacacttatgtgcggaggaaatttcatcaatggtccttacaaagatgcgagagatcgcggaggcat 27830649  T
Q  208 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 307  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| ||  ||||| | ||| | ||||||||  |    
T  27830650 atttgcaatcaccggttaagaatgcagtaataaccgtgccagcttatttcaatgactctcaacgaaaagccactgtagattccggtgccattgctggcct 27830749  T
Q  308 taatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttc 407  Q
    ||||||| |  |  |||| |  || || || ||||| ||| |||||||||||||||||| | || |  | | |  |  ||| || ||||||||||| ||     
T  27830750 taatgttatgcggataataagcgagcctactgctgcagctattgcatatggccttgacacgggaacaaaatatactggagaacggaatatttttgtgttt 27830849  T
Q  408 gatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27830850 gaccttggtggtgggacttttgatgtgtctct 27830881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8546232 - 8545977
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||  ||||| || |||||||||| || ||||||| | | ||||| ||    
T  8546232 tttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattcctttgttcagaatgatctactgttgtggccctttaaggtcatttccggtgttaa 8546133  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 199  Q
    ||||||||| |  |||   || || ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||    
T  8546132 tgacaaaccgacaattcttgtgaactacaagggtgaggaaaagca-ctttgttgctgaagaaatatcatctgtgatcctctcacagatgcgagagattgc 8546034  T
Q  200 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattt 256  Q
     ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  8546033 agaggcatttttggagtcacctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattt 8545977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8602455 - 8602123
Alignment:
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 219  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||||  | |||||||| ||| | ||||| ||| | || ||||||||||| |||||||| |||   | | | || ||||    
T  8602455 gttaagtataagggtggggaaaagcacttctgtgctgaggaaatctcatcaatggtccttacaaagatgcgtgaaattgcagagaagtttctggagtcac 8602356  T
Q  220 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgtaag 319  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||| ||||||| || | |||||||||| | ||||||||  | |||||  |  |    
T  8602355 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctcagcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcg 8602256  T
Q  320 agtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggt 419  Q
      |||| ||||| || || || || ||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||  | || ||||||||||||    
T  8602255 gataatcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattgtgttgaagagagaaatattttcatatttgatcttggtggt 8602156  T
Q  420 ggtacttttgatgtttctctactaactattaag 452  Q
    || ||||||||||||||||| || || ||||||    
T  8602155 ggaacttttgatgtttctcttctcacaattaag 8602123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8582300 - 8581868
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||  ||    
T  8582300 ttttttcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattccattgttcaaaaggatatcaagttgtggcccttcaaggtcaccgcaggtgctaa 8582201  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||||||||| |  ||    || || ||||||||| |||| || ||  ||  |||||||||| |||||||| | || || ||| |||||||||| |||||     
T  8582200 tgacaaaccgacaatcgttgtgaactacaagggtaaggaaaaacactttcttgctgaagaaatatcatctgttattctgacacagatgcgagagattgca 8582101  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |  || || ||  ||| ||| || | |||||| |||   ||||    
T  8582100 gaggcatttttggagtcacctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacgaagagccactaaagatgcaggtgaaattg 8582001  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    | ||  | |||||  |  |  |||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |  || | ||||||||    
T  8582000 caggtctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattgtgttgataagagaaatatttt 8581901  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    | |||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  8581900 tatctttgaccttggaggtggaacttttgatgt 8581868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 120 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 8591119 - 8590946
Alignment:
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 219  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| || ||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    | ||| || ||||    
T  8591119 gttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcatccatggttctcacaaagatgcgagagattgctgaaaagtttttggagtcac 8591020  T
Q  220 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 293  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  8591019 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccagcttattttaatgattctcagaggaaagctaccaaagatgctggt 8590946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 100 - 424
Target Start/End: Original strand, 8636010 - 8636334
Alignment:
Q  100 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 199  Q
    |||||||||| ||||||   || || ||||||||| |  | ||||| |||| | |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||| |||||    
T  8636010 atgacaaacccatgattgttgtgaaatacaagggtgaacaaaagcaactttttcctgaggaaatatcgtctatggtcctgacaaagatgcgagagattgc 8636109  T
Q  200 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 299  Q
    |||||||||| | |||||| | || |||||||||||  |||||||||| ||||||||||  || |||||| | ||| | || | |||||||||| | |||    
T  8636110 tgaggcatatctggaatcatctgtcaagaatgcagtcattactgtgcccgcttatttcaatgattctcagcgtaaatccaccaaagatgctggtgccatt 8636209  T
Q  300 gctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattt 399  Q
    || ||  |||||||  |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| |||| ||||| ||| | ||||||| | | |||||||||||| | || ||||    
T  8636210 gccggccttaatgtaattcggataatcaatgaaccaactgctgcagcttttgcgtatggacttcaaaagagaggtaactgtgttaaagagagaaacattt 8636309  T
Q  400 ttgtcttcgatcttggtggtggtac 424  Q
    | || || |||||||||||||||||    
T  8636310 tcgtatttgatcttggtggtggtac 8636334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 136 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8559798 - 8559482
Alignment:
Q  136 aggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagt 235  Q
    |||| |||||||||  ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||| || |||| ||| || ||  ||||| ||||||| ||    
T  8559798 aggaaaagcatcttgttgccgaagaaatatcagctatgattctcacacagatgcgagagattgcagaagcatttttggagtcgacggttgagaatgctgt 8559699  T
Q  236 tgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgta-agagtaatgaatgaacc 334  Q
      |||| || ||||||||||| |  || ||||| |||| ||| || | |||||| |||   ||||||||  |||||||  |  ||| |||| ||||||||    
T  8559698 gattaccgtacctgcttattttaatgattctcaaagaagagccaccaaagatgcaggtgaaattgctggtcttaatgtaatgcaga-taatcaatgaacc 8559600  T
Q  335 gacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtt 434  Q
     || || || ||| |||||||||| ||| | |||||| || |||||||||||||| | ||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8559599 aactgcagctgctcttgcatatggacttcaaaagagatctaattgtgttaaagagagaaatattttcatctttgatctcggtggtggaacttttgatgtt 8559500  T
Q  435 tctctactaactattaag 452  Q
    ||||| || || ||||||    
T  8559499 tctcttctcacaattaag 8559482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8538632 - 8538198
Alignment:
Q  5 tgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgac 104  Q
    ||||||||||||||||||  |||| || || | |||||||   ||| ||||  ||||| || |||||||||| |||||||| | ||||| ||  |||||     
T  8538632 tgcagatgctaagaggttggttggaagaaaatatagtgattctgttattcagaatgatttactgttgtggcccttcaaggtaaatgctgatgctaatgat 8538533  T
Q  105 aaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgagg 204  Q
    ||||| ||||||  ||| | ||  |||||  | ||||| ||  ||| |||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| ||  | ||||| |    
T  8538532 aaacccatgattgtcgtgacgtgtaagggggaagagaaacacttttttgctgaagaaatatcagctatggtcctcacaaagatgcgggagttcgctgaag 8538433  T
Q  205 catatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 304  Q
     || ||| || ||||| || || ||||||||  |||| || |||||||||||||  || || ||| ||| ||| || | ||||||||||   ||||||||    
T  8538432 tatttttggagtcacctgtcaaaaatgcagtgattacagtacctgcttatttcaatgattcacagcgaagagccaccaaagatgctggtgtcattgctgg 8538333  T
Q  305 gattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtc 404  Q
      | |||||  |  |  |||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| ||||| | ||  ||||  ||    
T  8538332 cctcaatgtaatgcggataatcaatgaacctacagctgctgctcttgcatacggccttcaaaagagagctaattgtgttgaagagagaaaagttttcatc 8538233  T
Q  405 ttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8538232 tttgatcttggtggtggaacttttgatgtatctct 8538198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 258
Target Start/End: Original strand, 8640164 - 8640372
Alignment:
Q  48 gttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatc 147  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||   | || ||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |     
T  8640164 gttgttcaaaatgatatgaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaatgacaaacccacgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgtt 8640260  T
Q  148 tttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaat-caccggttaagaatgcagttgttactgtgc 246  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||  |||| |||  |||||||   | | || || |||||||||||||||||| |||    
T  8640261 tttgtgccgaggaaatatcatctatgatcctttcgaagatgcgagaggttgcagagaaatatttaatgtccccccgtaaagaatgcagttgttactatgc 8640360  T
Q  247 ctgcttatttca 258  Q
    ||||||| ||||    
T  8640361 ctgcttacttca 8640372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 120 - 452
Target Start/End: Original strand, 8382563 - 8382895
Alignment:
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 219  Q
    |||||||| |||||| |||| || || |||||||| || ||| | || |||||| | |||| ||||||||| || ||||| |||   | ||| || ||||    
T  8382563 gttaagtataagggtgaggaaaaacacctttgtgccgaggaaatctcctctatggtcctcaaaaagatgcgtgagattgcagagaattttttggagtcac 8382662  T
Q  220 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgtaag 319  Q
    |  |  |||||| ||||||||| |||||||| |||||||  || |||||  | ||||| || | |||||||||| | ||||||||  | |||||  |  |    
T  8382663 ctatcgagaatgtagttgttaccgtgcctgcatatttcaatgattctcaacggaaagccacaaaagatgctggtgcgattgctggcctcaatgtaatgcg 8382762  T
Q  320 agtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggt 419  Q
      |||| ||||| || || || || ||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  8382763 gataatcaatgagccaactgccgctgctcttgcatatggccttcagaagagagctaattgtcttgaagagagaaatattttcatctttgatcttggtggt 8382862  T
Q  420 ggtacttttgatgtttctctactaactattaag 452  Q
    || ||||||||||| ||||| || || ||||||    
T  8382863 ggaacttttgatgtgtctctcctcacaattaag 8382895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8570759 - 8570479
Alignment:
Q  153 gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgctt 252  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||| || || || ||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  8570759 gctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaagcatttttggagtctcctgttaagaatgcagtgattactgtacctgctt 8570660  T
Q  253 atttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgc 352  Q
    |||| |  || || ||  ||| ||| || | |||||| |||   ||||||||  | |||||  |  |  |||| ||||||||||| || || ||| ||||    
T  8570659 attttaatgattcacaacgaagagccactaaagatgcaggtgaaattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgc 8570560  T
Q  353 atatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||| |||| |  || | ||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  8570559 atatggccttcaaaagagagctaattttgttgataagagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgt 8570479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 293
Target Start/End: Original strand, 7877420 - 7877593
Alignment:
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 219  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  ||||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||   | ||| || ||||    
T  7877420 gttaagtataagggcgaggaaaagcacttttgtgccgaggaaatatcatccatgatccttacaaagatgcgcgagattgcagagaagtttttggagtcac 7877519  T
Q  220 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 293  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||  ||||||| || | ||||||||||    
T  7877520 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctcaacgaaaagccacaaaagatgctggt 7877593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 152 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8576775 - 8576494
Alignment:
Q  152 tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgct 251  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| | | |  |  |||| ||||||||||||||  || |||||||||||    
T  8576775 tgctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaggcttttctgcagacacctgttaagaatgcagtgatttctgtgcctgct 8576676  T
Q  252 tatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgttgta-agagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgtt 350  Q
    ||||| |  || || ||  ||| ||| || | |||||| ||| | ||||||||  | |||||  |  ||| |||| ||||||||||| || || ||| ||    
T  8576675 tattttaatgattcccaacgaagagccactaaagatgcaggtgcaattgctggtctcaatgtcatgcaga-taatcaatgaaccgactgcggcagctctt 8576577  T
Q  351 gcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    || ||||||||| | ||||||||| |||||||| |  |  | ||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  8576576 gcgtatggccttcaaaagagagctaattgtgttgataaaagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgt 8576494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 327 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8610191 - 8610085
Alignment:
Q  327 aatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggtggtactt 426  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||  || |  | ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  8610191 aatgaaccaacggctgcggctcttgcatatggtcttcagaagagagctaattgtgtggaaaatagaaatatttttatctttgatcttggtggtgggactt 8610092  T
Q  427 ttgatgt 433  Q
    | |||||    
T  8610091 tcgatgt 8610085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 292
Target Start/End: Original strand, 29581528 - 29581700
Alignment:
Q  120 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatca 218  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |  ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||  || ||||| |||  || ||| ||||      
T  29581528 gttaagtacaagggtgaagagaag-aggtttgttgctgaggaaatatcatctatgatcctctcaaagatgcatgatattgcagagaaatttttggaattg 29581626  T
Q  219 ccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctgg 292  Q
    || || |||||||||||  |||| ||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || | |||||||||    
T  29581627 cctgtaaagaatgcagtgattaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgctgg 29581700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8545911 - 8545801
Alignment:
Q  322 taatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtcttcgatcttggtggtgg 421  Q
    |||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| |  || | ||||||||| |||| || ||||| |||||    
T  8545911 taatcaatgaaccgactgcggcggctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattg-gttgataagagaaatatttttatctttgaccttggcggtgg 8545813  T
Q  422 tacttttgatgt 433  Q
     |||||||||||    
T  8545812 aacttttgatgt 8545801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 34466362 - 34466815
Alignment:
Q  2 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  | |||||||   ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| |||    
T  34466362 tttttcagatgctaagaggttaattggcagaaaatttagtgatcctgatgttcaaacagatatgatgttatggccattcaaagttattgctggtgttaat 34466461  T
Q  102 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 201  Q
    ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| ||  |||||||||| || | ||| |    
T  34466462 gacaagccaatgatttcccttaagtataagggtcaggagaagcacctatgtgctgaggaaatctcatctatgatcctttcaaagatgcgggatactgcag 34466561  T
Q  202 aggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgc 301  Q
    ||| |||||| ||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||| |  || |||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  34466562 aggaatatttggaatcaccaattaagaatgcagttatcaccgtgcctgcttattttaatgattctcagcgaaaagctactgtggatgctggtactattgc 34466661  T
Q  302 tgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatattttt 401  Q
    |||  |||||||| |   | |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||  | ||||||||     
T  34466662 tggccttaatgttttgcaaataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggacttgacaagagagctgactttgtggaagaaggaaatattttc 34466761  T
Q  402 gtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaaggat 455  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  34466762 gtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctctccttacaattaaggat 34466815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15595637 - 15595181
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtt-gttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 99  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||| |    
T  15595637 ttttttcagatgctaagagattaatcagtaggaagtttagtgattctgtttgttcaaaatgatataaagttgtggccattcaaggtcattg---gtgtga 15595541  T
Q  100 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 199  Q
    |||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| || ||||   |||||||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  15595540 atgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtcaagaaaagcgcttttgtgctgaggaaatatcgtctatgattctcaaaaagatgcgagaggttgc 15595441  T
Q  200 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 299  Q
     |||  || |||||  || || || || |||||||||||||| |||||||||||| |||  || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | |||    
T  15595440 agagaaatttttag--tctcccgtaaacaatgcagttgttaccgtgcctgcttatctcaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcaggtgccatt 15595343  T
Q  300 gctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaacc-------gacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgc 392  Q
    |||||  |||||||| || | ||||| ||||||||       ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||   | | ||||||  |||  |     
T  15595342 gctggccttaatgttatacgggtaatcaatgaaccgacagctgacagctgcagctattgcatatggccttgacaagaggattaactgtgttggagaaaga 15595243  T
Q  393 aatatttttgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgtttctctactaactattaagga 454  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  15595242 aatatttttgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctatcctaacaattaagga 15595181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 4678126 - 4678558
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||| | || || |||||||||||||| | |||||   ||||||  ||    
T  4678126 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaggtatagtgattctgttgttcaaaaagacatcatgttgtggccatttagggtcatcactggtgagaa 4678225  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
    ||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| ||||     
T  4678226 tgataaaccgatgattagtgttaagtacaagggtcaagagaagcaagttagtgttgaggaaatatcatcgatgatccttacaaagatgagagaagttgcc 4678325  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||  ||||| ||   ||  | || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||  || |||||  |||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  4678326 gaaacatatctaacttcgtctgtgaagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattg 4678425  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttt 400  Q
    ||||  |||||||  |   | |||| || ||||| || | ||| ||| ||||||||||  |||||||||||  |||  ||| |    | || ||||| ||    
T  4678426 ctggacttaatgtcattcaaataatcaacgaacctactgttgcagctattgcatatggttttgacaagagaagtgaaagtgattgtaaacgaaatatatt 4678525  T
Q  401 tgtcttcgatcttggtggtggtacttttgatgt 433  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  4678526 tgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgt 4678558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 96
Target Start/End: Original strand, 52549098 - 52549183
Alignment:
Q  11 tgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 96  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  52549098 tgctaagaggttaattggtaagaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatattgttatggtcattcaaggtcactgccggtg 52549183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 28220551 - 28220194
Alignment:
Q  1 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||    ||    
T  28220551 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgactctgttgttcaagatgatataaagttgtggccattcaaggtcatttccggaacgaa 28220452  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 200  Q
     |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||| | || ||||||||||| || |||||     
T  28220451 cgacaaacccatgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgtgagattgca 28220352  T
Q  201 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 300  Q
    ||||| | ||| ||||  || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || | |||| | ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  28220351 gaggcctttttggaatttcctgtcaagaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattatcagcggaaagccaccatagatgcaggtaccattg 28220252  T
Q  301 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatgg 358  Q
    ||||  | |||||| ||||  || | |||||||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  28220251 ctggtctaaatgttctaaggatagtcaatgaacccactgctgctgctattgcatatgg 28220194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 42555530 - 42555758
Alignment:
Q  19 ggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattac 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| | | ||  | |||| ||| || ||||||      
T  42555530 ggttaattggtaggaagtttaatgattatgttgttcaaaatgacatgaagttgtggccattcaaggtcatttccggaataaatggcaagcccatgattta 42555629  T
Q  119 cgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatca 218  Q
     || | |||| |||| |||||||| || || || || |||||| | ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| ||||||| ||| |||       
T  42555630 tgtaacgtacgagggacaggagaaacacctatgcgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgcaagattgcagaggcatttttggaaatg 42555729  T
Q  219 ccggttaagaatgcagttgttactgtgcc 247  Q
    || || |||||||||||||||||||||||    
T  42555730 cctgtcaagaatgcagttgttactgtgcc 42555758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 43745441 - 43745079
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| | | ||  | ||||||||    
T  43745441 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgattctgatgttcaaaatgatatgaagttgtggccgttcaaggtcatttccggattgaatgacaa 43745342  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
    |||  ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  43745341 acccgtgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgtgagattgcagagaca 43745242  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    | |||  |||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || | |||| | ||||| ||  ||||||||||| | |||||||||     
T  43745241 tttttgcaattgcctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattatcagcggaaagccac--tagatgctggtgccattgctgggc 43745144  T
Q  307 ttaatgttgt-aagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagaga 371  Q
    || ||||| | |||| |||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||| || || ||||||    
T  43745143 ttgatgttatgaaga-taatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggtctggaaaagaga 43745079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 12529103 - 12528847
Alignment:
Q  2 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtga-tcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| || | | |||||  | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  12529103 ttttgcagatgcaaagaggttaattggaagaaagtatagtgactcca-tagttcagaaggatcaactgttgtggccatttaaggtcactgctggtgctaa 12529005  T
Q  101 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 199  Q
    ||||||||| | |||    || || ||||| ||  ||||  | || |||||| ||||||||| |||| |||||||| ||  || |||||||||| |||||    
T  12529004 tgacaaaccgaagatccttgtgaactacaatgggaaggaacatca-ctttgttgctgaagaaatatcctctatgattctatcacagatgcgagagattgc 12528906  T
Q  200 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttca 258  Q
     || |||| | | || ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||    
T  12528905 agatgcatttcttgagtcacctgttaagaatgcagtgattacggtgccagcgtatttca 12528847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 28911176 - 28910744
Alignment:
Q  7 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 106  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28911176 cagatgctaagaggataattgataggaagtttagtgatcccgttgttcaaaacgattcaatgttgtcgccgttcaaggtcattgccggtgtcaatgacaa 28911077  T
Q  107 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 206  Q
     || |||||  | || |||||||||| |||||||||| |  | |||||||| ||| | |||||| || | ||| ||||||| || || ||||| | | ||    
T  28911076 ccccatgatatctgtcaagtacaaggatcaggagaagaaattatgtgctgaggaaatctcatctgtggttctctcaaagattcgcgagattgcagtgaca 28910977  T
Q  207 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 306  Q
    | ||| ||||  || || ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||  || ||| |||| ||||| || |||||||||||| | ||||   ||     
T  28910976 tttttggaattgcccgtcaagaatgcaattgttactttgactggttatttcaatgattcttagaggaaagccaccatagatgctggtgccattgtcaggc 28910877  T
Q  307 ttaatgttgtaagagtaatgaatgaaccgacggctgccgctgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttaaagagcgcaatatttttgtctt 406  Q
    |||||||| |  |  |||| ||||| |  || ||||  ||| || |||||||||| |||||||||||||| |||| |  ||| || |||| |||  ||||    
T  28910876 ttaatgttatgcggataatcaatgagctcactgctgtagctatttcatatggcctcgacaagagagctgagtgtgctggagaacgaaatactttcatctt 28910777  T
Q  407 cgatcttggtggtggtacttttgatgtttctct 439  Q
    ||| || ||| |||| |||||||||||||||||    
T  28910776 cgacctgggtagtgggacttttgatgtttctct 28910744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University