View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19233_low_1 (Length: 718)

Name: NF19233_low_1
Description: NF19233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19233_low_1
NF19233_low_1
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (9-704)||(5203366-5204061)
chr8 (40-701)||(5193128-5193780)
chr8 (32-431)||(6230077-6230476)
chr8 (23-494)||(5174427-5174898)
chr8 (525-704)||(5174238-5174417)
chr8 (40-210)||(1797340-1797510)
chr8 (291-494)||(5170255-5170458)
chr8 (9-156)||(5183348-5183498)
chr8 (275-382)||(1797518-1797625)
chr8 (511-701)||(6229858-6230048)
chr8 (525-615)||(5170158-5170248)
chr8 (553-686)||(5186356-5186492)
chr8 (553-686)||(6233026-6233162)
chr8 (131-210)||(5170507-5170586)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (278-675)||(5176817-5177202)
chr7 (276-698)||(8553022-8553444)
chr7 (40-210)||(5177216-5177386)
chr7 (24-211)||(8552797-8552984)
chr7 (45-146)||(8305724-8305825)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (277-653)||(49610336-49610712)
chr4 (45-211)||(49610751-49610917)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (278-404)||(16472229-16472354)
chr6 (279-340)||(1180636-1180697)
chr6 (547-602)||(1180389-1180444)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 5204061 - 5203366
Alignment:
Q  9 gataatactactcttcaaagacaacaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5204061 gataatactactcttcaaagacaacaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataa 5203962  T
Q  109 caaaatttctcaagacacggggcatcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203961 caaaatttctcaagacacggggcatcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttca 5203862  T
Q  209 tgaccccagaggtgtcagattcaagtagaaaatttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaaca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203861 tgaccccagaggtgtcagattcaagtagaaaatttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaaca 5203762  T
Q  309 agaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacgagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203761 agaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatacttttaacgagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgca 5203662  T
Q  409 gtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcggtaagacatagcattcaccgcgaccttcttcat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203661 gtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgacttcaattacaccattcggtaagacatagcattcaccgcgaccttcttcat 5203562  T
Q  509 cctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatgaag 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203561 cctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatgaag 5203462  T
Q  609 ctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaacattcttttcacgtaatcaatgaaattctt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203461 ctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaaggttcttttcacgtaatcaatgaaattctt 5203366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 40 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 5193780 - 5193128
Alignment:
Q  40 aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatcaatat 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5193780 aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggcgtcaatgt 5193681  T
Q  140 aaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatgaccccagaggtgtcagattcaagtagaaa 239  Q
    ||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  |||             |||||||||      
T  5193680 aaatctcttgtattcctcgaacatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctcccc------------tcaagtagacg 5193593  T
Q  240 atttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatct 339  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || |||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  5193592 atttgttgcgccattagggcgcaacactgaacaaaagctcacagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcgattgcatgttcgtct 5193493  T
Q  340 ctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacgagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccatcaacacca 439  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||  ||||||||| |    
T  5193492 ctcacaaggacaccccacaatgacaatactcttagtgagaaaaatttaattgaatgattcatgaatgctgtatcaactccgattcccggcatcaacacta 5193393  T
Q  440 actcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcggtaagacatagcattcaccgcgaccttcttcatcctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctc 539  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5193392 actcagtaagcgatttgacttcaattacaccttttggtaggacatagtatttaatgccaccttcttcatcctggtcgggaccatcaggcaaataaaggtc 5193293  T
Q  540 tagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatga---agctcaaaattgttgacgctaagcttaaat 636  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  || | ||||||  |   ||||||| |||||  ||   ||||||||||    
T  5193292 tagtacttcaacaccactttcacctgccaacttcaaccaaagatcaacatccattaagatgtaactacatagctcaacattgtccacaacaagcttaaat 5193193  T
Q  637 tgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaacattcttttcacgtaatcaatgaaatt 701  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||    
T  5193192 tttttgatagccaatccattatcgtagaacctcaacaatcttctcttcacataatcaatgaaatt 5193128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 32 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 6230476 - 6230077
Alignment:
Q  32 acaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggc 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||     
T  6230476 acaagtctaaatatttcaaattttggcatctatcaaaatcaatcttaaatggtgcgtcaaaataaccaggacaataacgtaatttctcgagagacgggga 6230377  T
Q  132 atcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatgaccccagaggtgtcagattca 231  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  6230376 atcaatataaacctcttgtattccttgaacatcaaccgtcttcaacttaagtagaccatccatactcaaagacttgatgaccccagaggtgtgagattca 6230277  T
Q  232 agtagaaaatttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcat 331  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||| |||| |  ||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6230276 agtagatgatttgttgcgccattagggctcaacattgaacaatccctcaaagttatatgttcaattaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcat 6230177  T
Q  332 gttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacgagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccat 431  Q
    |||| ||||| |||||||||  |  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  6230176 gttcgtctctggaaaggacatgcttcaatgacaatattcttaatgagaaaaatttaattgaacgattcatgaatgctgtatcaactcttattccccccat 6230077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 23 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 5174898 - 5174427
Alignment:
Q  23 tcaaagacaacaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaag 122  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5174898 tcaaagacaacaagtttaacttttttaaatttttgcacctttcaaaatcaatcttaaatggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaaattctcaag 5174799  T
Q  123 acacggggcatcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatgaccccagaggtg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   || |||| ||||  ||||||| ||||||| ||||| |||     
T  5174798 acacggggcatcaatataaacctcttgtattccttgaacatcaactgtcttcagctttgataaaccacgcatgctcaaagatttcatgatcccaggggta 5174699  T
Q  223 tcagattcaagtagaaaatttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgct 322  Q
    |||||||||| ||||  |||||| | |||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  5174698 tcagattcaaatagatgatttgtggtgacactagggctcaacactgaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacgagaaatcagattct 5174599  T
Q  323 caattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacgagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaat 422  Q
    |||||||||| |||| |    |||||||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||| ||||||||| |    ||||||||| ||    
T  5174598 caattgcatgctcatattcacaaaggacctcccacaatgacaatactctcaatgagaaacacttaattgaattattcatgaatgattgatcaactctgat 5174499  T
Q  423 tccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcggtaagacatagcattcacc 494  Q
    ||||||||| | | |||||| |  ||  |||||   |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  5174498 tccccccattagctccaacttaacaaatgattttccttcaattatacccttcggtaagacatagcattcacc 5174427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 525 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 5174417 - 5174238
Alignment:
Q  525 aggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatgaagctcaaaattgttgacg 624  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||   ||||||  || ||||||||||||| || |      
T  5174417 aggcaaacaaagttctagtacttcaacaccacattcacttgccagattcaaccaaagatcaacatccgctgacattgaacgaagctcaaaattattcagc 5174318  T
Q  625 ctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaacattcttttcacgtaatcaatgaaattctt 704  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5174317 ataagcttaaattgtttgatagccaattcattatcatagaacctcaacaacgttcttttcatgtaatcaatgaaattctt 5174238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 210
Target Start/End: Original strand, 1797340 - 1797510
Alignment:
Q  40 aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatcaatat 139  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||    ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  1797340 aaatatttcaaattttggcatctatcaaaatcaatcttatatggtgaaaaaaaatcatccggacaataacaaagtttctcaagatacggggcatcaatat 1797439  T
Q  140 aaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatg 210  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1797440 atacctcctggattccttcaacatcaactgtcttgagcttaagtagaccatgcatgctcaaagacttcatg 1797510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 291 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 5170458 - 5170255
Alignment:
Q  291 ttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacgagaaaaatttaatt 390  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| | || |||    ||| ||  |||||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  5170458 ttcaatcaaagggcaacgggaaatgagatactcaattgcttgttcatctcccaaagggatgcgccaaaaatacaattttctcaacgagaaaaacttaatt 5170359  T
Q  391 gaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcggtaagacatagcatt 490  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| |||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  5170358 gaatgattcatgaatgcttgatcaactctaattccccccaccaacactaacttggtaagcaatttgacttcaattacaccgtttggtaatacatagcatt 5170259  T
Q  491 cacc 494  Q
    ||||    
T  5170258 cacc 5170255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 5183498 - 5183348
Alignment:
Q  9 gataatactactcttcaaagacaacaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatca---ccaggacaa 105  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||| ||||  |   ||||||| |    
T  5183498 gataatacttctcctcaaatacaacaattttaaatatttcaaattttggcatctatcaaaaacaatcttaaattgtgcgttaaaacgaagaccaggacta 5183399  T
Q  106 taacaaaatttctcaagacacggggcatcaatataaacctcctgtattcct 156  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5183398 taacaaaatttctcaagatactgggcatcaatataaacctcctggattcct 5183348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 275 - 382
Target Start/End: Original strand, 1797518 - 1797625
Alignment:
Q  275 acttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaa 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  1797518 acttcaaagttatatgttcaatcaacggacaacaagaaataaaatgttcaattacatgttcgtctttcgaaacgacatcccacaatgacagtactcttaa 1797617  T
Q  375 cgagaaaa 382  Q
     |||||||    
T  1797618 tgagaaaa 1797625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 511 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 6230048 - 6229858
Alignment:
Q  511 tggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacat-gtaat---ga 606  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  ||     |||| ||||    ||    
T  6230048 tggttgggaccattaggcaaacaaagttgtagtacttcaacaccactttcacttgccaacttcaaccaaagatcaagctca----acattgtaacctcga 6229953  T
Q  607 agctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaacattcttttcacgtaatcaatgaaatt 701  Q
    ||||||| |||||| ||   |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||| ||||||||||||||    
T  6229952 agctcaacattgttcacaacaagcttaaatttgttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaaagttatcttcacataatcaatgaaatt 6229858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 525 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 5170248 - 5170158
Alignment:
Q  525 aggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatgaagctcaaaa 615  Q
    ||||||| |||| | ||| | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  5170248 aggcaaaaaaaggtttagaacttcaacaccactttgacttgccaacttcaaccaatgatcaacatccattgacatgtaaggaagctcaaaa 5170158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 553 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 5186492 - 5186356
Alignment:
Q  553 ccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatga---agctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagcca 649  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||| || ||   ||||||  |||||  ||  |||||||||||  |||||||||||    
T  5186492 ccactttcacttgccaacttcaaccaaagatcaacattctttgacatgaaacgacggagctcagcattgtacacaataagcttaaatactttgatagcca 5186393  T
Q  650 atccattatcatagaacctcaacaacattcttttcac 686  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  5186392 atccattatcatagaatttcaacaaccttctcttcac 5186356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 553 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 6233162 - 6233026
Alignment:
Q  553 ccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgtaatga---agctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagcca 649  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||| || ||   ||||||  ||| |  ||  ||||| |||||  |||||||||||    
T  6233162 ccactttcatttgccaacttcaaccaaagatcaacattctttgacatgaaacgactgagctcagcattatacacaataagcctaaatactttgatagcca 6233063  T
Q  650 atccattatcatagaacctcaacaacattcttttcac 686  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  6233062 atccattatcatagaatttcaacaaccttctcttcac 6233026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 5170586 - 5170507
Alignment:
Q  131 catcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatg 210  Q
    |||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||    
T  5170586 catcgatatgaacctcttttattccttgaacatcaactgtctttagctttagtaggccatgtatgctcaaagatttcatg 5170507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 278 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 5177202 - 5176817
Alignment:
Q  278 tcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacga 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||  |  ||||||||| |||||||| ||    
T  5177202 tcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcattttcgtctctagaaaggacatgcttcaatgacaaaactcttaatga 5177103  T
Q  378 gaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcggt 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||| || |||    
T  5177102 gaaaaatttaattgaatgattcatgaatgatgtatcaactttgattccccccatcaacactaactcagtaatggatttgacttcaattacacccttgggt 5177003  T
Q  478 aagacatagcattcaccgcgaccttcttcatcctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaacc 577  Q
    | |||||||||               ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| | || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5177002 aggacatagca---------------ttcatcctgatcgagaccataaggcaaataaagatgtattccttcaacaccacattcacttgctaacttcaacc 5176918  T
Q  578 aatgatcaacatcttttgacatgtaatgaa---gctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaa 674  Q
    || |||||| ||| ||| ||||||||  ||   |||||  |||||  ||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5176917 aaagatcaatatcctttaacatgtaactaaatcgctcaccattgtacacagcaagcttaaattttttgataaccaatccattatcatagaatctcaacaa 5176818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 276 - 698
Target Start/End: Original strand, 8553022 - 8553444
Alignment:
Q  276 cttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaac 375  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||  |||||||||||||||||| ||     
T  8553022 cttcaaagttatatgttcaatgaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatcttccaaaagaacaatccacaatgacaatactctcaat 8553121  T
Q  376 gagaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcg 475  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||| ||   |||||||||||| || ||| ||||||||| ||  ||||| |||||   ||| ||||||||  |||    
T  8553122 gaaaaaaacttaattgactgattcatgaatgcttgatcaactctaatcccgcccttcaacaccaccttggtaagtgattttgcttcgattacacctgtcg 8553221  T
Q  476 gtaagacatagcattcaccgcgaccttcttcatcctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaa 575  Q
    |||| ||||||||||  ||  ||||||| |||   | || |||||||   |||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||  |||||||    
T  8553222 gtaaaacatagcatttgccatgaccttcctcaatgtagttgggaccacatggcaaacaaagctctactacttcaacaccacttccacttgccgacttcaa 8553321  T
Q  576 ccaatgatcaacatcttttgacatgtaatgaagctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatccattatcatagaacctcaacaac 675  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| |   ||| |||| ||| ||||||||||||||| | |||  | |||||| ||||     
T  8553322 ccaaagatcaacatgctttgacatgtaatgaagctcaaaacggttcaatataatcttacattctttgatagccaatccttgatcgcaaaacctcgacaat 8553421  T
Q  676 attcttttcacgtaatcaatgaa 698  Q
     ||||  |||| |||||||||||    
T  8553422 gttctcgtcacataatcaatgaa 8553444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 40 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 5177386 - 5177216
Alignment:
Q  40 aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatcaatat 139  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| | ||||||  ||||||| | |||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  5177386 aaatatttcaaattttggcatctatcgaaaccaatcttatatggtgcgaaaaaatcatcgggacaaaaacgcaatttctcaagatacggggcatcaatat 5177287  T
Q  140 aaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatg 210  Q
    | |||||||| ||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  5177286 atacctcctggattccttcaactttaactgtcttgagcttaagtagaccatgaatgctcaaagacttcatg 5177216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Original strand, 8552797 - 8552984
Alignment:
Q  24 caaagacaacaagtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaaga 123  Q
    |||||| |||||||||||   ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| | |||||||  ||| || || |||||||| | |  | |||||||    
T  8552797 caaagagaacaagtctaaccctttcaaatttctgcaactatcaaaatgaatcttatatggtgcgttcaaaacatcatgacaataatatagatactcaaga 8552896  T
Q  124 cacggggcatcaatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatga 211  Q
    |  ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  8552897 cttgggacatctatatatacctcttgtattccatgaacatcaactgtcttgagctttggtagaccatgcatgctcaaagacttcatga 8552984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 8305825 - 8305724
Alignment:
Q  45 tttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatcaatataaacc 144  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||| || || |||||||| | |  |||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  8305825 tttcaaatttctgcaactatcaaaatgaatcttatatggtgcgtccaaaacatcatgacaataatatagattctcaagatttgggacatcaatataaacc 8305726  T
Q  145 tc 146  Q
    ||    
T  8305725 tc 8305724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 9e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 277 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 49610712 - 49610336
Alignment:
Q  277 ttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacg 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || | |||||||  ||||||||||||||||| | ||||    
T  49610712 ttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgctcatttcccaaaaggacttcccacaatgacaatactatcaacg 49610613  T
Q  377 agaaaaatttaattgaatgattcatgaacgcagtatcaactctaattccccccatcaacaccaactcagtaagcgatttgaattcaattacaccattcgg 476  Q
    | ||||| |||||||| |||| |||||| ||   ||||| ||| |||||||||||||| |||||||  ||||| |||||   ||||||||||||  ||||    
T  49610612 aaaaaaacttaattgactgatgcatgaatgcttgatcaattctgattccccccatcaataccaacttggtaagtgattttgcttcaattacacccatcgg 49610513  T
Q  477 taagacatagcattcaccgcgaccttcttcatcctggtcgggaccatcaggcaaacaaagctctagtaattcaacaccacattcacttgctaacttcaac 576  Q
    ||| |||||||||||  |  ||||||| || || |||| |||||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||   | ||||||    
T  49610512 taatacatagcattcgtcatgaccttcctcgtcatggttgggaccactgggcaaacaaagttctagtacttcaacaccactttcacttgtcgatttcaac 49610413  T
Q  577 caatgatcaacatcttttgacatgtaatgaagctcaaaattgttgacgctaagcttaaattgtttgatagccaatcc 653  Q
    |||  || |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |   ||| |||| ||| |||||||| ||||||    
T  49610412 caaaaattaacatcctttgacatgcaatgaagctcaaaatggttcaatgtaatcttacattctttgatagtcaatcc 49610336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 49610917 - 49610751
Alignment:
Q  45 tttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatcaatataaacc 144  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| || || |||||||  | |  ||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  49610917 tttcaaatttctgcagctatcaaaatgaatcttaaatggtgcgtccaaaacatcatgacaatagtatagattctcaagacatggggcatcgacataaacc 49610818  T
Q  145 tcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatga 211  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  49610817 tcttgtattccttgaacatcaactgtcttgagctttggtagaccaagcatgctcaaacacttcatga 49610751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 278 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 16472354 - 16472229
Alignment:
Q  278 tcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctctcgaaaggacagcccacaatgacaatactcttaacga 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||   || |||||||||||||| || ||    
T  16472354 tcaaagttatatgttcaatcaaaggacaatgagaaatgaattgctcaattgcatgtt-gtctctcgaaaggacacaacataatgacaatactctcaatga 16472256  T
Q  378 gaaaaatttaattgaatgattcatgaa 404  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||    
T  16472255 gaaaaattgaattgactgattcatgaa 16472229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 1180697 - 1180636
Alignment:
Q  279 caaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttcatctc 340  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| || | |||||||||||||||||    
T  1180697 caaagttatatattcaatcaaaggacaaaaagagatgagttggttaattgcatgttcatctc 1180636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 1180444 - 1180389
Alignment:
Q  547 tcaacaccacattcacttgctaacttcaaccaatgatcaacatcttttgacatgta 602  Q
    ||||||||||||||||  || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  1180444 tcaacaccacattcacaagccaatttcaaccaattatcaacatcctttgacatgta 1180389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University