View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19234_low_2 (Length: 552)

Name: NF19234_low_2
Description: NF19234
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19234_low_2
NF19234_low_2
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (21-529)||(55584717-55585225)
chr4 (23-529)||(53436965-53437470)
chr4 (54-529)||(53438428-53438903)
chr4 (21-548)||(16420182-16420711)
chr4 (25-548)||(46670888-46671412)
chr4 (19-548)||(9352730-9353260)
chr4 (19-529)||(6673176-6673688)
chr4 (157-548)||(9341629-9342021)
chr4 (22-504)||(987438-987907)
chr4 (55-263)||(3216101-3216308)
chr4 (131-540)||(42515169-42515574)
chr4 (195-276)||(37662455-37662536)
[»] scaffold0144 (1 HSPs)
scaffold0144 (21-529)||(39791-40298)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (21-548)||(2879922-2880453)
chr6 (21-548)||(35023675-35024203)
chr6 (250-548)||(2867696-2867994)
chr6 (19-529)||(28871666-28872178)
chr6 (19-540)||(33353984-33354507)
chr6 (194-429)||(8630916-8631151)
chr6 (84-293)||(20025814-20026024)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (21-529)||(9953677-9954186)
chr7 (21-529)||(23409621-23410130)
chr7 (148-529)||(23688354-23688732)
chr7 (19-548)||(30758573-30759103)
chr7 (33-529)||(7747428-7747925)
chr7 (19-399)||(25137022-25137402)
chr7 (56-335)||(42779513-42779792)
chr7 (261-341)||(45292032-45292112)
chr7 (402-548)||(25137976-25138123)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (32-529)||(11773252-11773749)
chr3 (19-529)||(559663-560176)
chr3 (21-292)||(27088554-27088824)
chr3 (346-548)||(21221912-21222114)
chr3 (85-362)||(36529777-36530057)
chr3 (85-362)||(36533220-36533500)
chr3 (347-529)||(27088320-27088504)
chr3 (338-548)||(12678515-12678727)
chr3 (188-239)||(21221860-21221911)
chr3 (378-452)||(9607345-9607419)
chr3 (208-341)||(23938500-23938633)
chr3 (21-54)||(11776443-11776476)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (21-529)||(275589-276097)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (21-529)||(11108-11617)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (21-529)||(41362990-41363500)
chr2 (21-529)||(44679495-44680003)
chr2 (80-548)||(28633827-28634285)
chr2 (19-548)||(11925346-11925877)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (21-548)||(38254-38783)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-548)||(36215700-36216230)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (19-529)||(9330279-9330791)
chr8 (19-548)||(10332843-10333372)
chr8 (128-357)||(40454967-40455198)
chr8 (72-292)||(32233170-32233391)
chr8 (164-339)||(12074554-12074729)
chr8 (383-454)||(26180121-26180192)
chr8 (157-295)||(14663597-14663734)
chr8 (157-296)||(14641992-14642130)
chr8 (383-432)||(26269974-26270023)
[»] scaffold0210 (2 HSPs)
scaffold0210 (19-548)||(22965-23496)
scaffold0210 (19-334)||(24185-24500)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (222-548)||(41586093-41586425)
[»] scaffold0718 (1 HSPs)
scaffold0718 (19-113)||(7410-7504)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 55585225 - 55584717
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  55585225 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctatgttcttaatgcttttattgcttggcc 55585126  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  55585125 gcctttaaatatatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatgagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgg 55585026  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55585025 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 55584926  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55584925 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgacaagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactcaagatggtcatct 55584826  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgt 520  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55584825 agtgaaactcatccctgacaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgt 55584726  T
Q  521 tcaattaag 529  Q
    |||||||||    
T  55584725 tcaattaag 55584717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Original strand, 53436965 - 53437470
Alignment:
Q  23 agatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgc 122  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  53436965 agatgacaacttttgttatatgacttt-ttctgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctgttattaatgcttttattgcttggccgc 53437063  T
Q  123 ctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaa 222  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53437064 ctttaaattgatatacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgaaataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaa 53437163  T
Q  223 acccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53437164 acccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtca 53437263  T
Q  323 ctaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctag 422  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  53437264 ctaaagaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatacgataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactgaagatagtcatctgg 53437363  T
Q  423 tgaaactcatccctgagaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttc 522  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53437364 tgaaactcatccctgacaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattattgtaatcacacaaattcagtacctttttgttc 53437463  T
Q  523 aattaag 529  Q
    |||||||    
T  53437464 aattaag 53437470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 529
Target Start/End: Original strand, 53438428 - 53438903
Alignment:
Q  54 tgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaa 153  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  53438428 tgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctgttattaatgcttttattgcttggccgcctttaaattgatatacggtttatattgtgaa 53438527  T
Q  154 acggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttca 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53438528 acggaagttgaatttataaacgctttgaaataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttca 53438627  T
Q  254 atcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagaga 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  53438628 atcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaagaattagggcaagaataaattagaga 53438727  T
Q  354 attcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat 453  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53438728 attcggtaatgatacgataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactgaagatagtcatctggtgaaactcatccctgacaatcttattattat 53438827  T
Q  454 agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53438828 agttcaatccaattttactttacttaattttcattattgtaatcacacaaattcagtacctttttgttcaattaag 53438903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 548
Target Start/End: Original strand, 16420182 - 16420711
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  16420182 ctagatgacaacttttgttctatgactttaatttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctttgttcttaatgctattattgcttgacc 16420281  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16420282 gcctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaaattgaatttataaaggctt-gagataagagattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 16420380  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16420381 aaacccttaaaaccaattaagaattcttgttcaatcatgcttaattctgatcttaaattcactaagtaattaggggttattttaggattaatgattttgt 16420480  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16420481 cactaaggagttagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatatgataagtctatttaatggtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 16420580  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatc---ttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttt 517  Q
    |||||||||||||||||  ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  16420581 agtgaaactcatccctggcaatcttattattattatagttcattccaattttactttacttaattttcattattgcaatcacacaaattcagtacctttt 16420680  T
Q  518 tgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  16420681 tgttcaattaagtcacaaatattattcgaca 16420711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 46671412 - 46670888
Alignment:
Q  25 atgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcct 124  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  46671412 atgacaacttttgttctataactttattttgattattgaataagtttattgaatcatttttcttatctctgtgcttaatgcttttattgcttggccgcct 46671313  T
Q  125 ttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaac 224  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  46671312 ttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctt-gagataagaaattcttgtctttgtaatgtagggatagatgcaaac 46671214  T
Q  225 ccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcact 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  46671213 ccttgaaaccaattacgaattcttgttccatcatgcttaattctaatcttaaattcgccaaggaattaggggttattttaggattaatgattttttcact 46671114  T
Q  325 aaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtg 424  Q
     |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46671113 gaggatttagggcaataataaattagagaattcggtaatgattcgataagccgattcaatagtcatattcaagttgataactcaagatagtcatctagtg 46671014  T
Q  425 aaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttc 522  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| |||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46671013 aaactcatcgctgacaattttattactataaagttcaaaccaattttactttgcttaattttcattattgcaatcaaccaaattcagtacctttttgttc 46670914  T
Q  523 aattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||  | ||||||| |||||||    
T  46670913 aattaagttataaatattattcgaca 46670888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 9353260 - 9352730
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||| ||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  9353260 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgattaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 9353161  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9353160 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 9353061  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  9353060 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 9352961  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  9352960 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 9352861  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattatt--atagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||  | | ||||| | |||||| |||   ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  9352860 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattagaaaattcaaacaaatttt-cttctgttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 9352762  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  9352761 ttgttcaattaagtaacaagtatttttcgaca 9352730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 6673688 - 6673176
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  6673688 acctagatgaatacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 6673589  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6673588 tcacctttaaattgatttacggtttattttgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 6673489  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  6673488 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 6673389  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||  ||||  ||||| |||||||||||    
T  6673388 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatatttgagttactaacttaagatagtcat 6673289  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  |||| || | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  6673288 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttgaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 6673189  T
Q  517 ttgttcaattaag 529  Q
    |||||||||||||    
T  6673188 ttgttcaattaag 6673176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 157 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 9342021 - 9341629
Alignment:
Q  157 gaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||    
T  9342021 gaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattc 9341922  T
Q  257 atgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaatt 356  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9341921 atgcttaattctaatcctaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggttttgtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaatt 9341822  T
Q  357 cggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattatt--ata 454  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||||||  ||||  ||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||   | ||| || |||||  | |    
T  9341821 cggtaataattcgataagttgattcaatagttctattagagttactaacttaagatagtcatctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattagaaa 9341722  T
Q  455 gttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
     ||||| | |||||| |||   ||||||| |||||| || |||||||||||   |||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  9341721 attcaaacaaatttt-cttctgttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtacctttttgttcaattaagtaacaagtatttttcgaca 9341629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 504
Target Start/End: Original strand, 987438 - 987907
Alignment:
Q  22 tagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccg 121  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||       | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  987438 tagatgacaacttttgtactatgattttattttgattattgaa------attttaatcatttttcttaactctgttcttaatgcttttattgcttggctg 987531  T
Q  122 cctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgca 221  Q
      ||||| |||||||| | |||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  987532 tgtttaatttgatttatgatttatattgtaaaaaggaagttgaatttataaatgctttaagataagaaattcttg-ctttataatctaggaatagatgca 987630  T
Q  222 ----aacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattt 317  Q
        |||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||||| |||||  ||||    
T  987631 aattaacccttgaaaccaattgaaaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaatttcactaaagaattatgagttattttagaattaa-cattt 987729  T
Q  318 tgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtca 417  Q
    ||||||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||  |||||||          | ||| |||||||||||| |||||  |||||||||  |||||    
T  987730 tgtcactaaggaattaaagcaaaaataatttagagaattaagtaatga----------tgatttaatagtcatatt-aagttaataactcaagtcagtca 987818  T
Q  418 tctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaa 504  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||| | ||| ||||  | ||||| | ||||||| ||| |||| ||| |||||| || ||||||||||    
T  987819 tctagtaaaactcatctctgaaaatttaattgttataaatttcaaacaaattttattttgcttactttgcattattgctatcaaacaaa 987907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3216308 - 3216101
Alignment:
Q  55 gattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaa 154  Q
    |||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3216308 gattattgatgaaacttattgaattatttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattgatcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaa 3216209  T
Q  155 cggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaa 254  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||     
T  3216208 cggaagttgaatttataaatactttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaacc-attgagaattcttgttcat 3216110  T
Q  255 tcatgctta 263  Q
    |||||||||    
T  3216109 tcatgctta 3216101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 42515574 - 42515169
Alignment:
Q  131 tgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttga 230  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||| || ||||||||||| ||      || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  42515574 tgatttacggttcatattgtgaaacaagagttgaatttatgaatgctttgagataaga------tgtctttgtagtctagggatagatgcaaacccttga 42515481  T
Q  231 aaccaattacgaattcttg-ttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaagga 329  Q
    || || | | ||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  42515480 aatcattga-gaattctttattcattcatgtttagttctaatcttaaattcactaaggaattaggggttgctttagaattgatgattttgtcactaaaga 42515382  T
Q  330 attagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaact 429  Q
    ||||||||||   ||| |||||||||| || ||| || | |||      ||||||||||||| |||| |  | |||||||| | |  || ||||||||||    
T  42515381 attagggcaaaggtaatttagagaatttggcaattattcaatagaggagttcaatagtcataatcaaatcatcaactcaagtttgaaatttagtgaaact 42515282  T
Q  430 catccctgagaatcttattatt--atagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaatta 527  Q
    || || | | ||| ||||||||  | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  42515281 caaccgtcacaattttattattaaaaagttcaaaccaattttatttttcttaattttcattattgctatcaaacaagtccattacctttttgttcaatta 42515182  T
Q  528 agccacaaatatt 540  Q
    || ||||||||||    
T  42515181 agtcacaaatatt 42515169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 276
Target Start/End: Original strand, 37662455 - 37662536
Alignment:
Q  195 tgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaa 276  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||| |  ||| ||||  ||||||||||||| | ||| ||||||    
T  37662455 tgcctttgcaatcgaggaatagatgcaaacacatgaaaccaacttagaagtcttaatcaatcatgcttagtcctattcttaa 37662536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0144 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0144
Description:

Target: scaffold0144; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 40298 - 39791
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40298 ctagatgacaacttttgttctatgactttcttttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgcttggcc 40199  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40198 gcctttaaattgatttactgtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctt-gagataagaaattcttgcttttgtaatctaggaatagatgc 40100  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40099 aaacccttgaaatcaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 40000  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39999 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatacgataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 39900  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgt 520  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39899 agtgaaactcatccctgacaatcttattattatagttcaatccaattatactttacttaattttcattattgcaatcacacaaattcagtacctttttgt 39800  T
Q  521 tcaattaag 529  Q
    |||||||||    
T  39799 tcaattaag 39791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 548
Target Start/End: Original strand, 2879922 - 2880453
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2879922 ctagatgacaacttttgttatatgattttcttttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctattcttaatgcttttattgcttggcc 2880021  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaa----tttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatag 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2880022 gcctttaaattgatatacggtttatattgtgaaacagaagttgaatgaatttataaacgctttcagataagaaattattgcctttgtaatctaggaatag 2880121  T
Q  217 atgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2880122 atgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatt 2880221  T
Q  317 ttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtc 416  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2880222 ttttcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatacgataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactcaagatagtc 2880321  T
Q  417 atctagtgaaactcatccctgagaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  2880322 atctggtgaaactcatccctgacaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattattgcaatcacacaaattcagtaccttt 2880421  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2880422 ttgttcaattaagtcacaaatattattcgaca 2880453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 548
Target Start/End: Original strand, 35023675 - 35024203
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35023675 ctagatgataacttttgttctatgactttcttttgattattgaataagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgcttggcc 35023774  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35023775 gcctttaaattgatttacagtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaatgctt-gagataagaaattattgcctttgtaatctaggaatagatgc 35023873  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||||    
T  35023874 aaacccttgaaaccatttttgaattcttgttctttcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggtttttttttagtattaatgtttttgt 35023973  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35023974 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtccattcaatgatcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 35024073  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaat--caaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||| ||||||    
T  35024074 agtgaaactcatccctgacaattttcttattatagttcaatccaattttactttacttaactttcattattgcaatcacacacaaattcagtaacttttt 35024173  T
Q  519 gttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  35024174 gttcaattaaatcacaaatattattcgaca 35024203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 250 - 548
Target Start/End: Original strand, 2867696 - 2867994
Alignment:
Q  250 ttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaatta 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2867696 ttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagaataaatta 2867795  T
Q  350 gagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttatta 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2867796 gagaattcggtagtgatacgataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctggtgaaactcatccctgacaatcttatta 2867895  T
Q  450 ttatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2867896 ttatagttcaatccaattttactttacttaattttcattattacaatcacacaaattcagtacctttttgttcaattaagtcacaaatattattcgaca 2867994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Original strand, 28871666 - 28872178
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| | | || ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  28871666 acctagatgattacatttgtcatgttatttgattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 28871765  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28871766 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 28871865  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  28871866 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttcttttagaattaatggtttt 28871965  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  28871966 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 28872065  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    | || ||| |||||||   | ||| || |||||||  |||| || | ||||||  |||  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  28872066 ccagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagtttaaacaaattttcttttgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 28872165  T
Q  517 ttgttcaattaag 529  Q
    |||||||||||||    
T  28872166 ttgttcaattaag 28872178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 540
Target Start/End: Original strand, 33353984 - 33354507
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||| || ||| || |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  33353984 acctagatgaatacttttgtcatgtgatttgattatgtttattgatgaaacttattgaattatttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 33354083  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33354084 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacgggggtggaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 33354183  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| ||||||| ||||    
T  33354184 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcatttatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaagagttgttttagaattaatggtttt 33354283  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  33354284 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 33354383  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    ||||  || |||||||   | ||| || |||||||  |||| || | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||| ||   ||||||||    
T  33354384 ctagcaaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttaaaacaaattttcttctgattaatttacattattgctatcaaacatatctcgtaccttt 33354483  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatatt 540  Q
    |||||||||||||  |||||||||    
T  33354484 ttgttcaattaagtaacaaatatt 33354507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 194 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 8631151 - 8630916
Alignment:
Q  194 ttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattag 293  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||   |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  8631151 ttgcctttgtagtctatgaatagatgcaacttcttgaaaataattaagaattcttgttcattcaagcttaattctgtttttaaattcactaaggatttat 8631052  T
Q  294 ggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatatt 393  Q
    || ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  | |||||| ||||||||| |||||||| ||| |||    
T  8631051 gggttattttagaattaacgattttatcactaaggaattagagcaagattaatttagagaatttagcaatgattcgataagttgattcaataatcacatt 8630952  T
Q  394 caagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaact 429  Q
    ||||||| || || | |||||  |||||||||||||    
T  8630951 caagttgatacctgatgatagatatctagtgaaact 8630916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 84 - 293
Target Start/End: Original strand, 20025814 - 20026024
Alignment:
Q  84 ttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgccttta--aattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttga 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   | ||  |||||||| | |||||||| |||||| |  ||||| ||||||||||||||| ||    
T  20025814 ttcttatctcagttcttaatgcttttatcgtttgaccatatatataaattgattcatggtttatattgtgaatcaaaagtttaatttataaacgctt-ga 20025912  T
Q  182 gatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattca 281  Q
    |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |    
T  20025913 gataagaaattattgcctttgtagcctaggaatagattcaaaccccttaaaccaattaagaattcatgttcattcatgcttaattctattcttaaattaa 20026012  T
Q  282 ctaaggaattag 293  Q
    ||||||||||||    
T  20026013 ctaaggaattag 20026024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 9954186 - 9953677
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||    
T  9954186 ctagatgacaacttttgtcatattactttattttgattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctcttttcttaatgtttttattgcttggcc 9954087  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9954086 gcctttaaattgatttacggtttatattgtgatacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 9953987  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9953986 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaagttcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgt 9953887  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  9953886 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtggattcaattgtcatattcaagttgatagcttaagatagtcatct 9953787  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9953786 agtgaaactcatccctgacaactttattattataaagttcaaaccaa-tttactttacttaattttcattattgcaatcaaacaaattgagtaccttttt 9953688  T
Q  519 gttcaattaag 529  Q
    |||||||||||    
T  9953687 gttcaattaag 9953677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Original strand, 23409621 - 23410130
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  23409621 ctagatgacaacttttgttctatgattttcttttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgtttttattgcttggcc 23409720  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23409721 gcctttcaattgatttacggtttatattgtgaaacagaagttgaatttataaacg-tttgagataagagattcttgcctttgtaatctaagaatagatgc 23409819  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23409820 aaacccttgaaaccaattaagaattcttgttcaatcatgcataattctgatcttaaattcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgt 23409919  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23409920 cactaaagaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtcgattcaatagtcatgttcaagttgttaactcaagatagtcatct 23410019  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
     ||||||||||||||| | ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  23410020 ggtgaaactcatccctaacaactttattattataaagttcaaaccaaatttactttgcttaattttcattattgcaatcaaacaaattcaggaccttttt 23410119  T
Q  519 gttcaattaag 529  Q
    |||||||||||    
T  23410120 gttcaattaag 23410130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 148 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 23688732 - 23688354
Alignment:
Q  148 tgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattct 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23688732 tgtgaaacggaagttgaatttataaatgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattct 23688633  T
Q  248 tgttcaatcatgcttaattctaatcttaa-attcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaa 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  23688632 tgttcaatcatgcttaattctaatcttaagtttcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagaatata 23688533  T
Q  347 ttagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatctta 446  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||| | || || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  23688532 ttagagaatttggtaatgatttgataagtggattcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatactcatctagtgaaactcatccctgacaacttta 23688433  T
Q  447 ttattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 529  Q
        || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23688432 ----taaagttcaaaccaaatttactttgcttaattttcattattgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 23688354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Original strand, 30758573 - 30759103
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  30758573 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 30758672  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30758673 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 30758772  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  30758773 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 30758872  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  30758873 gtcactaaggaattagggtaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 30758972  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  | ||||| | |||||| |||   ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  30758973 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaaattcaaacaaatttt-cttctgttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 30759071  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  30759072 ttgttcaattaagtaacaagtattattcgaca 30759103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 33 - 529
Target Start/End: Original strand, 7747428 - 7747925
Alignment:
Q  33 ttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattg 132  Q
    ||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||  |  ||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| ||   | |||||||||||    
T  7747428 ttttgtcatgtgatttgattatgattattgatgaaacttcttgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattaatcacctttaaattg 7747527  T
Q  133 atttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaa 232  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  7747528 atttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaactctttgagataagaaattcttgcctttgtaatataggaatagatgcaaacctttgaaa 7747627  T
Q  233 ccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaatt 332  Q
    ||| ||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||| || |||||||||||||||    
T  7747628 ccacttgagaatttttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttattttagaatgaatggttctgtcactaaggaatt 7747727  T
Q  333 agggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcat 432  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  7747728 agggcaagaataaatcagagaattcggtaataattcgataagtagattcaatagtcatatttgagttgttaactcaagatagtcatctatcgaacctcat 7747827  T
Q  433 ccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 529  Q
    || ||| ||| ||||||||||  ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| |||||    
T  7747828 ccttgacaattttattattataaagttcaaaccaatttt-ttttgcttaattttcattattgctatcaaacaaatctcgtacctttttgttcacttaag 7747925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Original strand, 25137022 - 25137402
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  25137022 acctagatgaatacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattatttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 25137121  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25137122 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttatatacgttttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 25137221  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  25137222 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactgaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 25137321  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagtt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  25137322 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagtt 25137402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 56 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 42779792 - 42779513
Alignment:
Q  56 attattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaac 155  Q
    ||||||||||||  | |||||||  ||||  |||||||  | |||||| ||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42779792 attattgatgaaacttattgaattgttttaattatctccatgcttaatacttttattgattgatcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaac 42779693  T
Q  156 ggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaat 255  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||  |||||||||||   |    
T  42779692 gaaagtggaatttataaacgc-ttgagataagagatccttgcctttgcaatctaggaataggtgcaaacccttggaaccggttgagaattcttgtt-gtt 42779595  T
Q  256 catgcttaattctaatctt-aaattcactaaggaattagg-gattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagg 335  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  42779594 catgcttaattctaatcttcaaattcactaaggaattaggtttttattttaggattaaaggttctgtcactaaggaattagg 42779513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 45292112 - 45292032
Alignment:
Q  261 ttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaaga 341  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||| ||||||||     | ||||||||||||||||||||    
T  45292112 ttaattttaatcttaaattcactaagaatttagaggttattttagaattaatgacccgttaactaaggaattagggcaaga 45292032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 402 - 548
Target Start/End: Original strand, 25137976 - 25138123
Alignment:
Q  402 taactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaa 499  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  ||||||| | ||||||  | || ||||||| |||||| || |||||    
T  25137976 taacttaagatagtcatctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttcaaacaaattttcttctatttaatttacattattgctatcaa 25138075  T
Q  500 acaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    ||||||   ||||| |||||||||||||||  | ||||||| |||||||    
T  25138076 acaaatctcgtacc-ttttgttcaattaagttataaatattattcgaca 25138123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 11773749 - 11773252
Alignment:
Q  32 cttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaatt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11773749 cttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctcttttcttaatgcttttattgcttggccgcctttaaatt 11773650  T
Q  132 gatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaa 231  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11773649 gatttacggtttatattgtgatacggaagttgaatttataaacgctttgagataataaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaa 11773550  T
Q  232 accaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaat 331  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11773549 accaattacgaattcttgttcaat-atgcttaattctaatcttaagttcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttctcactaaggaat 11773451  T
Q  332 tagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactca 431  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||| ||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||||    
T  11773450 tagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgattagtggattcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatagtcatctagtgaaactca 11773351  T
Q  432 tccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 529  Q
    ||||| | ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11773350 tccctcacaactttattattataaagttcaaaccaa-tttactttgcttaattttcattattgcaatcgaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 11773252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Original strand, 559663 - 560176
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttt-tcttatctctgttcttaatgcttttattgtttg 117  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||| |||||||||  | |||||||||||||||| |||    
T  559663 acctagatgaatacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaatttttttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattg 559762  T
Q  118 gccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaataga 217  Q
      | ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  559763 atcacctttaaattgatttacagattatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgacatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaataga 559862  T
Q  218 tgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattt 317  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||| ||||||| |||    
T  559863 tgcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagaagttgttttagaattaatggttt 559962  T
Q  318 tgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtca 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  559963 tgtcactaaggaattagggtaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtca 560062  T
Q  418 tctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctt 515  Q
    ||||| ||| |||||||  || ||| | ||||||||  ||||||| | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||||||   |||||||    
T  560063 tctagcgaacctcatcctcgacaatttcattattataaagttcaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtacctt 560162  T
Q  516 tttgttcaattaag 529  Q
    ||||||||||||||    
T  560163 tttgttcaattaag 560176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27088824 - 27088554
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |    
T  27088824 ctagatgacaacttttgttctatgactttattctgattattgatgaagtttattaaatcatttttcttatctctgttcttaatacttttattgattgatc 27088725  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  27088724 acctttaaattgatttacggtttatattgtaaaacggaagttgaatttataaacac-ttgagataagaagtttttgcctttgtgatctaggaatagatgc 27088626  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaatta 292  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27088625 aaacccttaaaaccaaatgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaatgaatta 27088554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 346 - 548
Target Start/End: Original strand, 21221912 - 21222114
Alignment:
Q  346 attagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatctt 445  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  21221912 attagagaattcgataatgatacaataagtctattcaatggtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctggtgaaactcatccctgacaatctt 21222011  T
Q  446 attattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaaatattcttcg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||    
T  21222012 attattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattattgcaatcacacaaatctggtacctttttgttcaattaagtaacaagtattattcg 21222111  T
Q  546 aca 548  Q
    |||    
T  21222112 aca 21222114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 85 - 362
Target Start/End: Original strand, 36529777 - 36530057
Alignment:
Q  85 tcttatctctgttcttaatgctttt-attgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgaga 183  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||| |||  | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  36529777 tcttatttccgttcttaatgctttttattgattgatcacctttaatttgatttacggtttatcttgtgaaacggaagtggaatttataaacgctttgaaa 36529876  T
Q  184 tatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatctt-aaattcac 282  Q
    || || ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || |   ||||||||||||  | |||||||||  ||||||| ||||||||    
T  36529877 taagagatcattgcctttgtaatctaggaatagatacaaacccttggaatcattagagaattcttgttcgttaatgcttaatcttaatcttcaaattcac 36529976  T
Q  283 taaggaattagg-gattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaa 362  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36529977 taaggaattaggtttttattttagggttaaagttgttgtcactaaggaattagggcaagaataaaatagagaattcggtaa 36530057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 85 - 362
Target Start/End: Original strand, 36533220 - 36533500
Alignment:
Q  85 tcttatctctgttcttaatgctttt-attgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgaga 183  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||| |||  | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  36533220 tcttatttccgttcttaatgctttttattgattgatcacctttaatttgatttacggtttatcttgtgaaacggaagtggaatttataaacgctttgaaa 36533319  T
Q  184 tatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatctt-aaattcac 282  Q
    || || || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || || |   ||||||||||||  | |||||||||  ||||||| ||||||||    
T  36533320 taagagatccttgcctttgtaatctaagaatagatacaaacccttggaatcattagagaattcttgttcgttaatgcttaatcttaatcttcaaattcac 36533419  T
Q  283 taaggaattagg-gattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaa 362  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36533420 taaggaattaggtttttattttagggttaaagttgttgtcactaaggaattagggcaagaataaaatagagaattcggtaa 36533500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 347 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 27088504 - 27088320
Alignment:
Q  347 ttagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatctta 446  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  27088504 ttagagaattcggtaatgattccataagtccatccaatagtcatattaaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctaacaatttta 27088405  T
Q  447 ttattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaag 529  Q
    |||||||  |||| || |||||||||||| || ||||||||||||| || |||||| ||||| |||||  |||||||||||||||    
T  27088404 ttattatcaagtttaaaccaattttacttcacataattttcattattgctatcaaaaaaatttagtactattttgttcaattaag 27088320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 338 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 12678727 - 12678515
Alignment:
Q  338 aagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctg 437  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||       
T  12678727 aagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcatctagcgaacctcatcctca 12678628  T
Q  438 agaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaa 535  Q
    | ||| || |||||||  | ||||| | ||||||  | |  ||||||| |||||| || ||| |||||||   |||||||||||||||||||||  ||||    
T  12678627 acaattttcttattataaaattcaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcgaacaaatctcgtacctttttgttcaattaagtaacaa 12678528  T
Q  536 atattcttcgaca 548  Q
     |||| |||||||    
T  12678527 gtattattcgaca 12678515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 188 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21221911 - 21221860
Alignment:
Q  188 aaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaatta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21221911 aaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaatta 21221860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 378 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 9607419 - 9607345
Alignment:
Q  378 attcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattatta 452  Q
    ||||||||  ||| ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9607419 attcaatacccatgttcaagttgataacttaagacagtcatttagtgaaactcatccctgacaattttattatta 9607345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 341
Target Start/End: Original strand, 23938500 - 23938633
Alignment:
Q  208 taggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttagga 307  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||  | |||||||| |||||   |||||| |  || |||||| |    
T  23938500 taggaataaatccaaactcttgaaactaattatgaatttttgttcatccatgcttaatattgatcttaaactcacttgtgaattatgattttttttagaa 23938599  T
Q  308 ttaatgattttgtcactaaggaattagggcaaga 341  Q
    | |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  23938600 tcaatgattcagtcactaaagaattagggcaaga 23938633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 11776476 - 11776443
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttatttt 54  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11776476 ctagatgacaacttttgtcatatgactttttttt 11776443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Original strand, 275589 - 276097
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  275589 ctagatgacaacttttgttctatgactttaatttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgcttggcc 275688  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  275689 gcctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacg-tttgagataagagattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 275787  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  275788 aaacccttgaaaccaattaagaactcttgttcaatcatgcttaattctgatcttagattcactaaggaattagggattattttaaaattaatgattttgt 275887  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||| | || || |||||||||||||    
T  275888 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtggattcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatagtcatct 275987  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    |||||||||||||  ||| ||| ||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  275988 agtgaaactcatctttgacaattttattattataaagttcaaaccaa-tttactttgcttaattttcattattgcaatcaaacaaattcggtaccttttt 276086  T
Q  519 gttcaattaag 529  Q
    |||||||||||    
T  276087 gttcaattaag 276097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Original strand, 11108 - 11617
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  11108 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctctgctcttaatgcttttattgcttgccc 11207  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11208 gcctctaaattgatttacggtttatattgggaatcggaagttgaatttataaacactttgagataagaaattctttcctttgtaatctaggaatagatgc 11307  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11308 aaaccctagaaaccacttgagaattcttgttcaattatgcttaattataatcttaaattcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgt 11407  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||| | | ||||| |||||||| ||||    
T  11408 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtcgattcaattgtcatattcaattcgataacttaagatagttatct 11507  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    ||||||| |||||||||| ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11508 agtgaaagtcatccctgacaactttattattataaagttcaaaccaa-tttaatttgcttaattttcattattgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 11606  T
Q  519 gttcaattaag 529  Q
    |||||||||||    
T  11607 gttcaattaag 11617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Original strand, 41362990 - 41363500
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  41362990 ctagatgacaacttttgttctatgactttcttttgattattgaagaagtttattgaatcatttttcttatatcttttcttaatgcttttattgcttgacc 41363089  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41363090 gcctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacagaagttaaatttataaacgctttgagataagaaattcttgactttgtaatctaggaatagatgc 41363189  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41363190 aaacccttgaaaccaattacaaattcttgttcaatattgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgt 41363289  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||| ||||||||||||| | || || |||||||| ||||    
T  41363290 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtcgtttcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatagtgatct 41363389  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  41363390 agtgaaactcatccacgacaactttattattataaagttcaaaccaaatttactttgcttaattttcattattgcaatcaaacaaattaagtaccttttt 41363489  T
Q  519 gttcaattaag 529  Q
    |||| ||||||    
T  41363490 gttcgattaag 41363500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 44680003 - 44679495
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44680003 ctagatgaaaacttttgttatatgactttattctaattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttgtattgtttggcc 44679904  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  44679903 gcctttaaattgatttacggtt---attgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattctttcctttgtagtctaggaatagatgc 44679807  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| |||||     
T  44679806 aaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaaccttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggttttgc 44679707  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaata-gtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatc 419  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  44679706 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgattccataagtcgattcaataggtcatattcaagttaataactcaagatagtcatc 44679607  T
Q  420 tagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttt 517  Q
    ||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  44679606 tagtgaaactcttccctgacaactttattattataaagttcaaaccaaatttactttacttaattttcattattgcaatcaaacaaattcagcacatttt 44679507  T
Q  518 tgttcaattaag 529  Q
    ||||||||||||    
T  44679506 tgttcaattaag 44679495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 80 - 548
Target Start/End: Original strand, 28633827 - 28634285
Alignment:
Q  80 atttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgcttt 179  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  28633827 atttttcttatccctgttcttaatgcttttattgcttggccgcctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacacttg 28633926  T
Q  180 gagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaatt 279  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28633927 g-gataagagattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaacc-----------cttgttcaatcatgtttaattctaatcttaaatt 28634014  T
Q  280 cactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttat 379  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||    
T  28634015 cactaaggaattaggggttattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtcgat 28634114  T
Q  380 tcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttact 477  Q
    ||||| ||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||  ||||||| |||  |||| ||| ||    
T  28634115 tcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatagtcatctagtgaaactcatccctgacaactttcttattataaagttcaaaccagatttattttgct 28634214  T
Q  478 taattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||    
T  28634215 taattttcattattgcaatcaaacaaattcagtacctttttgttcaattaagttataaatattattcgaca 28634285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 11925877 - 11925346
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| |||||||||| |||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  11925877 acctagatgaatacatttgtcatgtgattggattatgattattgaagaaactcattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 11925778  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11925777 tcacatttaaattgatttacggtttatattgtgaaactgaagttgaatttataaacgctttgatataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 11925678  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  11925677 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 11925578  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  11925577 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcaagttactaacttaagatagtcat 11925478  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  ||||||| | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  11925477 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttcaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 11925378  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  11925377 ttgttcaattaagtaacaagtattattcgaca 11925346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 21 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 38783 - 38254
Alignment:
Q  21 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  38783 ctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagtttattgaatcatttttcttatctctgttcttaaagcttttattgcttggcc 38684  T
Q  121 gcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38683 gcctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatttaggaatagatgc 38584  T
Q  221 aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgt 320  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |||| ||||||| ||||||    
T  38583 aaacccttgaaaccacttgagaatttttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgaattagaattaatggttttgt 38484  T
Q  321 cactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||||    
T  38483 cactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcatct 38384  T
Q  421 agtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttttt 518  Q
    || ||| |||||||   | ||| || |||||||  ||||||| | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||||    
T  38383 agcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttcaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttttt 38284  T
Q  519 gttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  38283 gttcaattaagtaacaagtattattcgaca 38254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Original strand, 36215700 - 36216230
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  36215700 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 36215799  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36215800 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 36215899  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  36215900 gcaaacccttgaaaccacttgaaaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 36215999  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  36216000 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 36216099  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  | ||||| | |||||| |||   ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  36216100 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaaattcaaacaaatttt-cttctgttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 36216198  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  36216199 ttgttcaattaagtaacaagtattattcgaca 36216230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Original strand, 9330279 - 9330791
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||| |  ||| ||||||||| ||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  9330279 acctagatgaatacttttgtcatgtgattggattatgattattgctgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 9330378  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9330379 tcacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacggaagttgaatttataaacgcttcgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 9330478  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  9330479 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatccttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 9330578  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  9330579 ggcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 9330678  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||||  ||||||| | ||||||  |||  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  9330679 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaagttcaaacaaattttcttttgtttaatttacattattgctatcaaacaaatcttgtaccttt 9330778  T
Q  517 ttgttcaattaag 529  Q
    |||||||||||||    
T  9330779 ttgttcaattaag 9330791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Original strand, 10332843 - 10333372
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  10332843 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaatt-tttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 10332941  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10332942 taacctttaaattgatttacggtttatattgtgaaacagaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 10333041  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  10333042 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 10333141  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||  ||||  ||||  ||||| |||||||||||    
T  10333142 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttctattagagttactaacttaagatagtcat 10333241  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattatt--atagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    |||| ||| |||||||   | ||| || |||||  | | ||||| | |||||| |||   ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  10333242 ctagcgaacctcatcctcaacaattttcttattagaaaattcaaacaaatttt-cttctgttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 10333340  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  10333341 ttgttcaattaagtaacaagtatttttcgaca 10333372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 128 - 357
Target Start/End: Original strand, 40454967 - 40455198
Alignment:
Q  128 aattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaaccct 227  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  40454967 aattgatttacggtttatattgttaaacataagttgaatttatgaacgctttgagataaaaaattattgcctttgtagtctaggaatagatgcaaatcct 40455066  T
Q  228 tgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattatttta---ggattaatgattttgtcact 324  Q
    | |||||| | | |||||| ||||    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |     ||||||| |||||||||     
T  40455067 taaaaccattga-gaattcatgtttgtccatgtttaattctaatcttaaattcaccaaggaattaagggttatttaaaattaattaatggttttgtcaca 40455165  T
Q  325 aaggaattagggcaagactaaattagagaattc 357  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  40455166 aaggaattaggacaagagtaatttagagaattc 40455198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 72 - 292
Target Start/End: Original strand, 32233170 - 32233391
Alignment:
Q  72 attgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttggccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttata 171  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  || ||||  ||||||| ||| ||| ||||||| ||||||   ||||||| | ||||||  ||||||||||||||    
T  32233170 attgaatgatttttcttatctctgagctaaatgtatttattgcttgaccgtctttaaactgatttgtagtttatattatgaaacataagttgaatttata 32233269  T
Q  172 aacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgc-aaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaa 270  Q
    ||| |||| | |||  | |||| || ||||||| |||||||||| || | ||||| |||||||||||||  |||||||||| |  ||||||||||| | |    
T  32233270 aacactttaaaataatacattcatgtctttgtattctaggaatatatacaaaacctttgaaaccaattaataattcttgttgatacatgcttaattatga 32233369  T
Q  271 tcttaaattcactaaggaatta 292  Q
    ||||||| || |||||||||||    
T  32233370 tcttaaactcgctaaggaatta 32233391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 164 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 12074729 - 12074554
Alignment:
Q  164 aatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgctta 263  Q
    ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||| |||||   |||||||||    |||| ||||    
T  12074729 aatttattaacactttgagataagcaattcttgcctttgtagtataggaatagatacaatcccttgaaatcaattgataattcttgtatgttcattctta 12074630  T
Q  264 attctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtcactaaggaattagggcaa 339  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| || | || ||||||||| | | |  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12074629 attttaatcttaaagtcactaagggatcatgggttattttagaaattactattatgtcactaaggaattagggcaa 12074554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 383 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 26180192 - 26180121
Alignment:
Q  383 atagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcatccctgagaatcttattattata 454  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||    
T  26180192 atagtcatagtcaagttgataactcaagatagtcatctagtgaaattcatccttgacaattttattattata 26180121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 295
Target Start/End: Original strand, 14663597 - 14663734
Alignment:
Q  157 gaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatc 256  Q
    |||||||| || || ||| |||||| ||| |||| | ||||||||| | | |||  ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |  ||    
T  14663597 gaagttgagttaatgaacactttgaaataagaaaatattgcctttgcagtatagatatagatgcaaaccattgaaaccaattgagaattcttgtactttc 14663696  T
Q  257 atgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggg 295  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  14663697 atgcttaatt-taatcttgaattctctaaggaatcaggg 14663734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 14642130 - 14641992
Alignment:
Q  157 gaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagatgcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatc 256  Q
    |||||||| || || ||| |||||| ||| | |||| ||||||||| ||| || | |||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||| |  ||    
T  14642130 gaagttgagttaatgaacactttgaaataagcaattattgcctttgcaatatatgtatagatgcgaaccattgaaaccaattgagaattcttgtactttc 14642031  T
Q  257 atgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggga 296  Q
    |||||||||| |||| || ||||| |||||||||| ||||    
T  14642030 atgcttaatt-taatattgaattctctaaggaattgggga 14641992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 383 - 432
Target Start/End: Original strand, 26269974 - 26270023
Alignment:
Q  383 atagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatctagtgaaactcat 432  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26269974 atagtcatagtcaagtagataactcaagatagtcatctagtgaaactcat 26270023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: scaffold0210
Description:

Target: scaffold0210; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 23496 - 22965
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  23496 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 23397  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     |  |||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23396 tcatctttaaattgatttacggtttattttgtgaaattgaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 23297  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  23296 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 23197  T
Q  319 gtcactaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  23196 gtcactaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaataattcgataagttgattcaatagttatattcgagttactaacttaagatagtcat 23097  T
Q  419 ctagtgaaactcatccctgagaatcttattattat--agttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtaccttt 516  Q
    | || ||| |||||||   | ||| || |||||||  | ||||| | ||||||  | |  ||||||| |||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  23096 ccagcgaacctcatcctcaacaattttcttattataaaattcaaacaaattttcttctgtttaatttacattattgctatcaaacaaatctcgtaccttt 22997  T
Q  517 ttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  22996 ttgttcaattaagtaacaagtattattcgaca 22965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 24500 - 24185
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattgtttgg 118  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||| |||     
T  24500 acctagatgattacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaacttattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattgattga 24401  T
Q  119 ccgcctttaaattgatttacggtttatactgtgaaacggaagttgaatttataaacgctttgagatatgaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 218  Q
     |  |||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24400 tcatctttaaattgatttacggtttattttgtgaaattgaagttgaatttataaacgctttgagataagaaattcttgcctttgtaatctaggaatagat 24301  T
Q  219 gcaaacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgatttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  24300 gcaaacccttgaaaccacttgagaattcttgttcattcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattaggagttgttttagaattaatggtttt 24201  T
Q  319 gtcactaaggaattag 334  Q
    ||||||||||||||||    
T  24200 gtcactaaggaattag 24185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 222 - 548
Target Start/End: Original strand, 41586093 - 41586425
Alignment:
Q  222 aacccttgaaaccaattacgaattcttgttcaatcatgcttaattctaatcttaaattcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtc 321  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41586093 aacccttgaaaccaattatgaattcttgttcaatcatgcttaattctaattttaagttcactaaggaattagggattattttaggattaatgattttgtc 41586192  T
Q  322 actaaggaattagggcaagactaaattagagaattcggtaatgatacgataagtttattcaatagtcatattcaagttgttaactcaagatagtcatcta 421  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||| | || || ||||||||||||||    
T  41586193 actaaggaattagggcaagaataaattagagaattcggtaatgatttgataagtggattcaattgtcatattcaagtcgatagcttaagatagtcatcta 41586292  T
Q  422 gtgaaactcatccctgagaatc------ttattattatagttcaatccaattttactttacttaattttcattatcgcaatcaaacaaattcagtacctt 515  Q
    ||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  41586293 gtgaaactcatccctgacaatcttattattattattatagttcaatccaattttactttaattaattttcattattgcaatcacacaaattcagtacctt 41586392  T
Q  516 tttgttcaattaagccacaaatattcttcgaca 548  Q
    |||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  41586393 tttgttcaattaagtcaaaaatattattcgaca 41586425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0718 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0718
Description:

Target: scaffold0718; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 113
Target Start/End: Original strand, 7410 - 7504
Alignment:
Q  19 acctagatgacaacttttgtcatatgactttattttgattattgatgaagttaattgaatcatttttcttatctctgttcttaatgcttttattg 113  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  7410 acctagatgaatacatttgtcatgtgattggattatgattattgatgaaactgattgaattgtttttcttatctccatgcttaatgcttttattg 7504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University