View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19240_high_3 (Length: 548)

Name: NF19240_high_3
Description: NF19240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19240_high_3
NF19240_high_3
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (12-531)||(39521128-39521647)
chr4 (12-523)||(39575770-39576284)
chr4 (85-531)||(39543997-39544440)
chr4 (20-531)||(39524630-39525144)
chr4 (84-531)||(39510957-39511401)
chr4 (111-515)||(39580415-39580816)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (474-531)||(3331639-3331696)
chr7 (430-474)||(3331271-3331315)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 531
Target Start/End: Original strand, 39521128 - 39521647
Alignment:
Q  12 atgaaacctaagtaaatgatctacgttcttctctacaggaaccctccaacttatgctgctagaaccgttaatactctctttgccagtttgataaaccctg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521128 atgaaacctaagtaaatgatctacgttcttctctacaggaacactccaacttatgttgctagaaccgttaatactctctttgccagtttgataaaccctg 39521227  T
Q  112 tctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtcaaagaagtgattcttagcgttttgtagat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  39521228 tctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaatatgaacgtcaaaggagcgattcttagcgttttgtggat 39521327  T
Q  212 tagttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcaccgacgttaagacggagtttggtttccga 311  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39521328 tagttacataactgtcatctgctaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcaccgacgttaagacggagtttggtttccaa 39521427  T
Q  312 cgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatgaaga 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521428 cgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccagtagaaccgatgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatgaaga 39521527  T
Q  412 gggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatact 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521528 gggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatact 39521627  T
Q  512 cttttactaaaggagagttg 531  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39521628 cttttactaaaggagagttg 39521647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 12 - 523
Target Start/End: Original strand, 39575770 - 39576284
Alignment:
Q  12 atgaaacctaagtaaatgatctacgttcttctctacaggaaccctccaacttatgctgctagaaccgttaatactctctttgccagtttgataaaccctg 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |     
T  39575770 atgaaacctaagaaaatgatctacgttcttctctacaggaacactccaacttatgctgctagaaccgttaatactctctttgccagttttataaacaata 39575869  T
Q  112 tctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtcaaagaagtgattcttagcgttttgtagat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  39575870 tctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagacgtatcatttgcagtgcgtggaatatcaccgtcaaaggagcaattcttagcgttttgtagat 39575969  T
Q  212 tagttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcaccgacgttaagacggagtttggtttccga 311  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||    |||||||||||| |||  |||| |||||| |    
T  39575970 tagttacatatctgtcatctggtaaccattctctcgataaagtatcagttcctctatcaacggttcccccaccgacgttaaaacgatgttttgtttccaa 39576069  T
Q  312 cgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaag---ccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatga 408  Q
     | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   || ||| ||  |||  |  |||||  |||| |||  | |||||| ||||||||||||    
T  39576070 ggctcgttgtgagtgtaaaccgccaatataagtagataagcctcctcgaacaccagattctttgtaagagaaatgtggcattgaatcagggattaaatga 39576169  T
Q  409 agagggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaat 508  Q
    |  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39576170 accggaagcataaagagttctattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaatatgattttgaatctttttctaatgattttaacgtaat 39576269  T
Q  509 actcttttactaaag 523  Q
    |||||||||||||||    
T  39576270 actcttttactaaag 39576284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 85 - 531
Target Start/End: Original strand, 39543997 - 39544440
Alignment:
Q  85 ctctctttgccagtttgataaaccctgtctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtcaa 184  Q
    ||||||||| |||||| ||||||   ||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||  |||  || |  |||    
T  39543997 ctctctttggcagtttcataaacagcgtccggagcaatatatatatttgaatttggaccttcatatgtattatttgcagtgcgtttaatttcatctgcaa 39544096  T
Q  185 agaagtgattcttagcgttttgtagattagttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcacc 284  Q
    || |   |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||  |  |||    
T  39544097 aggaaccattcttagcgttttgtggattagttatataactgtcatctggtaaccattctctcgataaagtatcggtttttctatcgacagttccgctacc 39544196  T
Q  285 gacgttaagacggagtttggtttccgacgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacgt 384  Q
     || |||||||  ||  |||||||| |||||   || ||| | ||| |   ||||||||||||||||   |||     |||| | ||||||||||||||     
T  39544197 aacattaagaccaaggatggtttccaacgat---tgagagaggaaatcattactataagtagttaagtttcgaatggcagaatcaatgtaattgaaacga 39544293  T
Q  385 gctactgaatcggggattaaatgaagagggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatc 484  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39544294 gctattgaattgggtattaaatgaagagggagaataaagagttcaaatgcattaaaaaacgcaaatgaagatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatc 39544393  T
Q  485 tttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttg 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39544394 tttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaagaagagttg 39544440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 20 - 531
Target Start/End: Original strand, 39524630 - 39525144
Alignment:
Q  20 taagtaaatgatctacgttcttctctacaggaaccctccaacttatgct------gctagaaccgttaatactctctttgccagtttgataaaccctgtc 113  Q
    |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |      | | ||||| |||| |||| ||||| |||||| ||||||  | ||    
T  39524630 taaggaaatgatctatattcttctccacaggaacactccaacttatgtttaaaccgattgaaccattaacactcactttggcagttttataaacaatatc 39524729  T
Q  114 tggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtcaaagaagtgattcttagcgttttgtagatta 213  Q
    |||| | || |||| ||||||||||| | || |||||  ||||||||||||||||  |||| |||| |||||| |   |||||||||||||||  ||| |    
T  39524730 tggacctatgtatttatttgaatttgaatcaacagattcatcatttgcagtgcgtttaatatcaccttcaaaggaaccattcttagcgttttggggatca 39524829  T
Q  214 gttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcaccgacgttaagacggagtttggtttccgacg 313  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||  ||| ||  | |||| || ||||||||||| ||||||||| |||    
T  39524830 gttatatatctgtcatctggtaaccattctcttgatagtgtatcagtttctctattaacaattccgccaccaacattaagacggaggttggtttccaacg 39524929  T
Q  314 atcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatgaagagg 413  Q
    ||||    ||| | ||| |   ||||||||||| ||||   |  ||| ||||  |  |||||| |||| | || | ||| |||||||||||||||| |||    
T  39524930 atcga---gagaggaaatcattactataagtagataagtttctgccagtagactctttgtaatggaaaagcgcgattgagtcggggattaaatgaacagg 39525026  T
Q  414 gagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactct 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39525027 gagcataaagagttctattgcattagcaaaggcaaatgatgctttttgaggtgtgaacgtgattttgaatttttttctgatgattttaaggtaatactct 39525126  T
Q  514 tttactaaaggagagttg 531  Q
    ||||||||||||||||||    
T  39525127 tttactaaaggagagttg 39525144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 84 - 531
Target Start/End: Original strand, 39510957 - 39511401
Alignment:
Q  84 actctctttgccagtttgataaaccctgtctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtca 183  Q
    |||||||| |||||||| ||||||  | |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||  |||| ||||   |    
T  39510957 actctcttggccagttttataaacaatatctggaccaatatatatacttgaatttggaccatcagattcatcatttgcagcgtgtttaatatcacc---a 39511053  T
Q  184 aagaagtgattcttagcgttttgtagattagttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggttcctctatcgacagtttggtcac 283  Q
    ||| |   | |||| || |||||| |||||||||  || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||  |||| | |   | |    
T  39511054 aaggaaccaatcttcgcattttgtggattagttatgtatctgtcatctcgtaaccattctcttgataatgtatcggcttctctagtgacattatcaccgc 39511153  T
Q  284 cgacgttaagacggagtttggtttccgacgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacg 383  Q
    | |||||||||||  |||| |||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||  | ||||  |  ||||| | |||||    
T  39511154 ctacgttaagacgatgtttcgtttccaaagctcgttgtgagtttaaaccgccactataattagataagcctggagaactagattctttgtaagtaaaacg 39511253  T
Q  384 tgctactgaatcggggattaaatgaagagggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaat 483  Q
        |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  39511254 caacactgaatcagggattaaatgaacggggagcacaaagagttctattgcgttaacaaatgcgagtgatgatttttgaggtgtgaaagtgattttgaat 39511353  T
Q  484 ctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttg 531  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  39511354 ctttttctgatgatttgaacgtagtattcttttactaaaggagagttg 39511401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 111 - 515
Target Start/End: Original strand, 39580415 - 39580816
Alignment:
Q  111 gtctggagcaatatattgatttgaatttggaccatcagatgtatcatttgcagtgcgtggaataccaccgtcaaagaagtgattcttagcgttttgtaga 210  Q
    ||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||  |||| ||||  |||||||   |||||||||||| ||| ||    
T  39580415 gtctggaccaatatgtatatttgaatttggaccatcagattcatcacctgcagtgcgtttaatatcacctccaaagaaaccattcttagcgttatgtgga 39580514  T
Q  211 ttagttacataactgtcatctggtaaccattctctcgataatgtatcggtt-cctctatcgacagtttggtcaccgacgttaagacggagtttggtttcc 309  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||||| | ||| |||||  ||| | || || || | ||  | ||   |||||||| |||||||| |  ||||||||    
T  39580515 ttagtgatgtaactgtcatctggtaaccactttcttgataagctattgttttcccctgt-gatggcttctccaccgacggtaagacggtgaatggtttcc 39580613  T
Q  310 gacgatcgttgtgagtgtaaaccgccactataagtagttaagccccgaccattagaaccgatgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatgaa 409  Q
     | | |||    |||  |||||||||| | |||| || ||||||  ||||| |||||   |||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||||     
T  39580614 aaggctcgc---gagaataaaccgccagtgtaagaagataagccttgaccagtagaattaatgtaattgaaatgtgtgactgattcggggatgaaatgag 39580710  T
Q  410 gagggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaata 509  Q
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| | ||||    
T  39580711 tggggagtataaagagttccattgcattaacaaacgcaaatgatgaggtttgaggtgtgaaagtgattttgaatcttttacgggtgattttaaagaaata 39580810  T
Q  510 ctcttt 515  Q
     |||||    
T  39580811 ttcttt 39580816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 474 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 3331696 - 3331639
Alignment:
Q  474 gattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttg 531  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3331696 gattgtgaatctttttatgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttg 3331639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 430 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 3331315 - 3331271
Alignment:
Q  430 attgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtg 474  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3331315 attgcattaacaaatgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtg 3331271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University