View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19244_low_1 (Length: 793)

Name: NF19244_low_1
Description: NF19244
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19244_low_1
NF19244_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-779)||(14809508-14810276)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 779
Target Start/End: Original strand, 14809508 - 14810276
Alignment:
Q  12 caaaggcaaaaagaggcatagcacaaaacaaagagcatcatattacaataaccattgtttactgcaaacaaaataaatatccaacatgccatctcaaccc 111  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14809508 caaaggcaaaaaggggcatagcacaaaacaaagagcatcatattacaataaccattgtttactgcaaacaaaataaatatccaacatgccatctcaacca 14809607  T
Q  112 aacataacaaagatagaccaattgacatggccttttggataaacaattacggaacaacatcaacaaaatgcctaaaatcaaattacatgatacatgaaca 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14809608 aacataacaaagatagaacaattgacatggccttttggataaacaattacagaacaacatcgacataatgcctaaaatcaaattacatgatacatgaaca 14809707  T
Q  212 ccccaaaatacaatcccactgaggagattagtgataggttacaatagtccattacaaatgagatcaaatacaaacgcagaaacaacacaaatcgattgca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14809708 ccccaaaatacaatcccactgaggagattagtgataggttacaatagtccattacaaatgagatcaaatacaaacgcagaaacaacacaaatcgattgca 14809807  T
Q  312 cttatcacaccaaaccaaaacagggaacggatgcgtccctttatgcagtaggaccagcaccatttccaatagaaaaaagtccatcaaaaatctcaagcag 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14809808 cttatcacaccaaaccaaaacagggaacggatgcatccctttatgcagtaggaccagcaccatttccaacagaaaaaagtccatcgaaaatctcaagcag 14809907  T
Q  412 atccctccttgaagcagatgggggagcacttgtgctggccccaaccgagaacttcgtggacaatccaccaggagaagagacaaatgaggaagtctttcca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14809908 atccctccttgaagcagatgggggagcacttgtgctggccccagccgagaacttcgtggacaatccaccaggagaagagacaaatgaggaactctttcca 14810007  T
Q  512 atctcagagttcttttgaagaatcgagagagtgataggagaaaatccgccaacaggtgccttgtacacacactgaaaatcgaaaagnnnnnnncataaga 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  14810008 atctcagagttcttttgaagaatcgagagagtgataggagaaaatccgccaacaggtgccttgtacacacactgaaaatcgaaaagaaaaaaacataaga 14810107  T
Q  612 attaatttaaatcttaacataaaaccaccaggtaagatttctctaatcaat-gataaaaatcaatacaaccttggttggggtgtaatctttcccaagcag 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14810108 attaatttaaatcttaacataaaaccaccaggtaagatttctctgatcaatggataaaaatcaatacaatcttggttggggtgtaatctttcccaagcag 14810207  T
Q  711 cttgtaacaaccaacaatttcatcgtcatttgtgaaacgaataacttcgaatggatggccagagtgatg 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14810208 cttgtaacaaccaacaatttcatcgtcatttgtgaaacaaataacttcgaatggatggccagagagatg 14810276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University