View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19251_low_2 (Length: 553)
Name: NF19251_low_2
Description: NF19251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19251_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 17752535 - 17752001
Alignment:
| Q |
1 |
acaattgaagtccacacacattcaccctcattaaaagattagaagaatggacaatttcaggaatgaactcacttataaatctatatcatcattaatggta |
100 |
Q |
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| T |
17752535 |
acaattgaagtccacacacattcaccctcattaaaagattagaagaatggacaatttcaagaatgaactcacttataaatctatatcatcattaatggta |
17752436 |
T |
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| Q |
101 |
tcacagaacagtgtaatgcattataaccacttgcatgtttacaacctaatgaattttgaaaataccaaagttggattaccgtaaaacgaggaagaaatct |
200 |
Q |
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| T |
17752435 |
tcacagaacagtgtaatgcattataaccacttgcatgtttacaacctaatgaattttgaaaataccaaagttggattaccgtaaaacgaggaacaaatct |
17752336 |
T |
|
| Q |
201 |
cttgagttaattactattgacagaaccgatatctttttactttccatacaatcatatcaatagcaatatatagcatttgacatcatatactcattgcatt |
300 |
Q |
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| T |
17752335 |
cttgagttaattatcattgacagaaccaatatctttttactttccatacaatcatatcaatagcaatatatagcatttgacatcatatactcattgcatt |
17752236 |
T |
|
| Q |
301 |
acaatagaattggactagaaaacaggataaaggtataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgcgatatacactcgatatcaa |
400 |
Q |
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| T |
17752235 |
acgataaaattggaccagaaaacaggataaaggtataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgtgatatacactcgatatcaa |
17752136 |
T |
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| Q |
401 |
tacagaaaactatctatcccataccctgggtatccaggagacctacattttccctccttgggaattttcggatgaaaacagagagtatgcctaattcagc |
500 |
Q |
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|
| T |
17752135 |
tactgaaaactatctatcccatacccggggtatccaggagacctacattttccctccttggggattttcggatgaaaacagagagtatgcctaattcggc |
17752036 |
T |
|
| Q |
501 |
atcaattatagccataactacaaggatgttaatct |
535 |
Q |
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| T |
17752035 |
atcaattatagccataactacaaggatgttaatct |
17752001 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 17761522 - 17760988
Alignment:
| Q |
1 |
acaattgaagtccacacacattcaccctcattaaaagattagaagaatggacaatttcaggaatgaactcacttataaatctatatcatcattaatggta |
100 |
Q |
| |
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| T |
17761522 |
acaattgaagtccacacacattcaccctcattaaaagattagaagaatggacaatttcaagaatgaactcacttataaatctatatcatcattaatggta |
17761423 |
T |
|
| Q |
101 |
tcacagaacagtgtaatgcattataaccacttgcatgtttacaacctaatgaattttgaaaataccaaagttggattaccgtaaaacgaggaagaaatct |
200 |
Q |
| |
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| T |
17761422 |
tcacagaacagtgtaatgcattataaccacttgcatgtttacaacctaatgaattttgaaaataccaaagttggattaccgtaaaacgaggaacaaatct |
17761323 |
T |
|
| Q |
201 |
cttgagttaattactattgacagaaccgatatctttttactttccatacaatcatatcaatagcaatatatagcatttgacatcatatactcattgcatt |
300 |
Q |
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| T |
17761322 |
cttgagttaattatcattgacagaaccaatatctttttactttccatacaatcatatcaatagcaatatatagcatttgacatcatatactcattgcatt |
17761223 |
T |
|
| Q |
301 |
acaatagaattggactagaaaacaggataaaggtataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgcgatatacactcgatatcaa |
400 |
Q |
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| T |
17761222 |
acgataaaattggaccagaaaacaggataaaggtataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgtgatatacactcgatatcaa |
17761123 |
T |
|
| Q |
401 |
tacagaaaactatctatcccataccctgggtatccaggagacctacattttccctccttgggaattttcggatgaaaacagagagtatgcctaattcagc |
500 |
Q |
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|
| T |
17761122 |
tactgaaaactatctatcccatacccggggtatccaggagacctacattttccctccttggggattttcggatgaaaacagagagtatgcctaattcggc |
17761023 |
T |
|
| Q |
501 |
atcaattatagccataactacaaggatgttaatct |
535 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
17761022 |
atcaattatagccataactacaaggatgttaatct |
17760988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 33 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 17738424 - 17738031
Alignment:
| Q |
33 |
aaaagattagaagaatggacaatttcaggaatgaact--cacttataaatctatatcatcattaatggtatcacagaacagtgtaatgcattataaccac |
130 |
Q |
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||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| | ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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|
| T |
17738424 |
aaaagattagaagaatggacagtttcaagtatgaatttacacttctaaatctgtaccatcattaatggtatcacagaacagtctaatgcattataaccac |
17738325 |
T |
|
| Q |
131 |
ttgcatgtttacaacctaatgaattt-tgaaaataccaaagttggattaccgtaaaacgaggaagaaatctcttgagttaattactattgacagaaccga |
229 |
Q |
| |
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| T |
17738324 |
ttgaatgtttacaacctaatgattttatgaaaataccaaagttggatcaccgtaaaacgaggaacaaatctcttcaattaattaccattgagagaaccaa |
17738225 |
T |
|
| Q |
230 |
tatctttttactttccatacaatcatat------caatagcaatatatagcatttgacatcatatactcattgcattacaatagaattggactagaaaac |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
17738224 |
tatctttttactttccatacaatcatatcgatgacaatagcaatatatagcatttgagatc--atactcatggcattacaatagaattggaccagaaaac |
17738127 |
T |
|
| Q |
324 |
aggataaagg------tataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgcgatatacactcgatatcaatacagaaaactatc |
414 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17738126 |
aggataaacgtataaatataatctttattgctaaacaatc-aatctctgccctagtatcaatgtgatatagagcggatatcaatacagaaaactatc |
17738031 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 230 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 15734761 - 15734552
Alignment:
| Q |
230 |
tatctttttactttccatacaatcatatcaatagcaata------tatagcatttgacatcatatactcattgcattacaatagaattggactagaaaac |
323 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15734761 |
tatctttttactttccatactatcatatcaatagcaatagcaatatatagcatttgacatcata--ctcattacattacaatagaattggaccagaaaac |
15734664 |
T |
|
| Q |
324 |
aggataaaggtataatctttatggctaaacaatcaaatctctgccctagtatcaatgcgatatacactcg--atatcaatacagaaaactatctatccca |
421 |
Q |
| |
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||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| | | |||||||||||| | |||||||||| || |
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| T |
15734663 |
agg--------ataatgtttattgctaaacaatc-gatctctgccctagtatcaatgtggtatagagcggatatatcaatacagcacactatctatctca |
15734573 |
T |
|
| Q |
422 |
taccctgggtatccaggagac |
442 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||| |
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| T |
15734572 |
taccccaggtatccaggagac |
15734552 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 464 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 17737924 - 17737876
Alignment:
| Q |
464 |
attttcggatgaaaacagagagtatgcctaattcagcatcaattatagc |
512 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
17737924 |
attttcggatgaaaacagagagtatagctaatttggcatcaattatagc |
17737876 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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