View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19256_low_1 (Length: 831)

Name: NF19256_low_1
Description: NF19256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19256_low_1
NF19256_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-827)||(32364707-32365519)
chr3 (19-827)||(32376408-32377204)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (333-734)||(36121643-36122044)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 827
Target Start/End: Original strand, 32364707 - 32365519
Alignment:
Q  19 aatccgcatcctaacaaaatggtttacatagaaatttaagggatcatctcaaacaatgtagttatacataacaatcaagaagaatcatttccctcttttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32364707 aatccgcatcctaacaaaatggtttacatagaaatttgagggatcatctcaaacaatgtagtgatacataacaatcaagaagaatcatttccctcttttg 32364806  T
Q  119 ctttcagagacta---tag-agcttctctttgtattactaatcctattggtggattcattgttccatctttacctctttcaagagaagaacttgtgtcgg 214  Q
    |||||||||| ||   ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  32364807 ctttcagagaataaggtaggagcttctctttgtattaataatgctattggtggattcatcgtttcatctttacgtcgttcaagagaagaacttgtgtcgg 32364906  T
Q  215 atttgcttgatactacgtcttgtccaaccaaagatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatgcataacttatcttccaagagatcata 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  32364907 atttgcttgatactacgtcttgtccagccaaacatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatggataacttatcttccaagatatcata 32365006  T
Q  315 actgttcccggttctagcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggttttccaaaacagaattcatag 414  Q
    ||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32365007 actattcccagtcctggcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaagtgatggttttccaaaacagaatttatag 32365106  T
Q  415 gcaggcaaattaaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgcttgtc 514  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32365107 gcaggcaaattgaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgtttgtc 32365206  T
Q  515 taacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttccc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365207 taacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttccc 32365306  T
Q  615 aaaaccaagtctctccatgttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctcca 714  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365307 aaatccaagtctctccatgttccatccaaacgcacaaaaagggcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctcca 32365406  T
Q  715 ctccatttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggtttctctctaacttgaacctgtgatt 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365407 ctccatttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggtttctctctaacttgaacctgtgatt 32365506  T
Q  815 cttcatctctctc 827  Q
    |||||||| ||||    
T  32365507 cttcatctatctc 32365519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 827
Target Start/End: Original strand, 32376408 - 32377204
Alignment:
Q  19 aatccgcatcctaacaaaatggtttacatagaaatttaagggatcatctcaaacaatgtagttatacataacaatcaagaagaatcatttccctcttttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32376408 aatccgcatcctaacaaaatggtttacatagaaatttaagggatcatctcaaacaatgtagttatacataacaatcaagaagaatcatttccctctttta 32376507  T
Q  119 ctttcagagactatagagcttctctttgtattactaatcctattggtggattcattgttccatctttacctctttcaagagaagaacttgtgtcggattt 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  32376508 ctttcagagactaaagagcttctctttgtactactaatgctattgggggattcattgttccatctttacctctttcaagagaagaacttgagccagattt 32376607  T
Q  219 gcttgatactacgtcttgtccaaccaaagatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatgcataacttatcttccaagagatcataactg 318  Q
    |  ||||||||||||||      ||  ||      |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  32376608 ggctgatactacgtctt------ccgtag------ccgaagattgatcgcgggaatcaatttctttcatggataacttatcttccaagatatcataacta 32376695  T
Q  319 ttcccggttctagcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggttttccaaaacagaattcataggcag 418  Q
    ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376696 ttcccagtcctggcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggttttccaaaacagaattcataggcag 32376795  T
Q  419 gcaaattaaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgcttgtctaac 518  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376796 gcaaattgaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgcttgtctaac 32376895  T
Q  519 attgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttcccaaaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32376896 attgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttcccaaat 32376995  T
Q  619 ccaagtctctccatgttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctccactcc 718  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376996 ccaagtctctccatgttccatccaaacgcacaaaaagggcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctccactcc 32377095  T
Q  719 atttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggtttctctctaacttgaacctgtgattcttc 818  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32377096 atttcggtctattttctataattcctccttgttgatctttagatacaaatgcgtattttttctcgaagggtttgtctctaacttgaacctgtgattcttc 32377195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 9e-60; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 333 - 734
Target Start/End: Original strand, 36121643 - 36122044
Alignment:
Q  333 ttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggttttccaaaacagaattcataggcaggcaaattaaacctc 432  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||||  |  || || || |||||||| ||||| | |||||||||| |||||    
T  36121643 ttcttgagcaagagagcaccaacaacagaatagccaaagtatgcaatccgaaaccgcaggcttgccgaaacagaagtcataagtaggcaaattatacctc 36121742  T
Q  433 tttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgcttgtctaacattgtcatcatcaa 532  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | |||  ||||||  ||||  || |||  | |||||||   ||| |||||| ||||||| ||||    
T  36121743 tttctcatttggatcctccaaaaaccaccatagagcataccgaaaaaacatagaacaatcccagcacctactagacattgcctaacagtgtcatcctcaa 36121842  T
Q  533 ttctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttcccaaaaccaagtctctccat 632  Q
    |  |||||| |||||| |  || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  36121843 tattaacagcagccaagatgaaaatccaaaagggggccatacagaaaagcataaaagtggcaatgtgaacatacatgtttccaaagccaagtctctccat 36121942  T
Q  633 gttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattt 732  Q
     |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| | ||||| |   || | ||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  36121943 attccaaccaaatgcacaaaaagtacagaaaagtgataaatatgcttgagagatatcgtcccaaatgtcaagtattccaccactccactttggtctattt 36122042  T
Q  733 tc 734  Q
    ||    
T  36122043 tc 36122044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University