View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19256_low_8 (Length: 450)

Name: NF19256_low_8
Description: NF19256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19256_low_8
NF19256_low_8
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-450)||(5592623-5593072)
chr2 (5-446)||(5572890-5573331)
chr2 (121-445)||(5575922-5576246)
chr2 (218-450)||(5586397-5586629)
chr2 (121-321)||(5582176-5582376)
chr2 (1-103)||(5576313-5576415)
chr2 (5-120)||(5586717-5586832)
chr2 (3-103)||(5582483-5582583)
chr2 (9-103)||(12059462-12059556)
chr2 (9-101)||(12064832-12064924)
chr2 (9-93)||(5558827-5558911)
chr2 (13-103)||(12052047-12052137)
chr2 (9-76)||(5568505-5568572)
chr2 (217-324)||(12052456-12052563)
chr2 (311-351)||(5613506-5613546)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5593072 - 5592623
Alignment:
Q  1 tggttttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5593072 tggttttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcagacatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggag 5592973  T
Q  101 acatactcggctaaggtttaaattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgttcgtac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5592972 acatactcggctaaggtttaaattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgtccgtac 5592873  T
Q  201 agggttatgctattagcttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592872 agggttatgctattagcttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagccaacttggaggaattgacaaagctcaagaata 5592773  T
Q  301 ccttaacaaatgcttgtattatgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatctatcaaacaacgtttatagccct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5592772 ccttaacaaatgcttgtattatgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatctatcaagcaacgtttatagccct 5592673  T
Q  401 gagcagtatgcagaatctctaattgaagagttatctttgaatttacaggt 450  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592672 gagcagtatgcagaaaatctaattgaagagttatctttgaatttacaggt 5592623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 5573331 - 5572890
Alignment:
Q  5 tttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagacat 104  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5573331 tttgagaatttcattccaccatttgcaaacatcagtggttcagacatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagacat 5573232  T
Q  105 actcggctaaggtttaaattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgttcgtacaggg 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5573231 actcagctaaggtttaaattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgtccgtacaggg 5573132  T
Q  205 ttatgctattagcttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaatacctt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  5573131 ttatgctattagcttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagcagacttggaggtattgacaaagctcaacaatacctt 5573032  T
Q  305 aacaaatgcttgtattatgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatctatcaaacaacgtttatagccctgagc 404  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | | |||   || |||||||||||||||    
T  5573031 aacaaatgcttgtattatgtgaatattggaagtaacgattacataaacaattactttcttccccaattctacccaacaagtcacatttatagccctgagc 5572932  T
Q  405 agtatgcagaatctctaattgaagagttatctttgaatttac 446  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5572931 agtatgcagaagctctaattcaagagttatctttgaatttac 5572890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 121 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 5576246 - 5575922
Alignment:
Q  121 aattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgttcgtacagggttatgctattagcttg 220  Q
    |||||||| ||||||||||| | | |||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |  || ||||||| || ||| || |||    
T  5576246 aattagttattagtagatgacttgtgtatttttgtcacattgctcatacatatgccaccaaaataacattatttctgtgcagggttttgttatcagtttg 5576147  T
Q  221 ggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaataccttaacaaatgcttgtatt 320  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5576146 ggattacagttagaaaatcacaaagttatagtttctcgaattgctagcagacttgaaggtattgacaaagctcaagaataccttagcaaatgcttgtatt 5576047  T
Q  321 atgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatctatcaaacaacgtttatagccctgagcagtatgcagaatctct 420  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || | | |||   |  |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  5576046 atgtgaatattggcagtaatgattacataaacaattactttcgtcctcaattctacccaacaagtcaaatttatagccctgagcaatatgcagaagctct 5575947  T
Q  421 aattgaagagttatctttgaattta 445  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||    
T  5575946 aattcaagagttatctttaaattta 5575922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 218 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5586629 - 5586397
Alignment:
Q  218 ttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaataccttaacaaatgcttgt 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||   ||||||| |  || |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  5586629 ttgggattacagttaaaaaatcacaaagttataatttctcaaattgctagcagacttggaagtcttaacaaagctcaagaataccttaataaatgcttat 5586530  T
Q  318 attatgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatctatcaaacaacgtttatagccctgagcagtatgcagaatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   || ||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  5586529 attatgtgcatattggcagtaatgattacataaataattactttcttccccaattatatccaacaagacacatttatagccctcagcagtacgcagaagc 5586430  T
Q  418 tctaattgaagagttatctttgaatttacaggt 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5586429 tctaattgaagagttatctttgaatttacaggt 5586397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 5582376 - 5582176
Alignment:
Q  121 aattagtttttagtagatgattagagtatttttgttacattactcatacacatgccgcaaaaataacattatgttcgtacagggttatgctattagcttg 220  Q
    ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| | || ||| ||||| | | |||||||||||| ||  |||||||||| || ||| ||||||    
T  5582376 aattagtttttagtagaggactagaatatttttgttacactgcttatatacatgtcaccaaaataacattacgtctgtacagggttctgttatcagcttg 5582277  T
Q  221 ggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaataccttaacaaatgcttgtatt 320  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||   || || ||||||||||||||||||||||||    
T  5582276 ggattacagttaaagaatcacaaagtaatagtttctcaaattgctagcagacttggaggtattgacagttctgaacaataccttaacaaatgcttgtatt 5582177  T
Q  321 a 321  Q
    |    
T  5582176 a 5582176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 5576415 - 5576313
Alignment:
Q  1 tggttttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  5576415 tggttttgagaaattcattccaccctttgcaaacattaatggttcagacatactcaaaggtgttaactatgcatctggtgcagctggaattcgtatcgag 5576316  T
Q  101 aca 103  Q
    |||    
T  5576315 aca 5576313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 5586832 - 5586717
Alignment:
Q  5 tttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagacat 104  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||     
T  5586832 tttgagaacttcattccaccatttgcaaacattaatggctcagacatactcaaaggtgtgaactacgcatctggcgcagctggaattcgtaccgagacaa 5586733  T
Q  105 actcggctaaggttta 120  Q
     |  ||||||||||||    
T  5586732 gcatggctaaggttta 5586717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 5582583 - 5582483
Alignment:
Q  3 gttttgagaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagac 102  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||    
T  5582583 gttttgagaacttcattctaccatttgcaaacattagtggttcagacatactctaaggtgtgaactatgcatctcgtggagctggaattcgtgtcgagac 5582484  T
Q  103 a 103  Q
    |    
T  5582483 a 5582483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 103
Target Start/End: Original strand, 12059462 - 12059556
Alignment:
Q  9 agaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagaca 103  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |  ||||| |||||| |||| ||||||    
T  12059462 agaaattcattccatcatttgcaaacactaatggttcagacatactcagagatgtgaactatgcatcagagggagcaggaatttgtatcgagaca 12059556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Original strand, 12064832 - 12064924
Alignment:
Q  9 agaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggaga 101  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||| |||||| |||| ||||    
T  12064832 agaaattcattccatcatttgcaaacactaatggttcagacatactcaaagatgtgaaatatgcatccgagggagcgggaatttgtatcgaga 12064924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 5558911 - 5558827
Alignment:
Q  9 agaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcg 93  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  5558911 agaaattcatcccaccctttgcaaacactattggttcagatatacttaaaggtgttaactatgcatctggtgcagctggaattcg 5558827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 103
Target Start/End: Original strand, 12052047 - 12052137
Alignment:
Q  13 attcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatctggcggagctggaattcgtatggagaca 103  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||  || |||||||||||||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  12052047 attcattccatcatttgcaaacactaatggtttagatattctcaaaggtgtgaattatgcatatgagggagcaggaattcgtatcgagaca 12052137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 5568572 - 5568505
Alignment:
Q  9 agaaattcattccaccatttgcgaacattaatggttcaggcatactcaaaggtgtgaactatgcatct 76  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  5568572 agaatttcatcccaccatttgcaaacaatattggctcaggcatacttaaaggtgttaactatgcatct 5568505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 217 - 324
Target Start/End: Original strand, 12052456 - 12052563
Alignment:
Q  217 cttgggattacagttaagaaatcacagagttatagtttctcaaattgctagtcaacttggaggaattgacaaagctcaagaataccttaacaaatgcttg 316  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||| || ||||||||||| ||||||||| |  ||||||| |  |||| ||| ||||  |||||||||||||||| |||    
T  12052456 cttggtattacagttgacaaatcaccgacttatagtttctgaaattgctactagacttggaagtcttgaaaaaactcagcaataccttaacaaatgtttg 12052555  T
Q  317 tattatgt 324  Q
    | ||||||    
T  12052556 tgttatgt 12052563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 311 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 5613546 - 5613506
Alignment:
Q  311 tgcttgtattatgtgcatattggcagtaatgattacataaa 351  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  5613546 tgcttgtattatgtgaatattggcagcaacgattacataaa 5613506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University