View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19264_low_3 (Length: 677)

Name: NF19264_low_3
Description: NF19264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19264_low_3
NF19264_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-660)||(7542119-7542764)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 7542764 - 7542119
Alignment:
Q  18 ctaacaagagaataacaaaaacaacaacataacaattgctaataaatttgtacacnnnnnnnn---catgtatgtgttcttacaattgaggaatctctga 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542764 ctaacaagagaataacaaaaacaacaacataacaattgctaataaatttgtacacaaaaaaaaaaacatgtatgtgttcttacaattgaggaatctctga 7542665  T
Q  115 caggacgatgaacggaatgtcctaattgaacttgaagagggataagaggagagccaacaaggtaaagcaaaaatcgaagttcatttaaacgtgctgaaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542664 caggacgatgaacggaatgtcctaattgaacttgaagagggataagaggagagccaacaaggtaaagcaaaaatcgaagttcatttaaacgtgctgaaac 7542565  T
Q  215 cgtaggggaagacaatttatcctcagtttgagccttcatccatgttaacatattttgccatcttaatgtcacattacttcccatgtttgaaaacatttct 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542564 cgtaggggaagacaatttatcctcagtttgagccttcatccatgttaacatattttgccatcttaatgtcacattacttcccatgtttgaaaacatttct 7542465  T
Q  315 tcaggtataggtatttcaagaacagtttccaatccatcttctttgtctatgtttggacataacctccttaatgatgattttgcagcaggttgtttcattt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542464 tcaggtataggtatttcaagaacagtttccaatccatcttctttgtctatgtttggacataacctccttaatgatgattttgcagcaggttgtttcattt 7542365  T
Q  415 gattagtgtgagattgagacaagtgaagaatttgatgagagaaaattaaggaagagggttatagtcaaaaggctaaatcatctttaattaatgtatgaac 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542364 gattagtgtgagattgagacaagtgaagaatttgatgagagaaaattaaggaagagggttatagtcaaaaggctaaatcatctttaattaatgtatgaac 7542265  T
Q  515 attgagaaggtgatgttaattagaaggttgtccttgtttataggtgttgtatgggcacaaattatggtttgttatgtttgattgttttttgcttaagttt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7542264 attgagaaggtgatgttaattagaaggttgtccttgtttataggtgttgtatgggcacaaattatggtttgttgtgtttgattgttttttgcttaagttt 7542165  T
Q  615 ctatttaaagatttaatccatgatttttgcttatagctagtagtat 660  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7542164 ctatttaaagatttaatccatgatttttgcttatagctcgtagtat 7542119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University