View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19264_low_30 (Length: 250)

Name: NF19264_low_30
Description: NF19264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19264_low_30
NF19264_low_30
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (12-250)||(13472985-13473223)
chr6 (12-250)||(13892992-13893230)
chr6 (12-250)||(13911662-13911900)
chr6 (12-250)||(14025120-14025358)
chr6 (30-250)||(14110315-14110535)
chr6 (12-249)||(13875288-13875525)
chr6 (12-250)||(13862818-13863056)
chr6 (12-250)||(14084506-14084744)
chr6 (12-250)||(14014989-14015227)
chr6 (12-250)||(13932187-13932425)
chr6 (12-135)||(14047305-14047427)
chr6 (183-250)||(14047231-14047298)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Original strand, 13472985 - 13473223
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13472985 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 13473084  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13473085 taagcttacaaaggaatcacttctttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaacattcaactctttgatctctcattcaacaatctatctgg 13473184  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13473185 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 13473223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Original strand, 13892992 - 13893230
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13892992 atgaactgcagaaagttagtaatgcttgatttgagagaaaatagattagaaggacccgtcccttattggattggaagcaaattaaaagagctgcaagttt 13893091  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  13893092 taagcttaaaaagtaatcacttctttggaagtttaccattcaaactttgttatctacaaaacattcagctctttgatttctcattgaacaatctatctgg 13893191  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13893192 agggattccaaaatgcattaaaaatttcacttcaatgac 13893230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13911900 - 13911662
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  13911900 atgaactgcacaaagttgataatgctagatttgaaagaaaatagattagatgggcttatcccttattggattggaagggaattaaaagagttgcaagttt 13911801  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |    
T  13911800 taagcttacagaggaatcacttctttggaaatttaccattcgaactctgccatctacaaaacattcaactctttgatctctcattgaacaatctatccag 13911701  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13911700 acggattccaaaatgcattaaaaatttcacttcaatgac 13911662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14025358 - 14025120
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  14025358 atgaactgcacaaagttagtaatgcttgatttgagagacaatagattagaaggacacatcccttattggattggaagtgaattaaaagagttgcaagttt 14025259  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14025258 taagcttacaaagaaatcaattctatggaagtttaccattggaactctgccatctacaaaagattcaactttttgatctctcattaaacaatctatctgg 14025159  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
     |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14025158 gcgaattcctaaatgcattaaaaatttcacttcaatgac 14025120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 30 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14110535 - 14110315
Alignment:
Q  30 gtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttttaagcttacaaaggaatc 129  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||    
T  14110535 gtaatgtttgatttgagagaaaatagattaaatggactcatcccttactggattggaagcaaattaaaagatctgcaaattttaagcttacgaaggaatc 14110436  T
Q  130 aattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctggacagattccaaaatgcat 229  Q
    | ||| |||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  14110435 atttctttggaagtttaccatttgaactttgccatttacaaaatattcaactctttgatctctcattgaacaatctctctgggaagattccgaaatgcat 14110336  T
Q  230 taaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  14110335 taaaaatttcacttcaatgac 14110315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 249
Target Start/End: Original strand, 13875288 - 13875525
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  13875288 atgaactgcacaaagttagtaatgctggatttgagagaaaatggattagaaggactgatcccttattggattggaagtgaattaaaagagttgcaagttt 13875387  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| || |||||||||||| | ||||| |||||| |||||||    
T  13875388 taagcttacaaaggaatcacttctttggaagtttccccctcgaactttgctacctacaaaacatccaactctttgatgtatcattgaacaatctatctgg 13875487  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatga 249  Q
    |  |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  13875488 agggattcccaaatgcattcaaaatttcacttcaatga 13875525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Original strand, 13862818 - 13863056
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  13862818 atgaactgcacaaagttagtaatgcttgatatgagagacaacagactagaaggagtcatcccttattggattggaagcgagttaaaagagctgcaggttt 13862917  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    |||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  13862918 taagcttacataggaatcatttcttcggaagtttaccagtagaactttgctatcttcgaaatattcaactctttgatctctcattaaacaatctttctgg 13863017  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    |||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13863018 acaagttcctaaatgcattaaaaatttcacttcaatgac 13863056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14084744 - 14084506
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | | |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||    
T  14084744 atgaactgcacaaagttagtaatgcttgattttagagaaaatagattagaagaacttgtcccttattggattggaagcgaattgaaagagttgcaatttt 14084645  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  14084644 taagcttacaaaggaatcacttctttggaagtttcccattcgaactttgctttcttcaaagaattcaactctttgatctctcattgaactatctatctgg 14084545  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    || |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  14084544 acggattcccaaatgcattaaaatttttacttcaatgac 14084506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14015227 - 14014989
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||  | | |||||||    
T  14015227 atgaactgcacaaagttagtaatgcttgatttaagagaaaatagattacaaggactcatcccttattggattggaattgaattaaaacggttgcaagttt 14015128  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    |||| ||||||| |||| | ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||| ||    
T  14015127 taagtttacaaaagaataacttctttggaagtttaccatttgaaatttgttatatacaaaacattaaactctttgatgtatcattgaacaatctatccgg 14015028  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    || ||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  14015027 acggattcccgaatgtattaaaaatttcacttcaatgac 14014989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13932425 - 13932187
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13932425 atgaactgcacacagttagtaatgcttgacatgagagacaatagattagaaggacacatcccttattggattggaagcgaattaaaagagttgcaagttt 13932326  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattccttggaagtttaccattcgaactttgttatctacaaaatattcaactctttgatctctcattcaacaatttatctgg 211  Q
    |||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||   |||||| | |||||||||||||| |||| | |||||||    
T  13932325 taagcttaaaagggaattacttctttggaagtttaccattggaactctgccatctacaattcattcaattttttgatctctcattaaacagtctatctgg 13932226  T
Q  212 acagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    ||  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13932225 acgaattcccaaatgcattaaaaatctcacttcaatgac 13932187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 14047427 - 14047305
Alignment:
Q  12 atgaactgtacaaagttagtaatgctagatttgagagaaaatagattaaagggactcatcccttattggattggaagcgaattaaaagagctccaagttt 111  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||    
T  14047427 atgaactgcacaaagttggtaatgctggatttgagagaaaatagattagaaggactcatcccttattggattggaagtgaattaaaagatctacaaattt 14047328  T
Q  112 taagcttacaaaggaatcaattcc 135  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  14047327 taagcttacaaa-gaatcaattcc 14047305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14047298 - 14047231
Alignment:
Q  183 tttgatctctcattcaacaatttatctggacagattccaaaatgcattaaaaatttcacctcaatgac 250  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||    
T  14047298 tttgatctctcattgaataatctatctggacatattcccaaatgcatacaaaatttaacatcaatgac 14047231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University