View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19266_high_18 (Length: 460)

Name: NF19266_high_18
Description: NF19266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19266_high_18
NF19266_high_18
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-443)||(30343136-30343577)
chr2 (9-65)||(30347428-30347484)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-381)||(28560309-28560674)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-316)||(23212803-23213087)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 30343577 - 30343136
Alignment:
Q  9 atcagagagctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcagagctttcaccgttttgccattggatctgagtgttatagacatg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30343577 atcagagagctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcagagctttcaccgttttgccattggatctgagtgttatagacatg 30343478  T
Q  109 gctttaggtttagcctcatcatgattcagctccaaaacgtgactcatcaggttgctaattagggactccaatcccaannnnnnnagatctttaggttcct 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||||     
T  30343477 gctttaggtttagcctcatcatgattcagctttaacacgtgactcatcaggttgctaattagggactccaatcccaatttttttagatctttaagttccc 30343378  T
Q  209 gaatggttgtaaccttgggtatccacttgacttgtaaacttttatgaatcttgtaaacatgatccttagtagaataactcttgtcaagtacctgcatg-- 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  30343377 gaatggttgtaaccttgggtatccacttgacttgtaaacttctatgaatcttgtaaacatgatccttagtagaataactcttgtcaagtacttgcatgcc 30343278  T
Q  307 -----ccaaataccagaacttgaaacctggagaacatggtttaaatatcttcatcttccttcatcttgaaggtttcatactgatgcaccaaaagattggc 401  Q
         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  30343277 agataccatataccagaacttgaaacctggagaacatggtttaaatatcttcatcttccttcatcttgaaggtttcatactgatgcactagaagattggc 30343178  T
Q  402 tttcacctcttttatgtgctgatttccttcataagtagcaca 443  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30343177 tttcacctctttcatgtgctgatttccttcataagtagcaca 30343136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 30347484 - 30347428
Alignment:
Q  9 atcagagagctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcag 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30347484 atcagagagctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcag 30347428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 28560674 - 28560309
Alignment:
Q  18 ctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcagagctttcaccgttttgcc-attggatctgagtgttatagacatggctttagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  28560674 ctcaacatcttcatcagcttcctatagagcttcatctttagcctgcagagctttcaccattttgccttttggatttgagtgttatagacttgactttagg 28560575  T
Q  117 tttagcctcatcatgattcagctccaaaacgtgactcatcaggttgctaattagggactccaatcccaannnnnnnagatctttaggttcctgaatggtt 216  Q
    |||| | ||||||||||||| ||| ||  | ||||||| | || ||||||| |||||||| | |||||        | || ||||| ||| || || | |    
T  28560574 tttatcatcatcatgattcaactctaactcatgactcaccgggctgctaataagggactcaagtcccagtttgttcatatttttagcttcttggatagat 28560475  T
Q  217 gtaaccttgggtatccacttgacttgtaaacttttatgaatcttgtaaacatgatccttagtagaataactcttgtcaagtacctgcatgccaaatacca 316  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||||||| |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| | | ||| ||    
T  28560474 gtaaccttgggcctccacttgactagtaaacttatgagaatcttgttaacatgatccttagaagaatagcttttgtcaagtacatgcattctagatatca 28560375  T
Q  317 gaacttgaaacctggagaacatgg-tttaaatatcttcatcttccttcatcttgaaggtttcatac 381  Q
     ||| |||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  28560374 aaacatgaaacctagagaacatggttttcgatatcttcatcttcctttatcttcagggtttcatac 28560309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 23213087 - 23212803
Alignment:
Q  18 ctcaacatcttcatcagcttcctctggagcttcatcttcagcttgcagagctttcacc-gttttgccattggatctgagtgttatagacatggctttagg 116  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||  ||||||| |||||| ||||  |||||||| ||| ||||||    
T  23213087 ctcaacatcttcattagcttcctttggagcttcatcttcagcctgcagacctttgaccatttttgcctttggatttgagcattatagacttggatttagg 23212988  T
Q  117 tttagcctcatcatgattcagctccaaaacgtgactcatcaggttgctaattagggactccaatcccaannnnnnnagatctttaggttcctgaatggtt 216  Q
    |||||||||||||||||| |  ||               || ||||||||| ||||| ||| |||| |        |||||| ||| ||||||||||||     
T  23212987 tttagcctcatcatgattgaattc---------------catgttgctaatgagggattccgatcctagcttgttcagatctgtagcttcctgaatggta 23212903  T
Q  217 gtaaccttgggtatccacttgacttgtaaacttttatgaatcttgtaaacatgatccttagtagaataactcttgtcaagtacctgcatgccaaatacca 316  Q
    |||| |||  || |||||||| |  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23212902 gtaagcttacgtctccacttggccggtaaacttttaagaatcttgttaacatgatccttagttatgtagctcttgtcaagtacatgcatgccaaatacca 23212803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University