View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19267_high_3 (Length: 689)

Name: NF19267_high_3
Description: NF19267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19267_high_3
NF19267_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (45-681)||(24562321-24562948)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 24562948 - 24562321
Alignment:
Q  45 tatatcgagcaacacaacaagggaaaaacgggatgaggtccaatatggtactcatgtcacaattgaatcaaataagattttgaagggaatgttgctgaat 144  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  24562948 tatatcgagcaaaacaacaagtaaaaaaaggtatgtggtccaatatggtactcatgtcacaattgaatccaataagattttgaagggaatgttgaagaat 24562849  T
Q  145 gaaattgcatatcaaaataacaccaacgcatgatgaaatgtactcaaacaagaaaggtttgatttcattggttggagccttttaaccctaactaactatg 244  Q
     ||||  ||||||||||||||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||    
T  24562848 caaatctcatatcaaaataacaaca--gcatggtgagatgtacacaaacaagaaaggtttgatttcattggttggaaccttttaaccctaacta----tg 24562755  T
Q  245 cacattacacactcctcactaagatatgttgcacatgcattattattttgactgtgtaaatagtatcacaattccatttccagcttgcaggaatctaagt 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24562754 cacattacacactcctcactaagatatgttgcacatgcattattattttgactgtgtaaatagtatcacaattccatttccagcttgcaggaatctaagt 24562655  T
Q  345 aagcatgattctgatgatcactcaaatccactacctaaagttcctatagggtacacacatgcattaacaaatgaaaataatagtttattgcattattgat 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24562654 aagcatgattctgatgatcactcaaatccactacctaaagttcctatagggtacacacatgcattaacaaatgaaaataatagtttattgcattattgat 24562555  T
Q  445 catgccatgcactgtttattcataatgccttatcgaatttttgttttatctcattgatatgattagtggactaataaattattaattattaacatacgtg 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24562554 catgccatgcactgtttattcataatgccttatggaatttttgttttatctcattgatatgattagtggactaataaattattaattattaacatacgtg 24562455  T
Q  545 tgaactttaaatattcttttcttcttgtacgtaccatcatgcgaatatttgcatataacaatatcccaagcttataactgttacatgatttttcaagggt 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24562454 tgaactttaaatattcttttcttcttgtacgtaccatcatgcgaatatttgcatataacaatatcccaagcttataactgttacatgatttttcaagggt 24562355  T
Q  645 acgttgttgattcttgatagtgatgttactgatgatg 681  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24562354 ac---gttgattcttgatagtgatgttactgatgatg 24562321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University