View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19267_high_49 (Length: 300)

Name: NF19267_high_49
Description: NF19267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19267_high_49
NF19267_high_49
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-288)||(14467582-14467869)
chr1 (1-229)||(14481823-14482051)
chr1 (10-247)||(14522679-14522916)
chr1 (1-279)||(14503770-14504048)
chr1 (1-247)||(15010820-15011066)
chr1 (1-288)||(15001886-15002173)
chr1 (1-247)||(15016935-15017181)
chr1 (1-247)||(15024937-15025183)
chr1 (1-247)||(15032278-15032524)
chr1 (4-247)||(14532794-14533037)
chr1 (1-247)||(15036840-15037086)
chr1 (25-247)||(15040579-15040801)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (1-247)||(6311-6557)
scaffold0400 (4-247)||(12599-12842)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (1-247)||(6955-7201)
scaffold0365 (4-247)||(13242-13485)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (3-53)||(14605912-14605962)
chr7 (3-53)||(16025089-16025139)
chr7 (4-53)||(16102894-16102943)
chr7 (4-53)||(16172571-16172620)
chr7 (4-151)||(17848447-17848594)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 14467869 - 14467582
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14467869 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcactaagat 14467770  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14467769 caagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttcc 14467670  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccagggtatctagttttcgcaatgatgcaacttgtgctggaact 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  14467669 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgcaggaact 14467582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14482051 - 14481823
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14482051 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcactaagat 14481952  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14481951 caagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttcc 14481852  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14481851 aagttgttttgggattgaaccacttaaat 14481823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 247
Target Start/End: Original strand, 14522679 - 14522916
Alignment:
Q  10 agattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaagatctt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| || | |||||  || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14522679 agattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaaaaattcccgctaagatcaagatctt 14522778  T
Q  110 caataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttccaagttgttt 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||| ||     
T  14522779 caataacattcaattgaccaagttcaacaggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacctagacaaccttccaagtttttc 14522878  T
Q  210 tgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14522879 agggataaaaccacttaaattatttgttgcaagatcca 14522916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 14504048 - 14503770
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||   || |||||||  || || ||||| |||| ||||||  | || ||||    
T  14504048 gtaccagacagattattatgtgagagattcaatgtttctaaatgatttaacactccaaacattgaaggtatcgttccattcataaaatttccactgagat 14503949  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| || | |||||  ||||| |||||    
T  14503948 caagatcttcaataacatttaatcggccaaactcaacgggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttcc 14503849  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccagggtatctagttttcgcaatgatgcaacttgt 279  Q
    ||||  | | |||||  | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  | |||||||||||| ||||    
T  14503848 aagtcttctagggatgaagccacttaaattatttgttgcaagctccaaggtagttagtgcttgcaatgatgcaatttgt 14503770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15011066 - 15010820
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || | |||||| || |||||||| |||| | ||||| | |||||||    
T  15011066 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagat 15010967  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||| | |||||  | ||    
T  15010966 caagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacatacc 15010867  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||| ||| |||||  | ||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15010866 aagttttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctcca 15010820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15002173 - 15001886
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || | |||||| || |||||||| |||| | ||||| | |||||||    
T  15002173 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagat 15002074  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||| | |||||  | ||    
T  15002073 caaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacatacc 15001974  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccagggtatctagttttcgcaatgatgcaacttgtgctggaact 288  Q
    ||||| ||  |||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||  | |  |||||   |||||||||||| |||| ||||||||    
T  15001973 aagtttttcagggatgaatccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtactggaact 15001886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15017181 - 15016935
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || | |||||| || |||||||| |||| | ||||| | |||||||    
T  15017181 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagat 15017082  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || | ||||||| | |||||  | ||    
T  15017081 caagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaacttcaataacctagacaacatacc 15016982  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||| ||  |||||  | ||||| |||||||||| || ||||||||    
T  15016981 aagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgctgcaagctcca 15016935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15025183 - 15024937
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||| | |||||  || |||||||| |||| ||||||| | |||||||    
T  15025183 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagat 15025084  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||| | || || || ||    
T  15025083 caagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctacc 15024984  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||  ||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  15024983 aagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctcca 15024937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15032524 - 15032278
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||| | |||||  || |||||||| |||| ||||||| | |||||||    
T  15032524 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagat 15032425  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||| | || || || ||    
T  15032424 caagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctacc 15032325  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||  ||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  15032324 aagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctcca 15032278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Original strand, 14532794 - 14533037
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaa 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||  |||||||| || | |||||  || ||||||||  ||| || ||| || ||||||||||    
T  14532794 ccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtaagtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccactcataacattttcactaagatcaa 14532893  T
Q  104 gatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttccaag 203  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||| || | |||||  ||||| ||||||||    
T  14532894 gatcttcaataacctttaattggtcaaactcaacaggaatgtttccttcgaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaag 14532993  T
Q  204 ttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    |  | | |||||  | ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  14532994 tcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctcca 14533037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15037086 - 15036840
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || | |||||| || |||||||| |||| | ||||| | |||||||    
T  15037086 gtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagat 15036987  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||| | ||| |||||||| ||||||||| | |||||  | ||    
T  15036986 caaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaagcttattatggctcaaattcaactgcaataacctagacaacatacc 15036887  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||| ||   ||||  | |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15036886 aagtttttccaggatgaagccacttaagttatttgttgcaagctcca 15036840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 25 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15040801 - 15040579
Alignment:
Q  25 agattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaagatcttcaataacatttaatt 124  Q
    |||||||||||||| |||   |||||||| || | |||||  || |||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  15040801 agattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaagaattcccactaagatcaagattttcaataacttttaact 15040702  T
Q  125 ggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttccaagttgttttgggattgaaccact 224  Q
    | |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||||| |||||| | || || |||||||||||||||||||   | |||||    
T  15040701 gtccaatctcatcaggaatgtttccttcaaacttattttggctcatatttaagtgtaataacatagataatcttccaagttgttttgggacgaagccact 15040602  T
Q  225 taaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    ||||||||||||||  |||||||    
T  15040601 taaattatttgttgccagctcca 15040579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6557 - 6311
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||  || | |||||  || |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  6557 gtaccagaaaaattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaacattctcgctaagat 6458  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| ||||||||  || ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| || |  || |||||    
T  6457 caagattttcaataattttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttcc 6358  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    |||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  6357 aagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctcca 6311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12842 - 12599
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaa 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||  |||||||| || | |||||  || ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||    
T  12842 ccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttcaaaaaatttccactaaggtcaa 12743  T
Q  104 gatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttccaag 203  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| || | |||||  ||||| ||||||||    
T  12742 gatcttcaataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaag 12643  T
Q  204 ttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    |  | | |||||  | ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  12642 tcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctcca 12599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 7201 - 6955
Alignment:
Q  1 gtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||  || | |||||  || |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  7201 gtaccagaaaaattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaacattctcgctaagat 7102  T
Q  101 caagatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttcc 200  Q
    |||||| ||||||||  || ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| || |  || |||||    
T  7101 caagattttcaataattttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttcc 7002  T
Q  201 aagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    |||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  7001 aagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctcca 6955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 13485 - 13242
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaa 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||  |||||||| || | |||||  || ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||    
T  13485 ccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttcaaaaaatttccactaaggtcaa 13386  T
Q  104 gatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgcaataactttgacaaacttccaag 203  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| || | |||||  ||||| ||||||||    
T  13385 gatcttcaataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaag 13286  T
Q  204 ttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctcca 247  Q
    |  | | |||||  | ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  13285 tcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctcca 13242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 14605962 - 14605912
Alignment:
Q  3 accagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactg 53  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  14605962 accagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactg 14605912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 16025139 - 16025089
Alignment:
Q  3 accagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactg 53  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16025139 accagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactg 16025089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 16102943 - 16102894
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactg 53  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16102943 ccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactg 16102894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 16172620 - 16172571
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactg 53  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16172620 ccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactg 16172571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 17848594 - 17848447
Alignment:
Q  4 ccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttccaagtattttaactgccccaacattgccggaatggttccgttcaaaaaattctcgctaagatcaa 103  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||| |||||| | |  ||  | | | ||| ||| || |||||||| | ||||||| | ||||||||||    
T  17848594 ccagaaaggttattatgtgatatattcaatgattctaagtatatcagttgagcaagcgttgacggtattgttccgttgagaaaattcccactaagatcaa 17848495  T
Q  104 gatcttcaataacatttaattggccaaactcaacaggaatgtttcctt 151  Q
    ||  || ||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17848494 gactttgaaggactttaaattggccaaactcaacaggaatatttcctt 17848447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University