View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19269_low_1 (Length: 966)

Name: NF19269_low_1
Description: NF19269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19269_low_1
NF19269_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-957)||(1921901-1922848)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 1922848 - 1921901
Alignment:
Q  18 gatacaaggctatactttgatgaaatttgtgtgtgtcatttagagaaaaacttcagagtatttataaacgcaagggtgaggacttagaagtttcgtctct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1922848 gatacaaggctatactttgatgaaatttgtgtgtgtcatttagagaaaaactttagagtatttataaactcaagggtgaggacttagaagtt-cgtctct 1922750  T
Q  118 ttcaatttgaatgtggtggaaagaaggtggccattttcttattcagatatggccattttataaatacaatgacatgtttgcgatatttttatattggcgg 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1922749 ttcaatttgaatgtggtgggaagaaggtcgccattttcttattcagatatggccattttataaatacaatgacatgtttgcgatatttttatattggcgg 1922650  T
Q  218 gttttgtctannnnnnnnnnnnnncattcagacatgacatgtttacaatatttgaatacaattttattgcagacttgttaactttagtcaaactatcatg 317  Q
    |||||||| |              |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1922649 gttttgtcgatttttttt------cattcatacatgacatgtttgcaatatttgaatacaattttattgcagacttgttaactttagtcaaactatcatg 1922556  T
Q  318 agctgtttgattgaattgcctatgcaataacagtgtttcacacaattagagcaaccaatatagcattcctttcgtcgttcca-aataataggcgcattaa 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||   ||| |||| ||| | | ||||    
T  1922555 agctgtttgattgaattgcctatgcaataacaatgttttacataattagtgcaaccaatatagtattcctttcatc---ccacaatagtagtcacgttaa 1922459  T
Q  417 tttgttgtcgaatttgaaagttaattgatgatttggctataacttgattaggttccttaaacattgtaacaagcaagaatannnnnnngaaagaagacat 516  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  1922458 tttgttgtcgaatttaaaagttaaccgatgatttggctataactcgattaggttccttaaatattgtaacaagcaagaatatttttt-gaaagaagacat 1922360  T
Q  517 gtttgttacaatgtttaagcaagaatatccaaaactaactcgattaga--------agcgtagaggtttgtgattttttgactc--atatatgggtatga 606  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  1922359 gcttgttacaatgtttaagcaagaatatccaaaactaactcgattaggttcctgatagcgtaggggtttgtgatttttttactcttatatatggatatga 1922260  T
Q  607 catgcttgggttcaagtcgtttcaatgtatttaaatgtttataaaaatgataaaatgcgagtaaaataagttcattgattgaatgaatgtatctaaagtg 706  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  1922259 catgcttgtgttcaagtcgtttcaatgtatttaaatatttataaaaatgataaaatgcgagtaaaataagttaattgattgactgaatgtatctaaagtg 1922160  T
Q  707 aaatgtacatgtggtgtttataaacaaagttttatagcatcaaattcaaattatattgtccatcaacatgaccataaaatctaaaccttgaccatcatta 806  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  1922159 aaacgtacatgtggtgtttataaacaaagttttatagcatcaaattcaaattatattgtccatcaacatgaccatcaaaactaaaccttgactatcatta 1922060  T
Q  807 ttcgactaaatttgtgt--------gtatagtgtaaaaatgtgatagtggtcttgtgtacacgggtgtcccatattttggcatcactttcacggtctttc 898  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1922059 ttcgactaaatttgtgtgtatctatgtatagtgtaaaaatgtgataggggtcttgtgtacacgggtgtcccatattttggcatcactttcacggtctatc 1921960  T
Q  899 ctaatccctccctccatctctctctaaaaggatccctaattatgtcaaattttattcat 957  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1921959 ctaatccctccctccatctctctctaaagggatccctaattatgtcaaattttattcat 1921901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University