View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19271_high_1 (Length: 1081)

Name: NF19271_high_1
Description: NF19271
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19271_high_1
NF19271_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1045)||(24624152-24625194)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 941; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 941; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1045
Target Start/End: Original strand, 24624152 - 24625194
Alignment:
Q  7 gtgaaaagaattaatgcagctagttcttcaagggcacgtgcacaagaaccattttatcctttaaaattcgaaggtacttaccaacaagaacaatgcagag 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  24624152 gtgaaaagaattaatgcagctagttcttcaagggcacgcgcacaagaaccattttatcctttaaaattcaaaggtacttaccaacaagaacaatgcagaa 24624251  T
Q  107 agttggtggagcgggaaatgtgggtggagaaggaattctgaatcaaagaaaaaggaccgtatatgggcatagca--aataatccacaccaggaattggga 204  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  24624252 cgttggtggagcgggaaatgtgggtggagaaggaattctgaatcaaagaaaaaggaccgtgtatgggcatagcacaaataatctacaccaggaattggga 24624351  T
Q  205 taagttggtagatcttcccaagcttctaaataatgatgtgatccgggagatatatgtcaatgctcttccatccgatgatgaacccttttctttcaccaat 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24624352 taagttggtagatcttcccaagcttctaaataatgatgtaatccgggagatatatgtcaatgctcttccatccgatgatgaacccttttctttcaccaat 24624451  T
Q  305 gtggttcgtggacgaaacatccgtttagatcaagttgccataaataatatctaggaaattccatcaacctctaaggagatgcatcatgtgctttttatca 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24624452 gtggttcgtggacgaaacatccgttttgatcaagttgccataaataatatctaggaaattcgatcaacctccaaggagatgcatcatgtgctttttatca 24624551  T
Q  405 gcagatgaactgggagaatttgaatcttgaggagatttctagatctctttttctagaaggacgcaattacatactcaacctgtctaggaaaccaaaaaga 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24624552 gcagatgaactgggagaatttgaatcttgaggagatttcaagatctctttttctagaaggacgcaattacatactcaacctgtctaggaaaccaaaaaga 24624651  T
Q  505 gttgcaaaggatgatatgaacccccaaactcaagtgattatccaccttatcctccacaacatctgacgacacagccatacctccatcgcttctcttgata 604  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24624652 gttgcaaaggatgatatgaacacccaaactcaagtgattatccaccttatcctccacaacatccgacgacgcagccatacctccatcgcttctcttgata 24624751  T
Q  605 tcgtctaccttcttcattatatccttgtgggtagacaagtggacatagctcgagtaatagctaatgagattaagatggt--ttgagaatggaatccaacc 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  24624752 tcgtctaccttcttcattatatccttgtcggtagacaagtggacatagctcgagtaatagctaatgagattaagatggttgttgagaatggaatccaacc 24624851  T
Q  703 aagagttaaacctaattgcccactagtttttccaggttttatcatgggactttgcagagatactcagatagttcttccatcatatgttcattagaccatt 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24624852 aagagttaaacctaattgcccactagtttttccaggttttatcatgggactttgcagagatactcagatagttcttccatcataggttcattagaccatt 24624951  T
Q  803 tatggatctattaatgatgattatattacaagattttgcacgggtagaagagctagaactaggagacaagtccctccatccccccttcaacccctccagc 902  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24624952 tatggacctattaatgatgattatattacaagattttgcacgggtagaagagctagaactaggagacaagtccctccatccccccttcaacccctccagc 24625051  T
Q  903 tctttaagaaccaacacctgcttctgaacacatacaatttcagttttctaagtgggatccaagatatatggctgcctattcattaacttgggaccaaaac 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24625052 tctttaagaaccaacacctgcttctgaacacatacaatttcagttttctaagtgggatccaagatatatggctgcctattcattaacttgggaccaaaac 24625151  T
Q  1003 gagtcaaaccgtagagtccttaactctcatcatgattctatgt 1045  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24625152 aagtcaaaccatagagcccttaactctcatcatgattctatgt 24625194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University