View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19275_high_1 (Length: 805)

Name: NF19275_high_1
Description: NF19275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19275_high_1
NF19275_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-788)||(8524452-8525239)
chr3 (130-179)||(14554452-14554501)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (78-779)||(42125003-42125704)
chr5 (87-790)||(42130226-42130920)
chr5 (85-659)||(34230708-34231288)
chr5 (87-653)||(41711694-41712256)
chr5 (85-532)||(34238763-34239204)
chr5 (87-393)||(42118787-42119097)
chr5 (426-723)||(42118489-42118780)
chr5 (86-715)||(41569923-41570546)
chr5 (3-41)||(42130948-42130986)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-790)||(25520850-25521633)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (89-723)||(11119842-11120467)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (87-653)||(12249956-12250516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 8525239 - 8524452
Alignment:
Q  1 agagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcatt---atggttgtgatgaattttctcttttgaaaacagcaac 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||   ||  ||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  8525239 agagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcactataaattctgaacctgcttattcttatttttgtgatgaatctcgtcttttgaaaacagcaac 8525140  T
Q  98 atggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtcttcaa 197  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  8525139 atggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggtcttcaa 8525040  T
Q  198 ggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagt 297  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  8525039 ggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattcaaagt 8524940  T
Q  298 ttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcact 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524939 ttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcact 8524840  T
Q  398 tcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggat 497  Q
    |||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524839 tcatctctctgggtcttatcaatacaatttagtttggaaagagagcaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaaacttgagggagttgtttttggat 8524740  T
Q  498 aatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagag 597  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |   ||| ||||||| |    
T  8524739 gatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctattcaaccaatcttcctctttggtcactcttaatcttgcagagacaagattaagcg 8524640  T
Q  598 gaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcag 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| |||||||||||||||     
T  8524639 gaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaggtattcaagaactagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccagaattaagttgcaa 8524540  T
Q  698 cacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctct 788  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||   |||||  |||  | |||| |||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524539 cacttctcttagaatcttggatctgtcaaattgtcaattccatggggaaattc---caatgtctttttctaacctaacacaccttacctct 8524452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 14554501 - 14554452
Alignment:
Q  130 atggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 179  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  14554501 atggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 78 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 42125704 - 42125003
Alignment:
Q  78 tctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 177  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || |    
T  42125704 tctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatc 42125605  T
Q  178 ttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttga 277  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  42125604 ttggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctctta 42125505  T
Q  278 ctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 377  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42125504 ctctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 42125405  T
Q  378 ctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcat---tattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaa 474  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||     |||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||    
T  42125404 ctttccaaattacaatcacttcatctctctggatataccggttatgatcagttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaa 42125305  T
Q  475 acttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 574  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42125304 atttgagggagctgtttttggataatacaaatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 42125205  T
Q  575 ccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaaggg 674  Q
     |||  ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     ||| ||||     
T  42125204 tcttaaatcaacaggattaactggaaaactgaaaagaagcctactttgtttaccaagtattcaagagttagatatgtcatataatcacaaccttgaagga 42125105  T
Q  675 caactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaa 774  Q
    |||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| || | |    ||| ||||| ||||||| |||||   || |||||||||||||||| |    
T  42125104 caactaccagaattgagttgtagtacttctcttagaatattagatttttcacgttgctcattcaaaggggaaattc---ctttgtctttttctaacctca 42125008  T
Q  775 cacat 779  Q
    |||||    
T  42125007 cacat 42125003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 87 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 42130920 - 42130226
Alignment:
Q  87 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 186  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  42130920 aaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaaccttggctgtg 42130821  T
Q  187 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 286  Q
    |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  42130820 aaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattt 42130721  T
Q  287 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 386  Q
    |||||  |||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  42130720 tcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaa 42130621  T
Q  387 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 486  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |  ||||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||| | ||  | |||     
T  42130620 ttacaatcacttcatctctctg---aaaattatgac---ttaatttggaaagagactaccttgaagaggctgttgcaaaatgcaacagatttacgagagc 42130527  T
Q  487 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 586  Q
    ||||||||||    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||   |  ||    
T  42130526 tgtttttggactccacagatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcctcaaccaatctttatctttagtcactcttaatcttcattacac 42130427  T
Q  587 aggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaa 686  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||| |||||    
T  42130426 aagattaagcggaaaactgaaaagaagccttatttgtttagcaagtattcaagagctagatatgtcatataatgatgaacttcaaggccaacttccagaa 42130327  T
Q  687 ttaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacct 786  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| || || |||     ||| ||||  |||||| |||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  42130326 ttgagttgtagcacttctcttagaatcatagatttgtcaggatgtgcattcgaaggggaaattc---ctatgtatttttctaacctcacacatcttacct 42130230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 85 - 659
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231288
Alignment:
Q  85 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 184  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  185 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaatt------------atttc 272  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||||||| |||||||            |||||    
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  273 tttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 372  Q
    | || |||  |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
Q  373 cacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac 472  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggaatgat------aagttagtttggaaagagactaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaac 34231101  T
Q  473 aaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactctt 572  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||||    ||||| ||||| | ||||| |||| |||||||||||    
T  34231102 aagtttaagggagctgtttttggattatacagacatgtctttgataagaccaaactccataaacttgctcttcaatcgatctttctctctggttactctt 34231201  T
Q  573 aaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataat 659  Q
    || ||| ||   |||   ||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34231202 aatcttagagagacaatcttaagtggaaaattgaaaaagagcattctttgtttaccaagtattcaagagctagatatgtcatataat 34231288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 87 - 653
Target Start/End: Original strand, 41711694 - 41712256
Alignment:
Q  87 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 186  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || |||||||||||||    
T  41711694 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 41711793  T
Q  187 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 286  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||  ||||    
T  41711794 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattt 41711893  T
Q  287 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 386  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  41711894 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaa 41711993  T
Q  387 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac--aaacttgaggga 484  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |||||       | |||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||  | | || ||  |    
T  41711994 ttacaatcacttcatctctctcagaattat------gaattagtttggaaagaaaccaccttaaataggcttatgcaaaacgcaactaatatttaagcaa 41712087  T
Q  485 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 584  Q
      | ||||||||| | |||||| |||||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||| |  |    
T  41712088 actatttttggatgacacagatatgtcttcaataaaaccaaactccatggatttgctcttcaatcattcttccactttggtgactcttaatcttgcagat 41712187  T
Q  585 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 653  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||  | | |||| || |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  41712188 acaggattaagcggaaaccttaaaaataacattctctgcttaccaggcattcaagaactagatatgtca 41712256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 85 - 532
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239204
Alignment:
Q  85 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 184  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  185 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttat 284  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  || |||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  285 tttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 384  Q
    ||| |||| ||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
Q  385 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 484  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||||    
T  34239063 aattacaatcacttcatctttctgggcattat------gagttagtttggaaagagaccaccttaaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaaggga 34239156  T
Q  485 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccat 532  Q
    | ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||  ||||||||    
T  34239157 gctgtttttggattattcagatatgtcttctttaagacataactccat 34239204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 87 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 42119097 - 42118787
Alignment:
Q  87 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---ggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggct 183  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || ||||||||||    
T  42119097 aaaactgcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggct 42118998  T
Q  184 gtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactctta 283  Q
     | || | |||   |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| ||||||  |  |||      
T  42118997 tttaacgccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcg 42118898  T
Q  284 ttttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 382  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |     
T  42118897 ttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatc 42118798  T
Q  383 caaattacaat 393  Q
    |||||||||||    
T  42118797 caaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 426 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42118780 - 42118489
Alignment:
Q  426 ttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagattt----gtcttcattaaga 521  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |    ||||||| |||||    
T  42118780 ttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagatgtttttggataatacaaatatatatgtcttcaataaga 42118681  T
Q  522 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 621  Q
    ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42118680 ccaaactc-------------ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttgcagagacaggattaagtggaaaactgaaaagaagcctacttt 42118594  T
Q  622 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagc------acttctcttagaatctt 715  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||   || | || |||| |||| | ||||||| |||||||||      |||||||||||||||||    
T  42118593 gtttaccaagcatggaagagctagatatgtcatttaa---tgaatttgaaggccaacatccagaattgagttgcagcaatactacttctcttagaatctt 42118497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 86 - 715
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570546
Alignment:
Q  86 gaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 185  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  186 gaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttatt 285  Q
    ||| | |||||||||| | |  |||||||||  || ||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  286 ttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtc-tcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 384  Q
    | |||||  |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||       
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtcttcgt-gtaactttcaaggcgaagttcctcctcaaatctcataccttttgc 41570221  T
Q  385 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 484  Q
    |||||  |||||||| ||| ||      | |  || || | |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||   ||    
T  41570222 aattaacatcacttcgtctttc------taaaaatgacgagttaagttggaaagaaaccactttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaattttgcaaga 41570315  T
Q  485 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 584  Q
    ||| | ||||||| | |||||| || ||||| | |  |||||||   |   || | | |||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||  |       
T  41570316 gttatatttggatgaaacagatatgacttcaatcaacccaaacttgttgaattcgatcttcaataaatcttcctctttgattagtcttagtcttcaaaga 41570415  T
Q  585 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcag 684  Q
    ||||||||||| |||||   |||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||  |   ||| |||| |||||| |||    
T  41570416 acaggattaagtggaaattggaaaaataacattctttgtttaccaaatattcaagagctagatatgtcaaagaatgataaccttgaaggtcaacttccag 41570515  T
Q  685 aattaagttgcagcacttctcttagaatctt 715  Q
    | || || || ||||||||||||||||||||    
T  41570516 atttgagctgtagcacttctcttagaatctt 41570546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 42130986 - 42130948
Alignment:
Q  3 agctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattata 41  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42130986 agctctgctttgcttcagttcaagtcatccttcattata 42130948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 790
Target Start/End: Original strand, 25520850 - 25521633
Alignment:
Q  1 agagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcattatggttgtgatgaattttctcttttgaaaacagcaacatg 100  Q
    ||||||||||| ||||||| || || || ||||||| |||||||||||||| | ||   |||  |||||||||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  25520850 agagctctgctctgcttcagtttaaatcctccttcactataaattctgaatcttct---tatccttgtgatgaat---ctcttctgaaaacagcaacatg 25520943  T
Q  101 gaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtcttcaaggt 200  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||    
T  25520944 gaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggcctccaaggt 25521043  T
Q  201 atattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttg 300  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||  |||||||| | |||||||    
T  25521044 atattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattttcatgctaagtttg 25521143  T
Q  301 gtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttca 400  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25521144 gtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaattacaatcacttca 25521243  T
Q  401 tctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataat 500  Q
    ||| |||||| ||| |  |||   |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||  ||||||| ||   |||||||||||||||| ||    
T  25521244 tctttctgggtattttggttatgttttagtttggaaagagaccatcttaaagaggcttttgcaaaatgcaacaaatttacaggagttgtttttggattat 25521343  T
Q  501 acagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaa 600  Q
    ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||  ||||||||||||||||    
T  25521344 acaaatatgtcttctataagaccaaactccattgctttgcttttcaaccaatcttcctctttggttactctaaatcttaaatcaacaggattaagaggaa 25521443  T
Q  601 aactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcac 700  Q
    || | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| | ||||| || || |||||    
T  25521444 aattcaaaaggagcattctttgtttaccaagtattcaagaaatagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccggaattgagctgtagcac 25521543  T
Q  701 ttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 790  Q
    |||||||||||| ||  || |||    ||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25521544 ttctcttagaatattggatttgtcagcttgtggattcgaaggggaaattcctactatgtctttttctaaccttacatatcttacctctct 25521633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 89 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11119842
Alignment:
Q  89 aacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 188  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  189 ggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttc 288  Q
    ||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||||||||||    ||||| ||||||  | ||||  |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  289 attcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 388  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
Q  389 acaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttg 488  Q
    |||||| ||| |||| |||||| ||          | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||| | ||    ||| ||    
T  11120167 acaatccctttatctctctgggaat---------gagttagttttgaaagagatcaccttgaacagactgctgcaaaatgcaacagatttacaagagctg 11120077  T
Q  489 tttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacag 588  Q
    |||||| |||  ||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  |   || |    
T  11120076 tttttgtatagaactaatatgtcttcaataagaccaaactcctttcctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttatacttagtcttaaagcaactg 11119977  T
Q  589 gattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaatt 688  Q
     |||||| || ||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||      || |||| |||||| |||||||    
T  11119976 aattaagtgggaacttgaaaaataactttctttgtttaccaagtattcaagagctatatatgtcggataatcccaactttgaaggccaacttccagaatt 11119877  T
Q  689 aagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 723  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  11119876 gagttgcagcatttctcttagaatcttagatctgt 11119842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 87 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12249956
Alignment:
Q  87 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 186  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  187 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 286  Q
    |||| ||| | ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||  |||| ||||||   ||||  ||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  287 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 386  Q
    |||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
Q  387 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 486  Q
    ||| ||||||||||||| || | | ||| |       ||||| |||||   || ||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||     
T  12250216 ttagaatcacttcatctctccgagaatttt------gatttaatttggggggaaaccacgttgaagaggtttgtgcaaaatgcaacaaatttgagggagc 12250123  T
Q  487 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 586  Q
    | |||||  || | ||| |  |||||||| |||||| |||||||||   ||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  ||    
T  12250122 tatttttaaatcaaacaaacatgtcttcaataagactaaactccataaattttctcttcaataaatcttcctatttggttactcttaatcttaaatcaac 12250023  T
Q  587 aggattaagaggaaaact-gaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 653  Q
    || |||||| |||||| |  |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12250022 agaattaagtggaaaattaaaaaagaatgc-tctttgtttgccaagtattcaagagctagacatgtca 12249956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University