View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19276_high_1 (Length: 520)

Name: NF19276_high_1
Description: NF19276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19276_high_1
NF19276_high_1
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (17-518)||(2769019-2769520)
chr3 (20-517)||(2759165-2759662)
chr3 (20-506)||(2818519-2819005)
chr3 (17-518)||(2838287-2838788)
chr3 (20-520)||(2807215-2807715)
chr3 (17-520)||(2855497-2856000)
chr3 (20-520)||(5412834-5413334)
chr3 (17-517)||(2748946-2749446)
chr3 (20-509)||(2797320-2797809)
chr3 (20-297)||(2790491-2790768)
chr3 (344-509)||(2790326-2790491)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (21-518)||(5843-6340)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 2769520 - 2769019
Alignment:
Q  17 acatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769520 acatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggaaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcat 2769421  T
Q  117 caaagaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttc 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |   |||| || | |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||    
T  2769420 caaagaatatcaaatacctcttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgtaacatctttagcagaggttcttc 2769321  T
Q  217 agtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgtt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2769320 agtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagtt 2769221  T
Q  317 accgtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaata 416  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769220 accttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaata 2769121  T
Q  417 accaaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttc 516  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769120 accaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttc 2769021  T
Q  517 tg 518  Q
    ||    
T  2769020 tg 2769019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 2759662 - 2759165
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759662 tgcataattctagtggtgattatgatcctactacctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 2759563  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759562 agaatatcaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 2759463  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttacc 319  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||| | || |||||||    
T  2759462 ttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttacc 2759363  T
Q  320 gtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacc 419  Q
     ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  2759362 ttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataacc 2759263  T
Q  420 aaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttct 517  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2759262 aaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttct 2759165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 20 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 2819005 - 2818519
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819005 tgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacctttgttgttattgggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 2818906  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||  ||| | ||  |||||||||||     
T  2818905 agaatattaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctataatcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagc 2818806  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttacc 319  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | || |||||||    
T  2818805 ttcctgataaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttacc 2818706  T
Q  320 gtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacc 419  Q
     ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2818705 ttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataacc 2818606  T
Q  420 aaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatc 506  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || |||||||  ||||||||||||||||    
T  2818605 aaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatc 2818519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Original strand, 2838287 - 2838788
Alignment:
Q  17 acatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcat 116  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2838287 acatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcat 2838386  T
Q  117 caaagaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttc 216  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||  ||||||| ||| || |||  | ||||| ||   |||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  2838387 caaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttc 2838486  T
Q  217 agtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgtt 316  Q
    |||| || ||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  2838487 agttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgtt 2838586  T
Q  317 accgtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaata 416  Q
    ||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  2838587 accttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaata 2838686  T
Q  417 accaaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttc 516  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||  ||||| ||  ||||||||||| ||||    
T  2838687 accaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttc 2838786  T
Q  517 tg 518  Q
    ||    
T  2838787 tg 2838788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 20 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2807715 - 2807215
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807715 tgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 2807616  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||| || |||  | ||||| |  | ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2807615 agaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagt 2807516  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttacc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2807515 ttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttacc 2807416  T
Q  320 gtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacc 419  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  2807415 gtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataacc 2807316  T
Q  420 aaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgt 519  Q
    || || | | |||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2807315 aaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgt 2807216  T
Q  520 c 520  Q
    |    
T  2807215 c 2807215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 520
Target Start/End: Original strand, 2855497 - 2856000
Alignment:
Q  17 acatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcat 116  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2855497 acatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcat 2855596  T
Q  117 caaagaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttc 216  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||| |||||| | | || ||||| ||   |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  2855597 caaagaataccaaatacctcttatgttgcaggtattgccttacttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttc 2855696  T
Q  217 agtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgtt 316  Q
    |||| || ||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2855697 agttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgtt 2855796  T
Q  317 accgtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaata 416  Q
    ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |  ||| |||||||    
T  2855797 accttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaata 2855896  T
Q  417 accaaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttc 516  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||| |  |||||||  |||||||||||||| || || |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  2855897 accaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttc 2855996  T
Q  517 tgtc 520  Q
    ||||    
T  2855997 tgtc 2856000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 20 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5413334 - 5412834
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  5413334 tgcatcattctagtggtgattatgatcctactacctttattgtttttaggcatcgcaaattcaacctggtcagagaaatcttgttgccatacatcatcaa 5413235  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||| || ||| || ||||| |||  |||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||    
T  5413234 agaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagt 5413135  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttacc 319  Q
    | || ||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  5413134 tccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgatacc 5413035  T
Q  320 gtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacc 419  Q
     ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||| ||||||||||    
T  5413034 ttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataacc 5412935  T
Q  420 aaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgt 519  Q
    ||||| | | ||||||| |||| ||||| | ||||||||  |||||||||  ||| || || |||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  5412934 aaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgt 5412835  T
Q  520 c 520  Q
    |    
T  5412834 c 5412834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 2749446 - 2748946
Alignment:
Q  17 acatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcat 116  Q
    |||| ||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  2749446 acatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcat 2749347  T
Q  117 caaagaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttc 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||| || ||| || | ||| ||   |||||||||||||||||| |||   |||||| |||||     
T  2749346 caaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtcttt 2749247  T
Q  217 agtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgtt 316  Q
    |||   | |||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2749246 agtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgat 2749147  T
Q  317 accgtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaata 416  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |   || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||    
T  2749146 acctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaata 2749047  T
Q  417 accaaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttc 516  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||| |||| |  || ||||  ||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  2749046 accaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttc 2748947  T
Q  517 t 517  Q
    |    
T  2748946 t 2748946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2797809 - 2797320
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||| |   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2797809 tgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaa 2797710  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| |||||| | |||| ||  ||||||| ||| || | | || ||| | || | |||||||||||||||||| |||    |||||||  ||||||    
T  2797709 agaatatcaaatactttttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagt 2797610  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttacc 319  Q
    |||   |||||||| ||||||||| || |||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  2797609 ttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttacc 2797510  T
Q  320 gtttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacc 419  Q
     |||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||| | |||||    
T  2797509 ttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaacc 2797410  T
Q  420 aaccaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttc 509  Q
    ||||| | | |||||| || |||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || |||||||  |||||||||| ||||||||    
T  2797409 aaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttc 2797320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 2790768 - 2790491
Alignment:
Q  20 tgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaa 119  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2790768 tgcatcattctagtggtgattatgatcctacaacctttattgttatttggaatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcga 2790669  T
Q  120 agaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagt 219  Q
    ||||||| |||||| | |||| ||  ||||||| ||| || | |  | | ||| || | |||||||||||||||||| |||    ||||||| |||||||    
T  2790668 agaatatcaaatactttttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagt 2790569  T
Q  220 ttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacg 297  Q
    |||   |||||||| ||||||||| || |||| || ||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2790568 ttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 344 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790326
Alignment:
Q  344 gcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaatagttcttctcttgggc 443  Q
    |||||||||||||||| |  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| | | |||||| || ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  444 cttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttc 509  Q
    |||| ||||| |||||  | ||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttc 2790326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 21 - 518
Target Start/End: Original strand, 5843 - 6340
Alignment:
Q  21 gcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaa 120  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5843 gcatcattcttgtggtgattataatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaa 5942  T
Q  121 gaatatgaaatacctcttattttctaggtatttccttacctctgtattcagtaacctatcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtt 220  Q
    |||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||| || ||| || | | | || | |||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||    
T  5943 gaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtt 6042  T
Q  221 tcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgctgttaccg 320  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||     
T  6043 tcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttacct 6142  T
Q  321 tttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcttttaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataacca 420  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  6143 tttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataacca 6242  T
Q  421 accaaatagttcttctcttgggccttccaatcctacaatatctgtttcttcaataaagagtgaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctg 518  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || | ||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6243 accatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctg 6340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University