View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19278_low_1 (Length: 630)

Name: NF19278_low_1
Description: NF19278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19278_low_1
NF19278_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-620)||(4191463-4192064)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-620)||(52211022-52211623)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-332)||(47857797-47858110)
chr4 (22-332)||(47715973-47716283)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 620
Target Start/End: Original strand, 4191463 - 4192064
Alignment:
Q  19 ggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191463 ggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactac 4191562  T
Q  119 ttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191563 ttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttggg 4191662  T
Q  219 aaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191663 aaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaa 4191762  T
Q  319 gaggtatgtttctactcaatgtttctctatgnnnnnnnaatatttgagttaggcattctaactgtgactttccgttgtgatttctggtattttctcttcg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191763 gaggtatgtttctactcaatgtttctctatgtttttttaatatttgagttaggcattctaactgtgactttccgttgtgatttctggtattttctcttcg 4191862  T
Q  419 catctgatattgcattagcttctgagattataactcgtcattggccagagtgttaatatttgaattttaactaaacttgtttttattagagctccagaag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191863 catctgatattgcattagcttctgagattataactcgtccttggccagagtgttaatatttgaattttaactaaacttgtttttattagagctccagaag 4191962  T
Q  519 ggattgttctatatttcaaaacatgaccaaggctctgaaacaaaactttcttaattttagacagcatgcttattcgcatattcattgtactgctgctctc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191963 ggattgttctatatttcaaaacatgactaaggctctgaaacaaaactttcttaattttagacagcatgcttattcgcatattcattgtactgctgctctc 4192062  T
Q  619 tg 620  Q
    ||    
T  4192063 tg 4192064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 620
Target Start/End: Original strand, 52211022 - 52211623
Alignment:
Q  19 ggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52211022 ggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaagttctcttgaactac 52211121  T
Q  119 ttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211122 ttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttggg 52211221  T
Q  219 aaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52211222 aaaaagacggttattaaggaagtgtgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacattcaa 52211321  T
Q  319 gaggtatgtttctactcaatgtttctctatgnnnnnnnaatatttgagttaggcattctaactgtgactttccgttgtgatttctggtattttctcttcg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211322 gaggtatgtttctactcaatgtttgtctatgtttttttaatatttgagttaggcattctaactgtgactttccgttgtgatttctggtattttctcttcg 52211421  T
Q  419 catctgatattgcattagcttctgagattataactcgtcattggccagagtgttaatatttgaattttaactaaacttgtttttattagagctccagaag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211422 catctgatattgcattagcttctgatattataactcgtctttggccagagtgttaatatttgaattttaactaaacttgtttttattagagctccagaag 52211521  T
Q  519 ggattgttctatatttcaaaacatgaccaaggctctgaaacaaaactttcttaattttagacagcatgcttattcgcatattcattgtactgctgctctc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211522 ggattgttctatatttcaaaacatgactaaggctctgaaacaaaactttcttaattttagacagcatgcttattcgcatattcattgtactgctgctctc 52211621  T
Q  619 tg 620  Q
    ||    
T  52211622 tg 52211623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Original strand, 47857797 - 47858110
Alignment:
Q  19 ggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactac 118  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  47857797 ggcacagcaaaggggctgcagtttacacccaaaaggagtttaactgttggatttattcatatatataggtttctagatgatggaaggtctcttgaacttc 47857896  T
Q  119 ttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  47857897 ttcacaaaactcaggttgagggtgttcctcttgctctatgtcagtttcaaggaagattacttgcaggaataggacctgtgctcaggctatatgatttggg 47857996  T
Q  219 aaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaa 318  Q
    ||||||||| |||||||| || | ||||||||||  ||| ||||   | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||  |||    
T  47857997 aaaaagacgattattaagaaaatgtgagaataagtcatttcccatttcgattgtctctattcatgcctaccgtgatcgaatttatgtaggtgacatccaa 47858096  T
Q  319 gaggtatgtttcta 332  Q
    ||||||||||||||    
T  47858097 gaggtatgtttcta 47858110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 47716283 - 47715973
Alignment:
Q  22 acagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattcatatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttc 121  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  47716283 acagctaagggactgcagtttacacccaaaaggagtttaactgctggattcattcatatatataggtttctagatgatggaaggtctcttgaacttctcc 47716184  T
Q  122 acaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagattacttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaa 221  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  47716183 acaaaactcaggttgagggtgttcctctcgctctatgtcagtttcaaggaagattacttgcaggaattggacctgtactcaggctatatgatttgggaaa 47716084  T
Q  222 aagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctctattcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagag 321  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||||  |||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||    
T  47716083 aagacgattattaagaaaatgtgagaataagtcattccccagctccattgtctctattcatgcctaccgtgatcgaatttatgtaggtggcatccaagag 47715984  T
Q  322 gtatgtttcta 332  Q
    |||||||||||    
T  47715983 gtatgtttcta 47715973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University