View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1927_low_1_N (Length: 693)

Name: NF1927_low_1_N
Description: NF1927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1927_low_1_N
NF1927_low_1_N
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (43-599)||(6612085-6612642)
chr7 (238-519)||(17293994-17294275)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (164-595)||(14726354-14726785)
chr8 (130-595)||(26088181-26088649)
chr8 (130-583)||(30647888-30648344)
chr8 (167-595)||(28865080-28865509)
chr8 (269-595)||(15329086-15329412)
chr8 (269-595)||(15509455-15509781)
chr8 (434-591)||(29552110-29552267)
chr8 (237-483)||(31040611-31040857)
chr8 (188-369)||(27712141-27712322)
chr8 (323-586)||(24508350-24508613)
chr8 (279-396)||(31075907-31076024)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (127-586)||(4818822-4819284)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (164-519)||(26087382-26087737)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 6612642 - 6612085
Alignment:
Q  43 attactttttggttacataatcatttcatagttgatctaaatactagtattttggttgcatgtggagaacttacc-gtgagtaacagtttcaaacatgaa 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6612642 attactttttggttacataatcatttcatagttgatctaaatactagttttttgattgcatgtgtaaaacttacctgtgagtaacagtttcaaacatgaa 6612543  T
Q  142 cacaaataatggtgagcagctaaaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattcatcctggagcatata 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6612542 cacaaataatggtgagaagctaaaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgatgatgatccattcatcctggagcatata 6612443  T
Q  242 gattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgctt 341  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6612442 gattcgataccatttgttgaaactcctttacatatatctgcagatatgggtcatctccaatttgctactgaaattatgatgttgaaaccttcatttgctt 6612343  T
Q  342 ggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgt 441  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6612342 ggaagctaaacccgcaaggattcagccccatccatctcgctatgctaaacgaccaaaaacgtctggtttattgcttcgtgaacatcaataaagaccttgt 6612243  T
Q  442 tagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatcc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6612242 tagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatcc 6612143  T
Q  542 attgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgctattaagaatcaac 599  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6612142 attgaatatttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgctattaagaatcaac 6612085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 238 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 17294275 - 17293994
Alignment:
Q  238 tatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcattt 337  Q
    |||||||||||  |  |||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||| |  ||||| |  ||  ||||||  |||||||||||||||    
T  17294275 tatagattcgaatcagtttgttgaaactcctttgcatatcgccgcatctagggggcatcttcggtttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcattt 17294176  T
Q  338 gcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagacc 437  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||| ||||| ||  |  |||||| |||||| ||  |||| ||||||||||    
T  17294175 gcttggaagctaaatccgcaaggattctgccccattcatctcgctatgcaaaatgaccaaaagaggatggtttctcgctttgttgacattaataaagacc 17294076  T
Q  438 ttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatt 519  Q
    ||||| || ||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17294075 ttgttcgagttcaagggagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgaacttttagctaaatt 17293994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 164 - 595
Target Start/End: Original strand, 14726354 - 14726785
Alignment:
Q  164 aaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattcatcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaa 263  Q
    ||||||||||||| | ||||  | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||  |||||||||||||||  ||| | |||| |||||    
T  14726354 aaagctgcagctctaacaggtgatatagatctcctctacacagtaattcaagatgatccatccattttggagcatatagatttaataacttttgttgaaa 14726453  T
Q  264 ctcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaatt 363  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  ||||| | |||| ||||||  || |||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||    
T  14726454 ctcctttacatactgctgcatctatgggtcatctccggtttgccactgaagttatgaatttaaaaccttcatttgcttggaagctagatctgcaaggatt 14726553  T
Q  364 cagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagcc 463  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |    
T  14726554 cagccccatccatctcgctttgcaaaacaaccaaaaacctatggtgtatcgctttgtggacatcaataaagaccttgttagagttaaaggaagagaaggc 14726653  T
Q  464 ataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggc 563  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14726654 ttaactcctcttcatttcgcaagtcaaaatggtgaggttgatcttttagtttgctttctcttattgtgtccggaatccattgaatacttgactgtaaggc 14726753  T
Q  564 acgagactgcactgcatattgctattaagaat 595  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14726754 aggagactgcactgcatattgctgttaagaat 14726785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 130 - 595
Target Start/End: Original strand, 26088181 - 26088649
Alignment:
Q  130 ttcaaacatgaacac---aaataatggtgagcagctaaaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattc 226  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||| |   | ||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |    
T  26088181 ttcaaacatgaacaccacaaataatggtgaccgattgaaagctgcagctcaaacaggtgatatagatctcctctactcagtaattcaagatgatccatcc 26088280  T
Q  227 atcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttga 326  Q
    ||  ||||| ||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||| | |  ||||| |||||||||||||  || |    
T  26088281 attttggagaatatagatgtaatatcatttgttgaaactcctttacatattgctgcatctttgggtcatatgccgtttgccaatgaaattatgaatttaa 26088380  T
Q  327 aaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacat 426  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||  || |||| | ||  ||  || |||     
T  26088381 aaccttcatttgcatggaagctaaacccgcaaggattcagtcccatccatctcgctatgcaaaacggccaaaagagtatggtgtttcattttctgcacaa 26088480  T
Q  427 caataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaag 526  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   | ||||||       
T  26088481 caataaagaccttgttagaattaaaggaagagaaggtataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttaatcatttagaatactttctcttc 26088580  T
Q  527 ttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgctattaagaat 595  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26088581 ttgtgtccggaatctattgaatacttaactgtgaggcacgagactgcactgcatattgctgttaagaat 26088649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 130 - 583
Target Start/End: Original strand, 30647888 - 30648344
Alignment:
Q  130 ttcaaacatgaacac---aaataatggtgagcagctaaaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattc 226  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| ||||   | || ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |    
T  30647888 ttcaaacatgaacactacaaataatggagagcgattgaatgctgcagctgaagcaggtgatatagatctcctctacacagtaattcaagatgatccatac 30647987  T
Q  227 atcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttga 326  Q
    ||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |  | ||||| | |||||||||||  ||||    
T  30647988 attttggagcatatagattcaataccatttgttgaaactcctttacatattgctgcatccatgggtcatattgactttgccattgaaattatgaatttga 30648087  T
Q  327 aaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacat 426  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| || |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  || | |||||| |||| |||| ||| |||| |||    
T  30648088 aaccttcatttgctttgaagttaaatccacaaggattcagccccatccatctcgcaatgcaaaagaacaaaaaacgtatggtgtatcactttgtgagcat 30648187  T
Q  427 caataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaag 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |  | |||||| | ||||||       
T  30648188 caataaagaccttgttagagttagaggaagagaaggcataactcctcttcattttgcatgtcaaaatggtgaggttcaaatgttagcttactttctccgt 30648287  T
Q  527 ttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatatt 583  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  30648288 ttgtgtccggaatcaattgaatacttgactgtgaggcgcgagactgcactccatatt 30648344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 167 - 595
Target Start/End: Original strand, 28865080 - 28865509
Alignment:
Q  167 gctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattcatcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaactc 266  Q
    ||||||||||| |||||  |  || ||||||||||| |||||||| | |||||||||| | |  |||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  28865080 gctgcagctcatgcaggtgatgtaaatctcctctacacagtaattcaagatgatccatacgttttggagcgtatagatttaataccatttgttgaaactc 28865179  T
Q  267 ctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcag 366  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||| | ||| ||||||| |||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||| ||||||    
T  28865180 ctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttccttttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgccttaaagctaaatccgcaaggattcag 28865279  T
Q  367 ccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccata 466  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   |||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||  ||||  ||| | | ||    
T  28865280 ccccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttagaggacgagacggctta 28865379  T
Q  467 actcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacg 566  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   |||||||| |||||||||||| | | ||||||||||   |    
T  28865380 actcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaagattggactgtgaggtgtg 28865479  T
Q  567 aga-ctgcactgcatattgctattaagaat 595  Q
    ||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  28865480 agacccccactgcatattgctattaagaat 28865509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 269 - 595
Target Start/End: Original strand, 15329086 - 15329412
Alignment:
Q  269 ttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagcc 368  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||| | ||| ||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||| ||||||||    
T  15329086 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15329185  T
Q  369 ccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataac 468  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   |||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||  ||||  ||| | | ||||    
T  15329186 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15329285  T
Q  469 tcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgag 568  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   | |||||| |||||||||||| | | ||||||||||  ||||    
T  15329286 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttctcgtgtccagaatccattgaagattggactgtgaggtgcgag 15329385  T
Q  569 actgcactgcatattgctattaagaat 595  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||    
T  15329386 accccactgcatattgctattaagaat 15329412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 269 - 595
Target Start/End: Original strand, 15509455 - 15509781
Alignment:
Q  269 ttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagcc 368  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||| | ||| ||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||| ||||||||    
T  15509455 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15509554  T
Q  369 ccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataac 468  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   |||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||  ||||  ||| | | ||||    
T  15509555 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15509654  T
Q  469 tcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgag 568  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   | |||||| |||||||||||| | | ||||||||||  ||||    
T  15509655 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttctcgtgtccagaatccattgaagattggactgtgaggtgcgag 15509754  T
Q  569 actgcactgcatattgctattaagaat 595  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||    
T  15509755 accccactgcatattgctattaagaat 15509781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 434 - 591
Target Start/End: Original strand, 29552110 - 29552267
Alignment:
Q  434 gaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtc 533  Q
    |||||||| ||| || |||| || |||| | | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||    ||||    
T  29552110 gaccttgtcagagttaaagggaaggaaggcttgactcctcttcattatgcaagccaaattggagaggttgaccttttagcttactttctcaacgcatgtc 29552209  T
Q  534 cggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgctattaa 591  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  29552210 ctgaatctattgaatacttgactgtgaggtgcgagaccgcacttcatattgctattaa 29552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 237 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 31040857 - 31040611
Alignment:
Q  237 atatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatt 336  Q
    |||||||||  || ||||||| |||||||||| | ||||| |||||| ||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||    
T  31040857 atatagatttaattccatttgttgaaactcctctgcatatagctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatt 31040758  T
Q  337 tgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagac 436  Q
    ||| ||||||||||| |  ||||  ||||| || |||||||| ||  |||||||| |||| ||  || ||||   ||| |||||  |||| ||||| ||     
T  31040757 tgcatggaagctaaatcaacaagggttcagtccaatccaccttgccttgcaaaacaaccaaaagagtatggtgcttcgtttcgtagacatgaataaggaa 31040658  T
Q  437 cttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgc 483  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||   |||||||||||||| ||||    
T  31040657 cttgttagaatcaaaggaaaggaaggtttaactcctcttcatcttgc 31040611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 188 - 369
Target Start/End: Original strand, 27712141 - 27712322
Alignment:
Q  188 atagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattcatcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagcta 287  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||||| ||| ||||  ||  | ||| |||||||||| ||||  ||||  ||||| |||||||| ||||| |||  ||    
T  27712141 atagacctcctctatgaagtaattgaggttgacccatctattttagagaatatagattcaatacagtttgtcgaaacccctttacacatcgccgcattta 27712240  T
Q  288 tgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccc 369  Q
     ||| |||||||  ||||| | |||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||| |||||||||    
T  27712241 agggccatctccggtttgccattgaaattatgaatttgaaaccttcgtttgctttgaagcttaatccgcaaggattcagccc 27712322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 586
Target Start/End: Original strand, 24508350 - 24508613
Alignment:
Q  323 ttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtga 422  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||| | | ||| | ||||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||   || |||| | | | || |||     
T  24508350 ttgaaaccatcgtttgctttgaagctaaatcaggaaggactcagccctattcacctggctatacaaaacaaccacaggagtatggtattttgtttggtgg 24508449  T
Q  423 acatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttct 522  Q
    |||| || || |||||||| ||| |  |||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||| | ||    
T  24508450 acatgaacaaggaccttgtcagactcaaagggaaggagggcatgactcctcttcattttgcaagtcaaaatggtgaggatgaaattttagctaaactcct 24508549  T
Q  523 caagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgct 586  Q
    |      ||||| |||||||||||| || | |||||||||    |||||||| |||||||||||    
T  24508550 ctttgcttgtccagaatccattgaagacgtaactgtgaggggtaagactgcattgcatattgct 24508613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 31076024 - 31075907
Alignment:
Q  279 ctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacct 378  Q
    ||||| ||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||  ||||| || ||||||||    
T  31076024 ctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcaacaagggttcagtccaatccacct 31075925  T
Q  379 cgctatgcaaaacgacca 396  Q
     ||  |||||||| ||||    
T  31075924 tgcattgcaaaacaacca 31075907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 127 - 586
Target Start/End: Original strand, 4818822 - 4819284
Alignment:
Q  127 agtttcaaacatgaa---cacaaataatggtgagcagctaaaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatcca 223  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||| |   | || | ||||||| |||||||  | ||||||||||| ||  |||||||| | |||||||||    
T  4818822 agtttcaaacatgaataccacaaataatggtgaccgattgaatggtgcagctgaagcaggtgatatagatctcctttatacagtaattcaagatgatcca 4818921  T
Q  224 ttcatcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaactcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgt 323  Q
    |||||  |||||   |||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    || ||||||| ||    
T  4818922 ttcattttggagatgatagatttaataccatttgttgaaactcctttgcatattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagt 4819021  T
Q  324 tgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaattcagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaa 423  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| || ||||| || |||||||||||| |||| ||  || |||||  |||||| |||||    
T  4819022 taaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatcttgctatgcaaaacaaccaaaacagtatggttactcgctttgtgaa 4819121  T
Q  424 catcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctc 523  Q
    | ||||||| |||||||||||| || |||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4819122 cttcaataaggaccttgttagagttgaaggaagaaatggcataactcctcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctc 4819221  T
Q  524 aagttgtgtccggaatccattgaatacttgactgtgaggcacgagactgcactgcatattgct 586  Q
          ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  4819222 tttgcttgtccggaatctattgaatacttgactgtgaggtttgagactgcattgcatattgct 4819284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 4e-80; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 164 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 26087737 - 26087382
Alignment:
Q  164 aaagctgcagctcaagcaggcaacatagatctcctctacgcagtaattgaggatgatccattcatcctggagcatatagattcgataccatttgatgaaa 263  Q
    |||| ||||||| |||||||  | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||  |||||| ||||||||  |||||||||| |||||    
T  26087737 aaaggtgcagctgaagcaggtgatatagatctcctctacacagtaattcaagatgatccatacattttggagcgtatagatttaataccatttgttgaaa 26087638  T
Q  264 ctcctttacatatcgctgcagctatgggtcatctccaatttgctaatgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaagaatt 363  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| |||    
T  26087637 ctcctttacatacggctgcatctatgggtcatcttcaatttgccactgaaattatgaatttgaaaccttcatatgcttggaaactaaatcagcaaggatt 26087538  T
Q  364 cagccccatccacctcgctatgcaaaacgaccacaaacgtctggtttatcgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagcc 463  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||| | ||| ||  || | || | ||  || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  26087537 cagtcccatccatcttgctatgcaaaatggccaaaagagtttcgtgtctcaatttgtgaacatcaataaagaacttgttagagttcaaggaagagaaggc 26087438  T
Q  464 ataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatt 519  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  26087437 ttaactgctcttcattttgcaagtcaaattggagaggttgaccttttagctaaatt 26087382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University