View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19285_low_1 (Length: 689)

Name: NF19285_low_1
Description: NF19285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19285_low_1
NF19285_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-673)||(38120667-38121342)
chr8 (54-673)||(38608781-38609400)
chr8 (54-673)||(38793564-38794183)
chr8 (98-208)||(34592844-34592957)
chr8 (64-105)||(38287457-38287498)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-673)||(28730244-28730916)
chr4 (95-166)||(33078483-33078557)
chr4 (46-78)||(33078556-33078588)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 673
Target Start/End: Original strand, 38120667 - 38121342
Alignment:
Q  1 actaaaaagaactaagcaaccgtgtgaattagctacattagatggacaacagcgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagaga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120667 actaaaaagaactaaggaaccgtgtgaattagctacattagatggacaacagtgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagaga 38120766  T
Q  101 aagaactgaaccacaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatggga 197  Q
    ||||||| |||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38120767 aagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatggga 38120866  T
Q  198 gacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaag 297  Q
    ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| ||    
T  38120867 gacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcaggagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacag 38120966  T
Q  298 tagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcacaagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaa 397  Q
    |||  | || |||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120967 tagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaa 38121066  T
Q  398 atgcacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccg 497  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121067 atacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccg 38121166  T
Q  498 gaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggta 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121167 gaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggta 38121266  T
Q  598 tgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacagcgaaaatagt 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121267 tgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacagcgaaaatagt 38121342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 38609400 - 38608781
Alignment:
Q  54 gtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactgaaccacaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccat 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609400 gtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccat 38609301  T
Q  154 ggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609300 ggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagc 38609201  T
Q  254 agagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatata 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609200 agagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatata 38609101  T
Q  354 gtatcacaagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatgcacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactc 453  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609100 gtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactc 38609001  T
Q  454 tcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaac 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609000 tcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaac 38608901  T
Q  554 cggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaaga 653  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608900 tggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaaga 38608801  T
Q  654 tcatcaacagcgaaaatagt 673  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  38608800 tcatcaacggcgaaaatagt 38608781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 38794183 - 38793564
Alignment:
Q  54 gtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactgaaccacaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccat 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794183 gtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccat 38794084  T
Q  154 ggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794083 ggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagc 38793984  T
Q  254 agagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatata 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793983 agagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatata 38793884  T
Q  354 gtatcacaagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatgcacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactc 453  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793883 gtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactc 38793784  T
Q  454 tcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaac 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793783 tcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaac 38793684  T
Q  554 cggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaaga 653  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793683 tggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaaga 38793584  T
Q  654 tcatcaacagcgaaaatagt 673  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  38793583 tcatcaacggcgaaaatagt 38793564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 98 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  98 agaaagaactgaaccacaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatg 194  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  195 ggagacacacctgc 208  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 38287498 - 38287457
Alignment:
Q  64 taactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaa 105  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  38287498 taactacaagtttcatagagtttcacttcagcagaaaaagaa 38287457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 673
Target Start/End: Original strand, 28730244 - 28730916
Alignment:
Q  1 actaaaaagaactaagcaaccgtgtgaattagctacattagatggacaacagcgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagaga 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  28730244 actaaaaagaactaagcaacggtgtgaattagctacattagatgaacaacggtgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagaga 28730343  T
Q  101 aagaactgaaccacaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagac 200  Q
    ||||| | || | |||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  28730344 aagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagac 28730443  T
Q  201 acacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtag 300  Q
    ||||||| || || ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| |||||    
T  28730444 acacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagagcagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtag 28730543  T
Q  301 atgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcacaagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatg 400  Q
      | || |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28730544 cagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaata 28730643  T
Q  401 cacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaa 500  Q
    ||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28730644 cacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcaccctaacatagttaatcctcatcggtgctaatgtcactcctccaccggaa 28730743  T
Q  501 gtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28730744 gtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaacgattcggtatga 28730843  T
Q  601 tatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacagcgaaaatagt 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28730844 tatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaatagt 28730916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 33078557 - 33078483
Alignment:
Q  95 cagagaaagaactgaaccacaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 166  Q
    ||||||||||| | |||| | |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078557 cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 33078588 - 33078556
Alignment:
Q  46 acaacagcgtaaacttattaactacaaatttca 78  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33078588 acaacagtgtaaacttattaactacaaatttca 33078556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University