View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19287_high_1 (Length: 918)

Name: NF19287_high_1
Description: NF19287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19287_high_1
NF19287_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-903)||(7274456-7275366)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 7275366 - 7274456
Alignment:
Q  12 aagaatatgacaactaatatatgattgattaaagaaaatggattccctagcgtcaaaagtgaccgtggaagtaatctcatccttttaaaatatcagaaga 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7275366 aagaaaatgacaactaatatatgattggttaaagaaaatggattccctagcgtcaaaagtgaccgcggaagtaatctcatctttttaaaatatcagaaga 7275267  T
Q  112 ttcacatgttaagcttttattttaacataaatcattgatctttttgaatgactcgaatttacttgtccatgttaatttaggatttcttcactatagagaa 211  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7275266 ttcacattttaagcttttgttttaacataaattattgatcttttcgaatgactcggatttacttgaccatgttaatttaggatttcttcactacagagaa 7275167  T
Q  212 tctaaatccttgattaacctcttannnnnnnacccataaattttgataatttagataagaggaggctaacacatctcatgtaaggtgagagaaaattata 311  Q
    || ||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  7275166 tccaaatccttgattaacctcttgtttttttacc-ataaattttgataatttagataagaggaggttaacacatctcatgtaaggtgagagaggactata 7275068  T
Q  312 aaattttattgaaaatttatgcataatcaatcaactgagaaagtttaaacttgaattcaagtcacaacggatataagtaaaatattgtgttgaaatttgg 411  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7275067 aaattttattgaaaatttacgcataatcaatcgactgagaaagtttaaacttgaattcaagtcacaacggatataagtaaaatattatgttgaaatttgg 7274968  T
Q  412 atcaaatttatctttataaaactgacttatgagatcatactctttataaacttttataaagagtcttatcgacaaaacttgagtttttcctaatatatag 511  Q
    |||||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  7274967 atcaaactcatccttacaaaaccgacttatgaggtcatcctctttataaactcttatcaagagtcttatcgacaaagactaagtttttcctaatatatag 7274868  T
Q  512 tt-----------------aagcttttt-attttgtgact----attcatgaatcatatcaaaatatttaaattctatatatgaggaaataaaagtacaa 589  Q
    ||                 ||||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274867 tttttgctaatatatagttaagcttttttattttgtgactttgaattcatgaatcatatcaaaatatttaaattctatatatgaggaaataaaagtacaa 7274768  T
Q  590 agaagaatatgccagctgcatcaagcaccaaaatagagttggaggcttttgccagttgccaccgtacactaaaaacaacactcttgtttcccattttttg 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274767 agaagaatatgccagctgcatcaagcaccaaaatagagttggaggcttttgccagttgccaccgtacactaaaaacaacactcttgtttcccattttttg 7274668  T
Q  690 ggttacaaaatcagatattagattcccttcttccctaaccatgtgcacattttaaacatgattaaacttactaaacaacatatcaaaatctttaatatct 789  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274667 ggttacaaaatcagatattagattcccttcttccctaaccatgtgcacattttaaacatgattaaacttactaaacaacatatcaaaatctttaatatct 7274568  T
Q  790 tctccatgtgtacgtgtctcaatttaatctaagttgcacaacacnnnnnnnnnnatagataagattttagattaagaaggtacactttcatactacaaga 889  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274567 tctccatgtgtacgtgtctcaatttaatctaagttgcacaacac--ttttttttatagataagattttagattaagaaggtacactttcatactacaaga 7274470  T
Q  890 taagagagaataat 903  Q
    ||||||||||||||    
T  7274469 taagagagaataat 7274456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University