View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19291_low_3 (Length: 714)

Name: NF19291_low_3
Description: NF19291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19291_low_3
NF19291_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-697)||(2795269-2795955)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-690)||(29262790-29263461)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 697
Target Start/End: Original strand, 2795269 - 2795955
Alignment:
Q  11 cacagaaacagatggaagagactcaaattattgtcacaactcctgagaagtgggatattattacacgaaagtcgggtgatcgaatttatactcagcttgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795269 cacagaaacagatggaagagactcaaattattgtcacaactcctgagaagtgggatattattacacgaaagtcgggtgatcgaatttatactcagcttgt 2795368  T
Q  111 gaagcttcttatcattgatgagattcatcttcttcatgataacagagggcctgttcttgaaagtatcattgctagaacagtcaggcagattgaaacaacg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795369 gaagcttcttatcattgatgagattcatcttcttcatgataacagagggcctgttcttgaaagtatcattgctagaacagtcaggcagattgaaacaacg 2795468  T
Q  211 aaggactatattcggttggtgggattgtctgctacactccctaattttgaagacgtggcacggttcttgcgtgttgatcataataaggggttgttttact 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795469 aaggactatattcggttggtgggattgtctgctacactccctaattttgaagacgtggcgcggttcttgcgtgttgatcataataaggggttgttttact 2795568  T
Q  311 ttgataatagttatagacccgttcctctttctcagcagtttattggaattacagtgaagaagccttttcaaaggtaccagttgatgaatgatatctgctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795569 ttgataatagttatagacccgttcctctttctcagcagtttattggaattacagtgaagaagccttttcaaaggtaccagttgatgaatgatatctgctt 2795668  T
Q  411 tgagaaagttatggctgaagccggaaagcatcaggttcttatctttgtacattcaaggaaagaaactgctaaaacagcaagagccatcagagatactgca 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795669 tgagaaagttatggctgaagccggaaagcatcaggttcttatctttgtacattcaaggaaagaaactgctaaaacagcaagagccatcagagatactgca 2795768  T
Q  511 cttgcaaatgacactcttggtaggttccttaaagaagatagtgcaagccgtgagattcttcatagtcataccgatcttgtgaagagcaatgatctcaaag 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795769 cttgcaaatgacactcttggtaggttccttaaagaagatagtgcaagccgtgagattcttcatagtcataccgatcttgtgaagagcaatgatctcaaag 2795868  T
Q  611 atcttctgccatatggttttgctattcatcatgctggtatgacaagaacagatcgccagctcgttgaggatcttttcgcttctggac 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2795869 atcttctgccatatggttttgctattcatcatgctggtatgacaagaacagatcgccagctcgttgaggatctttttgcttctggac 2795955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 690
Target Start/End: Original strand, 29262790 - 29263461
Alignment:
Q  19 cagatggaagagactcaaattattgtcacaactcctgagaagtgggatattattacacgaaagtcgggtgatcgaatttatactcagcttgtgaagcttc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||     
T  29262790 cagatcgaagagactcaaattattgtgacaactcctgagaagtgggatattatcacccgaaagtcgggagatcgaacttatacgcagcttgtgaagcttg 29262889  T
Q  119 ttatcattgatgagattcatcttcttcatgataacagagggcctgttcttgaaagtatcattgctagaacagtcaggcagattgaaacaacgaaggacta 218  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||    
T  29262890 tcatcattgatgaaattcatctccttcatgataacagagggcctgttcttgaaagtattgttgctagaacagttaggcagattgaaacatctaaggatta 29262989  T
Q  219 tattcggttggtgggattgtctgctacactccctaattttgaagacgtggcacggttcttgcgtgttgatcataataaggggttgttttactttgataat 318  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||  || ||||| || ||||| ||||||||     
T  29262990 tattcgtttggtgggattgtcggctactctccctaattatgaagatgtggcactgttcctgcgtgttgatctgaacaagggtttattttattttgataac 29263089  T
Q  319 agttatagacccgttcctctttctcagcagtttattggaattacagtgaagaagccttttcaaaggtaccagttgatgaatgatatctgctttgagaaa- 417  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||   ||||     
T  29263090 agttatagacctgttcctctttctcagcagtatattggaatcacaataaagaagcctcttcagaggttccagttgatgaatgatatctg-ttaccgaaag 29263188  T
Q  418 gttatggctgaagccggaaagcatcaggttcttatctttgtacattcaaggaaagaaactgctaaaacagcaagagccatcagagatactgcacttgcaa 517  Q
    ||| ||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||     
T  29263189 gttctggatgtagctggtaagcatcaggttcttatctttgtacattcaaggaaagagactgctaaaactgctagagccatcagagatgctgcactcgcag 29263288  T
Q  518 atgacactcttggtaggttccttaaagaagatagtgcaagccgtgagattcttcatagtcataccgatcttgtgaagagcaatgatctcaaagatcttct 617  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||||||    
T  29263289 atgatactcttggtaggttccttaaagaagatagtgcaagccgtgagattcttcatactcatactgatcttgtgaagagtagtgaccttaaagatcttct 29263388  T
Q  618 gccatatggttttgctattcatcatgctggtatgacaagaacagatcgccagctcgttgaggatcttttcgct 690  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  29263389 gccgtatggttttgctattcatcatgctggtatgacgaggacagatcgccaacttgttgaggatctgttcgct 29263461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University